t/CXGN/Map/test_centromere_stuff.t

   1 use strict;
   2 use warnings;
   3 use Test::More;
   4 use CXGN::Map;
   5 use CXGN::DB::Connection;
   6
   7 my $db   = CXGN::DB::Connection->new();
   8 my $map  = CXGN::Map->new($db, { map_id => 9 } );
   9 my $map2 = CXGN::Map->new($db, { map_id  =>5 });
  10
  11 my $num_tests = $map->get_chr_names() + $map2->get_chr_names() - 1;
  12 plan( tests => $num_tests );
  13
  14 for my $lg ($map->get_chr_names()) {
  15     my ($north, $south, $center) = $map->get_centromere($lg);
  16     if ($lg ne "11") {
  17         isnt ($north, undef, "testing centromere for chromosome $lg on map without centromeres");
  18     }
  19 }
  20
  21 for my $lg ($map2->get_chr_names()) {
  22     my ($north, $south, $center) = $map2->get_centromere($lg);
  23     is ($north, undef, "testing centromere for chromosome $lg on map without centromeres");
  24 }
  25
  26 $db->disconnect;
  27 done_testing();