little_helpers/tikz/pd100-lattice.tikz

   1 \begin{tikzpicture}
   2
   3 \pgftransformscale{.72}
   4
   5
   6
   7 %Legend
   8 \pgftransformrotate{-90}
   9 %\draw(11.5,3.0) rectangle (10.1,16);
  10
  11 %\draw(10.8,13) node {p.u.c. boundary};
  12 %\draw[line width=2pt] (10.8,14.6)--(10.8,15.6);
  13
  14 \draw(10.8,5) node {Pd(100) bridge:};
  15 \draw[very thick]  (10.8,7.5)node[fill=black]{};
  16
  17 %\draw(10.8,9) node {new lattice:};
  18 %\draw[very thick, dashed] (10.8,10.2)--(-1.6,11.2);
  19
  20 \draw (10.8,12) node {Pd(100) hollow site:};
  21 \shade[ball color=black] (10.8 , 15.1 ) circle(2mm);
  22
  23 %\draw (10.8,9) node {Surface Pd:};
  24 %\shade[ball color=green, fill opacity = .3] (10.8, 10.7 )   circle(6mm);
  25
  26 %\draw(10.8,14) node {Oxygen:};
  27 %\shade[ball color=red, fill opacity = .3] (10.8,15.1)circle(4mm);
  28
  29
  30 \draw(0,3)rectangle(10,16);
  31 \clip(0,3)rectangle(10,16);
  32 \pgftransformshift{\pgfpoint{1.5cm}{-1cm}}
  33
  34
  35
  36
  37 \foreach \x in {-2,...,2}{
  38   \foreach \y in {-2,...,2}{
  39     %***Definition of coordinates***
  40     %Pd(100) hollow sites
  41     \node(h1) at (6.296+ \x*6.296+ 0.344087905082336,6.296+ \y*6.296+ 0.926618296945273) {};
  42     \node(h2) at (\x*6.296+ 1.59113049268837, \y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  43     \node(h3) at (\x*6.296+ 2.84574797953539, \y*6.296+ 5.96310098461172 ) {};
  44     \node(h4) at (\x*6.296+ 4.10464369172027, 6.296+ \y*6.296+ 2.21435558239077 ) {};
  45     \node(h5) at (\x*6.296+ 5.31053190835417, \y*6.296+ 4.75473569641011 ) {};
  46
  47     %PBC Coordinates
  48     \node(h1p01) at (h1)[right=6.296cm]{};
  49     \node(h1p10) at (h1)[below=6.296cm]{};
  50     \node(h2p21) at (6.296+\x*6.296+ 1.59113049268837, 2*6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  51     \node(h2p01) at (\x*6.296+ 1.59113049268837, 6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  52     \node(h2p10) at (6.292+\x*6.296+ 1.59113049268837, 0*6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  53     \node(h2p12) at (2*6.296+\x*6.296+ 1.59113049268837, -6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  54     \node(h2p11) at (1*6.296+\x*6.296+ 1.59113049268837, 6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  55     \node(h2p10) at (\x*6.296+ 1.59113049268837, 6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  56     \node(h2p01) at (6.296+\x*6.296+ 1.59113049268837, \y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  57     \node(h5p01) at (\x*6.296+ 5.31053190835417, 6.296+\y*6.296+ 4.75473569641011 ) {};
  58     \node(h3p10) at (6.296+\x*6.296+ 2.84574797953539, \y*6.296+ 5.96310098461172 ) {};
  59
  60     %Oxide Pd
  61     \node(Pd1) at (\x*6.296+3.2310128485632, \y*6.296+6.2328684774094 ){}  ;
  62     \node(Pd2) at (\x*6.296+0.0867943321959671,\y*6.296+6.25895314440737){};
  63     \node(Pd3) at (\x*6.296+1.65525977156214, \y*6.296+3.23429832279509){} ;
  64     \node(Pd4) at (\x*6.296+4.78666152813302, \y*6.296+3.18465154488858){} ;
  65
  66     \node(Pd3p10) at (6.296+\x*6.296+1.65525977156214, \y*6.296+3.23429832279509){} ;
  67
  68
  69     \node(Pd2p01) at (\x*6.296+0.0867943321959671,6.296+\y*6.296+6.25895314440737){};
  70     \node(Pd2p10) at (6.296+\x*6.296+0.0867943321959671,\y*6.296+6.25895314440737){};
  71
  72     %Oxide Oxygen
  73     \node(O1) at (\x*6.296+1.64973919642545, \y*6.296+5.06314831724067){} ;
  74     \node(O2) at (\x*6.296+4.81706394091531, \y*6.296+5.04027686526835){} ;
  75     \node(O3) at (\x*6.296+1.67703227863746, \y*6.296+1.22762720073791){} ;
  76     \node(O4) at (\x*6.296+4.78808503194601, \y*6.296+1.1931186262743 ){} ;
  77
  78     %***Visible Objects***
  79     %Oxide Bridge positions
  80     \foreach \from/\to in {Pd3/Pd4,Pd4/Pd3p10}{
  81       %\draw[draw=none](\from)--(\to) node[midway, fill=black!20]{bridge};
  82     }
  83
  84     %Pd(100) Bridge positions
  85     \foreach \from/\to in {h2/h3,h3/h5,h3/h4,h4/h1,h5/h1,h1/h2p11,h4/h5p01,h1/h3p10,h2p10/h4,h2p01/h5}{
  86       \draw[draw=none] (\from) --(\to) node[midway, fill=black]{};
  87       %Debug label
  88         %\draw[draw=none] (\from) --(\to) node[midway, fill=black!20]{\from-\to};
  89     }
  90
  91     %-1 substrate layer
  92     \foreach \i in {1,...,5}{
  93       \shade[ball color=black] (h\i) circle(2mm);
  94     }
  95     \foreach \i in {1,...,4}{
  96       \begin{scope}[fill opacity = .5]
  97         %surface Pd
  98         %\shade[ball color=green] (Pd\i) circle(6mm);
  99       %oxygen
 100         %\shade[ball color=red] (O\i) circle (4mm);
 101         \end{scope}
 102     }
 103     %-1 substrate grid/hollow-lattice
 104       \draw[very thick] (h2)--(h2p21);
 105     \draw[very thick] (h2)--(h2p12);
 106     %p.u.c. boundaries
 107       \draw [dotted] (h1)--(h1p01);
 108     \draw [dotted] (h1)--(h1p10);
 109     %%Debug labels
 110     \foreach \i in {1,...,5}{
 111       %\draw(h\i) node {h\i};
 112     }
 113     \foreach \i in {1,...,4}{
 114       %\draw(O\i) node {O\i};
 115       %\draw(O\i) node {O};
 116       %\draw(Pd\i) node {Pd\i};
 117     }
 118
 119   }
 120 }
 121
 122 \end{tikzpicture}