t/Match.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 7,
   9                -requires_modules => ['Config::Any']);
  10 }
  11
  12 # setup input files etc
  13 my $seq_file = test_input_file('fasta.fa');
  14 my $mxlib = test_input_file('transfac.dat');
  15
  16 SKIP: {
  17     test_skip(-tests => 7,
  18               -requires_module => 'Bio::FeatureIO');
  19
  20     use_ok('Bio::Tools::Run::Match');
  21     my $factory = Bio::Tools::Run::Match->new(-quiet => 1,
  22                                           -mxlib => $mxlib);
  23
  24     isa_ok($factory, 'Bio::Tools::Run::Match');
  25     is $factory->mxlib, $mxlib, 'mxlib parameter was set';
  26
  27     # test default factory values
  28     is ($factory->program_dir, $ENV{'MATCHDIR'}, 'program_dir returned correct default');
  29     is ($factory->program_name(), 'match', 'Correct exe default name');
  30
  31     # test the program itself
  32     SKIP: {
  33         test_skip(-tests => 2,
  34                   -requires_module => 'Bio::FeatureIO',
  35                   -requires_executable => $factory);
  36
  37
  38         use_ok('Bio::SeqIO');
  39         my $si = Bio::SeqIO->new(-file => $seq_file, -format => 'fasta');
  40         my $seq = $si->next_seq;
  41
  42         my @results = $factory->run($seq);
  43         is @results, 246;
  44     }
  45
  46 }