t/LiveSeq/Mutation.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 19);
  11
  12         use_ok('Bio::LiveSeq::Mutation');
  13 }
  14
  15
  16 my $a = Bio::LiveSeq::Mutation->new();
  17 ok defined $a;
  18
  19 $a->seq('aaa');
  20 is $a->seq, 'aaa';
  21
  22 $a->seqori('ggg');
  23 is $a->seqori, 'ggg';
  24
  25 $a->pos(-4);
  26 is $a->pos, -4;
  27
  28 $a->pos(5);
  29 is $a->pos, 5;
  30
  31 is ($a->len, 3);
  32
  33 $a->len(9);
  34 is ($a->len, 9);
  35
  36 $a->transpos(55);
  37 is $a->transpos, 55;
  38
  39 $a->issue(1);
  40 is $a->issue, 1;
  41
  42 $a->label(57);
  43 is $a->label, '57';
  44
  45 $a->prelabel(57);
  46 is $a->prelabel, '57';
  47
  48 $a->postlabel(57);
  49 is $a->postlabel, '57';
  50
  51 $a->lastlabel(57);
  52 is $a->lastlabel, '57';
  53
  54 #constuctor test
  55 $b = Bio::LiveSeq::Mutation->new('-seq'=>'AC',
  56                                  '-seqori' => 'GG',
  57                                  '-pos' => 5,
  58                                  '-len' => 2,
  59                                  );
  60 ok  defined $b;
  61 is $b->seqori, 'GG';
  62 is $b->len, 2;
  63 is $b->seq, 'AC';
  64 is $b->pos, 5;