src/gromacs/gmxpreprocess/tests/refdata/GetIrTest_HandlesDifferentKindsOfMdpLines.xml

   1 <?xml version="1.0"?>
   2 <?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
   3 <ReferenceData>
   4   <Bool Name="Error parsing mdp file">false</Bool>
   5   <String Name="OutputMdpFile">
   6 ; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS
   7 ; Preprocessor information: use cpp syntax.
   8 ; e.g.: -I/home/joe/doe -I/home/mary/roe
   9 include                  = -I/home/me/stuff
  10 ; e.g.: -DPOSRES -DFLEXIBLE (note these variable names are case sensitive)
  11 define                   = -DBOOLVAR -DVAR=VALUE
  12
  13 ; RUN CONTROL PARAMETERS
  14 integrator               = steep
  15 ; Start time and timestep in ps
  16 tinit                    = 0.3
  17 dt                       = 0.001
  18 nsteps                   = 0
  19 ; For exact run continuation or redoing part of a run
  20 init_step                = 0
  21 ; Part index is updated automatically on checkpointing (keeps files separate)
  22 simulation-part          = 1
  23 ; Multiple time-stepping
  24 mts                      = no
  25 ; mode for center of mass motion removal
  26 comm-mode                = Linear
  27 ; number of steps for center of mass motion removal
  28 nstcomm                  = 100
  29 ; group(s) for center of mass motion removal
  30 comm-grps                =
  31
  32 ; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS
  33 ; Friction coefficient (amu/ps) and random seed
  34 bd-fric                  = 0
  35 ld-seed                  = -1
  36
  37 ; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS
  38 ; Force tolerance and initial step-size
  39 emtol                    = 10
  40 emstep                   = 0.01
  41 ; Max number of iterations in relax-shells
  42 niter                    = 20
  43 ; Step size (ps^2) for minimization of flexible constraints
  44 fcstep                   = 0
  45 ; Frequency of steepest descents steps when doing CG
  46 nstcgsteep               = 1000
  47 nbfgscorr                = 10
  48
  49 ; TEST PARTICLE INSERTION OPTIONS
  50 rtpi                     = 0.05
  51
  52 ; OUTPUT CONTROL OPTIONS
  53 ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)
  54 nstxout                  = 0
  55 nstvout                  = 0
  56 nstfout                  = 0
  57 ; Output frequency for energies to log file and energy file
  58 nstlog                   = 1000
  59 nstcalcenergy            = 100
  60 nstenergy                = 1000
  61 ; Output frequency and precision for .xtc file
  62 nstxout-compressed       = 0
  63 compressed-x-precision   = 1000
  64 ; This selects the subset of atoms for the compressed
  65 ; trajectory file. You can select multiple groups. By
  66 ; default, all atoms will be written.
  67 compressed-x-grps        = System
  68 ; Selection of energy groups
  69 energygrps               =
  70
  71 ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS
  72 ; cut-off scheme (Verlet: particle based cut-offs)
  73 cutoff-scheme            = Verlet
  74 ; nblist update frequency
  75 nstlist                  = 10
  76 ; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy
  77 pbc                      = xyz
  78 periodic-molecules       = no
  79 ; Allowed energy error due to the Verlet buffer in kJ/mol/ps per atom,
  80 ; a value of -1 means: use rlist
  81 verlet-buffer-tolerance  = 0.005
  82 ; nblist cut-off
  83 rlist                    = 1
  84 ; long-range cut-off for switched potentials
  85
  86 ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW
  87 ; Method for doing electrostatics
  88 coulombtype              = Cut-off
  89 coulomb-modifier         = Potential-shift-Verlet
  90 rcoulomb-switch          = 0
  91 rcoulomb                 = 1
  92 ; Relative dielectric constant for the medium and the reaction field
  93 epsilon-r                = 1
  94 epsilon-rf               = 0
  95 ; Method for doing Van der Waals
  96 vdw-type                 = Cut-off
  97 vdw-modifier             = Potential-shift-Verlet
  98 ; cut-off lengths
  99 rvdw-switch              = 0
 100 rvdw                     = 1
 101 ; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure
 102 DispCorr                 = No
 103 ; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off
 104 table-extension          = 1
 105 ; Separate tables between energy group pairs
 106 energygrp-table          =
 107 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
 108 fourierspacing           = 0.12
 109 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
 110 fourier-nx               = 0
 111 fourier-ny               = 0
 112 fourier-nz               = 0
 113 ; EWALD/PME/PPPM parameters
 114 pme-order                = 4
 115 ewald-rtol               = 1e-05
 116 ewald-rtol-lj            = 0.001
 117 lj-pme-comb-rule         = Geometric
 118 ewald-geometry           = 3d
 119 epsilon-surface          = 0
 120 implicit-solvent         = no
 121
 122 ; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS
 123 ; Temperature coupling
 124 tcoupl                   = No
 125 nsttcouple               = -1
 126 nh-chain-length          = 10
 127 print-nose-hoover-chain-variables = no
 128 ; Groups to couple separately
 129 tc-grps                  =
 130 ; Time constant (ps) and reference temperature (K)
 131 tau-t                    = 0.1 0.3
 132 ref-t                    =
 133 ; pressure coupling
 134 pcoupl                   = No
 135 pcoupltype               = Isotropic
 136 nstpcouple               = -1
 137 ; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
 138 tau-p                    = 1
 139 compressibility          =
 140 ref-p                    =
 141 ; Scaling of reference coordinates, No, All or COM
 142 refcoord-scaling         = No
 143
 144 ; OPTIONS FOR QMMM calculations
 145 QMMM                     = no
 146 ; Groups treated Quantum Mechanically
 147 QMMM-grps                =
 148 ; QM method
 149 QMmethod                 =
 150 ; QMMM scheme
 151 QMMMscheme               = normal
 152 ; QM basisset
 153 QMbasis                  =
 154 ; QM charge
 155 QMcharge                 =
 156 ; QM multiplicity
 157 QMmult                   =
 158 ; Surface Hopping
 159 SH                       =
 160 ; CAS space options
 161 CASorbitals              =
 162 CASelectrons             =
 163 SAon                     =
 164 SAoff                    =
 165 SAsteps                  =
 166 ; Scale factor for MM charges
 167 MMChargeScaleFactor      = 1
 168
 169 ; SIMULATED ANNEALING
 170 ; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
 171 annealing                =
 172 ; Number of time points to use for specifying annealing in each group
 173 annealing-npoints        =
 174 ; List of times at the annealing points for each group
 175 annealing-time           =
 176 ; Temp. at each annealing point, for each group.
 177 annealing-temp           =
 178
 179 ; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN
 180 gen-vel                  = no
 181 gen-temp                 = 300
 182 gen-seed                 = -1
 183
 184 ; OPTIONS FOR BONDS
 185 constraints              = none
 186 ; Type of constraint algorithm
 187 constraint-algorithm     = Lincs
 188 ; Do not constrain the start configuration
 189 continuation             = no
 190 ; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations
 191 Shake-SOR                = no
 192 ; Relative tolerance of shake
 193 shake-tol                = 0.0001
 194 ; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix
 195 lincs-order              = 4
 196 ; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for
 197 ; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.
 198 ; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.
 199 lincs-iter               = 1
 200 ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond
 201 ; rotates over more degrees than
 202 lincs-warnangle          = 30
 203 ; Convert harmonic bonds to morse potentials
 204 morse                    = no
 205
 206 ; ENERGY GROUP EXCLUSIONS
 207 ; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded
 208 energygrp-excl           =
 209
 210 ; WALLS
 211 ; Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor for Ewald
 212 nwall                    = 0
 213 wall-type                = 9-3
 214 wall-r-linpot            = -1
 215 wall-atomtype            =
 216 wall-density             =
 217 wall-ewald-zfac          = 3
 218
 219 ; COM PULLING
 220 pull                     = no
 221
 222 ; AWH biasing
 223 awh                      = no
 224
 225 ; ENFORCED ROTATION
 226 ; Enforced rotation: No or Yes
 227 rotation                 = no
 228
 229 ; Group to display and/or manipulate in interactive MD session
 230 IMD-group                =
 231
 232 ; NMR refinement stuff
 233 ; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble
 234 disre                    = No
 235 ; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal
 236 disre-weighting          = Conservative
 237 ; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation
 238 disre-mixed              = no
 239 disre-fc                 = 1000
 240 disre-tau                = 0
 241 ; Output frequency for pair distances to energy file
 242 nstdisreout              = 100
 243 ; Orientation restraints: No or Yes
 244 orire                    = no
 245 ; Orientation restraints force constant and tau for time averaging
 246 orire-fc                 = 0
 247 orire-tau                = 0
 248 orire-fitgrp             =
 249 ; Output frequency for trace(SD) and S to energy file
 250 nstorireout              = 100
 251
 252 ; Free energy variables
 253 free-energy              = no
 254 couple-moltype           =
 255 couple-lambda0           = vdw-q
 256 couple-lambda1           = vdw-q
 257 couple-intramol          = no
 258 init-lambda              = -1
 259 init-lambda-state        = -1
 260 delta-lambda             = 0
 261 nstdhdl                  = 50
 262 fep-lambdas              =
 263 mass-lambdas             =
 264 coul-lambdas             =
 265 vdw-lambdas              =
 266 bonded-lambdas           =
 267 restraint-lambdas        =
 268 temperature-lambdas      =
 269 calc-lambda-neighbors    = 1
 270 init-lambda-weights      =
 271 dhdl-print-energy        = no
 272 sc-alpha                 = 0
 273 sc-power                 = 1
 274 sc-r-power               = 6
 275 sc-sigma                 = 0.3
 276 sc-coul                  = no
 277 separate-dhdl-file       = yes
 278 dhdl-derivatives         = yes
 279 dh_hist_size             = 0
 280 dh_hist_spacing          = 0.1
 281
 282 ; Non-equilibrium MD stuff
 283 acc-grps                 =
 284 accelerate               =
 285 freezegrps               =
 286 freezedim                =
 287 cos-acceleration         = 0
 288 deform                   =
 289
 290 ; simulated tempering variables
 291 simulated-tempering      = no
 292 simulated-tempering-scaling = geometric
 293 sim-temp-low             = 300
 294 sim-temp-high            = 300
 295
 296 ; Ion/water position swapping for computational electrophysiology setups
 297 ; Swap positions along direction: no, X, Y, Z
 298 swapcoords               = no
 299 adress                   = no
 300
 301 ; User defined thingies
 302 user1-grps               =
 303 user2-grps               =
 304 userint1                 = 0
 305 userint2                 = 0
 306 userint3                 = 0
 307 userint4                 = 0
 308 userreal1                = 0
 309 userreal2                = 0
 310 userreal3                = 0
 311 userreal4                = 0
 312 ; Electric fields
 313 ; Format for electric-field-x, etc. is: four real variables:
 314 ; amplitude (V/nm), frequency omega (1/ps), time for the pulse peak (ps),
 315 ; and sigma (ps) width of the pulse. Omega = 0 means static field,
 316 ; sigma = 0 means no pulse, leaving the field to be a cosine function.
 317 electric-field-x         = 0 0 0 0
 318 electric-field-y         = 0 0 0 0
 319 electric-field-z         = 0 0 0 0
 320
 321 ; Density guided simulation
 322 density-guided-simulation-active = false
 323 </String>
 324 </ReferenceData>