little_helpers/tikz/Pd_oxide4.tikz

   1 \begin{tikzpicture}
   2
   3 \pgftransformscale{.6}
   4 \pgftransformrotate{-90}
   5
   6 %Legend
   7
   8 \draw (10.3,6.2) node {Surface Pd:};
   9 \shade[ball color=green, fill opacity = .5] (10.3, 8.4 )   circle(6mm);
  10
  11 \draw(10.3,11.8) node {Oxygen:};
  12 \shade[ball color=red, fill opacity = .5] (10.3, 13.4)circle(4mm);
  13
  14 \draw (12.0,6.2) node {Pd(100) hollow:};
  15 \shade[ball color=black!20] (12.0 , 8.4) circle(2mm);
  16
  17 \draw (12.0,11.2) node {Pd(100) bridge:};
  18 \draw (12.0,13.4) node[fill=black!20]{};
  19
  20 \draw(1,5)rectangle(9.5,14);
  21 \clip(1,5)rectangle(9.5,14);
  22
  23 \pgftransformshift{\pgfpoint{1.5cm}{-1cm}}
  24
  25 \foreach \x in {-2,...,2}{
  26   \foreach \y in {-2,...,2}{
  27     %***Definition of coordinates***
  28     %Pd(100) hollow sites
  29     \node(h1) at (6.296+\x*6.296+0.34408790508233,6.296+\y*6.296+0.926618296945){};
  30     \node(h2) at (\x*6.296+ 1.59113049268837, \y*6.296+ 3.43780332375807) {};
  31     \node(h3) at (\x*6.296+ 2.84574797953539, \y*6.296+ 5.96310098461172) {};
  32     \node(h4) at (\x*6.296+ 4.10464369172027, 6.296+\y*6.296+2.21435558239077) {};
  33     \node(h5) at (\x*6.296+ 5.31053190835417, \y*6.296+ 4.75473569641011) {};
  34
  35
  36     %Oxide Pd
  37     \node(Pd1) at (\x*6.296+3.2310128485632, \y*6.296+6.2328684774094 ){}  ;
  38     \node(Pd2) at (\x*6.296+0.0867943321959671,\y*6.296+6.25895314440737){};
  39     \node(Pd3) at (\x*6.296+1.65525977156214, \y*6.296+3.23429832279509){} ;
  40     \node(Pd4) at (\x*6.296+4.78666152813302, \y*6.296+3.18465154488858){} ;
  41
  42     \node(Pd3p10) at (6.296+\x*6.296+1.65525977156214, \y*6.296+3.23429832279509){} ;
  43
  44
  45     \node(Pd2p01) at (\x*6.296+0.0867943321959671,6.296+\y*6.296+6.25895314440737){};
  46     \node(Pd2p10) at (6.296+\x*6.296+0.0867943321959671,\y*6.296+6.25895314440737){};
  47
  48     %Oxide Oxygen
  49     \node(O1) at (\x*6.296+1.64973919642545, \y*6.296+5.06314831724067){} ;
  50     \node(O2) at (\x*6.296+4.81706394091531, \y*6.296+5.04027686526835){} ;
  51     \node(O3) at (\x*6.296+1.67703227863746, \y*6.296+1.22762720073791){} ;
  52     \node(O4) at (\x*6.296+4.78808503194601, \y*6.296+1.1931186262743 ){} ;
  53
  54     %"Periodic boundary condition" points
  55     \node(Pd2p01) at (Pd2)[right=6.296cm]{};
  56     \node(Pd2p10) at (Pd2)[below=6.296cm]{};
  57     \node(h1p01) at (h1)[right=6.296cm]{};
  58     \node(h1p10) at (h1)[below=6.296cm]{};
  59     \node(h2p01) at (\x*6.296+ 1.59113049268837, 6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  60     \node(h2p10) at (6.292+\x*6.296+ 1.59113049268837, 0*6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  61     \node(h2p12) at (2*6.296+\x*6.296+ 1.59113049268837, -6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  62     \node(h2p11) at (1*6.296+\x*6.296+ 1.59113049268837, 6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  63     \node(h5p01) at (\x*6.296+ 5.31053190835417, 6.296+\y*6.296+ 4.75473569641011 ) {};
  64     \node(h3p10) at (6.296+\x*6.296+ 2.84574797953539, \y*6.296+ 5.96310098461172 ) {};
  65
  66
  67     %***Visible Objects***
  68
  69     %-1 substrate layer, i.e. Pd(100) hollow sites
  70     \foreach \i in {1,...,5}{
  71       \shade[ball color=black!20] (h\i) circle(2mm);
  72     }
  73     %Pd(100) Bridge positions
  74     \foreach \from/\to in {h2/h3,h3/h5,h3/h4,h4/h1,h5/h1,h1/h2p11,h4/h5p01,h1/h3p10,h2p01/h4,h2p10/h5}{
  75       \draw[draw=none] (\from) --(\to) node[midway, fill=black!20]{};
  76       %Debug label
  77         %\draw[draw=none] (\from) --(\to) node[midway, fill=black!20]{\from-\to};
  78     }
  79     \begin{scope}[fill opacity = .5]
  80     \foreach \i in {1,...,4}{
  81         %surface Pd
  82         \shade[ball color=green] (Pd\i) circle(6mm);
  83     }
  84     \foreach \i in {1,...,4}{
  85       %oxygen
  86         \shade[ball color=red] (O\i) circle (4mm);
  87     }
  88     \end{scope}
  89     %Oxygen labels
  90       \draw(O1) node {top-B};
  91       \draw(O2) node {top-A};
  92       \draw(O3) node {bottom-B};
  93       \draw(O4) node {bottom-A};
  94
  95     %p.u.c. boundaries
  96     \draw [dotted] (h1)--(h1p01);
  97     \draw [dotted] (h1)--(h1p10);
  98     %%Debug labels
  99     \foreach \i in {1,...,5}{
 100       %\draw(h\i) node {h\i};
 101     }
 102     \foreach \i in {1,...,4}{
 103       %\draw(O\i) node {O\i};
 104       %\draw(O\i) node {O};
 105       %\draw(Pd\i) node {Pd\i};
 106     }
 107   }
 108 }
 109 \end{tikzpicture}