thesis.log

   1 This is pdfTeXk, Version 3.1415926-1.40.9 (Web2C 7.5.7) (format=pdflatex 2008.12.28)  8 FEB 2010 16:09
   2 entering extended mode
   3 \write18 enabled.
   4  %&-line parsing enabled.
   5 **thesis.tex
   6 (./thesis.tex
   7 LaTeX2e <2005/12/01>
   8 Babel <v3.8l> and hyphenation patterns for english, usenglishmax, dumylang, noh
   9 yphenation, german-x-2008-06-18, ngerman-x-2008-06-18, ancientgreek, ibycus, ar
  10 abic, basque, bulgarian, catalan, pinyin, coptic, croatian, czech, danish, dutc
  11 h, esperanto, estonian, farsi, finnish, french, galician, german, ngerman, mono
  12 greek, greek, hungarian, icelandic, indonesian, interlingua, irish, italian, la
  13 tin, lithuanian, mongolian, mongolian2a, bokmal, nynorsk, polish, portuguese, r
  14 omanian, russian, sanskrit, serbian, slovak, slovenian, spanish, swedish, turki
  15 sh, ukenglish, ukrainian, uppersorbian, welsh, loaded.
  16 (./phdthesis.cls
  17 Document Class: phdthesis 2001/07/18 PhD Dissertation Style
  18 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/base/book.cls
  19 Document Class: book 2005/09/16 v1.4f Standard LaTeX document class
  20 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/base/bk10.clo
  21 File: bk10.clo 2005/09/16 v1.4f Standard LaTeX file (size option)
  22 )
  23 \c@part=\count79
  24 \c@chapter=\count80
  25 \c@section=\count81
  26 \c@subsection=\count82
  27 \c@subsubsection=\count83
  28 \c@paragraph=\count84
  29 \c@subparagraph=\count85
  30 \c@figure=\count86
  31 \c@table=\count87
  32 \abovecaptionskip=\skip41
  33 \belowcaptionskip=\skip42
  34 \bibindent=\dimen102
  35 )
  36 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/graphics/epsfig.sty
  37 Package: epsfig 1999/02/16 v1.7a (e)psfig emulation (SPQR)
  38
  39 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/graphics/graphicx.sty
  40 Package: graphicx 1999/02/16 v1.0f Enhanced LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
  41
  42 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/graphics/keyval.sty
  43 Package: keyval 1999/03/16 v1.13 key=value parser (DPC)
  44 \KV@toks@=\toks14
  45 )
  46 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/graphics/graphics.sty
  47 Package: graphics 2006/02/20 v1.0o Standard LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
  48
  49 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/graphics/trig.sty
  50 Package: trig 1999/03/16 v1.09 sin cos tan (DPC)
  51 )
  52 (/usr/local/texlive/2008/texmf/tex/latex/config/graphics.cfg
  53 File: graphics.cfg 2007/01/18 v1.5 graphics configuration of teTeX/TeXLive
  54 )
  55 Package graphics Info: Driver file: pdftex.def on input line 90.
  56
  57 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/pdftex-def/pdftex.def
  58 File: pdftex.def 2008/09/08 v0.04l Graphics/color for pdfTeX
  59 \Gread@gobject=\count88
  60 ))
  61 \Gin@req@height=\dimen103
  62 \Gin@req@width=\dimen104
  63 )
  64 \epsfxsize=\dimen105
  65 \epsfysize=\dimen106
  66 )
  67 \@spacebeforechapterhead=\skip43
  68 \@spaceinchapterhead=\skip44
  69 \@spaceafterchapterhead=\skip45
  70 )
  71 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/psnfss/utopia.sty
  72 Package: utopia 2005/04/12 PSNFSS-v9.2a (P.Dyballa)
  73
  74
  75 Package utopia Warning: This package is to be regarded as obsolete.
  76 (utopia)                See the PSNFSS documentation.
  77
  78 ) (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/base/makeidx.sty
  79 Package: makeidx 2000/03/29 v1.0m Standard LaTeX package
  80 )
  81 \@indexfile=\write3
  82 \openout3 = `thesis.idx'.
  83
  84
  85 Writing index file thesis.idx
  86 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/fancyhdr/fancyheadings.sty
  87 Package: fancyheadings 2008/02/04 1.99 Dummy package to call fancyhdr
  88
  89
  90 Package fancyheadings Warning: Please stop using fancyheadings!
  91 (fancyheadings)                Use fancyhdr instead.
  92 (fancyheadings)                We will call fancyhdr with the very same
  93 (fancyheadings)                options you passed to fancyheadings.
  94 (fancyheadings)
  95 (fancyheadings)                fancyhdr is 99 percent compatible with
  96 (fancyheadings)                fancyheadings. The only incompatibility is
  97 (fancyheadings)                that \headrulewidth and \footrulewidth and
  98 (fancyheadings)                their \plain... versions are no longer length
  99 (fancyheadings)                parameters, but normal macros (to be changed
 100 (fancyheadings)                with \renewcommand rather than \setlength)..
 101
 102 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/fancyhdr/fancyhdr.sty
 103 \fancy@headwidth=\skip46
 104 \f@ncyO@elh=\skip47
 105 \f@ncyO@erh=\skip48
 106 \f@ncyO@olh=\skip49
 107 \f@ncyO@orh=\skip50
 108 \f@ncyO@elf=\skip51
 109 \f@ncyO@erf=\skip52
 110 \f@ncyO@olf=\skip53
 111 \f@ncyO@orf=\skip54
 112 ))
 113 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/amsmath/amsmath.sty
 114 Package: amsmath 2000/07/18 v2.13 AMS math features
 115 \@mathmargin=\skip55
 116
 117 For additional information on amsmath, use the `?' option.
 118 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/amsmath/amstext.sty
 119 Package: amstext 2000/06/29 v2.01
 120
 121 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/amsmath/amsgen.sty
 122 File: amsgen.sty 1999/11/30 v2.0
 123 \@emptytoks=\toks15
 124 \ex@=\dimen107
 125 ))
 126 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/amsmath/amsbsy.sty
 127 Package: amsbsy 1999/11/29 v1.2d
 128 \pmbraise@=\dimen108
 129 )
 130 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/amsmath/amsopn.sty
 131 Package: amsopn 1999/12/14 v2.01 operator names
 132 )
 133 \inf@bad=\count89
 134 LaTeX Info: Redefining \frac on input line 211.
 135 \uproot@=\count90
 136 \leftroot@=\count91
 137 LaTeX Info: Redefining \overline on input line 307.
 138 \classnum@=\count92
 139 \DOTSCASE@=\count93
 140 LaTeX Info: Redefining \ldots on input line 379.
 141 LaTeX Info: Redefining \dots on input line 382.
 142 LaTeX Info: Redefining \cdots on input line 467.
 143 \Mathstrutbox@=\box26
 144 \strutbox@=\box27
 145 \big@size=\dimen109
 146 LaTeX Font Info:    Redeclaring font encoding OML on input line 567.
 147 LaTeX Font Info:    Redeclaring font encoding OMS on input line 568.
 148 \macc@depth=\count94
 149 \c@MaxMatrixCols=\count95
 150 \dotsspace@=\muskip10
 151 \c@parentequation=\count96
 152 \dspbrk@lvl=\count97
 153 \tag@help=\toks16
 154 \row@=\count98
 155 \column@=\count99
 156 \maxfields@=\count100
 157 \andhelp@=\toks17
 158 \eqnshift@=\dimen110
 159 \alignsep@=\dimen111
 160 \tagshift@=\dimen112
 161 \tagwidth@=\dimen113
 162 \totwidth@=\dimen114
 163 \lineht@=\dimen115
 164 \@envbody=\toks18
 165 \multlinegap=\skip56
 166 \multlinetaggap=\skip57
 167 \mathdisplay@stack=\toks19
 168 LaTeX Info: Redefining \[ on input line 2666.
 169 LaTeX Info: Redefining \] on input line 2667.
 170 )
 171 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/amssymb.sty
 172 Package: amssymb 2002/01/22 v2.2d
 173
 174 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/amsfonts.sty
 175 Package: amsfonts 2001/10/25 v2.2f
 176 \symAMSa=\mathgroup4
 177 \symAMSb=\mathgroup5
 178 LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathfrak' in version `bold'
 179 (Font)                  U/euf/m/n --> U/euf/b/n on input line 132.
 180 ))
 181 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/subfigure/subfigure.sty
 182 Package: subfigure 2002/03/15 v2.1.5 subfigure package
 183 \subfigtopskip=\skip58
 184 \subfigcapskip=\skip59
 185 \subfigcaptopadj=\dimen116
 186 \subfigbottomskip=\skip60
 187 \subfigcapmargin=\dimen117
 188 \subfiglabelskip=\skip61
 189 \c@subfigure=\count101
 190 \c@lofdepth=\count102
 191 \c@subtable=\count103
 192 \c@lotdepth=\count104
 193
 194 ****************************************
 195 * Local config file subfigure.cfg used *
 196 ****************************************
 197 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/subfigure/subfigure.cfg)
 198 \subfig@top=\skip62
 199 \subfig@bottom=\skip63
 200 )
 201 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/float/float.sty
 202 Package: float 2001/11/08 v1.3d Float enhancements (AL)
 203 \c@float@type=\count105
 204 \float@exts=\toks20
 205 \float@box=\box28
 206 \@float@everytoks=\toks21
 207 \@floatcapt=\box29
 208 )
 209 (./Stylefiles/here.sty)
 210 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/harvard/harvard.sty
 211 Package: harvard
 212
 213 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/base/ifthen.sty
 214 Package: ifthen 2001/05/26 v1.1c Standard LaTeX ifthen package (DPC)
 215 ))
 216 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/rotating/rotating.sty
 217 Package: rotating 2008/10/05 v2.15c rotated objects in LaTeX
 218 \c@r@tfl@t=\count106
 219 \rotFPtop=\skip64
 220 \rotFPbot=\skip65
 221 \rot@float@box=\box30
 222 \rot@mess@toks=\toks22
 223 )
 224 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/multirow/multirow.sty
 225 \bigstrutjot=\dimen118
 226 )
 227 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/comment/comment.sty
 228 \CommentStream=\write4
 229
 230 Excluding comment 'comment') (./Stylefiles/captionhack.sty)
 231 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/epigraph/epigraph.sty
 232 Package: epigraph 2002/10/22 v1.5a typesetting epigraphs
 233 \beforeepigraphskip=\skip66
 234 \afterepigraphskip=\skip67
 235 \epigraphwidth=\skip68
 236 \epigraphrule=\skip69
 237 )
 238 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/hyperref/hyperref.sty
 239 Package: hyperref 2008/12/26 v6.78n Hypertext links for LaTeX
 240
 241 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/ifpdf.sty
 242 Package: ifpdf 2007/12/12 v1.6 Provides the ifpdf switch (HO)
 243 Package ifpdf Info: pdfTeX in pdf mode detected.
 244 )
 245 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/ifvtex.sty
 246 Package: ifvtex 2008/11/04 v1.4 Switches for detecting VTeX and its modes (HO)
 247 Package ifvtex Info: VTeX not detected.
 248 )
 249 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/generic/ifxetex/ifxetex.sty
 250 Package: ifxetex 2008/09/18 v0.4 Provides ifxetex conditional
 251 )
 252 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/hycolor.sty
 253 Package: hycolor 2008/09/08 v1.4 Code for color options of hyperref/bookmark (H
 254 O)
 255
 256 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/xcolor-patch.sty
 257 Package: xcolor-patch 2008/09/08 xcolor patch
 258 ))
 259 \@linkdim=\dimen119
 260 \Hy@linkcounter=\count107
 261 \Hy@pagecounter=\count108
 262
 263 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/hyperref/pd1enc.def
 264 File: pd1enc.def 2008/12/26 v6.78n Hyperref: PDFDocEncoding definition (HO)
 265 )
 266 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/etexcmds.sty
 267 Package: etexcmds 2007/12/12 v1.2 Prefix for e-TeX command names (HO)
 268
 269 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/infwarerr.sty
 270 Package: infwarerr 2007/09/09 v1.2 Providing info/warning/message (HO)
 271 )
 272 Package etexcmds Info: Could not find \expanded.
 273 (etexcmds)             That can mean that you are not using pdfTeX 1.50 or
 274 (etexcmds)             that some package has redefined \expanded.
 275 (etexcmds)             In the latter case, load this package earlier.
 276 )
 277 (/usr/local/texlive/2008/texmf/tex/latex/config/hyperref.cfg
 278 File: hyperref.cfg 2002/06/06 v1.2 hyperref configuration of TeXLive
 279 )
 280 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/kvoptions.sty
 281 Package: kvoptions 2007/10/18 v3.0 Keyval support for LaTeX options (HO)
 282 )
 283 Package hyperref Info: Option `colorlinks' set `true' on input line 2796.
 284 Package hyperref Info: Hyper figures OFF on input line 2907.
 285 Package hyperref Info: Link nesting OFF on input line 2912.
 286 Package hyperref Info: Hyper index ON on input line 2915.
 287 Package hyperref Info: Plain pages OFF on input line 2922.
 288 Package hyperref Info: Backreferencing OFF on input line 2927.
 289
 290 Implicit mode ON; LaTeX internals redefined
 291 Package hyperref Info: Bookmarks ON on input line 3117.
 292 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/ltxmisc/url.sty
 293 \Urlmuskip=\muskip11
 294 Package: url 2006/04/12  ver 3.3  Verb mode for urls, etc.
 295 )
 296 LaTeX Info: Redefining \url on input line 3354.
 297
 298 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/bitset.sty
 299 Package: bitset 2007/09/28 v1.0 Data type bit set (HO)
 300
 301 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/intcalc.sty
 302 Package: intcalc 2007/09/27 v1.1 Expandable integer calculations (HO)
 303 )
 304 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/bigintcalc.sty
 305 Package: bigintcalc 2007/11/11 v1.1 Expandable big integer calculations (HO)
 306
 307 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/pdftexcmds.sty
 308 Package: pdftexcmds 2007/12/12 v0.3 LuaTeX support for pdfTeX utility functions
 309  (HO)
 310 Package pdftexcmds Info: LuaTeX not detected on input line 139.
 311 )))
 312 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/kvsetkeys.sty
 313 Package: kvsetkeys 2007/09/29 v1.3 Key value parser with default handler suppor
 314 t (HO)
 315 )
 316 \Fld@menulength=\count109
 317 \Field@Width=\dimen120
 318 \Fld@charsize=\dimen121
 319 \Field@toks=\toks23
 320 Package hyperref Info: Hyper figures OFF on input line 4271.
 321 Package hyperref Info: Link nesting OFF on input line 4276.
 322 Package hyperref Info: Hyper index ON on input line 4279.
 323 Package hyperref Info: backreferencing OFF on input line 4286.
 324 Package hyperref Info: Link coloring ON on input line 4289.
 325 Package hyperref Info: Link coloring with OCG OFF on input line 4296.
 326 Package hyperref Info: PDF/A mode OFF on input line 4301.
 327
 328 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/atbegshi.sty
 329 Package: atbegshi 2008/07/31 v1.9 At begin shipout hook (HO)
 330 )
 331 \Hy@abspage=\count110
 332 \c@Item=\count111
 333 \c@Hfootnote=\count112
 334 )
 335
 336 Package hyperref Warning: Wrong driver `hdvips.def';
 337 (hyperref)                pdfTeX is running in PDF mode.
 338 (hyperref)                Forcing driver `hpdftex.def'.
 339
 340 *hyperref using driver hpdftex*
 341 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/hyperref/hpdftex.def
 342 File: hpdftex.def 2008/12/26 v6.78n Hyperref driver for pdfTeX
 343 \Fld@listcount=\count113
 344 )
 345 Package hyperref Info: Option `bookmarksnumbered' set `true' on input line 64.
 346
 347 Dissertation
 348
 349 LaTeX Warning: Unused global option(s):
 350     [makeidx].
 351
 352 (./thesis.aux (./Thesis.Cover/cover.aux) (./thesis_front.aux)
 353 (./thesis_dedication.aux) (./Acknowledgments/Thesis.Acknowledgements.aux)
 354 (./Ag.Cu-System/Introduction/Ag.Cu.Introduction.aux))
 355 \openout1 = `thesis.aux'.
 356
 357 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OML/cmm/m/it on input line 96.
 358 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 96.
 359 LaTeX Font Info:    Checking defaults for T1/cmr/m/n on input line 96.
 360 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 96.
 361 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OT1/cmr/m/n on input line 96.
 362 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 96.
 363 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMS/cmsy/m/n on input line 96.
 364 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 96.
 365 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMX/cmex/m/n on input line 96.
 366 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 96.
 367 LaTeX Font Info:    Checking defaults for U/cmr/m/n on input line 96.
 368 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 96.
 369 LaTeX Font Info:    Checking defaults for PD1/pdf/m/n on input line 96.
 370 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 96.
 371 LaTeX Font Info:    Try loading font information for OT1+put on input line 96.
 372
 373 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/psnfss/ot1put.fd
 374 File: ot1put.fd 2001/06/04 font definitions for OT1/put.
 375 )
 376 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/context/base/supp-pdf.tex
 377 [Loading MPS to PDF converter (version 2006.09.02).]
 378 \scratchcounter=\count114
 379 \scratchdimen=\dimen122
 380 \scratchbox=\box31
 381 \nofMPsegments=\count115
 382 \nofMParguments=\count116
 383 \everyMPshowfont=\toks24
 384 \MPscratchCnt=\count117
 385 \MPscratchDim=\dimen123
 386 \MPnumerator=\count118
 387 \everyMPtoPDFconversion=\toks25
 388 ) (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/graphics/color.sty
 389 Package: color 2005/11/14 v1.0j Standard LaTeX Color (DPC)
 390
 391 (/usr/local/texlive/2008/texmf/tex/latex/config/color.cfg
 392 File: color.cfg 2007/01/18 v1.5 color configuration of teTeX/TeXLive
 393 )
 394 Package color Info: Driver file: pdftex.def on input line 130.
 395 )
 396 Package hyperref Info: Link coloring ON on input line 96.
 397
 398 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/hyperref/nameref.sty
 399 Package: nameref 2007/05/29 v2.31 Cross-referencing by name of section
 400
 401 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/refcount.sty
 402 Package: refcount 2008/08/11 v3.1 Data extraction from references (HO)
 403 )
 404 \c@section@level=\count119
 405 )
 406 LaTeX Info: Redefining \ref on input line 96.
 407 LaTeX Info: Redefining \pageref on input line 96.
 408
 409 (./thesis.out) (./thesis.out)
 410 \@outlinefile=\write5
 411 \openout5 = `thesis.out'.
 412
 413 \AtBeginShipoutBox=\box32
 414 Package hyperref Info: *** compatibility with harvard ****  on input line 96.
 415 \openout2 = `./Thesis.Cover/cover.aux'.
 416
 417  (./Thesis.Cover/cover.tex
 418 \centeroffset=\skip70
 419
 420 <./Thesis.Cover/logo.jpg, id=26, 298.86656pt x 361.35pt>
 421 File: ./Thesis.Cover/logo.jpg Graphic file (type jpg)
 422
 423 <use ./Thesis.Cover/logo.jpg>
 424 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 43--43
 425
 426  []
 427
 428 LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+msa on input line 43.
 429 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/umsa.fd
 430 File: umsa.fd 2002/01/19 v2.2g AMS font definitions
 431 )
 432 LaTeX Font Info:    Try loading font information for U+msb on input line 43.
 433
 434 (/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/umsb.fd
 435 File: umsb.fd 2002/01/19 v2.2g AMS font definitions
 436 ) [1
 437
 438
 439 {/usr/local/texlive/2008/texmf-var/fonts/map/pdftex/updmap/pdftex.map} <./Thesi
 440 s.Cover/logo.jpg>]) [2]
 441 \openout2 = `thesis_front.aux'.
 442
 443  (./thesis_front.tex
 444
 445 LaTeX Font Warning: Font shape `OT1/cmss/b/n' undefined
 446 (Font)              using `OT1/cmss/m/n' instead on input line 6.
 447
 448 ) [3
 449
 450
 451 ]
 452 \openout2 = `thesis_dedication.aux'.
 453
 454
 455 No file thesis_dedication.tex.
 456 [4
 457
 458
 459
 460
 461 ] (./thesis.toc)
 462 \tf@toc=\write6
 463 \openout6 = `thesis.toc'.
 464
 465  [5
 466
 467 ] [6
 468
 469 ]
 470 \openout2 = `./Acknowledgments/Thesis.Acknowledgements.aux'.
 471
 472  (./Acknowledgments/Thesis.Acknowledgements.tex)
 473 [7
 474
 475
 476 ] [8
 477
 478
 479 ] [1]
 480 \openout2 = `./Ag.Cu-System/Introduction/Ag.Cu.Introduction.aux'.
 481
 482  (./Ag.Cu-System/Introduction/Ag.Cu.Introduction.tex [2
 483
 484
 485 ]
 486 Chapter 1.
 487
 488 LaTeX Warning: Citation 'Hubel62' on page 3 undefined on input line 42.
 489
 490
 491 LaTeX Warning: Citation 'Hubel74' on page 3 undefined on input line 42.
 492
 493 [3]
 494
 495 LaTeX Warning: Citation 'Daugman80' on page 4 undefined on input line 50.
 496
 497
 498 LaTeX Warning: Citation 'Daugman85' on page 4 undefined on input line 50.
 499
 500
 501 <./Ag.Cu-System/Introduction/png/tobin-blakemore.png, id=82, 125.5089pt x 115.3
 502 911pt>
 503 File: ./Ag.Cu-System/Introduction/png/tobin-blakemore.png Graphic file (type pn
 504 g)
 505  <use ./Ag.Cu-System/Introduction/png/tobin-blakemore.png>
 506
 507 LaTeX Warning: Reference `Fig:Images' on page 4 undefined on input line 95.
 508
 509
 510 LaTeX Warning: Reference `Fig:Images' on page 4 undefined on input line 95.
 511
 512 ) [4 <./Ag.Cu-System/Introduction/png/tobin-blakemore.png (PNG copy)>] [5]
 513 [6
 514
 515
 516 ]
 517 No file thesis.bbl.
 518 No file thesis.ind.
 519 (./thesis.aux (./Thesis.Cover/cover.aux) (./thesis_front.aux)
 520 (./thesis_dedication.aux) (./Acknowledgments/Thesis.Acknowledgements.aux)
 521 (./Ag.Cu-System/Introduction/Ag.Cu.Introduction.aux))
 522
 523 LaTeX Font Warning: Some font shapes were not available, defaults substituted.
 524
 525
 526 LaTeX Warning: There were undefined references.
 527
 528  )
 529 Here is how much of TeX's memory you used:
 530  5910 strings out of 493876
 531  83640 string characters out of 1150567
 532  157661 words of memory out of 3000000
 533  8964 multiletter control sequences out of 10000+50000
 534  64510 words of font info for 71 fonts, out of 3000000 for 5000
 535  714 hyphenation exceptions out of 8191
 536  39i,11n,45p,1304b,332s stack positions out of 5000i,500n,10000p,200000b,50000s
 537 {/usr/local/texlive/2008/texmf-dist/fonts/enc/dvips/base/8r.enc}</usr/local/t
 538 exlive/2008/texmf-dist/fonts/type1/bluesky/cm/cmmi8.pfb></usr/local/texlive/200
 539 8/texmf-dist/fonts/type1/bluesky/cm/cmr8.pfb></usr/local/texlive/2008/texmf-dis
 540 t/fonts/type1/bluesky/cm/cmss12.pfb></usr/local/texlive/2008/texmf-dist/fonts/t
 541 ype1/adobe/utopia/putb8a.pfb></usr/local/texlive/2008/texmf-dist/fonts/type1/ad
 542 obe/utopia/putr8a.pfb></usr/local/texlive/2008/texmf-dist/fonts/type1/adobe/uto
 543 pia/putri8a.pfb>
 544 Output written on thesis.pdf (14 pages, 122742 bytes).
 545 PDF statistics:
 546  128 PDF objects out of 1000 (max. 8388607)
 547  23 named destinations out of 1000 (max. 131072)
 548  63 words of extra memory for PDF output out of 10000 (max. 10000000)
 549