[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForAmber99sb_ildn_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_3.xml
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6 <GroFile Name="Header">
7 <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">228</Int>
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11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 50 LYS rtp NLYS q +2.0
33 1 N3 50 LYS N 1 0.0966 14.01
34 2 H 50 LYS H1 2 0.2165 1.008
35 3 H 50 LYS H2 3 0.2165 1.008
36 4 H 50 LYS H3 4 0.2165 1.008
37 5 CT 50 LYS CA 5 -0.0015 12.01
38 6 HP 50 LYS HA 6 0.118 1.008
39 7 CT 50 LYS CB 7 0.0212 12.01
40 8 HC 50 LYS HB1 8 0.0283 1.008
41 9 HC 50 LYS HB2 9 0.0283 1.008
42 10 CT 50 LYS CG 10 -0.0048 12.01
43 11 HC 50 LYS HG1 11 0.0121 1.008
44 12 HC 50 LYS HG2 12 0.0121 1.008
45 13 CT 50 LYS CD 13 -0.0608 12.01
46 14 HC 50 LYS HD1 14 0.0633 1.008
47 15 HC 50 LYS HD2 15 0.0633 1.008
48 16 CT 50 LYS CE 16 -0.0181 12.01
49 17 HP 50 LYS HE1 17 0.1171 1.008
50 18 HP 50 LYS HE2 18 0.1171 1.008
51 19 N3 50 LYS NZ 19 -0.3764 14.01
52 20 H 50 LYS HZ1 20 0.3382 1.008
53 21 H 50 LYS HZ2 21 0.3382 1.008
54 22 H 50 LYS HZ3 22 0.3382 1.008
55 23 C 50 LYS C 23 0.7214 12.01
56 24 O 50 LYS O 24 -0.6013 16 ; qtot 2
57 ; residue 51 SER rtp SER q 0.0
58 25 N 51 SER N 25 -0.4157 14.01
59 26 H 51 SER H 26 0.2719 1.008
60 27 CT 51 SER CA 27 -0.0249 12.01
61 28 H1 51 SER HA 28 0.0843 1.008
62 29 CT 51 SER CB 29 0.2117 12.01
63 30 H1 51 SER HB1 30 0.0352 1.008
64 31 H1 51 SER HB2 31 0.0352 1.008
65 32 OH 51 SER OG 32 -0.6546 16
66 33 HO 51 SER HG 33 0.4275 1.008
67 34 C 51 SER C 34 0.5973 12.01
68 35 O 51 SER O 35 -0.5679 16 ; qtot 2
69 ; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
70 36 N 52 GLY N 36 -0.4157 14.01
71 37 H 52 GLY H 37 0.2719 1.008
72 38 CT 52 GLY CA 38 -0.0252 12.01
73 39 H1 52 GLY HA1 39 0.0698 1.008
74 40 H1 52 GLY HA2 40 0.0698 1.008
75 41 C 52 GLY C 41 0.5973 12.01
76 42 O 52 GLY O 42 -0.5679 16 ; qtot 2
77 ; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
78 43 N 53 TYR N 43 -0.4157 14.01
79 44 H 53 TYR H 44 0.2719 1.008
80 45 CT 53 TYR CA 45 -0.0014 12.01
81 46 H1 53 TYR HA 46 0.0876 1.008
82 47 CT 53 TYR CB 47 -0.0152 12.01
83 48 HC 53 TYR HB1 48 0.0295 1.008
84 49 HC 53 TYR HB2 49 0.0295 1.008
85 50 CA 53 TYR CG 50 -0.0011 12.01
86 51 CA 53 TYR CD1 51 -0.1906 12.01
87 52 HA 53 TYR HD1 52 0.1699 1.008
88 53 CA 53 TYR CE1 53 -0.2341 12.01
89 54 HA 53 TYR HE1 54 0.1656 1.008
90 55 C 53 TYR CZ 55 0.3226 12.01
91 56 OH 53 TYR OH 56 -0.5579 16
92 57 HO 53 TYR HH 57 0.3992 1.008
93 58 CA 53 TYR CE2 58 -0.2341 12.01
94 59 HA 53 TYR HE2 59 0.1656 1.008
95 60 CA 53 TYR CD2 60 -0.1906 12.01
96 61 HA 53 TYR HD2 61 0.1699 1.008
97 62 C 53 TYR C 62 0.5973 12.01
98 63 O 53 TYR O 63 -0.5679 16 ; qtot 2
99 ; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
100 64 N 54 ASP N 64 -0.5163 14.01
101 65 H 54 ASP H 65 0.2936 1.008
102 66 CT 54 ASP CA 66 0.0381 12.01
103 67 H1 54 ASP HA 67 0.088 1.008
104 68 CT 54 ASP CB 68 -0.0303 12.01
105 69 HC 54 ASP HB1 69 -0.0122 1.008
106 70 HC 54 ASP HB2 70 -0.0122 1.008
107 71 C 54 ASP CG 71 0.7994 12.01
108 72 O2 54 ASP OD1 72 -0.8014 16
109 73 O2 54 ASP OD2 73 -0.8014 16
110 74 C 54 ASP C 74 0.5366 12.01
111 75 O 54 ASP O 75 -0.5819 16 ; qtot 1
112 ; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
113 76 N 55 ALA N 76 -0.4157 14.01
114 77 H 55 ALA H 77 0.2719 1.008
115 78 CT 55 ALA CA 78 0.0337 12.01
116 79 H1 55 ALA HA 79 0.0823 1.008
117 80 CT 55 ALA CB 80 -0.1825 12.01
118 81 HC 55 ALA HB1 81 0.0603 1.008
119 82 HC 55 ALA HB2 82 0.0603 1.008
120 83 HC 55 ALA HB3 83 0.0603 1.008
121 84 C 55 ALA C 84 0.5973 12.01
122 85 O 55 ALA O 85 -0.5679 16 ; qtot 1
123 ; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
124 86 N 56 PRO N 86 -0.2548 14.01
125 87 CT 56 PRO CD 87 0.0192 12.01
126 88 H1 56 PRO HD1 88 0.0391 1.008
127 89 H1 56 PRO HD2 89 0.0391 1.008
128 90 CT 56 PRO CG 90 0.0189 12.01
129 91 HC 56 PRO HG1 91 0.0213 1.008
130 92 HC 56 PRO HG2 92 0.0213 1.008
131 93 CT 56 PRO CB 93 -0.007 12.01
132 94 HC 56 PRO HB1 94 0.0253 1.008
133 95 HC 56 PRO HB2 95 0.0253 1.008
134 96 CT 56 PRO CA 96 -0.0266 12.01
135 97 H1 56 PRO HA 97 0.0641 1.008
136 98 C 56 PRO C 98 0.5896 12.01
137 99 O 56 PRO O 99 -0.5748 16 ; qtot 1
138 ; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
139 100 N 57 PHE N 100 -0.4157 14.01
140 101 H 57 PHE H 101 0.2719 1.008
141 102 CT 57 PHE CA 102 -0.0024 12.01
142 103 H1 57 PHE HA 103 0.0978 1.008
143 104 CT 57 PHE CB 104 -0.0343 12.01
144 105 HC 57 PHE HB1 105 0.0295 1.008
145 106 HC 57 PHE HB2 106 0.0295 1.008
146 107 CA 57 PHE CG 107 0.0118 12.01
147 108 CA 57 PHE CD1 108 -0.1256 12.01
148 109 HA 57 PHE HD1 109 0.133 1.008
149 110 CA 57 PHE CE1 110 -0.1704 12.01
150 111 HA 57 PHE HE1 111 0.143 1.008
151 112 CA 57 PHE CZ 112 -0.1072 12.01
152 113 HA 57 PHE HZ 113 0.1297 1.008
153 114 CA 57 PHE CE2 114 -0.1704 12.01
154 115 HA 57 PHE HE2 115 0.143 1.008
155 116 CA 57 PHE CD2 116 -0.1256 12.01
156 117 HA 57 PHE HD2 117 0.133 1.008
157 118 C 57 PHE C 118 0.5973 12.01
158 119 O 57 PHE O 119 -0.5679 16 ; qtot 1
159 ; residue 58 THR rtp THR q 0.0
160 120 N 58 THR N 120 -0.4157 14.01
161 121 H 58 THR H 121 0.2719 1.008
162 122 CT 58 THR CA 122 -0.0389 12.01
163 123 H1 58 THR HA 123 0.1007 1.008
164 124 CT 58 THR CB 124 0.3654 12.01
165 125 H1 58 THR HB 125 0.0043 1.008
166 126 CT 58 THR CG2 126 -0.2438 12.01
167 127 HC 58 THR HG21 127 0.0642 1.008
168 128 HC 58 THR HG22 128 0.0642 1.008
169 129 HC 58 THR HG23 129 0.0642 1.008
170 130 OH 58 THR OG1 130 -0.6761 16
171 131 HO 58 THR HG1 131 0.4102 1.008
172 132 C 58 THR C 132 0.5973 12.01
173 133 O 58 THR O 133 -0.5679 16 ; qtot 1
174 ; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
175 134 N 59 ILE N 134 -0.4157 14.01
176 135 H 59 ILE H 135 0.2719 1.008
177 136 CT 59 ILE CA 136 -0.0597 12.01
178 137 H1 59 ILE HA 137 0.0869 1.008
179 138 CT 59 ILE CB 138 0.1303 12.01
180 139 HC 59 ILE HB 139 0.0187 1.008
181 140 CT 59 ILE CG2 140 -0.3204 12.01
182 141 HC 59 ILE HG21 141 0.0882 1.008
183 142 HC 59 ILE HG22 142 0.0882 1.008
184 143 HC 59 ILE HG23 143 0.0882 1.008
185 144 CT 59 ILE CG1 144 -0.043 12.01
186 145 HC 59 ILE HG11 145 0.0236 1.008
187 146 HC 59 ILE HG12 146 0.0236 1.008
188 147 CT 59 ILE CD 147 -0.066 12.01
189 148 HC 59 ILE HD1 148 0.0186 1.008
190 149 HC 59 ILE HD2 149 0.0186 1.008
191 150 HC 59 ILE HD3 150 0.0186 1.008
192 151 C 59 ILE C 151 0.5973 12.01
193 152 O 59 ILE O 152 -0.5679 16 ; qtot 1
194 ; residue 60 HIS rtp HIE q 0.0
195 153 N 60 HIS N 153 -0.4157 14.01
196 154 H 60 HIS H 154 0.2719 1.008
197 155 CT 60 HIS CA 155 -0.0581 12.01
198 156 H1 60 HIS HA 156 0.136 1.008
199 157 CT 60 HIS CB 157 -0.0074 12.01
200 158 HC 60 HIS HB1 158 0.0367 1.008
201 159 HC 60 HIS HB2 159 0.0367 1.008
202 160 CC 60 HIS CG 160 0.1868 12.01
203 161 NB 60 HIS ND1 161 -0.5432 14.01
204 162 CR 60 HIS CE1 162 0.1635 12.01
205 163 H5 60 HIS HE1 163 0.1435 1.008
206 164 NA 60 HIS NE2 164 -0.2795 14.01
207 165 H 60 HIS HE2 165 0.3339 1.008
208 166 CW 60 HIS CD2 166 -0.2207 12.01
209 167 H4 60 HIS HD2 167 0.1862 1.008
210 168 C 60 HIS C 168 0.5973 12.01
211 169 O 60 HIS O 169 -0.5679 16 ; qtot 1
212 ; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
213 170 N 61 VAL N 170 -0.4157 14.01
214 171 H 61 VAL H 171 0.2719 1.008
215 172 CT 61 VAL CA 172 -0.0875 12.01
216 173 H1 61 VAL HA 173 0.0969 1.008
217 174 CT 61 VAL CB 174 0.2985 12.01
218 175 HC 61 VAL HB 175 -0.0297 1.008
219 176 CT 61 VAL CG1 176 -0.3192 12.01
220 177 HC 61 VAL HG11 177 0.0791 1.008
221 178 HC 61 VAL HG12 178 0.0791 1.008
222 179 HC 61 VAL HG13 179 0.0791 1.008
223 180 CT 61 VAL CG2 180 -0.3192 12.01
224 181 HC 61 VAL HG21 181 0.0791 1.008
225 182 HC 61 VAL HG22 182 0.0791 1.008
226 183 HC 61 VAL HG23 183 0.0791 1.008
227 184 C 61 VAL C 184 0.5973 12.01
228 185 O 61 VAL O 185 -0.5679 16 ; qtot 1
229 ; residue 62 CYS rtp CYS q 0.0
230 186 N 62 CYS N 186 -0.4157 14.01
231 187 H 62 CYS H 187 0.2719 1.008
232 188 CT 62 CYS CA 188 0.0213 12.01
233 189 H1 62 CYS HA 189 0.1124 1.008
234 190 CT 62 CYS CB 190 -0.1231 12.01
235 191 H1 62 CYS HB1 191 0.1112 1.008
236 192 H1 62 CYS HB2 192 0.1112 1.008
237 193 SH 62 CYS SG 193 -0.3119 32.06
238 194 HS 62 CYS HG 194 0.1933 1.008
239 195 C 62 CYS C 195 0.5973 12.01
240 196 O 62 CYS O 196 -0.5679 16 ; qtot 1
241 ; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
242 197 N 63 GLY N 197 -0.4157 14.01
243 198 H 63 GLY H 198 0.2719 1.008
244 199 CT 63 GLY CA 199 -0.0252 12.01
245 200 H1 63 GLY HA1 200 0.0698 1.008
246 201 H1 63 GLY HA2 201 0.0698 1.008
247 202 C 63 GLY C 202 0.5973 12.01
248 203 O 63 GLY O 203 -0.5679 16 ; qtot 1
249 ; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
250 204 N 64 ALA N 204 -0.4157 14.01
251 205 H 64 ALA H 205 0.2719 1.008
252 206 CT 64 ALA CA 206 0.0337 12.01
253 207 H1 64 ALA HA 207 0.0823 1.008
254 208 CT 64 ALA CB 208 -0.1825 12.01
255 209 HC 64 ALA HB1 209 0.0603 1.008
256 210 HC 64 ALA HB2 210 0.0603 1.008
257 211 HC 64 ALA HB3 211 0.0603 1.008
258 212 C 64 ALA C 212 0.5973 12.01
259 213 O 64 ALA O 213 -0.5679 16 ; qtot 1
260 ; residue 65 PRO rtp CPRO q -1.0
261 214 N 65 PRO N 214 -0.2802 14.01
262 215 CT 65 PRO CD 215 0.0434 12.01
263 216 H1 65 PRO HD1 216 0.0331 1.008
264 217 H1 65 PRO HD2 217 0.0331 1.008
265 218 CT 65 PRO CG 218 0.0466 12.01
266 219 HC 65 PRO HG1 219 0.0172 1.008
267 220 HC 65 PRO HG2 220 0.0172 1.008
268 221 CT 65 PRO CB 221 -0.0543 12.01
269 222 HC 65 PRO HB1 222 0.0381 1.008
270 223 HC 65 PRO HB2 223 0.0381 1.008
271 224 CT 65 PRO CA 224 -0.1336 12.01
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273 226 C 65 PRO C 226 0.6631 12.01
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1109 225 227 1
1110 225 228 1
1112 [ angles ]
1113 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1114 2 1 3 1
1115 2 1 4 1
1116 2 1 5 1
1117 3 1 4 1
1118 3 1 5 1
1119 4 1 5 1
1120 1 5 6 1
1121 1 5 7 1
1122 1 5 23 1
1123 6 5 7 1
1124 6 5 23 1
1125 7 5 23 1
1126 5 7 8 1
1127 5 7 9 1
1128 5 7 10 1
1129 8 7 9 1
1130 8 7 10 1
1131 9 7 10 1
1132 7 10 11 1
1133 7 10 12 1
1134 7 10 13 1
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1139 10 13 15 1
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1522 222 221 224 1
1523 223 221 224 1
1524 214 224 221 1
1525 214 224 225 1
1526 214 224 226 1
1527 221 224 225 1
1528 221 224 226 1
1529 225 224 226 1
1530 224 226 227 1
1531 224 226 228 1
1532 227 226 228 1
1534 [ dihedrals ]
1535 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1536 2 1 5 6 9
1537 2 1 5 7 9
1538 2 1 5 23 9
1539 3 1 5 6 9
1540 3 1 5 7 9
1541 3 1 5 23 9
1542 4 1 5 6 9
1543 4 1 5 7 9
1544 4 1 5 23 9
1545 1 5 7 8 9
1546 1 5 7 9 9
1547 1 5 7 10 9
1548 6 5 7 8 9
1549 6 5 7 9 9
1550 6 5 7 10 9
1551 23 5 7 8 9
1552 23 5 7 9 9
1553 23 5 7 10 9
1554 1 5 23 24 9
1555 1 5 23 25 9
1556 6 5 23 24 9
1557 6 5 23 25 9
1558 7 5 23 24 9
1559 7 5 23 25 9
1560 5 7 10 11 9
1561 5 7 10 12 9
1562 5 7 10 13 9
1563 8 7 10 11 9
1564 8 7 10 12 9
1565 8 7 10 13 9
1566 9 7 10 11 9
1567 9 7 10 12 9
1568 9 7 10 13 9
1569 7 10 13 14 9
1570 7 10 13 15 9
1571 7 10 13 16 9
1572 11 10 13 14 9
1573 11 10 13 15 9
1574 11 10 13 16 9
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1580 10 13 16 19 9
1581 14 13 16 17 9
1582 14 13 16 18 9
1583 14 13 16 19 9
1584 15 13 16 17 9
1585 15 13 16 18 9
1586 15 13 16 19 9
1587 13 16 19 20 9
1588 13 16 19 21 9
1589 13 16 19 22 9
1590 17 16 19 20 9
1591 17 16 19 21 9
1592 17 16 19 22 9
1593 18 16 19 20 9
1594 18 16 19 21 9
1595 18 16 19 22 9
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1597 5 23 25 27 9
1598 24 23 25 26 9
1599 24 23 25 27 9
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1601 23 25 27 29 9
1602 23 25 27 34 9
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1605 26 25 27 34 9
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1608 25 27 29 32 9
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1610 28 27 29 31 9
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1700 63 62 64 66 9
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2036 172 174 176 179 9
2037 175 174 176 177 9
2038 175 174 176 178 9
2039 175 174 176 179 9
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2041 180 174 176 178 9
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2154 220 218 221 224 9
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2159 222 221 224 225 9
2160 222 221 224 226 9
2161 223 221 224 214 9
2162 223 221 224 225 9
2163 223 221 224 226 9
2164 214 224 226 227 9
2165 214 224 226 228 9
2166 221 224 226 227 9
2167 221 224 226 228 9
2168 225 224 226 227 9
2169 225 224 226 228 9
2171 [ dihedrals ]
2172 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2173 5 25 23 24 4
2174 23 27 25 26 4
2175 27 36 34 35 4
2176 34 38 36 37 4
2177 38 43 41 42 4
2178 41 45 43 44 4
2179 45 64 62 63 4
2180 47 50 60 51 4
2181 50 53 51 52 4
2182 50 58 60 61 4
2183 51 55 53 54 4
2184 53 58 55 56 4
2185 55 60 58 59 4
2186 62 66 64 65 4
2187 66 76 74 75 4
2188 68 72 71 73 4
2189 74 78 76 77 4
2190 78 86 84 85 4
2191 84 87 86 96 4
2192 96 100 98 99 4
2193 98 102 100 101 4
2194 102 120 118 119 4
2195 104 107 116 108 4
2196 107 110 108 109 4
2197 107 114 116 117 4
2198 108 112 110 111 4
2199 110 114 112 113 4
2200 112 116 114 115 4
2201 118 122 120 121 4
2202 122 134 132 133 4
2203 132 136 134 135 4
2204 136 153 151 152 4
2205 151 155 153 154 4
2206 155 170 168 169 4
2207 157 160 166 161 4
2208 160 164 166 167 4
2209 161 164 162 163 4
2210 162 166 164 165 4
2211 168 172 170 171 4
2212 172 186 184 185 4
2213 184 188 186 187 4
2214 188 197 195 196 4
2215 195 199 197 198 4
2216 199 204 202 203 4
2217 202 206 204 205 4
2218 206 214 212 213 4
2219 212 215 214 224 4
2220 224 227 226 228 4
2222 ; Include Position restraint file
2223 #ifdef POSRES
2224 #include "posre.itp"
2225 #endif
2227 ; Include water topology
2228 #include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
2230 #ifdef POSRES_WATER
2231 ; Position restraint for each water oxygen
2232 [ position_restraints ]
2233 ; i funct fcx fcy fcz
2234 1 1 1000 1000 1000
2235 #endif
2237 ; Include topology for ions
2238 #include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
2240 [ system ]
2241 ; Name
2242 Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2244 [ molecules ]
2245 ; Compound #mols
2246 Protein 1
2247 ]]></String>
2248 </File>
2249 </OutputFiles>
2250 </ReferenceData>