src/programs/mdrun/tests/nonanol_vacuo.top

   1 ; topgro/nonan_1_ol0.top created by rdparm2gmx.pl
   2
   3 #include "amber96.ff/forcefield.itp"
   4
   5 [ atomtypes ]
   6 ;name  bond_type    mass    charge   ptype          sigma      epsilon
   7 h1            h1      0.0000  0.0000  A   2.47135e-01  6.56888e-02
   8 c3            c3      0.0000  0.0000  A   3.39967e-01  4.57730e-01
   9 hc            hc      0.0000  0.0000  A   2.64953e-01  6.56888e-02
  10 oh            oh      0.0000  0.0000  A   3.06647e-01  8.80314e-01
  11 ho            ho      0.0000  0.0000  A   0.00000e+00  0.00000e+00
  12
  13 [ moleculetype ]
  14 ; Name            nrexcl
  15 nonanol           3
  16
  17 [ atoms ]
  18 1       c3      1       TMP     C1      1       -0.08980        12.000000
  19 2       hc      1       TMP     H1      1       0.03160 1.000000
  20 3       hc      1       TMP     H2      1       0.03160 1.000000
  21 4       hc      1       TMP     H3      1       0.03160 1.000000
  22 5       c3      1       TMP     C2      2       -0.07810        12.000000
  23 6       hc      1       TMP     H4      2       0.03750 1.000000
  24 7       hc      1       TMP     H5      2       0.03750 1.000000
  25 8       c3      1       TMP     C3      3       -0.07680        12.000000
  26 9       hc      1       TMP     H6      3       0.03830 1.000000
  27 10      hc      1       TMP     H7      3       0.03830 1.000000
  28 11      c3      1       TMP     C4      4       -0.07620        12.000000
  29 12      hc      1       TMP     H8      4       0.03850 1.000000
  30 13      hc      1       TMP     H9      4       0.03850 1.000000
  31 14      c3      1       TMP     C5      5       -0.07620        12.000000
  32 15      hc      1       TMP     H10     5       0.03860 1.000000
  33 16      hc      1       TMP     H11     5       0.03860 1.000000
  34 17      c3      1       TMP     C6      6       -0.07760        12.000000
  35 18      hc      1       TMP     H12     6       0.03950 1.000000
  36 19      hc      1       TMP     H13     6       0.03950 1.000000
  37 20      c3      1       TMP     C7      7       -0.07650        12.000000
  38 21      hc      1       TMP     H14     7       0.04160 1.000000
  39 22      hc      1       TMP     H15     7       0.04160 1.000000
  40 23      c3      1       TMP     C8      8       -0.11680        12.000000
  41 24      hc      1       TMP     H16     8       0.04630 1.000000
  42 25      hc      1       TMP     H17     8       0.04630 1.000000
  43 26      c3      1       TMP     C9      9       0.13000 12.000000
  44 27      h1      1       TMP     H18     9       0.04320 1.000000
  45 28      h1      1       TMP     H19     9       0.04320 1.000000
  46 29      oh      1       TMP     O1      10      -0.60080        16.000000
  47 30      ho      1       TMP     H20     10      0.39700 1.000000
  48 ;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB
  49
  50 [ bonds ]
  51 ;  ai    aj funct  r  k
  52 1       2       1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  53 1       3       1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  54 1       4       1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  55 5       6       1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  56 5       7       1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  57 8       9       1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  58 8       10      1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  59 11      12      1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  60 11      13      1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  61 14      15      1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  62 14      16      1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  63 17      18      1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  64 17      19      1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  65 20      21      1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  66 20      22      1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  67 23      24      1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  68 23      25      1       1.0920e-01      2.8225e+05      1.0920e-01      2.8225e+05
  69 26      27      1       1.0930e-01      2.8108e+05      1.0930e-01      2.8108e+05
  70 26      28      1       1.0930e-01      2.8108e+05      1.0930e-01      2.8108e+05
  71 29      30      1       9.7400e-02      3.0928e+05      9.7400e-02      3.0928e+05
  72 1       5       1       1.5350e-01      2.5363e+05      1.5350e-01      2.5363e+05
  73 5       8       1       1.5350e-01      2.5363e+05      1.5350e-01      2.5363e+05
  74 8       11      1       1.5350e-01      2.5363e+05      1.5350e-01      2.5363e+05
  75 11      14      1       1.5350e-01      2.5363e+05      1.5350e-01      2.5363e+05
  76 14      17      1       1.5350e-01      2.5363e+05      1.5350e-01      2.5363e+05
  77 17      20      1       1.5350e-01      2.5363e+05      1.5350e-01      2.5363e+05
  78 20      23      1       1.5350e-01      2.5363e+05      1.5350e-01      2.5363e+05
  79 23      26      1       1.5350e-01      2.5363e+05      1.5350e-01      2.5363e+05
  80 26      29      1       1.4260e-01      2.6284e+05      1.4260e-01      2.6284e+05
  81
  82 [ pairs ]
  83 ;  ai    aj funct
  84 1       9       1
  85 1       10      1
  86 5       12      1
  87 5       13      1
  88 2       8       1
  89 3       8       1
  90 4       8       1
  91 8       15      1
  92 8       16      1
  93 11      6       1
  94 11      7       1
  95 11      18      1
  96 11      19      1
  97 14      9       1
  98 14      10      1
  99 14      21      1
 100 14      22      1
 101 17      12      1
 102 17      13      1
 103 17      24      1
 104 17      25      1
 105 20      15      1
 106 20      16      1
 107 20      27      1
 108 20      28      1
 109 23      18      1
 110 23      19      1
 111 23      30      1
 112 26      21      1
 113 26      22      1
 114 29      24      1
 115 29      25      1
 116 2       6       1
 117 2       7       1
 118 3       6       1
 119 3       7       1
 120 4       6       1
 121 4       7       1
 122 6       9       1
 123 6       10      1
 124 7       9       1
 125 7       10      1
 126 9       12      1
 127 9       13      1
 128 10      12      1
 129 10      13      1
 130 12      15      1
 131 12      16      1
 132 13      15      1
 133 13      16      1
 134 15      18      1
 135 15      19      1
 136 16      18      1
 137 16      19      1
 138 18      21      1
 139 18      22      1
 140 19      21      1
 141 19      22      1
 142 21      24      1
 143 21      25      1
 144 22      24      1
 145 22      25      1
 146 24      27      1
 147 24      28      1
 148 25      27      1
 149 25      28      1
 150 27      30      1
 151 28      30      1
 152 1       11      1
 153 5       14      1
 154 8       17      1
 155 11      20      1
 156 14      23      1
 157 17      26      1
 158 20      29      1
 159
 160 [ angles ]
 161 ;  ai    aj    ak funct  theta   cth
 162 1       5       6       1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 163 1       5       7       1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 164 5       1       2       1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 165 5       1       3       1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 166 5       1       4       1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 167 5       8       9       1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 168 5       8       10      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 169 8       5       6       1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 170 8       5       7       1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 171 8       11      12      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 172 8       11      13      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 173 11      8       9       1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 174 11      8       10      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 175 11      14      15      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 176 11      14      16      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 177 14      11      12      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 178 14      11      13      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 179 14      17      18      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 180 14      17      19      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 181 17      14      15      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 182 17      14      16      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 183 17      20      21      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 184 17      20      22      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 185 20      17      18      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 186 20      17      19      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 187 20      23      24      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 188 20      23      25      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 189 23      20      21      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 190 23      20      22      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 191 23      26      27      1       1.1007e+02      3.8828e+02      1.1007e+02      3.8828e+02
 192 23      26      28      1       1.1007e+02      3.8828e+02      1.1007e+02      3.8828e+02
 193 26      23      24      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 194 26      23      25      1       1.1005e+02      3.8828e+02      1.1005e+02      3.8828e+02
 195 26      29      30      1       1.0816e+02      3.9413e+02      1.0816e+02      3.9413e+02
 196 29      26      27      1       1.0988e+02      4.2677e+02      1.0988e+02      4.2677e+02
 197 29      26      28      1       1.0988e+02      4.2677e+02      1.0988e+02      4.2677e+02
 198 2       1       3       1       1.0835e+02      3.2970e+02      1.0835e+02      3.2970e+02
 199 2       1       4       1       1.0835e+02      3.2970e+02      1.0835e+02      3.2970e+02
 200 3       1       4       1       1.0835e+02      3.2970e+02      1.0835e+02      3.2970e+02
 201 6       5       7       1       1.0835e+02      3.2970e+02      1.0835e+02      3.2970e+02
 202 9       8       10      1       1.0835e+02      3.2970e+02      1.0835e+02      3.2970e+02
 203 12      11      13      1       1.0835e+02      3.2970e+02      1.0835e+02      3.2970e+02
 204 15      14      16      1       1.0835e+02      3.2970e+02      1.0835e+02      3.2970e+02
 205 18      17      19      1       1.0835e+02      3.2970e+02      1.0835e+02      3.2970e+02
 206 21      20      22      1       1.0835e+02      3.2970e+02      1.0835e+02      3.2970e+02
 207 24      23      25      1       1.0835e+02      3.2970e+02      1.0835e+02      3.2970e+02
 208 27      26      28      1       1.0955e+02      3.2803e+02      1.0955e+02      3.2803e+02
 209 1       5       8       1       1.1063e+02      5.2886e+02      1.1063e+02      5.2886e+02
 210 5       8       11      1       1.1063e+02      5.2886e+02      1.1063e+02      5.2886e+02
 211 8       11      14      1       1.1063e+02      5.2886e+02      1.1063e+02      5.2886e+02
 212 11      14      17      1       1.1063e+02      5.2886e+02      1.1063e+02      5.2886e+02
 213 14      17      20      1       1.1063e+02      5.2886e+02      1.1063e+02      5.2886e+02
 214 17      20      23      1       1.1063e+02      5.2886e+02      1.1063e+02      5.2886e+02
 215 20      23      26      1       1.1063e+02      5.2886e+02      1.1063e+02      5.2886e+02
 216 23      26      29      1       1.0943e+02      5.6651e+02      1.0943e+02      5.6651e+02
 217
 218 [ dihedrals ]
 219 ;i  j   k  l     func   C0  ...  C5
 220 1       5       8       9       3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 221 1       5       8       10      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 222 5       8       11      12      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 223 5       8       11      13      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 224 2       1       5       8       3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 225 3       1       5       8       3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 226 4       1       5       8       3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 227 8       11      14      15      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 228 8       11      14      16      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 229 11      8       5       6       3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 230 11      8       5       7       3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 231 11      14      17      18      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 232 11      14      17      19      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 233 14      11      8       9       3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 234 14      11      8       10      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 235 14      17      20      21      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 236 14      17      20      22      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 237 17      14      11      12      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 238 17      14      11      13      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 239 17      20      23      24      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 240 17      20      23      25      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 241 20      17      14      15      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 242 20      17      14      16      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 243 20      23      26      27      3       0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082        0.00000 0.00000 0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082        0.00000 0.00000
 244 20      23      26      28      3       0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082        0.00000 0.00000 0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082        0.00000 0.00000
 245 23      20      17      18      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 246 23      20      17      19      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 247 23      26      29      30      3       1.71544 0.96232 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 1.71544 0.96232 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 248 26      23      20      21      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 249 26      23      20      22      3       0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776        0.00000 0.00000
 250 29      26      23      24      3       1.04600 -1.04600        0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.04600 -1.04600        0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
 251 29      26      23      25      3       1.04600 -1.04600        0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.04600 -1.04600        0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
 252 2       1       5       6       3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 253 2       1       5       7       3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 254 3       1       5       6       3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 255 3       1       5       7       3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 256 4       1       5       6       3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 257 4       1       5       7       3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 258 6       5       8       9       3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 259 6       5       8       10      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 260 7       5       8       9       3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 261 7       5       8       10      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 262 9       8       11      12      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 263 9       8       11      13      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 264 10      8       11      12      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 265 10      8       11      13      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 266 12      11      14      15      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 267 12      11      14      16      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 268 13      11      14      15      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 269 13      11      14      16      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 270 15      14      17      18      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 271 15      14      17      19      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 272 16      14      17      18      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 273 16      14      17      19      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 274 18      17      20      21      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 275 18      17      20      22      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 276 19      17      20      21      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 277 19      17      20      22      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 278 21      20      23      24      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 279 21      20      23      25      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 280 22      20      23      24      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 281 22      20      23      25      3       0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040        0.00000 0.00000
 282 24      23      26      27      3       0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082        0.00000 0.00000 0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082        0.00000 0.00000
 283 24      23      26      28      3       0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082        0.00000 0.00000 0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082        0.00000 0.00000
 284 25      23      26      27      3       0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082        0.00000 0.00000 0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082        0.00000 0.00000
 285 25      23      26      28      3       0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082        0.00000 0.00000 0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082        0.00000 0.00000
 286 27      26      29      30      3       0.69873 2.09618 0.00000 -2.79491        0.00000 0.00000 0.69873 2.09618 0.00000 -2.79491        0.00000 0.00000
 287 28      26      29      30      3       0.69873 2.09618 0.00000 -2.79491        0.00000 0.00000 0.69873 2.09618 0.00000 -2.79491        0.00000 0.00000
 288 1       5       8       11      3       3.68192 3.09616 -2.09200        -3.01248        0.00000 0.00000 3.68192 3.09616 -2.09200        -3.01248        0.00000 0.00000
 289 5       8       11      14      3       3.68192 3.09616 -2.09200        -3.01248        0.00000 0.00000 3.68192 3.09616 -2.09200        -3.01248        0.00000 0.00000
 290 8       11      14      17      3       3.68192 3.09616 -2.09200        -3.01248        0.00000 0.00000 3.68192 3.09616 -2.09200        -3.01248        0.00000 0.00000
 291 11      14      17      20      3       3.68192 3.09616 -2.09200        -3.01248        0.00000 0.00000 3.68192 3.09616 -2.09200        -3.01248        0.00000 0.00000
 292 14      17      20      23      3       3.68192 3.09616 -2.09200        -3.01248        0.00000 0.00000 3.68192 3.09616 -2.09200        -3.01248        0.00000 0.00000
 293 17      20      23      26      3       3.68192 3.09616 -2.09200        -3.01248        0.00000 0.00000 3.68192 3.09616 -2.09200        -3.01248        0.00000 0.00000
 294 20      23      26      29      3       0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082        0.00000 0.00000 0.65270 1.95811 0.00000 -2.61082        0.00000 0.00000
 295
 296
 297 ; Include water topology
 298 #include "amber96.ff/tip3p.itp"
 299
 300 [ system ]
 301 30 system in water
 302
 303 [ molecules ]
 304 ; Compound        nmols
 305 nonanol           1
 306 SOL               2