t/Tools/Est2Genome.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 61);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::Est2Genome');
  13 }
  14
  15 my $parser = Bio::Tools::Est2Genome->new(-file   => test_input_file('hs_est.est2genome'));
  16
  17 ok($parser);
  18 my $feature_set = $parser->parse_next_gene;
  19 like(ref($feature_set), qr/ARRAY/i );
  20
  21 is(scalar @$feature_set, 7);
  22 my @exons = grep { $_->primary_tag eq 'Exon' } @$feature_set;
  23 my @introns = grep { $_->primary_tag eq 'Intron' } @$feature_set;
  24
  25 my @expected_exons = ( [695,813,1,1,119,1],
  26                        [1377,1493,1,120,236,1],
  27                        [1789,1935,1,237,382,1],
  28                        [2084,2180,1,383,479,1]);
  29 my @expected_introns = ( [814,1376,1],
  30                          [1494,1788,1],
  31                          [1936,2083,1] );
  32
  33 foreach my $e ( @exons ) {
  34     my $test_e = shift @expected_exons;
  35     my $i = 0;
  36     is($e->query->start, $test_e->[$i++]);
  37     is($e->query->end, $test_e->[$i++]);
  38     is($e->query->strand, $test_e->[$i++]);
  39
  40     is($e->hit->start, $test_e->[$i++]);
  41     is($e->hit->end, $test_e->[$i++]);
  42     is($e->hit->strand, $test_e->[$i++]);
  43 }
  44 ok(! @expected_exons);
  45 foreach my $intron ( @introns ) {
  46     my $test_i = shift @expected_introns;
  47     my $i = 0;
  48     is($intron->start, $test_i->[$i++]);
  49     is($intron->end, $test_i->[$i++]);
  50     is($intron->strand, $test_i->[$i++]);
  51 }
  52 ok(! @expected_introns);
  53
  54 $parser = Bio::Tools::Est2Genome->new(-file   => test_input_file('hs_est.est2genome'));
  55
  56 ok($parser);
  57 my $gene = $parser->parse_next_gene(1);
  58 @expected_exons = ( [695,813,1,1,119,1],
  59                        [1377,1493,1,120,236,1],
  60                        [1789,1935,1,237,382,1],
  61                        [2084,2180,1,383,479,1]);
  62 @expected_introns = ( [814,1376,1],
  63                          [1494,1788,1],
  64                          [1936,2083,1] );
  65
  66 foreach my $trans($gene->transcripts){
  67    my @exons = $trans->exons;
  68    foreach my $e(@exons){
  69     my $test_e = shift @expected_exons;
  70     my $i = 0;
  71     is($e->start, $test_e->[$i++]);
  72     is($e->end, $test_e->[$i++]);
  73     is($e->strand, $test_e->[$i++]);
  74   }
  75   my @introns = $trans->introns;
  76   foreach my $intron ( @introns ) {
  77     my $test_i = shift @expected_introns;
  78     my $i = 0;
  79     is($intron->start, $test_i->[$i++]);
  80     is($intron->end, $test_i->[$i++]);
  81     is($intron->strand, $test_i->[$i++]);
  82   }
  83 }