Work around broken Apple compilers in Mac OS 10.15
[gromacs.git] / COPYING
blob1d94bc08a950878a1cd095de1770a48aa4aa1103
1 GROMACS is free software, distributed under the GNU Lesser General
2 Public License (LGPL) Version 2.1 or (at your option) any later
3 version. See section 1 for details. GROMACS includes optional code
4 covered by several different licences as described below.  The
5 GROMACS package in its entirety may be copied, modified or
6 distributed according to the conditions described in section 1.
7 However, in the interests of clarity and completeness, some
8 individual parts of GROMACS that can be used under their respective
9 licenses are also noted here.
11 This file contains the licenses for the following bodies of code:
12 1. GROMACS
13 2. Trajectory file reading using VMD plugins
14 3. Internal FFT (fftpack)
15 4. thread_mpi
16 5. Blas
17 6. Lapack
18 7. Parts of Boost C++ library
19 8. Google Test and Google Mock
20 9. Sun XDR implementation (External Data Representation)
21 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
22 11. ThreeFry Random Engine
23 12. Gamma distribution from libc++
24 13. md5
25 14. lmfit
26 15. clFFT
27 16. Guidelines Support Library (GSL)
29 Our chosen method for packaging distributions (CPack) only permits a
30 package to have a single license file, so we are unfortunately forced
31 to combine all of this information into a single license file. Sorry
32 about that.
34 ============================================
36 1. GROMACS
37 ==========
39 As our use of the LGPL conveys upon a licensee the option to
40 redistribute the library under the terms of the plain GPL, we must
41 include a copy of that GPL for their reference. The applicable GPL
42 license comes after the applicable LGPL license in this file.
44 ============================================
46                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
47                        Version 2.1, February 1999
49  Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc.
50  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
51  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
52  of this license document, but changing it is not allowed.
54 [This is the first released version of the Lesser GPL.  It also counts
55  as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
56  the version number 2.1.]
58                             Preamble
60   The licenses for most software are designed to take away your
61 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
62 Licenses are intended to guarantee your freedom to share and change
63 free software--to make sure the software is free for all its users.
65   This license, the Lesser General Public License, applies to some
66 specially designated software packages--typically libraries--of the
67 Free Software Foundation and other authors who decide to use it.  You
68 can use it too, but we suggest you first think carefully about whether
69 this license or the ordinary General Public License is the better
70 strategy to use in any particular case, based on the explanations below.
72   When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
73 not price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that
74 you have the freedom to distribute copies of free software (and charge
75 for this service if you wish); that you receive source code or can get
76 it if you want it; that you can change the software and use pieces of
77 it in new free programs; and that you are informed that you can do
78 these things.
80   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
81 distributors to deny you these rights or to ask you to surrender these
82 rights.  These restrictions translate to certain responsibilities for
83 you if you distribute copies of the library or if you modify it.
85   For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
86 or for a fee, you must give the recipients all the rights that we gave
87 you.  You must make sure that they, too, receive or can get the source
88 code.  If you link other code with the library, you must provide
89 complete object files to the recipients, so that they can relink them
90 with the library after making changes to the library and recompiling
91 it.  And you must show them these terms so they know their rights.
93   We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright the
94 library, and (2) we offer you this license, which gives you legal
95 permission to copy, distribute and/or modify the library.
97   To protect each distributor, we want to make it very clear that
98 there is no warranty for the free library.  Also, if the library is
99 modified by someone else and passed on, the recipients should know
100 that what they have is not the original version, so that the original
101 author's reputation will not be affected by problems that might be
102 introduced by others.
104   Finally, software patents pose a constant threat to the existence of
105 any free program.  We wish to make sure that a company cannot
106 effectively restrict the users of a free program by obtaining a
107 restrictive license from a patent holder.  Therefore, we insist that
108 any patent license obtained for a version of the library must be
109 consistent with the full freedom of use specified in this license.
111   Most GNU software, including some libraries, is covered by the
112 ordinary GNU General Public License.  This license, the GNU Lesser
113 General Public License, applies to certain designated libraries, and
114 is quite different from the ordinary General Public License.  We use
115 this license for certain libraries in order to permit linking those
116 libraries into non-free programs.
118   When a program is linked with a library, whether statically or using
119 a shared library, the combination of the two is legally speaking a
120 combined work, a derivative of the original library.  The ordinary
121 General Public License therefore permits such linking only if the
122 entire combination fits its criteria of freedom.  The Lesser General
123 Public License permits more lax criteria for linking other code with
124 the library.
126   We call this license the "Lesser" General Public License because it
127 does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
128 Public License.  It also provides other free software developers Less
129 of an advantage over competing non-free programs.  These disadvantages
130 are the reason we use the ordinary General Public License for many
131 libraries.  However, the Lesser license provides advantages in certain
132 special circumstances.
134   For example, on rare occasions, there may be a special need to
135 encourage the widest possible use of a certain library, so that it becomes
136 a de-facto standard.  To achieve this, non-free programs must be
137 allowed to use the library.  A more frequent case is that a free
138 library does the same job as widely used non-free libraries.  In this
139 case, there is little to gain by limiting the free library to free
140 software only, so we use the Lesser General Public License.
142   In other cases, permission to use a particular library in non-free
143 programs enables a greater number of people to use a large body of
144 free software.  For example, permission to use the GNU C Library in
145 non-free programs enables many more people to use the whole GNU
146 operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
147 system.
149   Although the Lesser General Public License is Less protective of the
150 users' freedom, it does ensure that the user of a program that is
151 linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
152 that program using a modified version of the Library.
154   The precise terms and conditions for copying, distribution and
155 modification follow.  Pay close attention to the difference between a
156 "work based on the library" and a "work that uses the library".  The
157 former contains code derived from the library, whereas the latter must
158 be combined with the library in order to run.
160                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
161    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
163   0. This License Agreement applies to any software library or other
164 program which contains a notice placed by the copyright holder or
165 other authorized party saying it may be distributed under the terms of
166 this Lesser General Public License (also called "this License").
167 Each licensee is addressed as "you".
169   A "library" means a collection of software functions and/or data
170 prepared so as to be conveniently linked with application programs
171 (which use some of those functions and data) to form executables.
173   The "Library", below, refers to any such software library or work
174 which has been distributed under these terms.  A "work based on the
175 Library" means either the Library or any derivative work under
176 copyright law: that is to say, a work containing the Library or a
177 portion of it, either verbatim or with modifications and/or translated
178 straightforwardly into another language.  (Hereinafter, translation is
179 included without limitation in the term "modification".)
181   "Source code" for a work means the preferred form of the work for
182 making modifications to it.  For a library, complete source code means
183 all the source code for all modules it contains, plus any associated
184 interface definition files, plus the scripts used to control compilation
185 and installation of the library.
187   Activities other than copying, distribution and modification are not
188 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
189 running a program using the Library is not restricted, and output from
190 such a program is covered only if its contents constitute a work based
191 on the Library (independent of the use of the Library in a tool for
192 writing it).  Whether that is true depends on what the Library does
193 and what the program that uses the Library does.
195   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
196 complete source code as you receive it, in any medium, provided that
197 you conspicuously and appropriately publish on each copy an
198 appropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
199 all the notices that refer to this License and to the absence of any
200 warranty; and distribute a copy of this License along with the
201 Library.
203   You may charge a fee for the physical act of transferring a copy,
204 and you may at your option offer warranty protection in exchange for a
205 fee.
207   2. You may modify your copy or copies of the Library or any portion
208 of it, thus forming a work based on the Library, and copy and
209 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
210 above, provided that you also meet all of these conditions:
212     a) The modified work must itself be a software library.
214     b) You must cause the files modified to carry prominent notices
215     stating that you changed the files and the date of any change.
217     c) You must cause the whole of the work to be licensed at no
218     charge to all third parties under the terms of this License.
220     d) If a facility in the modified Library refers to a function or a
221     table of data to be supplied by an application program that uses
222     the facility, other than as an argument passed when the facility
223     is invoked, then you must make a good faith effort to ensure that,
224     in the event an application does not supply such function or
225     table, the facility still operates, and performs whatever part of
226     its purpose remains meaningful.
228     (For example, a function in a library to compute square roots has
229     a purpose that is entirely well-defined independent of the
230     application.  Therefore, Subsection 2d requires that any
231     application-supplied function or table used by this function must
232     be optional: if the application does not supply it, the square
233     root function must still compute square roots.)
235 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
236 identifiable sections of that work are not derived from the Library,
237 and can be reasonably considered independent and separate works in
238 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
239 sections when you distribute them as separate works.  But when you
240 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
241 on the Library, the distribution of the whole must be on the terms of
242 this License, whose permissions for other licensees extend to the
243 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
246 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
247 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
248 exercise the right to control the distribution of derivative or
249 collective works based on the Library.
251 In addition, mere aggregation of another work not based on the Library
252 with the Library (or with a work based on the Library) on a volume of
253 a storage or distribution medium does not bring the other work under
254 the scope of this License.
256   3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
257 License instead of this License to a given copy of the Library.  To do
258 this, you must alter all the notices that refer to this License, so
259 that they refer to the ordinary GNU General Public License, version 2,
260 instead of to this License.  (If a newer version than version 2 of the
261 ordinary GNU General Public License has appeared, then you can specify
262 that version instead if you wish.)  Do not make any other change in
263 these notices.
265   Once this change is made in a given copy, it is irreversible for
266 that copy, so the ordinary GNU General Public License applies to all
267 subsequent copies and derivative works made from that copy.
269   This option is useful when you wish to copy part of the code of
270 the Library into a program that is not a library.
272   4. You may copy and distribute the Library (or a portion or
273 derivative of it, under Section 2) in object code or executable form
274 under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
275 it with the complete corresponding machine-readable source code, which
276 must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a
277 medium customarily used for software interchange.
279   If distribution of object code is made by offering access to copy
280 from a designated place, then offering equivalent access to copy the
281 source code from the same place satisfies the requirement to
282 distribute the source code, even though third parties are not
283 compelled to copy the source along with the object code.
285   5. A program that contains no derivative of any portion of the
286 Library, but is designed to work with the Library by being compiled or
287 linked with it, is called a "work that uses the Library".  Such a
288 work, in isolation, is not a derivative work of the Library, and
289 therefore falls outside the scope of this License.
291   However, linking a "work that uses the Library" with the Library
292 creates an executable that is a derivative of the Library (because it
293 contains portions of the Library), rather than a "work that uses the
294 library".  The executable is therefore covered by this License.
295 Section 6 states terms for distribution of such executables.
297   When a "work that uses the Library" uses material from a header file
298 that is part of the Library, the object code for the work may be a
299 derivative work of the Library even though the source code is not.
300 Whether this is true is especially significant if the work can be
301 linked without the Library, or if the work is itself a library.  The
302 threshold for this to be true is not precisely defined by law.
304   If such an object file uses only numerical parameters, data
305 structure layouts and accessors, and small macros and small inline
306 functions (ten lines or less in length), then the use of the object
307 file is unrestricted, regardless of whether it is legally a derivative
308 work.  (Executables containing this object code plus portions of the
309 Library will still fall under Section 6.)
311   Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
312 distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
313 Any executables containing that work also fall under Section 6,
314 whether or not they are linked directly with the Library itself.
316   6. As an exception to the Sections above, you may also combine or
317 link a "work that uses the Library" with the Library to produce a
318 work containing portions of the Library, and distribute that work
319 under terms of your choice, provided that the terms permit
320 modification of the work for the customer's own use and reverse
321 engineering for debugging such modifications.
323   You must give prominent notice with each copy of the work that the
324 Library is used in it and that the Library and its use are covered by
325 this License.  You must supply a copy of this License.  If the work
326 during execution displays copyright notices, you must include the
327 copyright notice for the Library among them, as well as a reference
328 directing the user to the copy of this License.  Also, you must do one
329 of these things:
331     a) Accompany the work with the complete corresponding
332     machine-readable source code for the Library including whatever
333     changes were used in the work (which must be distributed under
334     Sections 1 and 2 above); and, if the work is an executable linked
335     with the Library, with the complete machine-readable "work that
336     uses the Library", as object code and/or source code, so that the
337     user can modify the Library and then relink to produce a modified
338     executable containing the modified Library.  (It is understood
339     that the user who changes the contents of definitions files in the
340     Library will not necessarily be able to recompile the application
341     to use the modified definitions.)
343     b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
344     Library.  A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a
345     copy of the library already present on the user's computer system,
346     rather than copying library functions into the executable, and (2)
347     will operate properly with a modified version of the library, if
348     the user installs one, as long as the modified version is
349     interface-compatible with the version that the work was made with.
351     c) Accompany the work with a written offer, valid for at
352     least three years, to give the same user the materials
353     specified in Subsection 6a, above, for a charge no more
354     than the cost of performing this distribution.
356     d) If distribution of the work is made by offering access to copy
357     from a designated place, offer equivalent access to copy the above
358     specified materials from the same place.
360     e) Verify that the user has already received a copy of these
361     materials or that you have already sent this user a copy.
363   For an executable, the required form of the "work that uses the
364 Library" must include any data and utility programs needed for
365 reproducing the executable from it.  However, as a special exception,
366 the materials to be distributed need not include anything that is
367 normally distributed (in either source or binary form) with the major
368 components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
369 which the executable runs, unless that component itself accompanies
370 the executable.
372   It may happen that this requirement contradicts the license
373 restrictions of other proprietary libraries that do not normally
374 accompany the operating system.  Such a contradiction means you cannot
375 use both them and the Library together in an executable that you
376 distribute.
378   7. You may place library facilities that are a work based on the
379 Library side-by-side in a single library together with other library
380 facilities not covered by this License, and distribute such a combined
381 library, provided that the separate distribution of the work based on
382 the Library and of the other library facilities is otherwise
383 permitted, and provided that you do these two things:
385     a) Accompany the combined library with a copy of the same work
386     based on the Library, uncombined with any other library
387     facilities.  This must be distributed under the terms of the
388     Sections above.
390     b) Give prominent notice with the combined library of the fact
391     that part of it is a work based on the Library, and explaining
392     where to find the accompanying uncombined form of the same work.
394   8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute
395 the Library except as expressly provided under this License.  Any
396 attempt otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or
397 distribute the Library is void, and will automatically terminate your
398 rights under this License.  However, parties who have received copies,
399 or rights, from you under this License will not have their licenses
400 terminated so long as such parties remain in full compliance.
402   9. You are not required to accept this License, since you have not
403 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
404 distribute the Library or its derivative works.  These actions are
405 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
406 modifying or distributing the Library (or any work based on the
407 Library), you indicate your acceptance of this License to do so, and
408 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
409 the Library or works based on it.
411   10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
412 Library), the recipient automatically receives a license from the
413 original licensor to copy, distribute, link with or modify the Library
414 subject to these terms and conditions.  You may not impose any further
415 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
416 You are not responsible for enforcing compliance by third parties with
417 this License.
419   11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
420 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
421 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
422 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
423 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
424 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
425 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
426 may not distribute the Library at all.  For example, if a patent
427 license would not permit royalty-free redistribution of the Library by
428 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
429 the only way you could satisfy both it and this License would be to
430 refrain entirely from distribution of the Library.
432 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under any
433 particular circumstance, the balance of the section is intended to apply,
434 and the section as a whole is intended to apply in other circumstances.
436 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
437 patents or other property right claims or to contest validity of any
438 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
439 integrity of the free software distribution system which is
440 implemented by public license practices.  Many people have made
441 generous contributions to the wide range of software distributed
442 through that system in reliance on consistent application of that
443 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
444 to distribute software through any other system and a licensee cannot
445 impose that choice.
447 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
448 be a consequence of the rest of this License.
450   12. If the distribution and/or use of the Library is restricted in
451 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
452 original copyright holder who places the Library under this License may add
453 an explicit geographical distribution limitation excluding those countries,
454 so that distribution is permitted only in or among countries not thus
455 excluded.  In such case, this License incorporates the limitation as if
456 written in the body of this License.
458   13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
459 versions of the Lesser General Public License from time to time.
460 Such new versions will be similar in spirit to the present version,
461 but may differ in detail to address new problems or concerns.
463 Each version is given a distinguishing version number.  If the Library
464 specifies a version number of this License which applies to it and
465 "any later version", you have the option of following the terms and
466 conditions either of that version or of any later version published by
467 the Free Software Foundation.  If the Library does not specify a
468 license version number, you may choose any version ever published by
469 the Free Software Foundation.
471   14. If you wish to incorporate parts of the Library into other free
472 programs whose distribution conditions are incompatible with these,
473 write to the author to ask for permission.  For software which is
474 copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
475 Software Foundation; we sometimes make exceptions for this.  Our
476 decision will be guided by the two goals of preserving the free status
477 of all derivatives of our free software and of promoting the sharing
478 and reuse of software generally.
480                             NO WARRANTY
482   15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
483 WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
484 EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
485 OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
486 KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
487 IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
488 PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
489 LIBRARY IS WITH YOU.  SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
490 THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
492   16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN
493 WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
494 AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU
495 FOR DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR
496 CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
497 LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
498 RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
499 FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER SOFTWARE), EVEN IF
500 SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
501 DAMAGES.
503                      END OF TERMS AND CONDITIONS
505            How to Apply These Terms to Your New Libraries
507   If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
508 possible use to the public, we recommend making it free software that
509 everyone can redistribute and change.  You can do so by permitting
510 redistribution under these terms (or, alternatively, under the terms of the
511 ordinary General Public License).
513   To apply these terms, attach the following notices to the library.  It is
514 safest to attach them to the start of each source file to most effectively
515 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least the
516 "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
518     <one line to give the library's name and a brief idea of what it does.>
519     Copyright (C) <year>  <name of author>
521     This library is free software; you can redistribute it and/or
522     modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
523     License as published by the Free Software Foundation; either
524     version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
526     This library is distributed in the hope that it will be useful,
527     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
528     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
529     Lesser General Public License for more details.
531     You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
532     License along with this library; if not, write to the Free Software
533     Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
535 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
537 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
538 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the library, if
539 necessary.  Here is a sample; alter the names:
541   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the
542   library `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random Hacker.
544   <signature of Ty Coon>, 1 April 1990
545   Ty Coon, President of Vice
547 That's all there is to it!
549 ============================================
551                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
552                        Version 2, June 1991
554  Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.,
555  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
556  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
557  of this license document, but changing it is not allowed.
559                             Preamble
561   The licenses for most software are designed to take away your
562 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
563 License is intended to guarantee your freedom to share and change free
564 software--to make sure the software is free for all its users.  This
565 General Public License applies to most of the Free Software
566 Foundation's software and to any other program whose authors commit to
567 using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
568 the GNU Lesser General Public License instead.)  You can apply it to
569 your programs, too.
571   When we speak of free software, we are referring to freedom, not
572 price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
573 have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
574 this service if you wish), that you receive source code or can get it
575 if you want it, that you can change the software or use pieces of it
576 in new free programs; and that you know you can do these things.
578   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
579 anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
580 These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
581 distribute copies of the software, or if you modify it.
583   For example, if you distribute copies of such a program, whether
584 gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
585 you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
586 source code.  And you must show them these terms so they know their
587 rights.
589   We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
590 (2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
591 distribute and/or modify the software.
593   Also, for each author's protection and ours, we want to make certain
594 that everyone understands that there is no warranty for this free
595 software.  If the software is modified by someone else and passed on, we
596 want its recipients to know that what they have is not the original, so
597 that any problems introduced by others will not reflect on the original
598 authors' reputations.
600   Finally, any free program is threatened constantly by software
601 patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free
602 program will individually obtain patent licenses, in effect making the
603 program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
604 patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.
606   The precise terms and conditions for copying, distribution and
607 modification follow.
609                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
610    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
612   0. This License applies to any program or other work which contains
613 a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
614 under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
615 refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
616 means either the Program or any derivative work under copyright law:
617 that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
618 either verbatim or with modifications and/or translated into another
619 language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
620 the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
622 Activities other than copying, distribution and modification are not
623 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
624 running the Program is not restricted, and the output from the Program
625 is covered only if its contents constitute a work based on the
626 Program (independent of having been made by running the Program).
627 Whether that is true depends on what the Program does.
629   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
630 source code as you receive it, in any medium, provided that you
631 conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
632 copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
633 notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
634 and give any other recipients of the Program a copy of this License
635 along with the Program.
637 You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
638 you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
640   2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion
641 of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
642 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
643 above, provided that you also meet all of these conditions:
645     a) You must cause the modified files to carry prominent notices
646     stating that you changed the files and the date of any change.
648     b) You must cause any work that you distribute or publish, that in
649     whole or in part contains or is derived from the Program or any
650     part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third
651     parties under the terms of this License.
653     c) If the modified program normally reads commands interactively
654     when run, you must cause it, when started running for such
655     interactive use in the most ordinary way, to print or display an
656     announcement including an appropriate copyright notice and a
657     notice that there is no warranty (or else, saying that you provide
658     a warranty) and that users may redistribute the program under
659     these conditions, and telling the user how to view a copy of this
660     License.  (Exception: if the Program itself is interactive but
661     does not normally print such an announcement, your work based on
662     the Program is not required to print an announcement.)
664 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
665 identifiable sections of that work are not derived from the Program,
666 and can be reasonably considered independent and separate works in
667 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
668 sections when you distribute them as separate works.  But when you
669 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
670 on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of
671 this License, whose permissions for other licensees extend to the
672 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
674 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
675 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
676 exercise the right to control the distribution of derivative or
677 collective works based on the Program.
679 In addition, mere aggregation of another work not based on the Program
680 with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
681 a storage or distribution medium does not bring the other work under
682 the scope of this License.
684   3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
685 under Section 2) in object code or executable form under the terms of
686 Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:
688     a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
689     source code, which must be distributed under the terms of Sections
690     1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
692     b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
693     years, to give any third party, for a charge no more than your
694     cost of physically performing source distribution, a complete
695     machine-readable copy of the corresponding source code, to be
696     distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
697     customarily used for software interchange; or,
699     c) Accompany it with the information you received as to the offer
700     to distribute corresponding source code.  (This alternative is
701     allowed only for noncommercial distribution and only if you
702     received the program in object code or executable form with such
703     an offer, in accord with Subsection b above.)
705 The source code for a work means the preferred form of the work for
706 making modifications to it.  For an executable work, complete source
707 code means all the source code for all modules it contains, plus any
708 associated interface definition files, plus the scripts used to
709 control compilation and installation of the executable.  However, as a
710 special exception, the source code distributed need not include
711 anything that is normally distributed (in either source or binary
712 form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
713 operating system on which the executable runs, unless that component
714 itself accompanies the executable.
716 If distribution of executable or object code is made by offering
717 access to copy from a designated place, then offering equivalent
718 access to copy the source code from the same place counts as
719 distribution of the source code, even though third parties are not
720 compelled to copy the source along with the object code.
722   4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
723 except as expressly provided under this License.  Any attempt
724 otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
725 void, and will automatically terminate your rights under this License.
726 However, parties who have received copies, or rights, from you under
727 this License will not have their licenses terminated so long as such
728 parties remain in full compliance.
730   5. You are not required to accept this License, since you have not
731 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
732 distribute the Program or its derivative works.  These actions are
733 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
734 modifying or distributing the Program (or any work based on the
735 Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
736 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
737 the Program or works based on it.
739   6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
740 Program), the recipient automatically receives a license from the
741 original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
742 these terms and conditions.  You may not impose any further
743 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
744 You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
745 this License.
747   7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
748 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
749 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
750 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
751 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
752 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
753 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
754 may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
755 license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
756 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
757 the only way you could satisfy both it and this License would be to
758 refrain entirely from distribution of the Program.
760 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
761 any particular circumstance, the balance of the section is intended to
762 apply and the section as a whole is intended to apply in other
763 circumstances.
765 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
766 patents or other property right claims or to contest validity of any
767 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
768 integrity of the free software distribution system, which is
769 implemented by public license practices.  Many people have made
770 generous contributions to the wide range of software distributed
771 through that system in reliance on consistent application of that
772 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
773 to distribute software through any other system and a licensee cannot
774 impose that choice.
776 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
777 be a consequence of the rest of this License.
779   8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
780 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
781 original copyright holder who places the Program under this License
782 may add an explicit geographical distribution limitation excluding
783 those countries, so that distribution is permitted only in or among
784 countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
785 the limitation as if written in the body of this License.
787   9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
788 of the General Public License from time to time.  Such new versions will
789 be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
790 address new problems or concerns.
792 Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
793 specifies a version number of this License which applies to it and "any
794 later version", you have the option of following the terms and conditions
795 either of that version or of any later version published by the Free
796 Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
797 this License, you may choose any version ever published by the Free Software
798 Foundation.
800   10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
801 programs whose distribution conditions are different, write to the author
802 to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
803 Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
804 make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
805 of preserving the free status of all derivatives of our free software and
806 of promoting the sharing and reuse of software generally.
808                             NO WARRANTY
810   11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
811 FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
812 OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
813 PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
814 OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
815 MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
816 TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
817 PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
818 REPAIR OR CORRECTION.
820   12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
821 WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
822 REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
823 INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
824 OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
825 TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
826 YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
827 PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
828 POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
830                      END OF TERMS AND CONDITIONS
832             How to Apply These Terms to Your New Programs
834   If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
835 possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
836 free software which everyone can redistribute and change under these terms.
838   To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
839 to attach them to the start of each source file to most effectively
840 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least
841 the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
843     <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>
844     Copyright (C) <year>  <name of author>
846     This program is free software; you can redistribute it and/or modify
847     it under the terms of the GNU General Public License as published by
848     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
849     (at your option) any later version.
851     This program is distributed in the hope that it will be useful,
852     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
853     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
854     GNU General Public License for more details.
856     You should have received a copy of the GNU General Public License along
857     with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
858     51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
860 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
862 If the program is interactive, make it output a short notice like this
863 when it starts in an interactive mode:
865     Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author
866     Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
867     This is free software, and you are welcome to redistribute it
868     under certain conditions; type `show c' for details.
870 The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
871 parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may
872 be called something other than `show w' and `show c'; they could even be
873 mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
875 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
876 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if
877 necessary.  Here is a sample; alter the names:
879   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
880   `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
882   <signature of Ty Coon>, 1 April 1989
883   Ty Coon, President of Vice
885 This General Public License does not permit incorporating your program into
886 proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
887 consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
888 library.  If this is what you want to do, use the GNU Lesser General
889 Public License instead of this License.
891 2. Trajectory file reading using VMD plugins
892 ============================================
894    Files: src/external/vmd_molfile/
895           src/gromacs/fileio/vmdio.c
897                 (C) Copyright 1995-2009 The Board of Trustees of the
898                             University of Illinois
899                              All Rights Reserved
901 Developed by:           Theoretical and Computational Biophysics Group
902                         University of Illinois at Urbana-Champaign
903                         http://www.ks.uiuc.edu/
905 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of
906 this software and associated documentation files (the Software), to deal with
907 the Software without restriction, including without limitation the rights to
908 use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies
909 of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to
910 do so, subject to the following conditions:
912 Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
913 this list of conditions and the following disclaimers.
915 Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
916 this list of conditions and the following disclaimers in the documentation
917 and/or other materials provided with the distribution.
919 Neither the names of Theoretical and Computational Biophysics Group,
920 University of Illinois at Urbana-Champaign, nor the names of its contributors
921 may be used to endorse or promote products derived from this Software without
922 specific prior written permission.
924 THE SOFTWARE IS PROVIDED AS IS, WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
925 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
926 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.  IN NO EVENT SHALL
927 THE CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR
928 OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
929 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR
930 OTHER DEALINGS WITH THE SOFTWARE.
932 3. Internal FFT (ffpack)
933 ========================
935    Files: src/external/fftpack/fftpack.c
937 Copyright (c) 2005-2011, NumPy Developers.
938 All rights reserved.
940 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
941 modification, are permitted provided that the following conditions are
942 met:
944     * Redistributions of source code must retain the above copyright
945        notice, this list of conditions and the following disclaimer.
947     * Redistributions in binary form must reproduce the above
948        copyright notice, this list of conditions and the following
949        disclaimer in the documentation and/or other materials provided
950        with the distribution.
952     * Neither the name of the NumPy Developers nor the names of any
953        contributors may be used to endorse or promote products derived
954        from this software without specific prior written permission.
956 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
957 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
958 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
959 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
960 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
961 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
962 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
963 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
964 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
965 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
966 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
968 fftpack.c : A set of FFT routines in C.
969 Algorithmically based on Fortran-77 FFTPACK by Paul N. Swarztrauber (Version 4, 1985).
971 4. thread_mpi
972 =============
974    Files: src/external/thread_mpi/
976 Copyright (c) 2009-2012, Sander Pronk & Erik Lindahl.
977 All rights reserved.
979 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
980 modification, are permitted provided that the following conditions are met:
981 1) Redistributions of source code must retain the above copyright
982    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
983 2) Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
984    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
985    documentation and/or other materials provided with the distribution.
986 3) Neither the name of the <organization> nor the
987    names of its contributors may be used to endorse or promote products
988    derived from this software without specific prior written permission.
990 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY US ''AS IS'' AND ANY
991 EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
992 WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
993 DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL <copyright holder> BE LIABLE FOR ANY
994 DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
995 (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
996 LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND
997 ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
998 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
999 SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1001 If you want to redistribute modifications, please consider that
1002 scientific software is very special. Version control is crucial -
1003 bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
1004 inclusion in the official distribution, but derived work should not
1005 be called official thread_mpi.
1007 5. Blas
1008 =======
1010 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib BLAS library.
1011 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1012 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the GROMACS developers, and
1013 not the reference BLAS implementation.
1015 The reference BLAS implementation is available from http://www.netlib.org/blas
1017 BLAS does not come with a formal named "license", but a general statement that
1019 "The reference BLAS is a freely-available software package. It is available from netlib
1020 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1021 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1023 While the rest of GROMACS is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1024 our modified BLAS files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1025 However, be warned that we have only tested that they do the right thing in the cases used
1026 in GROMACS (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1027 better idea to use the full reference implementation.
1029 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1031 6. Lapack
1032 =========
1034 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib LAPACK library.
1035 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1036 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the GROMACS developers, and
1037 not the reference LAPACK implementation.
1039 The reference LAPACK implementation is available from http://www.netlib.org/lapack
1041 LAPACK does not come with a formal named "license", but a general statement saying:
1043 "The reference LAPACK is a freely-available software package. It is available from netlib
1044 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1045 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1047 While the rest of GROMACS is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1048 our modified LAPACK files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1050 However, be warned that we have only tested that they do the right thing in the cases used
1051 in GROMACS (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1052 better idea to use the full reference implementation.
1054 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1056 7. Parts of Boost C++ library
1057 =============================
1059    Files: src/gromacs/utility/current_function.h
1060           src/gromacs/utility/path.cpp
1062 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1064 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1065 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1066 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1067 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1068 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1069 do so, all subject to the following:
1071 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1072 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1073 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1074 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1075 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1076 a source language processor.
1078 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1079 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1080 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1081 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1082 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1083 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1084 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1086 8. Google Test and Google Mock
1087 ===============================
1089    Files: src/external/gmock-1.7.0/*
1091 Copyright 2008, Google Inc.
1092 All rights reserved.
1094 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1095 modification, are permitted provided that the following conditions are
1096 met:
1098     * Redistributions of source code must retain the above copyright
1099 notice, this list of conditions and the following disclaimer.
1100     * Redistributions in binary form must reproduce the above
1101 copyright notice, this list of conditions and the following disclaimer
1102 in the documentation and/or other materials provided with the
1103 distribution.
1104     * Neither the name of Google Inc. nor the names of its
1105 contributors may be used to endorse or promote products derived from
1106 this software without specific prior written permission.
1108 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
1109 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
1110 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
1111 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
1112 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
1113 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
1114 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
1115 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
1116 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
1117 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
1118 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1121 9. Sun Extensible Data Representation routines (XDR)
1122 =====================================================
1124     Files: src/gromacs/fileio/gmx_system_xdr.c
1126 Sun RPC is a product of Sun Microsystems, Inc. and is provided for
1127 unrestricted use provided that this legend is included on all tape
1128 media and as a part of the software program in whole or part.  Users
1129 may copy or modify Sun RPC without charge, but are not authorized
1130 to license or distribute it to anyone else except as part of a product or
1131 program developed by the user.
1133 SUN RPC IS PROVIDED AS IS WITH NO WARRANTIES OF ANY KIND INCLUDING THE
1134 WARRANTIES OF DESIGN, MERCHANTIBILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
1135 PURPOSE, OR ARISING FROM A COURSE OF DEALING, USAGE OR TRADE PRACTICE.
1137 Sun RPC is provided with no support and without any obligation on the
1138 part of Sun Microsystems, Inc. to assist in its use, correction,
1139 modification or enhancement.
1141 SUN MICROSYSTEMS, INC. SHALL HAVE NO LIABILITY WITH RESPECT TO THE
1142 INFRINGEMENT OF COPYRIGHTS, TRADE SECRETS OR ANY PATENTS BY SUN RPC
1143 OR ANY PART THEREOF.
1145 In no event will Sun Microsystems, Inc. be liable for any lost revenue
1146 or profits or other special, indirect and consequential damages, even if
1147 Sun has been advised of the possibility of such damages.
1149 Sun Microsystems, Inc.
1150 2550 Garcia Avenue
1151 Mountain View, California  94043
1154 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
1155 ===================================================
1157     Files: src/gromacs/math/utilities.c
1159 Copyright (C) 1993 by Sun Microsystems, Inc. All rights reserved.
1161 Developed at SunSoft, a Sun Microsystems, Inc. business.
1162 Permission to use, copy, modify, and distribute this
1163 software is freely granted, provided that this notice
1164 is preserved.
1167 11. ThreeFry Random Engine
1168 ============================================
1170 Based on proposed Boost implementations by
1171 a) John Salmon, Copyright 2010-2014 by D. E. Shaw Research
1172 b) Thijs van den Berg, Copyright (c) 2014 M.A. (Thijs) van den Berg
1174 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1176 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1177 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1178 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1179 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1180 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1181 do so, all subject to the following:
1183 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1184 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1185 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1186 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1187 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1188 a source language processor.
1190 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1191 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1192 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1193 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1194 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1195 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1196 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1198 12. Gamma distribution from libc++
1199 ============================================
1201 Copyright (c) The LLVM compiler infrastructure
1203 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
1204 of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
1205 in the Software without restriction, including without limitation the rights
1206 to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
1207 copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
1208 furnished to do so, subject to the following conditions:
1210 The above copyright notice and this permission notice shall be included in
1211 all copies or substantial portions of the Software.
1213 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1214 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1215 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
1216 AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
1217 LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
1218 OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
1219 THE SOFTWARE.
1222 13. md5
1223 ============================================
1225 Copyright (C) 1999, 2002 Aladdin Enterprises.  All rights reserved.
1227 This software is provided 'as-is', without any express or implied
1228 warranty.  In no event will the authors be held liable for any damages
1229 arising from the use of this software.
1231 Permission is granted to anyone to use this software for any purpose,
1232 including commercial applications, and to alter it and redistribute it
1233 freely, subject to the following restrictions:
1235 1. The origin of this software must not be misrepresented; you must not
1236   claim that you wrote the original software. If you use this software
1237   in a product, an acknowledgment in the product documentation would be
1238   appreciated but is not required.
1239 2. Altered source versions must be plainly marked as such, and must not be
1240   misrepresented as being the original software.
1241 3. This notice may not be removed or altered from any source distribution.
1243 L. Peter Deutsch
1244 ghost@aladdin.com
1246 14. lmfit
1247 ============================================
1248 The package lmfit is distributed under the FreeBSD License:
1251   Copyright (c) 1980-1999 University of Chicago,
1252                           as operator of Argonne National Laboratory
1253   Copyright (c) 2004-2015 Joachim Wuttke, Forschungszentrum Juelich GmbH
1255   All rights reserved.
1257   Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1258   modification, are permitted provided that the following conditions are met:
1260   - Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
1261     this list of conditions and the following disclaimer.
1262   - Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
1263     this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
1264     and/or other materials provided with the distribution.
1266   This software is provided by the copyright holders and contributors "as is"
1267   and any express or implied warranties, including, but not limited to, the
1268   implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose
1269   are disclaimed. In no event shall the copyright holder or contributors
1270   be liable for any direct, indirect, incidental, special, exemplary, or
1271   consequential damages (including, but not limited to, procurement of
1272   substitute goods or services; loss of use, data, or profits; or business
1273   interruption) however caused and on any theory of liability, whether in
1274   contract, strict liability, or tort (including negligence or otherwise)
1275   arising in any way out of the use of this software, even if advised of the
1276   possibility of such damage.
1279 15. clFFT
1280 ============================================
1282    Files: src/external/clFFT/*
1284 The source for clFFT is licensed under the Apache License, Version 2.0
1287 AMD clFFT
1288     Copyright 2013 Advanced Micro Devices, Inc.
1290     This product includes software developed at
1291     Advanced Micro Devices, Inc. (http://www.amd.com).
1294 15. Guidelines Support Library
1295 ============================================
1297    Files: src/gromacs/compat/pointers.h
1299 The source for the Guidelines Support Library (GSL) is licensed under
1300 the MIT license.
1303 Copyright (c) 2015 Microsoft Corporation. All rights reserved.
1305 This code is licensed under the MIT License (MIT).
1307 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
1308 of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
1309 in the Software without restriction, including without limitation the rights
1310 to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies
1311 of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to do
1312 so, subject to the following conditions:
1314 The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
1315 copies or substantial portions of the Software.
1317 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1318 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1319 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
1320 AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
1321 LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
1322 OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
1323 THE SOFTWARE.