| blob | a0475d472dfd1136387d78adf9eec5a19a766c82 |
1 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
2 #include "oplsaa.ff/ions.itp"
3 #include "oplsaa.ff/spce.itp"
5 [ moleculetype ]
6 ; Name nrexcl
7 OCT 3
9 [ atoms ]
10 ; nr type resnr residu atom cgnr charge
11 1 opls_068 1 OCT C1 1 0.0
12 2 opls_071 1 OCT C2 2 0.0
13 3 opls_071 1 OCT C3 3 0.0
14 4 opls_071 1 OCT C4 4 0.0
15 5 opls_071 1 OCT C5 5 0.0
16 6 opls_071 1 OCT C6 6 0.0
17 7 opls_071 1 OCT C7 7 0.0
18 8 opls_068 1 OCT C8 8 0.0
20 [ bonds ]
21 ; i j
22 1 2 1 0.15300 334720.
23 2 3 1 0.15300 334720.
24 3 4 1 0.15300 334720.
25 4 5 1 0.15300 334720.
26 5 6 1 0.15300 334720.
27 6 7 1 0.15300 334720.
28 7 8 1 0.15300 334720.
30 [ angles ]
31 ; i j k
32 1 2 3 1 111.000 460.240
33 2 3 4 1 111.000 460.240
34 3 4 5 1 111.000 460.240
35 4 5 6 1 111.000 460.240
36 5 6 7 1 111.000 460.240
37 6 7 8 1 111.000 460.240
39 [ dihedrals ]
40 ; i j k l type
41 1 2 3 4 3 9.2789 12.156 -13.120 -3.0597 26.240 -31.495
42 2 3 4 5 3 9.2789 12.156 -13.120 -3.0597 26.240 -31.495
43 3 4 5 6 3 9.2789 12.156 -13.120 -3.0597 26.240 -31.495
44 4 5 6 7 3 9.2789 12.156 -13.120 -3.0597 26.240 -31.495
45 5 6 7 8 3 9.2789 12.156 -13.120 -3.0597 26.240 -31.495
48 [ moleculetype ]
49 ; Name nrexcl
50 Protein 3
52 [ atoms ]
53 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
54 1 opls_235 1 ALA C 1 0.6000 12.011 ;
55 2 opls_236 1 ALA O 1 -0.6000 15.999 ;
56 3 opls_235 2 ALA C 2 0.6000 12.011 ;
57 4 opls_236 2 ALA O 2 -0.6000 15.999 ;
58 5 opls_235 3 ALA C 3 0.6000 12.011 ;
59 6 opls_236 3 ALA O 3 -0.6000 15.999 ;
60 7 opls_235 4 ALA C 4 0.6000 12.011 ;
61 8 opls_236 4 ALA O 4 -0.6000 15.999 ;
62 9 opls_235 5 ALA C 5 0.6000 12.011 ;
63 10 opls_236 5 ALA O 5 -0.6000 15.999 ;
64 11 opls_235 6 ALA C 6 0.6000 12.011 ;
65 12 opls_236 6 ALA O 6 -0.6000 15.999 ;
66 13 opls_235 7 ALA C 7 0.6000 12.011 ;
67 14 opls_236 7 ALA O 7 -0.6000 15.999 ;
68 15 opls_235 8 ALA C 8 0.6000 12.011 ;
69 16 opls_236 8 ALA O 8 -0.6000 15.999 ;
70 17 opls_235 9 ALA C 9 0.6000 12.011 ;
71 18 opls_236 9 ALA O 9 -0.6000 15.999 ;
72 19 opls_235 10 ALA C 10 0.6000 12.011 ;
73 20 opls_236 10 ALA O 10 -0.6000 15.999 ;
74 21 opls_235 11 ALA C 11 0.6000 12.011 ;
75 22 opls_236 11 ALA O 11 -0.6000 15.999 ;
76 23 opls_235 12 ALA C 12 0.6000 12.011 ;
77 24 opls_236 12 ALA O 12 -0.6000 15.999 ;
78 25 opls_235 13 ALA C 13 0.6000 12.011 ;
79 26 opls_236 13 ALA O 13 -0.6000 15.999 ;
80 27 opls_235 14 ALA C 14 0.6000 12.011 ;
81 28 opls_236 14 ALA O 14 -0.6000 15.999 ;
82 29 opls_235 15 ALA C 15 0.6000 12.011 ;
83 30 opls_236 15 ALA O 15 -0.6000 15.999 ;
84 31 opls_235 16 ALA C 16 0.6000 12.011 ;
85 32 opls_236 16 ALA O 16 -0.6000 15.999 ;
86 33 opls_235 17 ALA C 17 0.6000 12.011 ;
87 34 opls_236 17 ALA O 17 -0.6000 15.999 ;
88 35 opls_235 18 ALA C 18 0.6000 12.011 ;
89 36 opls_236 18 ALA O 18 -0.6000 15.999 ;
90 37 opls_235 19 ALA C 19 0.6000 12.011 ;
91 38 opls_236 19 ALA O 19 -0.6000 15.999 ;
92 39 opls_235 20 ALA C 20 0.6000 12.011 ;
93 40 opls_236 20 ALA O 20 -0.6000 15.999 ;
94 41 opls_235 21 ALA C 21 0.6000 12.011 ;
95 42 opls_236 21 ALA O 21 -0.6000 15.999 ;
96 43 opls_235 22 ALA C 22 0.6000 12.011 ;
97 44 opls_236 22 ALA O 22 -0.6000 15.999 ;
98 45 opls_235 23 ALA C 23 0.6000 12.011 ;
99 46 opls_236 23 ALA O 23 -0.6000 15.999 ;
100 47 opls_235 24 ALA C 24 0.6000 12.011 ;
101 48 opls_236 24 ALA O 24 -0.6000 15.999 ;
102 49 opls_235 25 ALA C 25 0.6000 12.011 ;
103 50 opls_236 25 ALA O 25 -0.6000 15.999 ;
104 51 opls_235 26 ALA C 26 0.6000 12.011 ;
105 52 opls_236 26 ALA O 26 -0.6000 15.999 ;
106 53 opls_235 27 ALA C 27 0.6000 12.011 ;
107 54 opls_236 27 ALA O 27 -0.6000 15.999 ;
108 55 opls_235 28 ALA C 28 0.6000 12.011 ;
109 56 opls_236 28 ALA O 28 -0.6000 15.999 ;
110 57 opls_235 29 ALA C 29 0.6000 12.011 ;
111 58 opls_236 29 ALA O 29 -0.6000 15.999 ;
112 59 opls_235 30 ALA C 30 0.6000 12.011 ;
113 60 opls_236 30 ALA O 30 -0.6000 15.999 ;
114 61 opls_235 31 ALA C 31 0.6000 12.011 ;
115 62 opls_236 31 ALA O 31 -0.6000 15.999 ;
116 63 opls_235 32 ALA C 32 0.6000 12.011 ;
117 64 opls_236 32 ALA O 32 -0.6000 15.999 ;
118 65 opls_235 33 ALA C 33 0.6000 12.011 ;
119 66 opls_236 33 ALA O 33 -0.6000 15.999 ;
120 67 opls_235 34 ALA C 34 0.6000 12.011 ;
121 68 opls_236 34 ALA O 34 -0.6000 15.999 ;
122 69 opls_235 35 ALA C 35 0.6000 12.011 ;
123 70 opls_236 35 ALA O 35 -0.6000 15.999 ;
124 71 opls_235 36 ALA C 36 0.6000 12.011 ;
125 72 opls_236 36 ALA O 36 -0.6000 15.999 ;
126 73 opls_235 37 ALA C 37 0.6000 12.011 ;
127 74 opls_236 37 ALA O 37 -0.6000 15.999 ;
128 75 opls_235 38 ALA C 38 0.6000 12.011 ;
129 76 opls_236 38 ALA O 38 -0.6000 15.999 ;
130 77 opls_235 39 ALA C 39 0.6000 12.011 ;
131 78 opls_236 39 ALA O 39 -0.6000 15.999 ;
132 79 opls_235 40 ALA C 40 0.6000 12.011 ;
133 80 opls_236 40 ALA O 40 -0.6000 15.999 ;
134 81 opls_235 41 ALA C 41 0.6000 12.011 ;
135 82 opls_236 41 ALA O 41 -0.6000 15.999 ;
136 83 opls_235 42 ALA C 42 0.6000 12.011 ;
137 84 opls_236 42 ALA O 42 -0.6000 15.999 ;
138 85 opls_235 43 ALA C 43 0.6000 12.011 ;
139 86 opls_236 43 ALA O 43 -0.6000 15.999 ;
140 87 opls_235 44 ALA C 44 0.6000 12.011 ;
141 88 opls_236 44 ALA O 44 -0.6000 15.999 ;
142 89 opls_235 45 ALA C 45 0.6000 12.011 ;
143 90 opls_236 45 ALA O 45 -0.6000 15.999 ;
144 91 opls_235 46 ALA C 46 0.6000 12.011 ;
145 92 opls_236 46 ALA O 46 -0.6000 15.999 ;
146 93 opls_235 47 ALA C 47 0.6000 12.011 ;
147 94 opls_236 47 ALA O 47 -0.6000 15.999 ;
148 95 opls_235 48 ALA C 48 0.6000 12.011 ;
149 96 opls_236 48 ALA O 48 -0.6000 15.999 ;
150 97 opls_235 49 ALA C 49 0.6000 12.011 ;
151 98 opls_236 49 ALA O 49 -0.6000 15.999 ;
152 99 opls_235 50 ALA C 50 0.6000 12.011 ;
153 100 opls_236 50 ALA O 50 -0.6000 15.999 ;
154 101 opls_235 51 ALA C 51 0.6000 12.011 ;
155 102 opls_236 51 ALA O 51 -0.6000 15.999 ;
156 103 opls_235 52 ALA C 52 0.6000 12.011 ;
157 104 opls_236 52 ALA O 52 -0.6000 15.999 ;
158 105 opls_235 53 ALA C 53 0.6000 12.011 ;
159 106 opls_236 53 ALA O 53 -0.6000 15.999 ;
160 107 opls_235 54 ALA C 54 0.6000 12.011 ;
161 108 opls_236 54 ALA O 54 -0.6000 15.999 ;
162 109 opls_235 55 ALA C 55 0.6000 12.011 ;
163 110 opls_236 55 ALA O 55 -0.6000 15.999 ;
164 111 opls_235 56 ALA C 56 0.6000 12.011 ;
165 112 opls_236 56 ALA O 56 -0.6000 15.999 ;
166 113 opls_235 57 ALA C 57 0.6000 12.011 ;
167 114 opls_236 57 ALA O 57 -0.6000 15.999 ;
168 115 opls_235 58 ALA C 58 0.6000 12.011 ;
169 116 opls_236 58 ALA O 58 -0.6000 15.999 ;
170 117 opls_235 59 ALA C 59 0.6000 12.011 ;
171 118 opls_236 59 ALA O 59 -0.6000 15.999 ;
172 119 opls_235 60 ALA C 60 0.6000 12.011 ;
173 120 opls_236 60 ALA O 60 -0.6000 15.999 ;
174 121 opls_235 61 ALA C 61 0.6000 12.011 ;
175 122 opls_236 61 ALA O 61 -0.6000 15.999 ;
176 123 opls_235 62 ALA C 62 0.6000 12.011 ;
177 124 opls_236 62 ALA O 62 -0.6000 15.999 ;
178 125 opls_235 63 ALA C 63 0.6000 12.011 ;
179 126 opls_236 63 ALA O 63 -0.6000 15.999 ;
180 127 opls_235 64 ALA C 64 0.6000 12.011 ;
181 128 opls_236 64 ALA O 64 -0.6000 15.999 ;
182 129 opls_235 65 ALA C 65 0.6000 12.011 ;
183 130 opls_236 65 ALA O 65 -0.6000 15.999 ;
184 131 opls_235 66 ALA C 66 0.6000 12.011 ;
185 132 opls_236 66 ALA O 66 -0.6000 15.999 ;
186 133 opls_235 67 ALA C 67 0.6000 12.011 ;
187 134 opls_236 67 ALA O 67 -0.6000 15.999 ;
188 135 opls_235 68 ALA C 68 0.6000 12.011 ;
189 136 opls_236 68 ALA O 68 -0.6000 15.999 ;
190 137 opls_235 69 ALA C 69 0.6000 12.011 ;
191 138 opls_236 69 ALA O 69 -0.6000 15.999 ;
192 139 opls_235 70 ALA C 70 0.6000 12.011 ;
193 140 opls_236 70 ALA O 70 -0.6000 15.999 ;
194 141 opls_235 71 ALA C 71 0.6000 12.011 ;
195 142 opls_236 71 ALA O 71 -0.6000 15.999 ;
196 143 opls_235 72 ALA C 72 0.6000 12.011 ;
197 144 opls_236 72 ALA O 72 -0.6000 15.999 ;
198 145 opls_235 73 ALA C 73 0.6000 12.011 ;
199 146 opls_236 73 ALA O 73 -0.6000 15.999 ;
200 147 opls_235 74 ALA C 74 0.6000 12.011 ;
201 148 opls_236 74 ALA O 74 -0.6000 15.999 ;
202 149 opls_235 75 ALA C 75 0.6000 12.011 ;
203 150 opls_236 75 ALA O 75 -0.6000 15.999 ;
204 151 opls_235 76 ALA C 76 0.6000 12.011 ;
205 152 opls_236 76 ALA O 76 -0.6000 15.999 ;
206 153 opls_235 77 ALA C 77 0.6000 12.011 ;
207 154 opls_236 77 ALA O 77 -0.6000 15.999 ;
208 155 opls_235 78 ALA C 78 0.6000 12.011 ;
209 156 opls_236 78 ALA O 78 -0.6000 15.999 ;
210 157 opls_235 79 ALA C 79 0.6000 12.011 ;
211 158 opls_236 79 ALA O 79 -0.6000 15.999 ;
212 159 opls_235 80 ALA C 80 0.6000 12.011 ;
213 160 opls_236 80 ALA O 80 -0.6000 15.999 ;
214 161 opls_235 81 ALA C 81 0.6000 12.011 ;
215 162 opls_236 81 ALA O 81 -0.6000 15.999 ;
216 163 opls_235 82 ALA C 82 0.6000 12.011 ;
217 164 opls_236 82 ALA O 82 -0.6000 15.999 ;
218 165 opls_235 83 ALA C 83 0.6000 12.011 ;
219 166 opls_236 83 ALA O 83 -0.6000 15.999 ;
221 [ bonds ]
222 ; ai aj funct c0 c1 c2 c3
223 1 2 1
224 2 3 1
225 3 4 1
226 4 5 1
227 5 6 1
228 6 7 1
229 7 8 1
230 8 9 1
231 9 10 1
232 10 11 1
233 11 12 1
234 12 13 1
235 13 14 1
236 14 15 1
237 15 16 1
238 16 17 1
239 17 18 1
240 18 19 1
241 19 20 1
242 20 21 1
243 21 22 1
244 22 23 1
245 23 24 1
246 24 25 1
247 25 26 1
248 26 27 1
249 27 28 1
250 28 29 1
251 29 30 1
252 30 31 1
253 31 32 1
254 32 33 1
255 33 34 1
256 34 35 1
257 35 36 1
258 36 37 1
259 37 38 1
260 38 39 1
261 39 40 1
262 40 41 1
263 41 42 1
264 42 43 1
265 43 44 1
266 44 45 1
267 45 46 1
268 46 47 1
269 47 48 1
270 48 49 1
271 49 50 1
272 50 51 1
273 51 52 1
274 52 53 1
275 53 54 1
276 54 55 1
277 55 56 1
278 56 57 1
279 57 58 1
280 58 59 1
281 59 60 1
282 60 61 1
283 61 62 1
284 62 63 1
285 63 64 1
286 64 65 1
287 65 66 1
288 66 67 1
289 67 68 1
290 68 69 1
291 69 70 1
292 70 71 1
293 71 72 1
294 72 73 1
295 73 74 1
296 74 75 1
297 75 76 1
298 76 77 1
299 77 78 1
300 78 79 1
301 79 80 1
302 80 81 1
303 81 82 1
304 82 83 1
305 83 84 1
306 84 85 1
307 85 86 1
308 86 87 1
309 87 88 1
310 88 89 1
311 89 90 1
312 90 91 1
313 91 92 1
314 92 93 1
315 93 94 1
316 94 95 1
317 95 96 1
318 96 97 1
319 97 98 1
320 98 99 1
321 99 100 1
322 100 101 1
323 101 102 1
324 102 103 1
325 103 104 1
326 104 105 1
327 105 106 1
328 106 107 1
329 107 108 1
330 108 109 1
331 109 110 1
332 110 111 1
333 111 112 1
334 112 113 1
335 113 114 1
336 114 115 1
337 115 116 1
338 116 117 1
339 117 118 1
340 118 119 1
341 119 120 1
342 120 121 1
343 121 122 1
344 122 123 1
345 123 124 1
346 124 125 1
347 125 126 1
348 126 127 1
349 127 128 1
350 128 129 1
351 129 130 1
352 130 131 1
353 131 132 1
354 132 133 1
355 133 134 1
356 134 135 1
357 135 136 1
358 136 137 1
359 137 138 1
360 138 139 1
361 139 140 1
362 140 141 1
363 141 142 1
364 142 143 1
365 143 144 1
366 144 145 1
367 145 146 1
368 146 147 1
369 147 148 1
370 148 149 1
371 149 150 1
372 150 151 1
373 151 152 1
374 152 153 1
375 153 154 1
376 154 155 1
377 155 156 1
378 156 157 1
379 157 158 1
380 158 159 1
381 159 160 1
382 160 161 1
383 161 162 1
384 162 163 1
385 163 164 1
386 164 165 1
387 165 166 1
389 [ position_restraints ]
390 ; i funct fcx fcy fcz
391 1 1 500 500 500
392 2 1 500 500 500
393 3 1 500 500 500
394 4 1 500 500 500
395 5 1 500 500 500
396 6 1 500 500 500
397 7 1 500 500 500
398 8 1 500 500 500
399 9 1 500 500 500
400 10 1 500 500 500
401 11 1 500 500 500
402 12 1 500 500 500
403 13 1 500 500 500
404 14 1 500 500 500
405 15 1 500 500 500
406 16 1 500 500 500
407 17 1 500 500 500
408 18 1 500 500 500
409 19 1 500 500 500
410 20 1 500 500 500
411 21 1 500 500 500
412 22 1 500 500 500
413 23 1 500 500 500
414 24 1 500 500 500
415 25 1 500 500 500
416 26 1 500 500 500
417 27 1 500 500 500
418 28 1 500 500 500
419 29 1 500 500 500
420 30 1 500 500 500
421 31 1 500 500 500
422 32 1 500 500 500
423 33 1 500 500 500
424 34 1 500 500 500
425 35 1 500 500 500
426 36 1 500 500 500
427 37 1 500 500 500
428 38 1 500 500 500
429 39 1 500 500 500
430 40 1 500 500 500
431 41 1 500 500 500
432 42 1 500 500 500
433 43 1 500 500 500
434 44 1 500 500 500
435 45 1 500 500 500
436 46 1 500 500 500
437 47 1 500 500 500
438 48 1 500 500 500
439 49 1 500 500 500
440 50 1 500 500 500
441 51 1 500 500 500
442 52 1 500 500 500
443 53 1 500 500 500
444 54 1 500 500 500
445 55 1 500 500 500
446 56 1 500 500 500
447 57 1 500 500 500
448 58 1 500 500 500
449 59 1 500 500 500
450 60 1 500 500 500
451 61 1 500 500 500
452 62 1 500 500 500
453 63 1 500 500 500
454 64 1 500 500 500
455 65 1 500 500 500
456 66 1 500 500 500
457 67 1 500 500 500
458 68 1 500 500 500
459 69 1 500 500 500
460 70 1 500 500 500
461 71 1 500 500 500
462 72 1 500 500 500
463 73 1 500 500 500
464 74 1 500 500 500
465 75 1 500 500 500
466 76 1 500 500 500
467 77 1 500 500 500
468 78 1 500 500 500
469 79 1 500 500 500
470 80 1 500 500 500
471 81 1 500 500 500
472 82 1 500 500 500
473 83 1 500 500 500
474 84 1 500 500 500
475 85 1 500 500 500
476 86 1 500 500 500
477 87 1 500 500 500
478 88 1 500 500 500
479 89 1 500 500 500
480 90 1 500 500 500
481 91 1 500 500 500
482 92 1 500 500 500
483 93 1 500 500 500
484 94 1 500 500 500
485 95 1 500 500 500
486 96 1 500 500 500
487 97 1 500 500 500
488 98 1 500 500 500
489 99 1 500 500 500
490 100 1 500 500 500
491 101 1 500 500 500
492 102 1 500 500 500
493 103 1 500 500 500
494 104 1 500 500 500
495 105 1 500 500 500
496 106 1 500 500 500
497 107 1 500 500 500
498 108 1 500 500 500
499 109 1 500 500 500
500 110 1 500 500 500
501 111 1 500 500 500
502 112 1 500 500 500
503 113 1 500 500 500
504 114 1 500 500 500
505 115 1 500 500 500
506 116 1 500 500 500
507 117 1 500 500 500
508 118 1 500 500 500
509 119 1 500 500 500
510 120 1 500 500 500
511 121 1 500 500 500
512 122 1 500 500 500
513 123 1 500 500 500
514 124 1 500 500 500
515 125 1 500 500 500
516 126 1 500 500 500
517 127 1 500 500 500
518 128 1 500 500 500
519 129 1 500 500 500
520 130 1 500 500 500
521 131 1 500 500 500
522 132 1 500 500 500
523 133 1 500 500 500
524 134 1 500 500 500
525 135 1 500 500 500
526 136 1 500 500 500
527 137 1 500 500 500
528 138 1 500 500 500
529 139 1 500 500 500
530 140 1 500 500 500
531 141 1 500 500 500
532 142 1 500 500 500
533 143 1 500 500 500
534 144 1 500 500 500
535 145 1 500 500 500
536 146 1 500 500 500
537 147 1 500 500 500
538 148 1 500 500 500
539 149 1 500 500 500
540 150 1 500 500 500
541 151 1 500 500 500
542 152 1 500 500 500
543 153 1 500 500 500
544 154 1 500 500 500
545 155 1 500 500 500
546 156 1 500 500 500
547 157 1 500 500 500
548 158 1 500 500 500
549 159 1 500 500 500
550 160 1 500 500 500
551 161 1 500 500 500
552 162 1 500 500 500
553 163 1 500 500 500
554 164 1 500 500 500
555 165 1 500 500 500
556 166 1 500 500 500
559 [ system ]
560 ; Name
561 Channel_coco in octane membrane
563 [ molecules ]
564 ; Compound #mols
565 Protein 1
566 OCT 95
567 NA 19
568 CL 19
569 Protein 1
570 OCT 95
571 SOL 3977