Build.PL

   1 use Module::Build;
   2 my $build = Module::Build->new(
   3
   4     module_name        => 'CXGN',
   5     dist_name          => 'CXGN-corelibs',
   6     license            => 'perl',
   7     create_makefile_pl => 'passthrough',
   8
   9     # current version of our core libraries distribution
  10     dist_version => '0.1',
  11
  12     recursive_test_files => 1,
  13
  14     requires => {
  15         'perl'                                    => '5.10.0',
  16 #         'Apache2::CmdParms' => 0,
  17 #         'Apache2::Connection' => 0,
  18 #         'Apache2::Const' => 0,
  19 #         'Apache2::Cookie' => 0,
  20 #         'Apache2::Filter' => 0,
  21 #         'Apache2::Module' => 0,
  22 #         'Apache2::Request' => 0,
  23 #         'Apache2::RequestRec' => 0,
  24 #         'Apache2::RequestUtil' => 0,
  25 #         'Apache2::SubRequest' => 0,
  26 #         'Apache2::Upload' => 0,
  27 #         'APR::Status' => 0,
  28 #         'APR::Table' => 0,
  29
  30         # bioperl modules
  31 #       'Bio::Root::Version' => '1.006000',
  32 #       'Bio::AlignIO' => 0,
  33 #       'Bio::Annotation::SimpleValue' => 0,
  34 #       'Bio::Annotation::Target' => 0,
  35 #       'Bio::Assembly::IO' => 0,
  36 #       'Bio::Chado::Schema' => 0,
  37 #       'Bio::DB::GenBank' => 0,
  38 #       'Bio::DB::GFF' => 0,
  39 #       'Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory' => 0,
  40 #       'Bio::FeatureIO' => 0,
  41 #       'Bio::Index::Fasta' => 0,
  42 #       'Bio::Ontology::OntologyI' => 0,
  43 #       'Bio::Ontology::RelationshipI' => 0,
  44 #       'Bio::PrimarySeq' => 0,
  45 #       'Bio::Restriction::Analysis' => 0,
  46 #       'Bio::Root::IO' => 0,
  47 #       'Bio::Root::Root' => 0,
  48 #       'Bio::SearchIO' => 0,
  49 #       'Bio::SearchIO::FastHitEventBuilder' => 0,
  50 #       'Bio::SearchIO::Writer::HTMLResultWriter' => 0,
  51 #       'Bio::Seq' => 0,
  52 #       'Bio::Seq::LargePrimarySeq' => 0,
  53 #       'Bio::Seq::Quality' => 0,
  54 #       'Bio::Seq::SeqFactory' => 0,
  55 #       'Bio::Seq::SeqFastaSpeedFactory' => 0,
  56 #       'Bio::SeqFeature::Annotated' => 0,
  57 #       'Bio::SeqFeature::Computation' => 0,
  58 #       'Bio::SeqFeature::Generic' => 0,
  59 #       'Bio::SeqIO' => 0,
  60 #       'Bio::SeqUtils' => 0,
  61 #       'Bio::Tools::Gel' => 0,
  62 #       'Bio::Tools::RepeatMasker' => 0,
  63 #       'Bio::Tools::Run::StandAloneBlast' => 0,
  64 #       'Bio::Tools::tRNAscanSE' => 0,
  65
  66         # GMOD modules
  67         'Bio::GMOD::GenericGenePage' => 0,
  68
  69         # normal CPAN modules
  70
  71         'Array::Compare' => 0,
  72         'Bio::Chado::Schema' => '0.04000',
  73         'Cache::File' => 0,
  74         'Carp::Clan' => 0,
  75
  76         # include a couple of deps necessary for shipwright to build
  77         # Catalyst's deps correctly
  78         'ExtUtils::Depends'       => 0,
  79         'B::Hooks::OP::Check'     => 0,
  80
  81         'Catalyst::Utils' => 0,
  82         'CGI::Session' => 0,
  83         'CGI::Session::ID::md5' => 0,
  84         'Class::Accessor' => 0,
  85         'Class::Data::Inheritable' => 0,
  86         'Class::DBI' => 0,
  87         'Config::Any'     => 0,
  88         'Config::General' => 0,
  89         'Data::BitMask' => 0,
  90         #'DBD::mysql' => 0,
  91         'DBD::Pg'    => 0,
  92         'DBI' => 0,
  93         'DBIx::Class' => 0,
  94         'DBIx::Class::Schema' => 0,
  95         'Devel::InnerPackage' => 0,
  96         'Digest::Crc32' => 0,
  97         'Digest::MD5' => 0,
  98         'enum' => 0,
  99         'Error' => 0,
 100         'File::Find::Rule' => 0,
 101         'File::Flock' => 0,
 102         'File::NFSLock' => 0,
 103         'File::Path' => '2.08',
 104         'File::Temp' => 0,
 105         'GD' => 0,
 106         'Graph' => 0,
 107         'Hash::Merge' => 0,
 108         'Hash::Util' => 0,
 109         'HTML::Entities' => 0,
 110         'HTML::TreeBuilder' => 0,
 111         'Ima::DBI' => 0,
 112         'JSON' => 0,
 113         'List::Compare' => 0,
 114         'List::MoreUtils' => 0,
 115         'List::Util' => 0,
 116         'local::lib' => 0,
 117         'Log::Log4perl' => 0,
 118         'LWP::Simple' => 0,
 119         'LWP::UserAgent' => 0,
 120         'Mail::Sendmail' => 0,
 121         'Memoize' => 0,
 122 #         'ModPerl::RegistryCooker' => 0,
 123 #         'ModPerl::Util' => 0,
 124         'Module::Build' => 0,
 125         'Module::Pluggable::Object' => 0,
 126         'Moose' => 0,
 127         'Moose::Role' => 0,
 128         'Moose::Util::TypeConstraints' => 0,
 129         'MooseX::Getopt' => 0,
 130         'MooseX::Runnable' =>0,
 131         'namespace::autoclean' => 0,
 132         'Params::Validate' => 0,
 133         'Path::Class' => 0,
 134         'SOAP::Lite' => 0,
 135         'SOAP::Transport::HTTP' => 0,
 136         'Storable' => 0,
 137         'String::Random' => 0,
 138         'Template' => 0,
 139         'Term::ReadKey' => 0,
 140         'Test::Exception' => 0,
 141         'Test::More' => 0,
 142         'Test::XML::Simple' => 0,
 143         'Text::Glob' => 0,
 144         'Text::Shellwords' => 0,
 145         'Tie::Function' => 0,
 146         'Tie::UrlEncoder' => 0,
 147         'Time::HiRes' => 0,
 148         'URI' => 0,
 149         'URI::Escape' => 0,
 150         'URI::ToDisk' => 0,
 151         'XML::DOM' => 0,
 152         'XML::Generator' => 0,
 153         'XML::LibXML' => 0,
 154         'XML::Simple' => 0,
 155         'XML::Twig' => 0,
 156         'XML::Writer' => 0,
 157     },
 158     build_requires => {
 159
 160         #'Bio::Root::Version' => '1.006000',
 161         #'Bio::FeatureIO' => 0,
 162         #'Bio::Index::Fasta' => 0,
 163         #'Bio::SeqIO' => 0,
 164         #'Bio::SeqUtils' => 0,
 165         #'Bio::Tools::RepeatMasker' => 0,
 166
 167         'Class::MethodMaker'  => 0,
 168         'DBIx::Class::Schema' => 0,
 169         'File::Temp' => 0,
 170         'IO::String' => 0,
 171         'IO::Pipe' => 0,
 172         'IPC::Cmd'   => 0,
 173         'List::MoreUtils' => 0,
 174         'List::Util' => 0,
 175         'Moose' => 0,
 176         'Path::Class' => 0,
 177         'Storable' => 0,
 178         'Test::Exception' => 0,
 179         'Test::More' => 0,
 180         'Test::Simple' => 0,
 181         'Test::Warn' => 0,
 182         'Test::XML::Simple' => 0,
 183         'Text::Glob' => 0,
 184         'Tie::Function' => 0,
 185         'HTTP::Server::Simple' => 0,
 186         'File::Slurp' => 0,
 187     },
 188 );
 189 $build->create_build_script;
 190