t/Map/MicrosatelliteMarker.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 8);
  10
  11         use_ok('Bio::Map::SimpleMap');
  12         use_ok('Bio::Map::Position');
  13         use_ok('Bio::Map::Microsatellite');
  14 }
  15
  16 my $map = Bio::Map::SimpleMap->new(-units => 'MB',
  17                                   -type  => 'oo-121');
  18 my $position = Bio::Map::Position->new(-map => $map,
  19                                       -value => 20
  20                                       );
  21
  22 my $o_usat = Bio::Map::Microsatellite->new
  23     (-name=>'Chad Super Marker 2',
  24      -sequence => 'gctgactgatcatatatatatatatatatatatatatatatcgcgatcgtgatttt',
  25      -motif => 'at',
  26      -repeats => 15,
  27      -repeat_start_position => 12,
  28      -position => $position,
  29      );
  30
  31 is($o_usat->get_leading_flank(), "gctgactgatc");
  32 is($o_usat->get_trailing_flank(), "cgcgatcgtgatttt");
  33 is($o_usat->motif(), 'at');
  34 is($o_usat->repeats(), 15);
  35 is($o_usat->repeat_start_position, 12);