src/gromacs/mdlib/leapfrog_gpu.cuh

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \libinternal \file
  36  *
  37  * \brief Declarations for GPU implementation of Leap-Frog.
  38  *
  39  * \author Artem Zhmurov <zhmurov@gmail.com>
  40  *
  41  * \ingroup module_mdlib
  42  * \inlibraryapi
  43  */
  44 #ifndef GMX_MDLIB_LEAPFROG_GPU_CUH
  45 #define GMX_MDLIB_LEAPFROG_GPU_CUH
  46
  47 #include "gromacs/gpu_utils/gputraits.cuh"
  48 #include "gromacs/gpu_utils/hostallocator.h"
  49 #include "gromacs/mdtypes/group.h"
  50 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
  51 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  52 #include "gromacs/pbcutil/pbc_aiuc.h"
  53 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  54 #include "gromacs/utility/classhelpers.h"
  55
  56 namespace gmx
  57 {
  58
  59 class LeapFrogGpu
  60 {
  61
  62 public:
  63     /*! \brief Constructor.
  64      *
  65      * \param[in] commandStream  Device command stream to use.
  66      */
  67     LeapFrogGpu(CommandStream commandStream);
  68     ~LeapFrogGpu();
  69
  70     /*! \brief Integrate
  71      *
  72      * Integrates the equation of motion using Leap-Frog algorithm.
  73      * Updates coordinates and velocities on the GPU. The current coordinates are saved for constraints.
  74      *
  75      * \param[in,out] d_x                      Coordinates to update
  76      * \param[out]    d_xp                     Place to save the values of initial coordinates coordinates to.
  77      * \param[in,out] d_v                      Velocities (will be updated).
  78      * \param[in]     d_f                      Forces.
  79      * \param[in]     dt                       Timestep.
  80      * \param[in]     doTemperatureScaling     If velocities should be scaled for temperature coupling.
  81      * \param[in]     tcstat                   Temperature coupling data.
  82      * \param[in]     doParrinelloRahman       If current step is a Parrinello-Rahman pressure coupling step.
  83      * \param[in]     dtPressureCouple         Period between pressure coupling steps
  84      * \param[in]     prVelocityScalingMatrix  Parrinello-Rahman velocity scaling matrix
  85      */
  86     void integrate(const float3*                     d_x,
  87                    float3*                           d_xp,
  88                    float3*                           d_v,
  89                    const float3*                     d_f,
  90                    const real                        dt,
  91                    const bool                        doTemperatureScaling,
  92                    gmx::ArrayRef<const t_grp_tcstat> tcstat,
  93                    const bool                        doParrinelloRahman,
  94                    const float                       dtPressureCouple,
  95                    const matrix                      prVelocityScalingMatrix);
  96
  97     /*! \brief Set the integrator
  98      *
  99      * Allocates memory for inverse masses, and, if needed for temperature scaling factor(s)
 100      * and temperature coupling groups. Copies inverse masses and temperature coupling groups
 101      * to the GPU.
 102      *
 103      * \param[in] md                  MD atoms, from which inverse masses are taken.
 104      * \param[in] numTempScaleValues  Number of temperature scale groups.
 105      * \param[in] tempScaleGroups     Maps the atom index to temperature scale value.
 106      */
 107     void set(const t_mdatoms& md, int numTempScaleValues, const unsigned short* tempScaleGroups);
 108
 109     /*! \brief Class with hardware-specific interfaces and implementations.*/
 110     class Impl;
 111
 112 private:
 113     //! GPU stream
 114     CommandStream commandStream_;
 115     //! GPU kernel launch config
 116     KernelLaunchConfig kernelLaunchConfig_;
 117     //! Number of atoms
 118     int numAtoms_;
 119
 120     //! 1/mass for all atoms (GPU)
 121     real* d_inverseMasses_;
 122     //! Current size of the reciprocal masses array
 123     int numInverseMasses_ = -1;
 124     //! Maximum size of the reciprocal masses array
 125     int numInverseMassesAlloc_ = -1;
 126
 127     //! Number of temperature coupling groups (zero = no coupling)
 128     int numTempScaleValues_ = 0;
 129     /*! \brief Array with temperature scaling factors.
 130      * This is temporary solution to remap data from t_grp_tcstat into plain array
 131      * \todo Replace with better solution.
 132      */
 133     gmx::HostVector<float> h_lambdas_;
 134     //! Device-side temperature scaling factors
 135     float* d_lambdas_;
 136     //! Current size of the array with temperature scaling factors (lambdas)
 137     int numLambdas_ = -1;
 138     //! Maximum size of the array with temperature scaling factors (lambdas)
 139     int numLambdasAlloc_ = -1;
 140
 141
 142     //! Array that maps atom index onto the temperature scaling group to get scaling parameter
 143     unsigned short* d_tempScaleGroups_;
 144     //! Current size of the temperature coupling groups array
 145     int numTempScaleGroups_ = -1;
 146     //! Maximum size of the temperature coupling groups array
 147     int numTempScaleGroupsAlloc_ = -1;
 148
 149     //! Vector with diagonal elements of the Parrinello-Rahman pressure coupling velocity rescale factors
 150     float3 prVelocityScalingMatrixDiagonal_;
 151 };
 152
 153 } // namespace gmx
 154
 155 #endif