tutorials/discreteMethods/molecularDynamics/mdEquilibrationFoam/periodicCubeWater/system/potentialDict

   1 /*--------------------------------*- C++ -*----------------------------------*\
   2 | =========                 |                                                 |
   3 | \\      /  F ield         | foam-extend: Open Source CFD                    |
   4 |  \\    /   O peration     | Version:     3.0                                |
   5 |   \\  /    A nd           | Web:         http://www.extend-project.de       |
   6 |    \\/     M anipulation  |                                                 |
   7 \*---------------------------------------------------------------------------*/
   8 FoamFile
   9 {
  10     version     2.0;
  11     format      ascii;
  12     class       dictionary;
  13     object      potentials;
  14 }
  15 // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
  16
  17 // Subdictionaries specifying types of intermolecular potential.
  18 // Sub-sub dictionaries specify the potentials themselves.
  19
  20 // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
  21 // Removal order
  22
  23 // This is the order in which to remove overlapping pairs if more than one
  24 // type of molecule is present.  The most valuable molecule type is at the
  25 // right hand end, the molecule that will be removed 1st is 1st on the list.
  26 // Not all types need to be present, a molecule that is not present is
  27 // automatically less valuable than any on the list.  For molecules of the
  28 // same type there is no control over which is removed.
  29
  30 removalOrder ( water );
  31
  32 // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
  33 // Potential Energy Limit
  34
  35 // Maximum permissible pair energy allowed at startup.  Used to remove
  36 // overlapping molecules created during preprocessing.
  37
  38 potentialEnergyLimit 1e-18;
  39
  40 // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
  41 // Pair potentials
  42
  43 // If a pair are not present here it is assumed that they do not interact.
  44
  45 // Electrostatic pair interactions are not listed here - they are handled
  46 // separately.
  47
  48 // If there are r different type of molecules, and a pair force is required
  49 // between all combinations, then there are C = r(r+1)/2 combinations,
  50 // i.e. for r = {1,2,3,4}, C = {1,3,6,10} (sum of triangular numbers).
  51
  52 // Pair potentials are specified by the combinaition of their ids,
  53 // for MOLA and MOLB, "MOLA-MOLB" OR "MOLB-MOLA" is acceptable
  54 // (strictly OR, both or neither will throw an error)
  55
  56 pair
  57 {
  58     O-O
  59     {
  60         pairPotential   lennardJones;
  61         rCut            1.0e-9;
  62         rMin            0.1e-9;
  63         dr              1e-13;
  64         lennardJonesCoeffs
  65         {
  66             sigma       3.154e-10;
  67             epsilon     1.07690722e-21;
  68         }
  69         energyScalingFunction   noScaling;
  70         writeTables     yes;
  71     }
  72
  73     electrostatic
  74     {
  75         pairPotential   dampedCoulomb;
  76         rCut            1e-9;
  77         rMin            2e-11;
  78         dr              2e-12;
  79         dampedCoulombCoeffs
  80         {
  81             alpha       2e9;
  82         }
  83         energyScalingFunction   shiftedForce;
  84         writeTables     yes;
  85     }
  86 }
  87
  88 // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
  89 // Tethering Potentials
  90
  91 tether
  92 {
  93     O
  94     {
  95         tetherPotential restrainedHarmonicSpring;
  96         restrainedHarmonicSpringCoeffs
  97         {
  98             springConstant  0.277;
  99             rR              1.2e-9;
 100         }
 101     }
 102 }
 103
 104 // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
 105 // External Forces
 106
 107 // Bulk external forces (namely gravity) will be specified as forces rather
 108 // than potentials to allow their direction to be controlled.
 109
 110 external
 111 {
 112     gravity             (0 0 0);
 113 }
 114
 115 // ************************************************************************* //