t/Consense.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 8,
   9                            -requires_module => 'IO::String');
  10         use_ok('Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense');
  11         use_ok('Bio::AlignIO');
  12 }
  13
  14 my $verbose = test_debug();
  15
  16 my $sb_factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense->new(-verbose => $verbose);
  17
  18 SKIP: {
  19         test_skip(-requires_executable => $sb_factory,
  20              -tests => 6);
  21
  22         isa_ok($sb_factory,'Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense');
  23
  24         $sb_factory->rooted(1);
  25
  26         is $sb_factory->rooted, 1, "could not set rooted option";
  27
  28         $sb_factory->quiet($verbose);  # Suppress protpars messages to terminal
  29
  30         my $inputfilename = test_input_file("consense.treefile");
  31         my $tree = $sb_factory->run($inputfilename);
  32
  33         is $tree->number_nodes, 13;
  34
  35         my $node = $tree->find_node('CATH_RAT');
  36         is $node->branch_length, "10.0";
  37         is $node->id, 'CATH_RAT';
  38
  39         my @nodes = $tree->get_nodes;
  40
  41         is scalar(@nodes),13;
  42 }