docs/reference-manual/analysis/dihedral-pca.rst

   1 Dihedral principal component analysis
   2 -------------------------------------
   3
   4 | :ref:`gmx angle <gmx angle>`, :ref:`gmx covar <gmx covar>`,
   5   :ref:`gmx anaeig <gmx anaeig>`
   6 | Principal component analysis can be performed in dihedral
   7   space \ :ref:`172 <refMu2005a>` using |Gromacs|. You start by defining the
   8   dihedral angles of interest in an index file, either using
   9   :ref:`gmx mk_angndx <gmx mk_angndx>` or otherwise. Then you use the
  10   :ref:`gmx angle <gmx angle>` program with the ``-or`` flag to
  11   produce a new :ref:`trr` file containing the cosine and sine
  12   of each dihedral angle in two coordinates, respectively. That is, in
  13   the :ref:`trr` file you will have a series of numbers
  14   corresponding to: cos(\ :math:`\phi_1`), sin(\ :math:`\phi_1`),
  15   cos(\ :math:`\phi_2`), sin(\ :math:`\phi_2`), ...,
  16   cos(\ :math:`\phi_n`), sin(\ :math:`\phi_n`), and the array is padded
  17   with zeros, if necessary. Then you can use this :ref:`trr`
  18   file as input for the :ref:`gmx covar <gmx covar>` program and perform
  19   principal component analysis as usual. For this to work you will need
  20   to generate a reference file (:ref:`tpr`,
  21   :ref:`gro`, :ref:`pdb` etc.) containing the same
  22   number of “atoms” as the new :ref:`trr` file, that is for
  23   :math:`n` dihedrals you need 2\ :math:`n`/3 atoms (rounded up if not
  24   an integer number). You should use the ``-nofit`` option
  25   for :ref:`gmx covar <gmx covar>` since the coordinates in the dummy
  26   reference file do not correspond in any way to the information in the
  27   :ref:`trr` file. Analysis of the results is done using
  28   :ref:`gmx anaeig <gmx anaeig>`.