[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForAmber99sb_ildn_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_1.xml
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7 <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">281</Int>
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11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 18 THR rtp NTHR q +1.0
33 1 N3 18 THR N 1 0.1812 14.01
34 2 H 18 THR H1 2 0.1934 1.008
35 3 H 18 THR H2 3 0.1934 1.008
36 4 H 18 THR H3 4 0.1934 1.008
37 5 CT 18 THR CA 5 0.0034 12.01
38 6 HP 18 THR HA 6 0.1087 1.008
39 7 CT 18 THR CB 7 0.4514 12.01
40 8 H1 18 THR HB 8 -0.0323 1.008
41 9 CT 18 THR CG2 9 -0.2554 12.01
42 10 HC 18 THR HG21 10 0.0627 1.008
43 11 HC 18 THR HG22 11 0.0627 1.008
44 12 HC 18 THR HG23 12 0.0627 1.008
45 13 OH 18 THR OG1 13 -0.6764 16
46 14 HO 18 THR HG1 14 0.407 1.008
47 15 C 18 THR C 15 0.6163 12.01
48 16 O 18 THR O 16 -0.5722 16 ; qtot 1
49 ; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
50 17 N 19 VAL N 17 -0.4157 14.01
51 18 H 19 VAL H 18 0.2719 1.008
52 19 CT 19 VAL CA 19 -0.0875 12.01
53 20 H1 19 VAL HA 20 0.0969 1.008
54 21 CT 19 VAL CB 21 0.2985 12.01
55 22 HC 19 VAL HB 22 -0.0297 1.008
56 23 CT 19 VAL CG1 23 -0.3192 12.01
57 24 HC 19 VAL HG11 24 0.0791 1.008
58 25 HC 19 VAL HG12 25 0.0791 1.008
59 26 HC 19 VAL HG13 26 0.0791 1.008
60 27 CT 19 VAL CG2 27 -0.3192 12.01
61 28 HC 19 VAL HG21 28 0.0791 1.008
62 29 HC 19 VAL HG22 29 0.0791 1.008
63 30 HC 19 VAL HG23 30 0.0791 1.008
64 31 C 19 VAL C 31 0.5973 12.01
65 32 O 19 VAL O 32 -0.5679 16 ; qtot 1
66 ; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
67 33 N 20 TRP N 33 -0.4157 14.01
68 34 H 20 TRP H 34 0.2719 1.008
69 35 CT 20 TRP CA 35 -0.0275 12.01
70 36 H1 20 TRP HA 36 0.1123 1.008
71 37 CT 20 TRP CB 37 -0.005 12.01
72 38 HC 20 TRP HB1 38 0.0339 1.008
73 39 HC 20 TRP HB2 39 0.0339 1.008
74 40 C* 20 TRP CG 40 -0.1415 12.01
75 41 CW 20 TRP CD1 41 -0.1638 12.01
76 42 H4 20 TRP HD1 42 0.2062 1.008
77 43 NA 20 TRP NE1 43 -0.3418 14.01
78 44 H 20 TRP HE1 44 0.3412 1.008
79 45 CN 20 TRP CE2 45 0.138 12.01
80 46 CA 20 TRP CZ2 46 -0.2601 12.01
81 47 HA 20 TRP HZ2 47 0.1572 1.008
82 48 CA 20 TRP CH2 48 -0.1134 12.01
83 49 HA 20 TRP HH2 49 0.1417 1.008
84 50 CA 20 TRP CZ3 50 -0.1972 12.01
85 51 HA 20 TRP HZ3 51 0.1447 1.008
86 52 CA 20 TRP CE3 52 -0.2387 12.01
87 53 HA 20 TRP HE3 53 0.17 1.008
88 54 CB 20 TRP CD2 54 0.1243 12.01
89 55 C 20 TRP C 55 0.5973 12.01
90 56 O 20 TRP O 56 -0.5679 16 ; qtot 1
91 ; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
92 57 N 21 TYR N 57 -0.4157 14.01
93 58 H 21 TYR H 58 0.2719 1.008
94 59 CT 21 TYR CA 59 -0.0014 12.01
95 60 H1 21 TYR HA 60 0.0876 1.008
96 61 CT 21 TYR CB 61 -0.0152 12.01
97 62 HC 21 TYR HB1 62 0.0295 1.008
98 63 HC 21 TYR HB2 63 0.0295 1.008
99 64 CA 21 TYR CG 64 -0.0011 12.01
100 65 CA 21 TYR CD1 65 -0.1906 12.01
101 66 HA 21 TYR HD1 66 0.1699 1.008
102 67 CA 21 TYR CE1 67 -0.2341 12.01
103 68 HA 21 TYR HE1 68 0.1656 1.008
104 69 C 21 TYR CZ 69 0.3226 12.01
105 70 OH 21 TYR OH 70 -0.5579 16
106 71 HO 21 TYR HH 71 0.3992 1.008
107 72 CA 21 TYR CE2 72 -0.2341 12.01
108 73 HA 21 TYR HE2 73 0.1656 1.008
109 74 CA 21 TYR CD2 74 -0.1906 12.01
110 75 HA 21 TYR HD2 75 0.1699 1.008
111 76 C 21 TYR C 76 0.5973 12.01
112 77 O 21 TYR O 77 -0.5679 16 ; qtot 1
113 ; residue 22 LYS rtp LYS q +1.0
114 78 N 22 LYS N 78 -0.3479 14.01
115 79 H 22 LYS H 79 0.2747 1.008
116 80 CT 22 LYS CA 80 -0.24 12.01
117 81 H1 22 LYS HA 81 0.1426 1.008
118 82 CT 22 LYS CB 82 -0.0094 12.01
119 83 HC 22 LYS HB1 83 0.0362 1.008
120 84 HC 22 LYS HB2 84 0.0362 1.008
121 85 CT 22 LYS CG 85 0.0187 12.01
122 86 HC 22 LYS HG1 86 0.0103 1.008
123 87 HC 22 LYS HG2 87 0.0103 1.008
124 88 CT 22 LYS CD 88 -0.0479 12.01
125 89 HC 22 LYS HD1 89 0.0621 1.008
126 90 HC 22 LYS HD2 90 0.0621 1.008
127 91 CT 22 LYS CE 91 -0.0143 12.01
128 92 HP 22 LYS HE1 92 0.1135 1.008
129 93 HP 22 LYS HE2 93 0.1135 1.008
130 94 N3 22 LYS NZ 94 -0.3854 14.01
131 95 H 22 LYS HZ1 95 0.34 1.008
132 96 H 22 LYS HZ2 96 0.34 1.008
133 97 H 22 LYS HZ3 97 0.34 1.008
134 98 C 22 LYS C 98 0.7341 12.01
135 99 O 22 LYS O 99 -0.5894 16 ; qtot 2
136 ; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
137 100 N 23 GLU N 100 -0.5163 14.01
138 101 H 23 GLU H 101 0.2936 1.008
139 102 CT 23 GLU CA 102 0.0397 12.01
140 103 H1 23 GLU HA 103 0.1105 1.008
141 104 CT 23 GLU CB 104 0.056 12.01
142 105 HC 23 GLU HB1 105 -0.0173 1.008
143 106 HC 23 GLU HB2 106 -0.0173 1.008
144 107 CT 23 GLU CG 107 0.0136 12.01
145 108 HC 23 GLU HG1 108 -0.0425 1.008
146 109 HC 23 GLU HG2 109 -0.0425 1.008
147 110 C 23 GLU CD 110 0.8054 12.01
148 111 O2 23 GLU OE1 111 -0.8188 16
149 112 O2 23 GLU OE2 112 -0.8188 16
150 113 C 23 GLU C 113 0.5366 12.01
151 114 O 23 GLU O 114 -0.5819 16 ; qtot 1
152 ; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
153 115 N 24 TRP N 115 -0.4157 14.01
154 116 H 24 TRP H 116 0.2719 1.008
155 117 CT 24 TRP CA 117 -0.0275 12.01
156 118 H1 24 TRP HA 118 0.1123 1.008
157 119 CT 24 TRP CB 119 -0.005 12.01
158 120 HC 24 TRP HB1 120 0.0339 1.008
159 121 HC 24 TRP HB2 121 0.0339 1.008
160 122 C* 24 TRP CG 122 -0.1415 12.01
161 123 CW 24 TRP CD1 123 -0.1638 12.01
162 124 H4 24 TRP HD1 124 0.2062 1.008
163 125 NA 24 TRP NE1 125 -0.3418 14.01
164 126 H 24 TRP HE1 126 0.3412 1.008
165 127 CN 24 TRP CE2 127 0.138 12.01
166 128 CA 24 TRP CZ2 128 -0.2601 12.01
167 129 HA 24 TRP HZ2 129 0.1572 1.008
168 130 CA 24 TRP CH2 130 -0.1134 12.01
169 131 HA 24 TRP HH2 131 0.1417 1.008
170 132 CA 24 TRP CZ3 132 -0.1972 12.01
171 133 HA 24 TRP HZ3 133 0.1447 1.008
172 134 CA 24 TRP CE3 134 -0.2387 12.01
173 135 HA 24 TRP HE3 135 0.17 1.008
174 136 CB 24 TRP CD2 136 0.1243 12.01
175 137 C 24 TRP C 137 0.5973 12.01
176 138 O 24 TRP O 138 -0.5679 16 ; qtot 1
177 ; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
178 139 N 25 PRO N 139 -0.2548 14.01
179 140 CT 25 PRO CD 140 0.0192 12.01
180 141 H1 25 PRO HD1 141 0.0391 1.008
181 142 H1 25 PRO HD2 142 0.0391 1.008
182 143 CT 25 PRO CG 143 0.0189 12.01
183 144 HC 25 PRO HG1 144 0.0213 1.008
184 145 HC 25 PRO HG2 145 0.0213 1.008
185 146 CT 25 PRO CB 146 -0.007 12.01
186 147 HC 25 PRO HB1 147 0.0253 1.008
187 148 HC 25 PRO HB2 148 0.0253 1.008
188 149 CT 25 PRO CA 149 -0.0266 12.01
189 150 H1 25 PRO HA 150 0.0641 1.008
190 151 C 25 PRO C 151 0.5896 12.01
191 152 O 25 PRO O 152 -0.5748 16 ; qtot 1
192 ; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
193 153 N 26 PRO N 153 -0.2548 14.01
194 154 CT 26 PRO CD 154 0.0192 12.01
195 155 H1 26 PRO HD1 155 0.0391 1.008
196 156 H1 26 PRO HD2 156 0.0391 1.008
197 157 CT 26 PRO CG 157 0.0189 12.01
198 158 HC 26 PRO HG1 158 0.0213 1.008
199 159 HC 26 PRO HG2 159 0.0213 1.008
200 160 CT 26 PRO CB 160 -0.007 12.01
201 161 HC 26 PRO HB1 161 0.0253 1.008
202 162 HC 26 PRO HB2 162 0.0253 1.008
203 163 CT 26 PRO CA 163 -0.0266 12.01
204 164 H1 26 PRO HA 164 0.0641 1.008
205 165 C 26 PRO C 165 0.5896 12.01
206 166 O 26 PRO O 166 -0.5748 16 ; qtot 1
207 ; residue 27 CYS rtp CYS q 0.0
208 167 N 27 CYS N 167 -0.4157 14.01
209 168 H 27 CYS H 168 0.2719 1.008
210 169 CT 27 CYS CA 169 0.0213 12.01
211 170 H1 27 CYS HA 170 0.1124 1.008
212 171 CT 27 CYS CB 171 -0.1231 12.01
213 172 H1 27 CYS HB1 172 0.1112 1.008
214 173 H1 27 CYS HB2 173 0.1112 1.008
215 174 SH 27 CYS SG 174 -0.3119 32.06
216 175 HS 27 CYS HG 175 0.1933 1.008
217 176 C 27 CYS C 176 0.5973 12.01
218 177 O 27 CYS O 177 -0.5679 16 ; qtot 1
219 ; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
220 178 N 28 ARG N 178 -0.3479 14.01
221 179 H 28 ARG H 179 0.2747 1.008
222 180 CT 28 ARG CA 180 -0.2637 12.01
223 181 H1 28 ARG HA 181 0.156 1.008
224 182 CT 28 ARG CB 182 -0.0007 12.01
225 183 HC 28 ARG HB1 183 0.0327 1.008
226 184 HC 28 ARG HB2 184 0.0327 1.008
227 185 CT 28 ARG CG 185 0.039 12.01
228 186 HC 28 ARG HG1 186 0.0285 1.008
229 187 HC 28 ARG HG2 187 0.0285 1.008
230 188 CT 28 ARG CD 188 0.0486 12.01
231 189 H1 28 ARG HD1 189 0.0687 1.008
232 190 H1 28 ARG HD2 190 0.0687 1.008
233 191 N2 28 ARG NE 191 -0.5295 14.01
234 192 H 28 ARG HE 192 0.3456 1.008
235 193 CA 28 ARG CZ 193 0.8076 12.01
236 194 N2 28 ARG NH1 194 -0.8627 14.01
237 195 H 28 ARG HH11 195 0.4478 1.008
238 196 H 28 ARG HH12 196 0.4478 1.008
239 197 N2 28 ARG NH2 197 -0.8627 14.01
240 198 H 28 ARG HH21 198 0.4478 1.008
241 199 H 28 ARG HH22 199 0.4478 1.008
242 200 C 28 ARG C 200 0.7341 12.01
243 201 O 28 ARG O 201 -0.5894 16 ; qtot 2
244 ; residue 29 HIS rtp HIE q 0.0
245 202 N 29 HIS N 202 -0.4157 14.01
246 203 H 29 HIS H 203 0.2719 1.008
247 204 CT 29 HIS CA 204 -0.0581 12.01
248 205 H1 29 HIS HA 205 0.136 1.008
249 206 CT 29 HIS CB 206 -0.0074 12.01
250 207 HC 29 HIS HB1 207 0.0367 1.008
251 208 HC 29 HIS HB2 208 0.0367 1.008
252 209 CC 29 HIS CG 209 0.1868 12.01
253 210 NB 29 HIS ND1 210 -0.5432 14.01
254 211 CR 29 HIS CE1 211 0.1635 12.01
255 212 H5 29 HIS HE1 212 0.1435 1.008
256 213 NA 29 HIS NE2 213 -0.2795 14.01
257 214 H 29 HIS HE2 214 0.3339 1.008
258 215 CW 29 HIS CD2 215 -0.2207 12.01
259 216 H4 29 HIS HD2 216 0.1862 1.008
260 217 C 29 HIS C 217 0.5973 12.01
261 218 O 29 HIS O 218 -0.5679 16 ; qtot 2
262 ; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
263 219 N 30 ASN N 219 -0.4157 14.01
264 220 H 30 ASN H 220 0.2719 1.008
265 221 CT 30 ASN CA 221 0.0143 12.01
266 222 H1 30 ASN HA 222 0.1048 1.008
267 223 CT 30 ASN CB 223 -0.2041 12.01
268 224 HC 30 ASN HB1 224 0.0797 1.008
269 225 HC 30 ASN HB2 225 0.0797 1.008
270 226 C 30 ASN CG 226 0.713 12.01
271 227 O 30 ASN OD1 227 -0.5931 16
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289 ; residue 32 HIS rtp HIE q 0.0
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1358 274 276 1
1359 274 277 1
1360 276 278 1
1362 [ angles ]
1363 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1364 2 1 3 1
1365 2 1 4 1
1366 2 1 5 1
1367 3 1 4 1
1368 3 1 5 1
1369 4 1 5 1
1370 1 5 6 1
1371 1 5 7 1
1372 1 5 15 1
1373 6 5 7 1
1374 6 5 15 1
1375 7 5 15 1
1376 5 7 8 1
1377 5 7 9 1
1378 5 7 13 1
1379 8 7 9 1
1380 8 7 13 1
1381 9 7 13 1
1382 7 9 10 1
1383 7 9 11 1
1384 7 9 12 1
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1386 10 9 12 1
1387 11 9 12 1
1388 7 13 14 1
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1700 178 180 181 1
1701 178 180 182 1
1702 178 180 200 1
1703 181 180 182 1
1704 181 180 200 1
1705 182 180 200 1
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1708 180 182 185 1
1709 183 182 184 1
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1720 185 188 191 1
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1723 190 188 191 1
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1729 194 193 197 1
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1807 238 237 240 1
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1809 237 240 241 1
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1811 235 242 244 1
1812 243 242 244 1
1813 242 244 245 1
1814 242 244 246 1
1815 245 244 246 1
1816 244 246 247 1
1817 244 246 248 1
1818 244 246 259 1
1819 247 246 248 1
1820 247 246 259 1
1821 248 246 259 1
1822 246 248 249 1
1823 246 248 250 1
1824 246 248 251 1
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1826 249 248 251 1
1827 250 248 251 1
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1830 252 251 257 1
1831 251 252 253 1
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1837 256 255 257 1
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1839 251 257 258 1
1840 255 257 258 1
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1842 246 259 261 1
1843 260 259 261 1
1844 259 261 262 1
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1847 261 263 264 1
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1854 263 265 267 1
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1857 266 265 268 1
1858 267 265 268 1
1859 265 268 269 1
1860 265 268 277 1
1861 269 268 277 1
1862 268 269 270 1
1863 268 269 271 1
1864 270 269 271 1
1865 269 271 272 1
1866 269 271 273 1
1867 272 271 273 1
1868 271 273 274 1
1869 271 273 275 1
1870 274 273 275 1
1871 273 275 276 1
1872 273 275 277 1
1873 276 275 277 1
1874 268 277 275 1
1875 268 277 278 1
1876 275 277 278 1
1877 263 279 280 1
1878 263 279 281 1
1879 280 279 281 1
1881 [ dihedrals ]
1882 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1883 2 1 5 6 9
1884 2 1 5 7 9
1885 2 1 5 15 9
1886 3 1 5 6 9
1887 3 1 5 7 9
1888 3 1 5 15 9
1889 4 1 5 6 9
1890 4 1 5 7 9
1891 4 1 5 15 9
1892 1 5 7 8 9
1893 1 5 7 9 9
1894 1 5 7 13 9
1895 6 5 7 8 9
1896 6 5 7 9 9
1897 6 5 7 13 9
1898 15 5 7 8 9
1899 15 5 7 9 9
1900 15 5 7 13 9
1901 1 5 15 16 9
1902 1 5 15 17 9
1903 6 5 15 16 9
1904 6 5 15 17 9
1905 7 5 15 16 9
1906 7 5 15 17 9
1907 5 7 9 10 9
1908 5 7 9 11 9
1909 5 7 9 12 9
1910 8 7 9 10 9
1911 8 7 9 11 9
1912 8 7 9 12 9
1913 13 7 9 10 9
1914 13 7 9 11 9
1915 13 7 9 12 9
1916 5 7 13 14 9
1917 8 7 13 14 9
1918 9 7 13 14 9
1919 5 15 17 18 9
1920 5 15 17 19 9
1921 16 15 17 18 9
1922 16 15 17 19 9
1923 15 17 19 20 9
1924 15 17 19 21 9
1925 15 17 19 31 9
1926 18 17 19 20 9
1927 18 17 19 21 9
1928 18 17 19 31 9
1929 17 19 21 22 9
1930 17 19 21 23 9
1931 17 19 21 27 9
1932 20 19 21 22 9
1933 20 19 21 23 9
1934 20 19 21 27 9
1935 31 19 21 22 9
1936 31 19 21 23 9
1937 31 19 21 27 9
1938 17 19 31 32 9
1939 17 19 31 33 9
1940 20 19 31 32 9
1941 20 19 31 33 9
1942 21 19 31 32 9
1943 21 19 31 33 9
1944 19 21 23 24 9
1945 19 21 23 25 9
1946 19 21 23 26 9
1947 22 21 23 24 9
1948 22 21 23 25 9
1949 22 21 23 26 9
1950 27 21 23 24 9
1951 27 21 23 25 9
1952 27 21 23 26 9
1953 19 21 27 28 9
1954 19 21 27 29 9
1955 19 21 27 30 9
1956 22 21 27 28 9
1957 22 21 27 29 9
1958 22 21 27 30 9
1959 23 21 27 28 9
1960 23 21 27 29 9
1961 23 21 27 30 9
1962 19 31 33 34 9
1963 19 31 33 35 9
1964 32 31 33 34 9
1965 32 31 33 35 9
1966 31 33 35 36 9
1967 31 33 35 37 9
1968 31 33 35 55 9
1969 34 33 35 36 9
1970 34 33 35 37 9
1971 34 33 35 55 9
1972 33 35 37 38 9
1973 33 35 37 39 9
1974 33 35 37 40 9
1975 36 35 37 38 9
1976 36 35 37 39 9
1977 36 35 37 40 9
1978 55 35 37 38 9
1979 55 35 37 39 9
1980 55 35 37 40 9
1981 33 35 55 56 9
1982 33 35 55 57 9
1983 36 35 55 56 9
1984 36 35 55 57 9
1985 37 35 55 56 9
1986 37 35 55 57 9
1987 35 37 40 41 9
1988 35 37 40 54 9
1989 38 37 40 41 9
1990 38 37 40 54 9
1991 39 37 40 41 9
1992 39 37 40 54 9
1993 37 40 41 42 9
1994 37 40 41 43 9
1995 54 40 41 42 9
1996 54 40 41 43 9
1997 37 40 54 45 9
1998 37 40 54 52 9
1999 41 40 54 45 9
2000 41 40 54 52 9
2001 40 41 43 44 9
2002 40 41 43 45 9
2003 42 41 43 44 9
2004 42 41 43 45 9
2005 41 43 45 46 9
2006 41 43 45 54 9
2007 44 43 45 46 9
2008 44 43 45 54 9
2009 43 45 46 47 9
2010 43 45 46 48 9
2011 54 45 46 47 9
2012 54 45 46 48 9
2013 43 45 54 40 9
2014 43 45 54 52 9
2015 46 45 54 40 9
2016 46 45 54 52 9
2017 45 46 48 49 9
2018 45 46 48 50 9
2019 47 46 48 49 9
2020 47 46 48 50 9
2021 46 48 50 51 9
2022 46 48 50 52 9
2023 49 48 50 51 9
2024 49 48 50 52 9
2025 48 50 52 53 9
2026 48 50 52 54 9
2027 51 50 52 53 9
2028 51 50 52 54 9
2029 50 52 54 40 9
2030 50 52 54 45 9
2031 53 52 54 40 9
2032 53 52 54 45 9
2033 35 55 57 58 9
2034 35 55 57 59 9
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2041 58 57 59 61 9
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2050 76 59 61 63 9
2051 76 59 61 64 9
2052 57 59 76 77 9
2053 57 59 76 78 9
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2059 59 61 64 74 9
2060 62 61 64 65 9
2061 62 61 64 74 9
2062 63 61 64 65 9
2063 63 61 64 74 9
2064 61 64 65 66 9
2065 61 64 65 67 9
2066 74 64 65 66 9
2067 74 64 65 67 9
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2070 65 64 74 72 9
2071 65 64 74 75 9
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2085 70 69 72 74 9
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2087 69 72 74 75 9
2088 73 72 74 64 9
2089 73 72 74 75 9
2090 59 76 78 79 9
2091 59 76 78 80 9
2092 77 76 78 79 9
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2662 272 271 273 275 9
2663 271 273 275 276 9
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2665 274 273 275 276 9
2666 274 273 275 277 9
2667 273 275 277 268 9
2668 273 275 277 278 9
2669 276 275 277 268 9
2670 276 275 277 278 9
2672 [ dihedrals ]
2673 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2674 5 17 15 16 4
2675 15 19 17 18 4
2676 19 33 31 32 4
2677 31 35 33 34 4
2678 35 57 55 56 4
2679 40 43 41 42 4
2680 41 45 43 44 4
2681 41 40 37 54 4
2682 45 48 46 47 4
2683 46 50 48 49 4
2684 48 52 50 51 4
2685 50 54 52 53 4
2686 55 59 57 58 4
2687 59 78 76 77 4
2688 61 64 74 65 4
2689 64 67 65 66 4
2690 64 72 74 75 4
2691 65 69 67 68 4
2692 67 72 69 70 4
2693 69 74 72 73 4
2694 76 80 78 79 4
2695 80 100 98 99 4
2696 98 102 100 101 4
2697 102 115 113 114 4
2698 107 111 110 112 4
2699 113 117 115 116 4
2700 117 139 137 138 4
2701 122 125 123 124 4
2702 123 127 125 126 4
2703 123 122 119 136 4
2704 127 130 128 129 4
2705 128 132 130 131 4
2706 130 134 132 133 4
2707 132 136 134 135 4
2708 137 140 139 149 4
2709 149 153 151 152 4
2710 151 154 153 163 4
2711 163 167 165 166 4
2712 165 169 167 168 4
2713 169 178 176 177 4
2714 176 180 178 179 4
2715 180 202 200 201 4
2716 188 193 191 192 4
2717 191 194 193 197 4
2718 193 195 194 196 4
2719 193 198 197 199 4
2720 200 204 202 203 4
2721 204 219 217 218 4
2722 206 209 215 210 4
2723 209 213 215 216 4
2724 210 213 211 212 4
2725 211 215 213 214 4
2726 217 221 219 220 4
2727 221 233 231 232 4
2728 223 228 226 227 4
2729 226 229 228 230 4
2730 231 235 233 234 4
2731 235 244 242 243 4
2732 242 246 244 245 4
2733 246 261 259 260 4
2734 248 251 257 252 4
2735 251 255 257 258 4
2736 252 255 253 254 4
2737 253 257 255 256 4
2738 259 263 261 262 4
2739 263 280 279 281 4
2740 265 268 277 269 4
2741 268 271 269 270 4
2742 268 275 277 278 4
2743 269 273 271 272 4
2744 271 275 273 274 4
2745 273 277 275 276 4
2747 ; Include Position restraint file
2748 #ifdef POSRES
2749 #include "posre.itp"
2750 #endif
2752 ; Include water topology
2753 #include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
2755 #ifdef POSRES_WATER
2756 ; Position restraint for each water oxygen
2757 [ position_restraints ]
2758 ; i funct fcx fcy fcz
2759 1 1 1000 1000 1000
2760 #endif
2762 ; Include topology for ions
2763 #include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
2765 [ system ]
2766 ; Name
2767 Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2769 [ molecules ]
2770 ; Compound #mols
2771 Protein 1
2772 ]]></String>
2773 </File>
2774 </OutputFiles>
2775 </ReferenceData>