little_helpers/tikz/initial_co.tikz

   1 \begin{tikzpicture}
   2
   3 \pgftransformscale{.72}
   4 \pgftransformrotate{-90}
   5
   6
   7 %Legend
   8
   9 \draw (10.3,6.2) node {Surface Pd:};
  10 \shade[ball color=green, fill opacity = .5] (10.3, 8.4 )   circle(6mm);
  11
  12 \draw(10.3,11.8) node {Oxygen:};
  13 \shade[ball color=red, fill opacity = .5] (10.3, 13.4)circle(4mm);
  14
  15 \draw (12.0,6.2) node {Pd(100) hollow:};
  16 \shade[ball color=black!20] (12.0 , 8.4) circle(2mm);
  17
  18 \draw (12.0,11.2) node {Pd(100) bridge:};
  19 \draw (12.0,13.4) node[fill=black!20]{};
  20
  21
  22
  23 \draw(1,5)rectangle(9.5,14);
  24 \clip(1,5)rectangle(9.5,14);
  25 \pgftransformshift{\pgfpoint{2cm}{0cm}}
  26
  27
  28 \foreach \x in {-1,...,1}{
  29   \foreach \y in {-1,...,2}{
  30     %***Definition of coordinates***
  31     %Pd(100) hollow sites
  32     \node(h1) at (6.296+ \x*6.296+ 0.344087905082336,6.296+ \y*6.296+ 0.926618296945273) {};
  33     \node(h2) at (\x*6.296+ 1.59113049268837, \y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  34     \node(h3) at (\x*6.296+ 2.84574797953539, \y*6.296+ 5.96310098461172 ) {};
  35     \node(h4) at (\x*6.296+ 4.10464369172027, 6.296+ \y*6.296+ 2.21435558239077 ) {};
  36     \node(h5) at (\x*6.296+ 5.31053190835417, \y*6.296+ 4.75473569641011 ) {};
  37
  38
  39
  40     %Oxide Pd
  41     \node(Pd1) at (\x*6.296+3.2310128485632, \y*6.296+6.2328684774094 ){}  ;
  42     \node(Pd2) at (\x*6.296+0.0867943321959671,\y*6.296+6.25895314440737){};
  43     \node(Pd3) at (\x*6.296+1.65525977156214, \y*6.296+3.23429832279509){} ;
  44     \node(Pd4) at (\x*6.296+4.78666152813302, \y*6.296+3.18465154488858){} ;
  45
  46     \node(Pd3p10) at (6.296+\x*6.296+1.65525977156214, \y*6.296+3.23429832279509){} ;
  47
  48
  49     \node(Pd2p01) at (\x*6.296+0.0867943321959671,6.296+\y*6.296+6.25895314440737){};
  50     \node(Pd2p10) at (6.296+\x*6.296+0.0867943321959671,\y*6.296+6.25895314440737){};
  51
  52     %bridge CO
  53     %note the special syntax to create a node .5 of the line between to existing nodes!
  54     \node[outer sep=2.2mm] (bridgeCO1) at  ($(Pd3)!.5!(Pd4)$){};
  55     \node[outer sep=2.2mm] (bridgeCO2) at  ($(Pd3p10)!.5!(Pd4)$){};
  56
  57     %Oxide Oxygen
  58     \node[outer sep=1mm](O1) at (\x*6.296+1.64973919642545, \y*6.296+5.06314831724067){} ;
  59     \node[outer sep=1mm](O2) at (\x*6.296+4.81706394091531, \y*6.296+5.04027686526835){} ;
  60     \node[outer sep=1mm](O3) at (\x*6.296+1.67703227863746, \y*6.296+1.22762720073791){} ;
  61     \node[outer sep=1mm](O4) at (\x*6.296+4.78808503194601, \y*6.296+1.1931186262743 ){} ;
  62
  63     %PBC Coordinates
  64     \node(h2p21) at (6.296+\x*6.296+ 1.59113049268837, 2*6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  65     \node(h2p01) at (\x*6.296+ 1.59113049268837, 6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  66     \node(h2p10) at (6.292+\x*6.296+ 1.59113049268837, 0*6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  67     \node(h2p12) at (2*6.296+\x*6.296+ 1.59113049268837, -6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  68     \node(h2p11) at (1*6.296+\x*6.296+ 1.59113049268837, 6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  69     \node(h2p10) at (\x*6.296+ 1.59113049268837, 6.296+\y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  70     \node(h2p01) at (6.296+\x*6.296+ 1.59113049268837, \y*6.296+ 3.43780332375807 ) {};
  71     \node(h5p01) at (\x*6.296+ 5.31053190835417, 6.296+\y*6.296+ 4.75473569641011 ) {};
  72     \node(h3p10) at (6.296+\x*6.296+ 2.84574797953539, \y*6.296+ 5.96310098461172 ) {};
  73     \node(O1p01)[outer sep=2mm] at (O1)[below=6.296*.72cm]{};
  74     \node(O3p01)[outer sep=2mm] at (O3)[below=6.296*.72cm]{};
  75
  76     %***Visible Objects***
  77     %Oxide Bridge positions
  78     \foreach \from/\to in {Pd3/Pd4,Pd4/Pd3p10}{
  79       %\draw[draw=none](\from)--(\to) node[midway, fill=black!20]{bridge};
  80     }
  81
  82     %Pd(100) Bridge positions
  83     \foreach \from/\to in {h2/h3,h3/h5,h3/h4,h4/h1,h5/h1,h1/h2p11,h4/h5p01,h1/h3p10,h2p10/h4,h2p01/h5}{
  84       %\draw[draw=none] (\from) --(\to) node[midway, fill=black]{};
  85       %Debug label
  86         %\draw[draw=none] (\from) --(\to) node[midway, fill=black!20]{\from-\to};
  87     }
  88
  89     %CO on bridge
  90     \foreach \i in {1,2}{
  91     \shade[ball color=blue!40] (bridgeCO\i) circle(6mm);
  92     \draw(bridgeCO\i) node {CO};
  93     }
  94
  95     %-1 substrate layer, i.e. Pd(100) hollow sites
  96     \foreach \i in {1,...,5}{
  97       \shade[ball color=black!20] (h\i) circle(2mm);
  98     }
  99     %Pd(100) Bridge positions
 100     \foreach \from/\to in {h2/h3,h3/h5,h3/h4,h4/h1,h5/h1,h1/h2p11,h4/h5p01,h1/h3p10,h2p01/h4,h2p10/h5}{
 101       \draw[draw=none] (\from) --(\to) node[midway, fill=black!20]{};
 102       %Debug label
 103         %\draw[draw=none] (\from) --(\to) node[midway, fill=black!20]{\from-\to};
 104     }
 105     \foreach \i/\name in {1/top-B,2/top-A,3/bottom-B,4/bottom-A}{
 106       \begin{scope}[fill opacity = .5]
 107         %surface Pd
 108         \shade[ball color=green] (Pd\i) circle(6mm);
 109       %oxygen
 110         \end{scope}
 111       \draw[<->,decorate, decoration={snake,amplitude=.6mm, segment length=4mm,post length=.5mm, pre length=.5mm}](bridgeCO1)-- (O\i)
 112       {};
 113       \shade[ball color=red] (O\i) circle (4mm);
 114       \draw(O\i) node {\name};
 115     }
 116       \draw[<->,decorate, decoration={snake,amplitude=.6mm, segment length=4mm,post length=.5mm, pre length=.5mm}](bridgeCO2)-- (O1p01){};
 117       \draw[<->,decorate, decoration={snake,amplitude=.6mm, segment length=4mm,post length=.5mm, pre length=.5mm}](bridgeCO2)-- (O3p01){};
 118       \draw[<->,decorate, decoration={snake,amplitude=.6mm, segment length=4mm,post length=.5mm, pre length=.5mm}](bridgeCO2)-- (O2){};
 119       \draw[<->,decorate, decoration={snake,amplitude=.6mm, segment length=4mm,post length=.5mm, pre length=.5mm}](bridgeCO2)-- (O4){};
 120     %-1 substrate grid/hollow-lattice
 121       %\draw[very thick] (h2)--(h2p21);
 122     %\draw[very thick] (h2)--(h2p12);
 123     %p.u.c. boundaries
 124       \draw [dotted] (Pd2)--(Pd2p01);
 125     \draw [dotted] (Pd2)--(Pd2p10);
 126     %%Debug labels
 127     \foreach \i in {1,...,5}{
 128       %\draw(h\i) node {h\i};
 129     }
 130     \foreach \i in {1,...,4}{
 131       %\draw(O\i) node {O\i};
 132       %\draw(O\i) node {O\i};
 133       %\draw(Pd\i) node {Pd\i};
 134     }
 135
 136   }
 137 }
 138
 139 \end{tikzpicture}
 140