[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ChainSep_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_4.xml
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6 <GroFile Name="Header">
7 <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">261</Int>
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11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "charmm27.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein_chain_A 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
33 1 NH3 2 ALA N 1 -0.3 14.007
34 2 HC 2 ALA H1 2 0.33 1.008
35 3 HC 2 ALA H2 3 0.33 1.008
36 4 HC 2 ALA H3 4 0.33 1.008
37 5 CT1 2 ALA CA 5 0.21 12.011
38 6 HB 2 ALA HA 6 0.1 1.008
39 7 CT3 2 ALA CB 7 -0.27 12.011
40 8 HA 2 ALA HB1 8 0.09 1.008
41 9 HA 2 ALA HB2 9 0.09 1.008
42 10 HA 2 ALA HB3 10 0.09 1.008
43 11 C 2 ALA C 11 0.51 12.011
44 12 O 2 ALA O 12 -0.51 15.999 ; qtot 1
45 ; residue 3 CYS rtp CYS q 0.0
46 13 NH1 3 CYS N 13 -0.47 14.007
47 14 H 3 CYS HN 14 0.31 1.008
48 15 CT1 3 CYS CA 15 0.07 12.011
49 16 HB 3 CYS HA 16 0.09 1.008
50 17 CT2 3 CYS CB 17 -0.11 12.011
51 18 HA 3 CYS HB1 18 0.09 1.008
52 19 HA 3 CYS HB2 19 0.09 1.008
53 20 S 3 CYS SG 20 -0.23 32.06
54 21 HS 3 CYS HG1 21 0.16 1.008
55 22 C 3 CYS C 22 0.51 12.011
56 23 O 3 CYS O 23 -0.51 15.999 ; qtot 1
57 ; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
58 24 NH1 4 ASP N 24 -0.47 14.007
59 25 H 4 ASP HN 25 0.31 1.008
60 26 CT1 4 ASP CA 26 0.07 12.011
61 27 HB 4 ASP HA 27 0.09 1.008
62 28 CT2 4 ASP CB 28 -0.28 12.011
63 29 HA 4 ASP HB1 29 0.09 1.008
64 30 HA 4 ASP HB2 30 0.09 1.008
65 31 CC 4 ASP CG 31 0.62 12.011
66 32 OC 4 ASP OD1 32 -0.76 15.999
67 33 OC 4 ASP OD2 33 -0.76 15.999
68 34 C 4 ASP C 34 0.51 12.011
69 35 O 4 ASP O 35 -0.51 15.999 ; qtot 0
70 ; residue 5 GLU rtp GLU q -2.0
71 36 NH1 5 GLU N 36 -0.47 14.007
72 37 H 5 GLU HN 37 0.31 1.008
73 38 CT1 5 GLU CA 38 0.07 12.011
74 39 HB 5 GLU HA 39 0.09 1.008
75 40 CT2 5 GLU CB 40 -0.18 12.011
76 41 HA 5 GLU HB1 41 0.09 1.008
77 42 HA 5 GLU HB2 42 0.09 1.008
78 43 CT2 5 GLU CG 43 -0.28 12.011
79 44 HA 5 GLU HG1 44 0.09 1.008
80 45 HA 5 GLU HG2 45 0.09 1.008
81 46 CC 5 GLU CD 46 0.62 12.011
82 47 OC 5 GLU OE1 47 -0.76 15.999
83 48 OC 5 GLU OE2 48 -0.76 15.999
84 49 CC 5 GLU C 49 0.34 12.011
85 50 OC 5 GLU OT1 50 -0.67 15.9994
86 51 OC 5 GLU OT2 51 -0.67 15.9994 ; qtot -2
87 ; residue 6 PHE rtp PHE q +1.0
88 52 NH3 6 PHE N 52 -0.3 14.007
89 53 HC 6 PHE H1 53 0.33 1.008
90 54 HC 6 PHE H2 54 0.33 1.008
91 55 HC 6 PHE H3 55 0.33 1.008
92 56 CT1 6 PHE CA 56 0.21 12.011
93 57 HB 6 PHE HA 57 0.1 1.008
94 58 CT2 6 PHE CB 58 -0.18 12.011
95 59 HA 6 PHE HB1 59 0.09 1.008
96 60 HA 6 PHE HB2 60 0.09 1.008
97 61 CA 6 PHE CG 61 0 12.011
98 62 CA 6 PHE CD1 62 -0.115 12.011
99 63 HP 6 PHE HD1 63 0.115 1.008
100 64 CA 6 PHE CE1 64 -0.115 12.011
101 65 HP 6 PHE HE1 65 0.115 1.008
102 66 CA 6 PHE CZ 66 -0.115 12.011
103 67 HP 6 PHE HZ 67 0.115 1.008
104 68 CA 6 PHE CD2 68 -0.115 12.011
105 69 HP 6 PHE HD2 69 0.115 1.008
106 70 CA 6 PHE CE2 70 -0.115 12.011
107 71 HP 6 PHE HE2 71 0.115 1.008
108 72 C 6 PHE C 72 0.51 12.011
109 73 O 6 PHE O 73 -0.51 15.999 ; qtot -1
110 ; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
111 74 NH1 7 GLY N 74 -0.47 14.007
112 75 H 7 GLY HN 75 0.31 1.008
113 76 CT2 7 GLY CA 76 -0.02 12.011
114 77 HB 7 GLY HA1 77 0.09 1.008
115 78 HB 7 GLY HA2 78 0.09 1.008
116 79 C 7 GLY C 79 0.51 12.011
117 80 O 7 GLY O 80 -0.51 15.999 ; qtot -1
118 ; residue 8 HIS rtp HSE q 0.0
119 81 NH1 8 HIS N 81 -0.47 14.007
120 82 H 8 HIS HN 82 0.31 1.008
121 83 CT1 8 HIS CA 83 0.07 12.011
122 84 HB 8 HIS HA 84 0.09 1.008
123 85 CT2 8 HIS CB 85 -0.08 12.011
124 86 HA 8 HIS HB1 86 0.09 1.008
125 87 HA 8 HIS HB2 87 0.09 1.008
126 88 NR2 8 HIS ND1 88 -0.7 14.007
127 89 CPH1 8 HIS CG 89 0.22 12.011
128 90 CPH2 8 HIS CE1 90 0.25 12.011
129 91 HR1 8 HIS HE1 91 0.13 1.008
130 92 NR1 8 HIS NE2 92 -0.36 14.007
131 93 H 8 HIS HE2 93 0.32 1.008
132 94 CPH1 8 HIS CD2 94 -0.05 12.011
133 95 HR3 8 HIS HD2 95 0.09 1.008
134 96 C 8 HIS C 96 0.51 12.011
135 97 O 8 HIS O 97 -0.51 15.999 ; qtot -1
136 ; residue 9 ILE rtp ILE q -1.0
137 98 NH1 9 ILE N 98 -0.47 14.007
138 99 H 9 ILE HN 99 0.31 1.008
139 100 CT1 9 ILE CA 100 0.07 12.011
140 101 HB 9 ILE HA 101 0.09 1.008
141 102 CT1 9 ILE CB 102 -0.09 12.011
142 103 HA 9 ILE HB 103 0.09 1.008
143 104 CT3 9 ILE CG2 104 -0.27 12.011
144 105 HA 9 ILE HG21 105 0.09 1.008
145 106 HA 9 ILE HG22 106 0.09 1.008
146 107 HA 9 ILE HG23 107 0.09 1.008
147 108 CT2 9 ILE CG1 108 -0.18 12.011
148 109 HA 9 ILE HG11 109 0.09 1.008
149 110 HA 9 ILE HG12 110 0.09 1.008
150 111 CT3 9 ILE CD 111 -0.27 12.011
151 112 HA 9 ILE HD1 112 0.09 1.008
152 113 HA 9 ILE HD2 113 0.09 1.008
153 114 HA 9 ILE HD3 114 0.09 1.008
154 115 CC 9 ILE C 115 0.34 12.011
155 116 OC 9 ILE OT1 116 -0.67 15.9994
156 117 OC 9 ILE OT2 117 -0.67 15.9994 ; qtot -2
157 ; residue 10 LYS rtp LYS q +2.0
158 118 NH3 10 LYS N 118 -0.3 14.007
159 119 HC 10 LYS H1 119 0.33 1.008
160 120 HC 10 LYS H2 120 0.33 1.008
161 121 HC 10 LYS H3 121 0.33 1.008
162 122 CT1 10 LYS CA 122 0.21 12.011
163 123 HB 10 LYS HA 123 0.1 1.008
164 124 CT2 10 LYS CB 124 -0.18 12.011
165 125 HA 10 LYS HB1 125 0.09 1.008
166 126 HA 10 LYS HB2 126 0.09 1.008
167 127 CT2 10 LYS CG 127 -0.18 12.011
168 128 HA 10 LYS HG1 128 0.09 1.008
169 129 HA 10 LYS HG2 129 0.09 1.008
170 130 CT2 10 LYS CD 130 -0.18 12.011
171 131 HA 10 LYS HD1 131 0.09 1.008
172 132 HA 10 LYS HD2 132 0.09 1.008
173 133 CT2 10 LYS CE 133 0.21 12.011
174 134 HA 10 LYS HE1 134 0.05 1.008
175 135 HA 10 LYS HE2 135 0.05 1.008
176 136 NH3 10 LYS NZ 136 -0.3 14.007
177 137 HC 10 LYS HZ1 137 0.33 1.008
178 138 HC 10 LYS HZ2 138 0.33 1.008
179 139 HC 10 LYS HZ3 139 0.33 1.008
180 140 C 10 LYS C 140 0.51 12.011
181 141 O 10 LYS O 141 -0.51 15.999 ; qtot 0
182 ; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
183 142 NH1 11 LEU N 142 -0.47 14.007
184 143 H 11 LEU HN 143 0.31 1.008
185 144 CT1 11 LEU CA 144 0.07 12.011
186 145 HB 11 LEU HA 145 0.09 1.008
187 146 CT2 11 LEU CB 146 -0.18 12.011
188 147 HA 11 LEU HB1 147 0.09 1.008
189 148 HA 11 LEU HB2 148 0.09 1.008
190 149 CT1 11 LEU CG 149 -0.09 12.011
191 150 HA 11 LEU HG 150 0.09 1.008
192 151 CT3 11 LEU CD1 151 -0.27 12.011
193 152 HA 11 LEU HD11 152 0.09 1.008
194 153 HA 11 LEU HD12 153 0.09 1.008
195 154 HA 11 LEU HD13 154 0.09 1.008
196 155 CT3 11 LEU CD2 155 -0.27 12.011
197 156 HA 11 LEU HD21 156 0.09 1.008
198 157 HA 11 LEU HD22 157 0.09 1.008
199 158 HA 11 LEU HD23 158 0.09 1.008
200 159 C 11 LEU C 159 0.51 12.011
201 160 O 11 LEU O 160 -0.51 15.999 ; qtot 0
202 ; residue 12 MET rtp MET q -1.0
203 161 NH1 12 MET N 161 -0.47 14.007
204 162 H 12 MET HN 162 0.31 1.008
205 163 CT1 12 MET CA 163 0.07 12.011
206 164 HB 12 MET HA 164 0.09 1.008
207 165 CT2 12 MET CB 165 -0.18 12.011
208 166 HA 12 MET HB1 166 0.09 1.008
209 167 HA 12 MET HB2 167 0.09 1.008
210 168 CT2 12 MET CG 168 -0.14 12.011
211 169 HA 12 MET HG1 169 0.09 1.008
212 170 HA 12 MET HG2 170 0.09 1.008
213 171 S 12 MET SD 171 -0.09 32.06
214 172 CT3 12 MET CE 172 -0.22 12.011
215 173 HA 12 MET HE1 173 0.09 1.008
216 174 HA 12 MET HE2 174 0.09 1.008
217 175 HA 12 MET HE3 175 0.09 1.008
218 176 CC 12 MET C 176 0.34 12.011
219 177 OC 12 MET OT1 177 -0.67 15.9994
220 178 OC 12 MET OT2 178 -0.67 15.9994 ; qtot -1
221 ; residue 13 ASN rtp ASN q +1.0
222 179 NH3 13 ASN N 179 -0.3 14.007
223 180 HC 13 ASN H1 180 0.33 1.008
224 181 HC 13 ASN H2 181 0.33 1.008
225 182 HC 13 ASN H3 182 0.33 1.008
226 183 CT1 13 ASN CA 183 0.21 12.011
227 184 HB 13 ASN HA 184 0.1 1.008
228 185 CT2 13 ASN CB 185 -0.18 12.011
229 186 HA 13 ASN HB1 186 0.09 1.008
230 187 HA 13 ASN HB2 187 0.09 1.008
231 188 CC 13 ASN CG 188 0.55 12.011
232 189 O 13 ASN OD1 189 -0.55 15.999
233 190 NH2 13 ASN ND2 190 -0.62 14.007
234 191 H 13 ASN HD21 191 0.32 1.008
235 192 H 13 ASN HD22 192 0.3 1.008
236 193 C 13 ASN C 193 0.51 12.011
237 194 O 13 ASN O 194 -0.51 15.999 ; qtot 0
238 ; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
239 195 N 14 PRO N 195 -0.29 14.007
240 196 CP3 14 PRO CD 196 0 12.011
241 197 HA 14 PRO HD1 197 0.09 1.008
242 198 HA 14 PRO HD2 198 0.09 1.008
243 199 CP1 14 PRO CA 199 0.02 12.011
244 200 HB 14 PRO HA 200 0.09 1.008
245 201 CP2 14 PRO CB 201 -0.18 12.011
246 202 HA 14 PRO HB1 202 0.09 1.008
247 203 HA 14 PRO HB2 203 0.09 1.008
248 204 CP2 14 PRO CG 204 -0.18 12.011
249 205 HA 14 PRO HG1 205 0.09 1.008
250 206 HA 14 PRO HG2 206 0.09 1.008
251 207 C 14 PRO C 207 0.51 12.011
252 208 O 14 PRO O 208 -0.51 15.999 ; qtot 0
253 ; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
254 209 NH1 15 GLN N 209 -0.47 14.007
255 210 H 15 GLN HN 210 0.31 1.008
256 211 CT1 15 GLN CA 211 0.07 12.011
257 212 HB 15 GLN HA 212 0.09 1.008
258 213 CT2 15 GLN CB 213 -0.18 12.011
259 214 HA 15 GLN HB1 214 0.09 1.008
260 215 HA 15 GLN HB2 215 0.09 1.008
261 216 CT2 15 GLN CG 216 -0.18 12.011
262 217 HA 15 GLN HG1 217 0.09 1.008
263 218 HA 15 GLN HG2 218 0.09 1.008
264 219 CC 15 GLN CD 219 0.55 12.011
265 220 O 15 GLN OE1 220 -0.55 15.999
266 221 NH2 15 GLN NE2 221 -0.62 14.007
267 222 H 15 GLN HE21 222 0.32 1.008
268 223 H 15 GLN HE22 223 0.3 1.008
269 224 C 15 GLN C 224 0.51 12.011
270 225 O 15 GLN O 225 -0.51 15.999 ; qtot 0
271 ; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
272 226 NH1 16 ARG N 226 -0.47 14.007
273 227 H 16 ARG HN 227 0.31 1.008
274 228 CT1 16 ARG CA 228 0.07 12.011
275 229 HB 16 ARG HA 229 0.09 1.008
276 230 CT2 16 ARG CB 230 -0.18 12.011
277 231 HA 16 ARG HB1 231 0.09 1.008
278 232 HA 16 ARG HB2 232 0.09 1.008
279 233 CT2 16 ARG CG 233 -0.18 12.011
280 234 HA 16 ARG HG1 234 0.09 1.008
281 235 HA 16 ARG HG2 235 0.09 1.008
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1220 256 259 1
1221 257 259 1
1223 [ angles ]
1224 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1225 2 1 3 5
1226 2 1 4 5
1227 2 1 5 5
1228 3 1 4 5
1229 3 1 5 5
1230 4 1 5 5
1231 1 5 6 5
1232 1 5 7 5
1233 1 5 11 5
1234 6 5 7 5
1235 6 5 11 5
1236 7 5 11 5
1237 5 7 8 5
1238 5 7 9 5
1239 5 7 10 5
1240 8 7 9 5
1241 8 7 10 5
1242 9 7 10 5
1243 5 11 12 5
1244 5 11 13 5
1245 12 11 13 5
1246 11 13 14 5
1247 11 13 15 5
1248 14 13 15 5
1249 13 15 16 5
1250 13 15 17 5
1251 13 15 22 5
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1261 17 20 21 5
1262 15 22 23 5
1263 15 22 24 5
1264 23 22 24 5
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1599 208 207 209 5
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1602 210 209 211 5
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1686 256 254 257 5
1687 254 257 258 5
1688 252 259 260 5
1689 252 259 261 5
1690 260 259 261 5
1692 [ dihedrals ]
1693 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1694 2 1 5 6 9
1695 2 1 5 7 9
1696 2 1 5 11 9
1697 3 1 5 6 9
1698 3 1 5 7 9
1699 3 1 5 11 9
1700 4 1 5 6 9
1701 4 1 5 7 9
1702 4 1 5 11 9
1703 1 5 7 8 9
1704 1 5 7 9 9
1705 1 5 7 10 9
1706 6 5 7 8 9
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2350 254 252 259 261 9
2351 252 254 257 258 9
2352 255 254 257 258 9
2353 256 254 257 258 9
2355 [ dihedrals ]
2356 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2357 11 5 13 12 2
2358 13 11 15 14 2
2359 22 15 24 23 2
2360 24 22 26 25 2
2361 31 28 33 32 2
2362 34 26 36 35 2
2363 36 34 38 37 2
2364 46 43 48 47 2
2365 49 38 51 50 2
2366 72 56 74 73 2
2367 74 72 76 75 2
2368 79 76 81 80 2
2369 81 79 83 82 2
2370 90 88 92 91 2
2371 90 92 88 91 2
2372 92 90 94 93 2
2373 92 94 90 93 2
2374 94 89 92 95 2
2375 94 92 89 95 2
2376 96 83 98 97 2
2377 98 96 100 99 2
2378 115 100 117 116 2
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2382 161 159 163 162 2
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2391 209 207 211 210 2
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2400 250 248 252 251 2
2401 259 252 261 260 2
2403 [ cmap ]
2404 ; ai aj ak al am funct
2405 11 13 15 22 24 1
2406 22 24 26 34 36 1
2407 72 74 76 79 81 1
2408 79 81 83 96 98 1
2409 140 142 144 159 161 1
2410 193 195 199 207 209 1
2411 207 209 211 224 226 1
2412 224 226 228 248 250 1
2414 ; Include Position restraint file
2415 #ifdef POSRES
2416 #include "posre.itp"
2417 #endif
2419 ; Include water topology
2420 #include "charmm27.ff/tip3p.itp"
2422 #ifdef POSRES_WATER
2423 ; Position restraint for each water oxygen
2424 [ position_restraints ]
2425 ; i funct fcx fcy fcz
2426 1 1 1000 1000 1000
2427 #endif
2429 ; Include topology for ions
2430 #include "charmm27.ff/ions.itp"
2432 [ system ]
2433 ; Name
2434 Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2436 [ molecules ]
2437 ; Compound #mols
2438 Protein_chain_A 1
2439 ]]></String>
2440 </File>
2441 </OutputFiles>
2442 </ReferenceData>