[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ChainSep_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_6.xml
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6 <GroFile Name="Header">
7 <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">255</Int>
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11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "charmm27.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein_chain_A 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
33 1 NH3 2 ALA N 1 -0.3 14.007
34 2 HC 2 ALA H1 2 0.33 1.008
35 3 HC 2 ALA H2 3 0.33 1.008
36 4 HC 2 ALA H3 4 0.33 1.008
37 5 CT1 2 ALA CA 5 0.21 12.011
38 6 HB 2 ALA HA 6 0.1 1.008
39 7 CT3 2 ALA CB 7 -0.27 12.011
40 8 HA 2 ALA HB1 8 0.09 1.008
41 9 HA 2 ALA HB2 9 0.09 1.008
42 10 HA 2 ALA HB3 10 0.09 1.008
43 11 C 2 ALA C 11 0.51 12.011
44 12 O 2 ALA O 12 -0.51 15.999 ; qtot 1
45 ; residue 3 CYS rtp CYS q 0.0
46 13 NH1 3 CYS N 13 -0.47 14.007
47 14 H 3 CYS HN 14 0.31 1.008
48 15 CT1 3 CYS CA 15 0.07 12.011
49 16 HB 3 CYS HA 16 0.09 1.008
50 17 CT2 3 CYS CB 17 -0.11 12.011
51 18 HA 3 CYS HB1 18 0.09 1.008
52 19 HA 3 CYS HB2 19 0.09 1.008
53 20 S 3 CYS SG 20 -0.23 32.06
54 21 HS 3 CYS HG1 21 0.16 1.008
55 22 C 3 CYS C 22 0.51 12.011
56 23 O 3 CYS O 23 -0.51 15.999 ; qtot 1
57 ; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
58 24 NH1 4 ASP N 24 -0.47 14.007
59 25 H 4 ASP HN 25 0.31 1.008
60 26 CT1 4 ASP CA 26 0.07 12.011
61 27 HB 4 ASP HA 27 0.09 1.008
62 28 CT2 4 ASP CB 28 -0.28 12.011
63 29 HA 4 ASP HB1 29 0.09 1.008
64 30 HA 4 ASP HB2 30 0.09 1.008
65 31 CC 4 ASP CG 31 0.62 12.011
66 32 OC 4 ASP OD1 32 -0.76 15.999
67 33 OC 4 ASP OD2 33 -0.76 15.999
68 34 C 4 ASP C 34 0.51 12.011
69 35 O 4 ASP O 35 -0.51 15.999 ; qtot 0
70 ; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
71 36 NH1 5 GLU N 36 -0.47 14.007
72 37 H 5 GLU HN 37 0.31 1.008
73 38 CT1 5 GLU CA 38 0.07 12.011
74 39 HB 5 GLU HA 39 0.09 1.008
75 40 CT2 5 GLU CB 40 -0.18 12.011
76 41 HA 5 GLU HB1 41 0.09 1.008
77 42 HA 5 GLU HB2 42 0.09 1.008
78 43 CT2 5 GLU CG 43 -0.28 12.011
79 44 HA 5 GLU HG1 44 0.09 1.008
80 45 HA 5 GLU HG2 45 0.09 1.008
81 46 CC 5 GLU CD 46 0.62 12.011
82 47 OC 5 GLU OE1 47 -0.76 15.999
83 48 OC 5 GLU OE2 48 -0.76 15.999
84 49 C 5 GLU C 49 0.51 12.011
85 50 O 5 GLU O 50 -0.51 15.999 ; qtot -1
86 ; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
87 51 NH1 6 PHE N 51 -0.47 14.007
88 52 H 6 PHE HN 52 0.31 1.008
89 53 CT1 6 PHE CA 53 0.07 12.011
90 54 HB 6 PHE HA 54 0.09 1.008
91 55 CT2 6 PHE CB 55 -0.18 12.011
92 56 HA 6 PHE HB1 56 0.09 1.008
93 57 HA 6 PHE HB2 57 0.09 1.008
94 58 CA 6 PHE CG 58 0 12.011
95 59 CA 6 PHE CD1 59 -0.115 12.011
96 60 HP 6 PHE HD1 60 0.115 1.008
97 61 CA 6 PHE CE1 61 -0.115 12.011
98 62 HP 6 PHE HE1 62 0.115 1.008
99 63 CA 6 PHE CZ 63 -0.115 12.011
100 64 HP 6 PHE HZ 64 0.115 1.008
101 65 CA 6 PHE CD2 65 -0.115 12.011
102 66 HP 6 PHE HD2 66 0.115 1.008
103 67 CA 6 PHE CE2 67 -0.115 12.011
104 68 HP 6 PHE HE2 68 0.115 1.008
105 69 C 6 PHE C 69 0.51 12.011
106 70 O 6 PHE O 70 -0.51 15.999 ; qtot -1
107 ; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
108 71 NH1 7 GLY N 71 -0.47 14.007
109 72 H 7 GLY HN 72 0.31 1.008
110 73 CT2 7 GLY CA 73 -0.02 12.011
111 74 HB 7 GLY HA1 74 0.09 1.008
112 75 HB 7 GLY HA2 75 0.09 1.008
113 76 C 7 GLY C 76 0.51 12.011
114 77 O 7 GLY O 77 -0.51 15.999 ; qtot -1
115 ; residue 8 HIS rtp HSE q 0.0
116 78 NH1 8 HIS N 78 -0.47 14.007
117 79 H 8 HIS HN 79 0.31 1.008
118 80 CT1 8 HIS CA 80 0.07 12.011
119 81 HB 8 HIS HA 81 0.09 1.008
120 82 CT2 8 HIS CB 82 -0.08 12.011
121 83 HA 8 HIS HB1 83 0.09 1.008
122 84 HA 8 HIS HB2 84 0.09 1.008
123 85 NR2 8 HIS ND1 85 -0.7 14.007
124 86 CPH1 8 HIS CG 86 0.22 12.011
125 87 CPH2 8 HIS CE1 87 0.25 12.011
126 88 HR1 8 HIS HE1 88 0.13 1.008
127 89 NR1 8 HIS NE2 89 -0.36 14.007
128 90 H 8 HIS HE2 90 0.32 1.008
129 91 CPH1 8 HIS CD2 91 -0.05 12.011
130 92 HR3 8 HIS HD2 92 0.09 1.008
131 93 C 8 HIS C 93 0.51 12.011
132 94 O 8 HIS O 94 -0.51 15.999 ; qtot -1
133 ; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
134 95 NH1 9 ILE N 95 -0.47 14.007
135 96 H 9 ILE HN 96 0.31 1.008
136 97 CT1 9 ILE CA 97 0.07 12.011
137 98 HB 9 ILE HA 98 0.09 1.008
138 99 CT1 9 ILE CB 99 -0.09 12.011
139 100 HA 9 ILE HB 100 0.09 1.008
140 101 CT3 9 ILE CG2 101 -0.27 12.011
141 102 HA 9 ILE HG21 102 0.09 1.008
142 103 HA 9 ILE HG22 103 0.09 1.008
143 104 HA 9 ILE HG23 104 0.09 1.008
144 105 CT2 9 ILE CG1 105 -0.18 12.011
145 106 HA 9 ILE HG11 106 0.09 1.008
146 107 HA 9 ILE HG12 107 0.09 1.008
147 108 CT3 9 ILE CD 108 -0.27 12.011
148 109 HA 9 ILE HD1 109 0.09 1.008
149 110 HA 9 ILE HD2 110 0.09 1.008
150 111 HA 9 ILE HD3 111 0.09 1.008
151 112 C 9 ILE C 112 0.51 12.011
152 113 O 9 ILE O 113 -0.51 15.999 ; qtot -1
153 ; residue 10 LYS rtp LYS q +1.0
154 114 NH1 10 LYS N 114 -0.47 14.007
155 115 H 10 LYS HN 115 0.31 1.008
156 116 CT1 10 LYS CA 116 0.07 12.011
157 117 HB 10 LYS HA 117 0.09 1.008
158 118 CT2 10 LYS CB 118 -0.18 12.011
159 119 HA 10 LYS HB1 119 0.09 1.008
160 120 HA 10 LYS HB2 120 0.09 1.008
161 121 CT2 10 LYS CG 121 -0.18 12.011
162 122 HA 10 LYS HG1 122 0.09 1.008
163 123 HA 10 LYS HG2 123 0.09 1.008
164 124 CT2 10 LYS CD 124 -0.18 12.011
165 125 HA 10 LYS HD1 125 0.09 1.008
166 126 HA 10 LYS HD2 126 0.09 1.008
167 127 CT2 10 LYS CE 127 0.21 12.011
168 128 HA 10 LYS HE1 128 0.05 1.008
169 129 HA 10 LYS HE2 129 0.05 1.008
170 130 NH3 10 LYS NZ 130 -0.3 14.007
171 131 HC 10 LYS HZ1 131 0.33 1.008
172 132 HC 10 LYS HZ2 132 0.33 1.008
173 133 HC 10 LYS HZ3 133 0.33 1.008
174 134 C 10 LYS C 134 0.51 12.011
175 135 O 10 LYS O 135 -0.51 15.999 ; qtot 0
176 ; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
177 136 NH1 11 LEU N 136 -0.47 14.007
178 137 H 11 LEU HN 137 0.31 1.008
179 138 CT1 11 LEU CA 138 0.07 12.011
180 139 HB 11 LEU HA 139 0.09 1.008
181 140 CT2 11 LEU CB 140 -0.18 12.011
182 141 HA 11 LEU HB1 141 0.09 1.008
183 142 HA 11 LEU HB2 142 0.09 1.008
184 143 CT1 11 LEU CG 143 -0.09 12.011
185 144 HA 11 LEU HG 144 0.09 1.008
186 145 CT3 11 LEU CD1 145 -0.27 12.011
187 146 HA 11 LEU HD11 146 0.09 1.008
188 147 HA 11 LEU HD12 147 0.09 1.008
189 148 HA 11 LEU HD13 148 0.09 1.008
190 149 CT3 11 LEU CD2 149 -0.27 12.011
191 150 HA 11 LEU HD21 150 0.09 1.008
192 151 HA 11 LEU HD22 151 0.09 1.008
193 152 HA 11 LEU HD23 152 0.09 1.008
194 153 C 11 LEU C 153 0.51 12.011
195 154 O 11 LEU O 154 -0.51 15.999 ; qtot 0
196 ; residue 12 MET rtp MET q -1.0
197 155 NH1 12 MET N 155 -0.47 14.007
198 156 H 12 MET HN 156 0.31 1.008
199 157 CT1 12 MET CA 157 0.07 12.011
200 158 HB 12 MET HA 158 0.09 1.008
201 159 CT2 12 MET CB 159 -0.18 12.011
202 160 HA 12 MET HB1 160 0.09 1.008
203 161 HA 12 MET HB2 161 0.09 1.008
204 162 CT2 12 MET CG 162 -0.14 12.011
205 163 HA 12 MET HG1 163 0.09 1.008
206 164 HA 12 MET HG2 164 0.09 1.008
207 165 S 12 MET SD 165 -0.09 32.06
208 166 CT3 12 MET CE 166 -0.22 12.011
209 167 HA 12 MET HE1 167 0.09 1.008
210 168 HA 12 MET HE2 168 0.09 1.008
211 169 HA 12 MET HE3 169 0.09 1.008
212 170 CC 12 MET C 170 0.34 12.011
213 171 OC 12 MET OT1 171 -0.67 15.9994
214 172 OC 12 MET OT2 172 -0.67 15.9994 ; qtot -1
215 ; residue 13 ASN rtp ASN q +1.0
216 173 NH3 13 ASN N 173 -0.3 14.007
217 174 HC 13 ASN H1 174 0.33 1.008
218 175 HC 13 ASN H2 175 0.33 1.008
219 176 HC 13 ASN H3 176 0.33 1.008
220 177 CT1 13 ASN CA 177 0.21 12.011
221 178 HB 13 ASN HA 178 0.1 1.008
222 179 CT2 13 ASN CB 179 -0.18 12.011
223 180 HA 13 ASN HB1 180 0.09 1.008
224 181 HA 13 ASN HB2 181 0.09 1.008
225 182 CC 13 ASN CG 182 0.55 12.011
226 183 O 13 ASN OD1 183 -0.55 15.999
227 184 NH2 13 ASN ND2 184 -0.62 14.007
228 185 H 13 ASN HD21 185 0.32 1.008
229 186 H 13 ASN HD22 186 0.3 1.008
230 187 C 13 ASN C 187 0.51 12.011
231 188 O 13 ASN O 188 -0.51 15.999 ; qtot 0
232 ; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
233 189 N 14 PRO N 189 -0.29 14.007
234 190 CP3 14 PRO CD 190 0 12.011
235 191 HA 14 PRO HD1 191 0.09 1.008
236 192 HA 14 PRO HD2 192 0.09 1.008
237 193 CP1 14 PRO CA 193 0.02 12.011
238 194 HB 14 PRO HA 194 0.09 1.008
239 195 CP2 14 PRO CB 195 -0.18 12.011
240 196 HA 14 PRO HB1 196 0.09 1.008
241 197 HA 14 PRO HB2 197 0.09 1.008
242 198 CP2 14 PRO CG 198 -0.18 12.011
243 199 HA 14 PRO HG1 199 0.09 1.008
244 200 HA 14 PRO HG2 200 0.09 1.008
245 201 C 14 PRO C 201 0.51 12.011
246 202 O 14 PRO O 202 -0.51 15.999 ; qtot 0
247 ; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
248 203 NH1 15 GLN N 203 -0.47 14.007
249 204 H 15 GLN HN 204 0.31 1.008
250 205 CT1 15 GLN CA 205 0.07 12.011
251 206 HB 15 GLN HA 206 0.09 1.008
252 207 CT2 15 GLN CB 207 -0.18 12.011
253 208 HA 15 GLN HB1 208 0.09 1.008
254 209 HA 15 GLN HB2 209 0.09 1.008
255 210 CT2 15 GLN CG 210 -0.18 12.011
256 211 HA 15 GLN HG1 211 0.09 1.008
257 212 HA 15 GLN HG2 212 0.09 1.008
258 213 CC 15 GLN CD 213 0.55 12.011
259 214 O 15 GLN OE1 214 -0.55 15.999
260 215 NH2 15 GLN NE2 215 -0.62 14.007
261 216 H 15 GLN HE21 216 0.32 1.008
262 217 H 15 GLN HE22 217 0.3 1.008
263 218 C 15 GLN C 218 0.51 12.011
264 219 O 15 GLN O 219 -0.51 15.999 ; qtot 0
265 ; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
266 220 NH1 16 ARG N 220 -0.47 14.007
267 221 H 16 ARG HN 221 0.31 1.008
268 222 CT1 16 ARG CA 222 0.07 12.011
269 223 HB 16 ARG HA 223 0.09 1.008
270 224 CT2 16 ARG CB 224 -0.18 12.011
271 225 HA 16 ARG HB1 225 0.09 1.008
272 226 HA 16 ARG HB2 226 0.09 1.008
273 227 CT2 16 ARG CG 227 -0.18 12.011
274 228 HA 16 ARG HG1 228 0.09 1.008
275 229 HA 16 ARG HG2 229 0.09 1.008
276 230 CT2 16 ARG CD 230 0.2 12.011
277 231 HA 16 ARG HD1 231 0.09 1.008
278 232 HA 16 ARG HD2 232 0.09 1.008
279 233 NC2 16 ARG NE 233 -0.7 14.007
280 234 HC 16 ARG HE 234 0.44 1.008
281 235 C 16 ARG CZ 235 0.64 12.011
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1211 250 252 1
1212 250 253 1
1213 251 253 1
1215 [ angles ]
1216 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1217 2 1 3 5
1218 2 1 4 5
1219 2 1 5 5
1220 3 1 4 5
1221 3 1 5 5
1222 4 1 5 5
1223 1 5 6 5
1224 1 5 7 5
1225 1 5 11 5
1226 6 5 7 5
1227 6 5 11 5
1228 7 5 11 5
1229 5 7 8 5
1230 5 7 9 5
1231 5 7 10 5
1232 8 7 9 5
1233 8 7 10 5
1234 9 7 10 5
1235 5 11 12 5
1236 5 11 13 5
1237 12 11 13 5
1238 11 13 14 5
1239 11 13 15 5
1240 14 13 15 5
1241 13 15 16 5
1242 13 15 17 5
1243 13 15 22 5
1244 16 15 17 5
1245 16 15 22 5
1246 17 15 22 5
1247 15 17 18 5
1248 15 17 19 5
1249 15 17 20 5
1250 18 17 19 5
1251 18 17 20 5
1252 19 17 20 5
1253 17 20 21 5
1254 15 22 23 5
1255 15 22 24 5
1256 23 22 24 5
1257 22 24 25 5
1258 22 24 26 5
1259 25 24 26 5
1260 24 26 27 5
1261 24 26 28 5
1262 24 26 34 5
1263 27 26 28 5
1264 27 26 34 5
1265 28 26 34 5
1266 26 28 29 5
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1268 26 28 31 5
1269 29 28 30 5
1270 29 28 31 5
1271 30 28 31 5
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1274 32 31 33 5
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1282 36 38 40 5
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1284 39 38 40 5
1285 39 38 49 5
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1298 45 43 46 5
1299 43 46 47 5
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1304 50 49 51 5
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1307 52 51 53 5
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1580 195 198 199 5
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1582 199 198 200 5
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1585 202 201 203 5
1586 201 203 204 5
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1588 204 203 205 5
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1593 206 205 218 5
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1597 205 207 210 5
1598 208 207 209 5
1599 208 207 210 5
1600 209 207 210 5
1601 207 210 211 5
1602 207 210 212 5
1603 207 210 213 5
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1607 210 213 214 5
1608 210 213 215 5
1609 214 213 215 5
1610 213 215 216 5
1611 213 215 217 5
1612 216 215 217 5
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1614 205 218 220 5
1615 219 218 220 5
1616 218 220 221 5
1617 218 220 222 5
1618 221 220 222 5
1619 220 222 223 5
1620 220 222 224 5
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1656 222 242 244 5
1657 243 242 244 5
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1660 245 244 246 5
1661 244 246 247 5
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1664 247 246 248 5
1665 247 246 253 5
1666 248 246 253 5
1667 246 248 249 5
1668 246 248 250 5
1669 246 248 251 5
1670 249 248 250 5
1671 249 248 251 5
1672 250 248 251 5
1673 248 251 252 5
1674 246 253 254 5
1675 246 253 255 5
1676 254 253 255 5
1678 [ dihedrals ]
1679 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1680 2 1 5 6 9
1681 2 1 5 7 9
1682 2 1 5 11 9
1683 3 1 5 6 9
1684 3 1 5 7 9
1685 3 1 5 11 9
1686 4 1 5 6 9
1687 4 1 5 7 9
1688 4 1 5 11 9
1689 1 5 7 8 9
1690 1 5 7 9 9
1691 1 5 7 10 9
1692 6 5 7 8 9
1693 6 5 7 9 9
1694 6 5 7 10 9
1695 11 5 7 8 9
1696 11 5 7 9 9
1697 11 5 7 10 9
1698 1 5 11 12 9
1699 1 5 11 13 9
1700 6 5 11 12 9
1701 6 5 11 13 9
1702 7 5 11 12 9
1703 7 5 11 13 9
1704 5 11 13 14 9
1705 5 11 13 15 9
1706 12 11 13 14 9
1707 12 11 13 15 9
1708 11 13 15 16 9
1709 11 13 15 17 9
1710 11 13 15 22 9
1711 14 13 15 16 9
1712 14 13 15 17 9
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2341 250 248 251 252 9
2343 [ dihedrals ]
2344 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2345 11 5 13 12 2
2346 13 11 15 14 2
2347 22 15 24 23 2
2348 24 22 26 25 2
2349 31 28 33 32 2
2350 34 26 36 35 2
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2390 244 242 246 245 2
2391 253 246 255 254 2
2393 [ cmap ]
2394 ; ai aj ak al am funct
2395 11 13 15 22 24 1
2396 22 24 26 34 36 1
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2400 76 78 80 93 95 1
2401 93 95 97 112 114 1
2402 112 114 116 134 136 1
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2406 218 220 222 242 244 1
2408 ; Include Position restraint file
2409 #ifdef POSRES
2410 #include "posre.itp"
2411 #endif
2413 ; Include water topology
2414 #include "charmm27.ff/tip3p.itp"
2416 #ifdef POSRES_WATER
2417 ; Position restraint for each water oxygen
2418 [ position_restraints ]
2419 ; i funct fcx fcy fcz
2420 1 1 1000 1000 1000
2421 #endif
2423 ; Include topology for ions
2424 #include "charmm27.ff/ions.itp"
2426 [ system ]
2427 ; Name
2428 Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2430 [ molecules ]
2431 ; Compound #mols
2432 Protein_chain_A 1
2433 ]]></String>
2434 </File>
2435 </OutputFiles>
2436 </ReferenceData>