validate_gff3.cfg

   1 # Configuration file for validate_gff3.pl
   2 # Author: Payan Canaran (canaran@cshl.edu)
   3 # Copyright 2006 Cold Spring Harbor Laboratory
   4 # $Id: validate_gff3.cfg,v 1.1 2007/12/03 14:20:23 canaran Exp $
   5
   6 # DBI database access parameters. If these are filled in, the corresponding
   7 # parameters need not be supplied in the command line.
   8 # *** Parameters supplied in the command line override ones provided here ***
   9
  10   datasource
  11   username
  12   password
  13
  14 # The validation script performs a wide range of checks. Some of these
  15 # checks are fatal and recorded as "errors". However, some of the checks
  16 # can be configured to be recorded as "warnings". The following parameters
  17 # allows for this customization.
  18 #
  19 # In order to customize a check, set it to "W" for warning and to "E" for
  20 # error.
  21
  22   same_multiple_tags        W
  23
  24 # Data is loaded to the database in chunks rather than individually.
  25 # A buffer is used to store a set number of records before they are
  26 # dumped into the database. This is done to improve loading speed. This
  27 # parameter defines the maximum allowed number of records kept in
  28 # this buffer at any time.
  29
  30   max_buffer_size           600
  31
  32 # During processing a log file is generated to keep track of progress.
  33 # For some processes, a message is recorded in the log file describing
  34 # how many entries have been processed so far. This is not done for
  35 # every record (as this would generate a very large log file). Instead
  36 # logging is done every "line_number_chunk" records.
  37
  38   line_number_chunk         10000
  39
  40 # A GFF3 file must have its sources coming from an ontology. The GFF3 specs
  41 # state that, if an ontology (or ontologies) are provided using the
  42 # ##feature-ontology directive, the ontology/ontologies are used. If none is
  43 # provided, the default SOFA ontology is used. The following parameters
  44 # describe the URL for this default ontology.
  45
  46                             # As of this writing (April 2007) the following SOFA releases are available:
  47                             # <http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=72703&package_id=118027>
  48                             #
  49                             # SOFA 2.1 (sofa.obo revision 1.14) - 8/16/2006
  50                             #  <http://song.cvs.sourceforge.net/*checkout*/song/ontology/sofa.obo?revision=1.14>
  51                             # SOFA 2.0 (sofa.obo revision 1.12) - 5/16/2005
  52                             #  <http://song.cvs.sourceforge.net/*checkout*/song/ontology/sofa.obo?revision=1.12>
  53                             # SOFA 1.0 (sofa.obo revision 1.6 ) - 5/12/2004
  54                             #  <http://song.cvs.sourceforge.net/*checkout*/song/ontology/sofa.obo?revision=1.6>
  55
  56   default_sofa_url          http://song.cvs.sourceforge.net/*checkout*/song/ontology/sofa.obo?revision=1.14
  57
  58 # This script uses a temporary directory for processing. This parameter,
  59 # describes the location of the temporary directory.
  60
  61   temp_dir                  /tmp/validate_gff3
  62
  63 # SQLite cache_size pragma
  64
  65   sqlite_cache_size 512000
  66
  67 # If the GFF3 file contatins an ontology directive that refers to a file that
  68 # needs to be downloaded, the following parameters limit the size of the file
  69 # that can be downloaded and when the download agent should timeout.
  70 # Download size is specified in bytes.
  71 # Timeout is specified in seconds.
  72
  73    max_ontology_download_size 128000
  74    download_agent_timeout_sec 10
  75
  76