| blob | 4906eb36a080036b2781a6438d07859545f582ec |
1 [ moleculetype ]
2 ; Name nrexcl
3 Alanine_dipeptide 3
5 [ atoms ]
6 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
7 ; residue 16 ALA rtp NALA q +1.0
8 1 MNH3 16 ALA MN1 1 0 8.517 ; qtot 0
9 2 MNH3 16 ALA MN2 1 0 8.517 ; qtot 0
10 3 N3 16 ALA N 1 0.1414 0 ; qtot 0.1414
11 4 H 16 ALA H1 2 0.1997 0 ; qtot 0.3411
12 5 H 16 ALA H2 3 0.1997 0 ; qtot 0.5408
13 6 H 16 ALA H3 4 0.1997 0 ; qtot 0.7405
14 7 CT 16 ALA CA 5 0.0962 13.018 ; qtot 0.8367
15 8 HP 16 ALA HA 6 0.0889 0 ; qtot 0.9256
16 9 MCH3 16 ALA MCB1 7 0 7.517 ; qtot 0.9256
17 10 MCH3 16 ALA MCB2 7 0 7.517 ; qtot 0.9256
18 11 CT 16 ALA CB 7 -0.0597 0 ; qtot 0.8659
19 12 HC 16 ALA HB1 8 0.03 0 ; qtot 0.8959
20 13 HC 16 ALA HB2 9 0.03 0 ; qtot 0.9259
21 14 HC 16 ALA HB3 10 0.03 0 ; qtot 0.9559
22 15 C 16 ALA C 11 0.6163 12.01 ; qtot 1.572
23 16 O 16 ALA O 12 -0.5722 16 ; qtot 1
24 ; residue 17 ALA rtp CALA q -1.0
25 17 N 17 ALA N 13 -0.3821 15.018 ; qtot 0.6179
26 18 H 17 ALA H 14 0.2681 0 ; qtot 0.886
27 19 CT 17 ALA CA 15 -0.1747 13.018 ; qtot 0.7113
28 20 H1 17 ALA HA 16 0.1067 0 ; qtot 0.818
29 21 MCH3 17 ALA MCB1 17 0 7.517 ; qtot 0.818
30 22 MCH3 17 ALA MCB2 17 0 7.517 ; qtot 0.818
31 23 CT 17 ALA CB 17 -0.2093 0 ; qtot 0.6087
32 24 HC 17 ALA HB1 18 0.0764 0 ; qtot 0.6851
33 25 HC 17 ALA HB2 19 0.0764 0 ; qtot 0.7615
34 26 HC 17 ALA HB3 20 0.0764 0 ; qtot 0.8379
35 27 C 17 ALA C 21 0.7731 12.01 ; qtot 1.611
36 28 O2 17 ALA OC1 22 -0.8055 16 ; qtot 0.8055
37 29 O2 17 ALA OC2 23 -0.8055 16 ; qtot 0
39 [ bonds ]
40 ; ai aj funct c0 c1 c2 c3
41 3 4 1
42 3 5 1
43 3 6 1
44 3 7 1
45 7 8 1
46 7 11 1
47 7 15 1
48 11 12 1
49 11 13 1
50 11 14 1
51 15 16 1
52 15 17 1
53 17 18 1
54 17 19 1
55 19 20 1
56 19 23 1
57 19 27 1
58 23 24 1
59 23 25 1
60 23 26 1
61 27 28 1
62 27 29 1
64 [ constraints ]
65 ; ai aj funct c0 c1
66 1 7 2
67 2 7 2
68 1 2 2
69 7 9 2
70 7 10 2
71 9 10 2
72 19 21 2
73 19 22 2
74 21 22 2
76 [ pairs ]
77 ; ai aj funct c0 c1 c2 c3
78 3 12 1
79 3 13 1
80 3 14 1
81 3 16 1
82 3 17 1
83 4 8 1
84 4 11 1
85 4 15 1
86 5 8 1
87 5 11 1
88 5 15 1
89 6 8 1
90 6 11 1
91 6 15 1
92 7 18 1
93 7 19 1
94 8 12 1
95 8 13 1
96 8 14 1
97 8 16 1
98 8 17 1
99 11 16 1
100 11 17 1
101 12 15 1
102 13 15 1
103 14 15 1
104 15 20 1
105 15 23 1
106 15 27 1
107 16 18 1
108 16 19 1
109 17 24 1
110 17 25 1
111 17 26 1
112 17 28 1
113 17 29 1
114 18 20 1
115 18 23 1
116 18 27 1
117 20 24 1
118 20 25 1
119 20 26 1
120 20 28 1
121 20 29 1
122 23 28 1
123 23 29 1
124 24 27 1
125 25 27 1
126 26 27 1
128 [ angles ]
129 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
130 4 3 5 1
131 4 3 6 1
132 4 3 7 1
133 5 3 6 1
134 5 3 7 1
135 6 3 7 1
136 3 7 8 1
137 3 7 11 1
138 3 7 15 1
139 8 7 11 1
140 8 7 15 1
141 11 7 15 1
142 7 11 12 1
143 7 11 13 1
144 7 11 14 1
145 12 11 13 1
146 12 11 14 1
147 13 11 14 1
148 7 15 16 1
149 7 15 17 1
150 16 15 17 1
151 15 17 18 1
152 15 17 19 1
153 18 17 19 1
154 17 19 20 1
155 17 19 23 1
156 17 19 27 1
157 20 19 23 1
158 20 19 27 1
159 23 19 27 1
160 19 23 24 1
161 19 23 25 1
162 19 23 26 1
163 24 23 25 1
164 24 23 26 1
165 25 23 26 1
166 19 27 28 1
167 19 27 29 1
168 28 27 29 1
170 [ dihedrals ]
171 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
172 4 3 7 8 9
173 4 3 7 11 9
174 4 3 7 15 9
175 5 3 7 8 9
176 5 3 7 11 9
177 5 3 7 15 9
178 6 3 7 8 9
179 6 3 7 11 9
180 6 3 7 15 9
181 3 7 11 12 9
182 3 7 11 13 9
183 3 7 11 14 9
184 8 7 11 12 9
185 8 7 11 13 9
186 8 7 11 14 9
187 15 7 11 12 9
188 15 7 11 13 9
189 15 7 11 14 9
190 3 7 15 16 9
191 3 7 15 17 9
192 8 7 15 16 9
193 8 7 15 17 9
194 11 7 15 16 9
195 11 7 15 17 9
196 7 15 17 18 9
197 7 15 17 19 9
198 16 15 17 18 9
199 16 15 17 19 9
200 15 17 19 20 9
201 15 17 19 23 9
202 15 17 19 27 9
203 18 17 19 20 9
204 18 17 19 23 9
205 18 17 19 27 9
206 17 19 23 24 9
207 17 19 23 25 9
208 17 19 23 26 9
209 20 19 23 24 9
210 20 19 23 25 9
211 20 19 23 26 9
212 27 19 23 24 9
213 27 19 23 25 9
214 27 19 23 26 9
215 17 19 27 28 9
216 17 19 27 29 9
217 20 19 27 28 9
218 20 19 27 29 9
219 23 19 27 28 9
220 23 19 27 29 9
222 [ dihedrals ]
223 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
224 7 17 15 16 4
225 15 19 17 18 4
226 19 28 27 29 4
228 [ virtual_sites3 ]
229 ; ai aj ak al funct c0 c1
230 3 7 1 2 1
231 4 7 1 2 1
232 11 7 9 10 1
233 12 7 9 10 1
234 23 19 21 22 1
235 24 19 21 22 1
237 [ virtual_sites3 ]
238 ; ai aj ak al funct c0 c1
239 18 17 15 19 2
241 [ virtual_sites3 ]
242 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2
243 5 7 1 2 -4
244 6 7 1 2 4
245 13 7 9 10 -4
246 14 7 9 10 4
247 25 19 21 22 -4
248 26 19 21 22 4
250 [ virtual_sites4 ]
251 ; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
252 8 7 3 11 15 2
253 20 19 17 23 27 2
255 ; Include Position restraint file
256 #ifdef POSRES
257 #include "posre.itp"
258 #endif