docs/release-notes/2019/2019.5.rst

   1 GROMACS 2019.5 release notes
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   4 This version was released on TODO, 2019. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2019.4 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2018.7 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
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  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on redmine, without the
  14    a space between the colon and number!
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  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
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  19 Fix use of uninitialized data on PME only ranks
  20 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 When building GPU enabled versions of |Gromacs| with clang as either host only or host
  23 and device side compiler, PME datastructures could be left uninitialized, leading
  24 to the use of random values for LJ PME energies, virial and pressure.
  25
  26 The effect of this bug was that the potential and total energy could
  27 be wrong, but not the Coulomb mesh energy. This didn't affect sampling.
  28 The pressure could also be wrong, which would affect sampling when pressure
  29 coupling is used, but likely the simulation would explode after a few steps.
  30
  31 This doesn't seem to have affected versions of |Gromacs| built
  32 with gcc as the host side compiler.
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  34 :issue:`3120`
  35
  36 Fix out of range memory access with free-energy calculations
  37 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  38
  39 With free-energy calculations not using lambda states, an output
  40 buffer would be accessed one element beyond it's allocated size.
  41 We don't expect this to have caused incorrect results, but
  42 a memory checker would complain.
  43
  44 :issue:`3173`
  45
  46 Work around broken Apple Clang compiler in Mac OS Catalina
  47 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  48 In Mac OS Catalina, the default XCode compilers checks and
  49 enforces stack alignment. This would have been a good idea
  50 if Apple itself did not ship a C library that violates the
  51 stack alignment with AVX instructions are enabled.
  52
  53 :issue:`3199`
  54
  55 Fixes for ``gmx`` tools
  56 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  57
  58 Fixes that affect portability
  59 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
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  61 Miscellaneous
  62 ^^^^^^^^^^^^^
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