t/Probcons.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4 use strict;
   5 BEGIN {
   6     use Bio::Root::Test;
   7     test_begin(-tests => 11);
   8         use_ok(' Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons');
   9         use_ok(' Bio::AlignIO');
  10         use_ok(' Bio::SeqIO');
  11 }
  12
  13 END { unlink qw(cysprot.dnd cysprot1a.dnd) }
  14
  15 my @params = ();
  16 my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons->new(@params);
  17 my $inputfilename = test_input_file('cysprot.fa');
  18 my $aln;
  19
  20 SKIP: {
  21         test_skip(-requires_executable => $factory,
  22                   -tests => 8);
  23         my $version = $factory->version;
  24         cmp_ok ($version, '>=', 1.09, "Code tested only on probcons versions > 1.09" );
  25         $aln = $factory->align($inputfilename);
  26         ok($aln);
  27         is( $aln->num_sequences, 7);
  28
  29         my $str = Bio::SeqIO->new('-file' => $inputfilename,
  30                                   '-format' => 'Fasta');
  31         my @seq_array =();
  32
  33         while ( my $seq = $str->next_seq() ) {
  34                 push (@seq_array, $seq) ;
  35         }
  36
  37         my $seq_array_ref = \@seq_array;
  38
  39         $aln = $factory->align($seq_array_ref);
  40         is $aln->num_sequences, 7;
  41         my $s1_avg_perid = $aln->average_percentage_identity;
  42         is(int($s1_avg_perid), 43);
  43         my $s1_ovl_perid = $aln->overall_percentage_identity;
  44         is(int($s1_ovl_perid), 15);
  45
  46         my ($paramsfilename) = test_output_file();
  47         my ($annotfilename) = test_output_file();
  48         my ($dummyfilename) = test_output_file();
  49         my $factory2 = Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons->new
  50                 (
  51                  'iterative-refinement'  => '1000',
  52                  'consistency'   => '5',
  53                  'emissions' => '',
  54                  'verbose' => '',
  55                  'train'   => $paramsfilename,
  56                 );
  57         $factory2->outfile_name($dummyfilename);
  58
  59         my $aln2 = $factory2->align($seq_array_ref);
  60         $aln2 = '';
  61         $factory2 = '';
  62
  63         $factory2 = Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons->new
  64                 (
  65                  'iterative-refinement'  => '1000',
  66                  'consistency'   => '5',
  67                  'annot'   => $annotfilename,
  68                  'paramfile'   => $paramsfilename,
  69                 );
  70         $factory->outfile_name($dummyfilename);
  71         $aln2 = $factory2->align($seq_array_ref);
  72         my $s2_avg_perid = $aln2->average_percentage_identity;
  73         my $s2_ovl_perid = $aln2->overall_percentage_identity;
  74         cmp_ok(int($s2_avg_perid), '>=', 42);
  75         cmp_ok(int($s2_ovl_perid), '>=', 15);
  76 }
  77
  78 END {
  79         if (-e 'iterative-refinement') {
  80                 unlink('iterative-refinement');
  81         }
  82 }