[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForCharmm27_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_2.xml
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7 <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">255</Int>
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11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "charmm27.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
33 1 NH3 34 ALA N 1 -0.3 14.007
34 2 HC 34 ALA H1 2 0.33 1.008
35 3 HC 34 ALA H2 3 0.33 1.008
36 4 HC 34 ALA H3 4 0.33 1.008
37 5 CT1 34 ALA CA 5 0.21 12.011
38 6 HB 34 ALA HA 6 0.1 1.008
39 7 CT3 34 ALA CB 7 -0.27 12.011
40 8 HA 34 ALA HB1 8 0.09 1.008
41 9 HA 34 ALA HB2 9 0.09 1.008
42 10 HA 34 ALA HB3 10 0.09 1.008
43 11 C 34 ALA C 11 0.51 12.011
44 12 O 34 ALA O 12 -0.51 15.999 ; qtot 1
45 ; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
46 13 NH1 35 VAL N 13 -0.47 14.007
47 14 H 35 VAL HN 14 0.31 1.008
48 15 CT1 35 VAL CA 15 0.07 12.011
49 16 HB 35 VAL HA 16 0.09 1.008
50 17 CT1 35 VAL CB 17 -0.09 12.011
51 18 HA 35 VAL HB 18 0.09 1.008
52 19 CT3 35 VAL CG1 19 -0.27 12.011
53 20 HA 35 VAL HG11 20 0.09 1.008
54 21 HA 35 VAL HG12 21 0.09 1.008
55 22 HA 35 VAL HG13 22 0.09 1.008
56 23 CT3 35 VAL CG2 23 -0.27 12.011
57 24 HA 35 VAL HG21 24 0.09 1.008
58 25 HA 35 VAL HG22 25 0.09 1.008
59 26 HA 35 VAL HG23 26 0.09 1.008
60 27 C 35 VAL C 27 0.51 12.011
61 28 O 35 VAL O 28 -0.51 15.999 ; qtot 1
62 ; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
63 29 N 36 PRO N 29 -0.29 14.007
64 30 CP3 36 PRO CD 30 0 12.011
65 31 HA 36 PRO HD1 31 0.09 1.008
66 32 HA 36 PRO HD2 32 0.09 1.008
67 33 CP1 36 PRO CA 33 0.02 12.011
68 34 HB 36 PRO HA 34 0.09 1.008
69 35 CP2 36 PRO CB 35 -0.18 12.011
70 36 HA 36 PRO HB1 36 0.09 1.008
71 37 HA 36 PRO HB2 37 0.09 1.008
72 38 CP2 36 PRO CG 38 -0.18 12.011
73 39 HA 36 PRO HG1 39 0.09 1.008
74 40 HA 36 PRO HG2 40 0.09 1.008
75 41 C 36 PRO C 41 0.51 12.011
76 42 O 36 PRO O 42 -0.51 15.999 ; qtot 1
77 ; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
78 43 NH1 37 GLY N 43 -0.47 14.007
79 44 H 37 GLY HN 44 0.31 1.008
80 45 CT2 37 GLY CA 45 -0.02 12.011
81 46 HB 37 GLY HA1 46 0.09 1.008
82 47 HB 37 GLY HA2 47 0.09 1.008
83 48 C 37 GLY C 48 0.51 12.011
84 49 O 37 GLY O 49 -0.51 15.999 ; qtot 1
85 ; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
86 50 NH1 38 TYR N 50 -0.47 14.007
87 51 H 38 TYR HN 51 0.31 1.008
88 52 CT1 38 TYR CA 52 0.07 12.011
89 53 HB 38 TYR HA 53 0.09 1.008
90 54 CT2 38 TYR CB 54 -0.18 12.011
91 55 HA 38 TYR HB1 55 0.09 1.008
92 56 HA 38 TYR HB2 56 0.09 1.008
93 57 CA 38 TYR CG 57 0 12.011
94 58 CA 38 TYR CD1 58 -0.115 12.011
95 59 HP 38 TYR HD1 59 0.115 1.008
96 60 CA 38 TYR CE1 60 -0.115 12.011
97 61 HP 38 TYR HE1 61 0.115 1.008
98 62 CA 38 TYR CZ 62 0.11 12.011
99 63 OH1 38 TYR OH 63 -0.54 15.999
100 64 H 38 TYR HH 64 0.43 1.008
101 65 CA 38 TYR CD2 65 -0.115 12.011
102 66 HP 38 TYR HD2 66 0.115 1.008
103 67 CA 38 TYR CE2 67 -0.115 12.011
104 68 HP 38 TYR HE2 68 0.115 1.008
105 69 C 38 TYR C 69 0.51 12.011
106 70 O 38 TYR O 70 -0.51 15.999 ; qtot 1
107 ; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
108 71 NH1 39 ASP N 71 -0.47 14.007
109 72 H 39 ASP HN 72 0.31 1.008
110 73 CT1 39 ASP CA 73 0.07 12.011
111 74 HB 39 ASP HA 74 0.09 1.008
112 75 CT2 39 ASP CB 75 -0.28 12.011
113 76 HA 39 ASP HB1 76 0.09 1.008
114 77 HA 39 ASP HB2 77 0.09 1.008
115 78 CC 39 ASP CG 78 0.62 12.011
116 79 OC 39 ASP OD1 79 -0.76 15.999
117 80 OC 39 ASP OD2 80 -0.76 15.999
118 81 C 39 ASP C 81 0.51 12.011
119 82 O 39 ASP O 82 -0.51 15.999 ; qtot 0
120 ; residue 40 LYS rtp LYS q +1.0
121 83 NH1 40 LYS N 83 -0.47 14.007
122 84 H 40 LYS HN 84 0.31 1.008
123 85 CT1 40 LYS CA 85 0.07 12.011
124 86 HB 40 LYS HA 86 0.09 1.008
125 87 CT2 40 LYS CB 87 -0.18 12.011
126 88 HA 40 LYS HB1 88 0.09 1.008
127 89 HA 40 LYS HB2 89 0.09 1.008
128 90 CT2 40 LYS CG 90 -0.18 12.011
129 91 HA 40 LYS HG1 91 0.09 1.008
130 92 HA 40 LYS HG2 92 0.09 1.008
131 93 CT2 40 LYS CD 93 -0.18 12.011
132 94 HA 40 LYS HD1 94 0.09 1.008
133 95 HA 40 LYS HD2 95 0.09 1.008
134 96 CT2 40 LYS CE 96 0.21 12.011
135 97 HA 40 LYS HE1 97 0.05 1.008
136 98 HA 40 LYS HE2 98 0.05 1.008
137 99 NH3 40 LYS NZ 99 -0.3 14.007
138 100 HC 40 LYS HZ1 100 0.33 1.008
139 101 HC 40 LYS HZ2 101 0.33 1.008
140 102 HC 40 LYS HZ3 102 0.33 1.008
141 103 C 40 LYS C 103 0.51 12.011
142 104 O 40 LYS O 104 -0.51 15.999 ; qtot 1
143 ; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
144 105 NH1 41 ILE N 105 -0.47 14.007
145 106 H 41 ILE HN 106 0.31 1.008
146 107 CT1 41 ILE CA 107 0.07 12.011
147 108 HB 41 ILE HA 108 0.09 1.008
148 109 CT1 41 ILE CB 109 -0.09 12.011
149 110 HA 41 ILE HB 110 0.09 1.008
150 111 CT3 41 ILE CG2 111 -0.27 12.011
151 112 HA 41 ILE HG21 112 0.09 1.008
152 113 HA 41 ILE HG22 113 0.09 1.008
153 114 HA 41 ILE HG23 114 0.09 1.008
154 115 CT2 41 ILE CG1 115 -0.18 12.011
155 116 HA 41 ILE HG11 116 0.09 1.008
156 117 HA 41 ILE HG12 117 0.09 1.008
157 118 CT3 41 ILE CD 118 -0.27 12.011
158 119 HA 41 ILE HD1 119 0.09 1.008
159 120 HA 41 ILE HD2 120 0.09 1.008
160 121 HA 41 ILE HD3 121 0.09 1.008
161 122 C 41 ILE C 122 0.51 12.011
162 123 O 41 ILE O 123 -0.51 15.999 ; qtot 1
163 ; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
164 124 N 42 PRO N 124 -0.29 14.007
165 125 CP3 42 PRO CD 125 0 12.011
166 126 HA 42 PRO HD1 126 0.09 1.008
167 127 HA 42 PRO HD2 127 0.09 1.008
168 128 CP1 42 PRO CA 128 0.02 12.011
169 129 HB 42 PRO HA 129 0.09 1.008
170 130 CP2 42 PRO CB 130 -0.18 12.011
171 131 HA 42 PRO HB1 131 0.09 1.008
172 132 HA 42 PRO HB2 132 0.09 1.008
173 133 CP2 42 PRO CG 133 -0.18 12.011
174 134 HA 42 PRO HG1 134 0.09 1.008
175 135 HA 42 PRO HG2 135 0.09 1.008
176 136 C 42 PRO C 136 0.51 12.011
177 137 O 42 PRO O 137 -0.51 15.999 ; qtot 1
178 ; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
179 138 NH1 43 ASP N 138 -0.47 14.007
180 139 H 43 ASP HN 139 0.31 1.008
181 140 CT1 43 ASP CA 140 0.07 12.011
182 141 HB 43 ASP HA 141 0.09 1.008
183 142 CT2 43 ASP CB 142 -0.28 12.011
184 143 HA 43 ASP HB1 143 0.09 1.008
185 144 HA 43 ASP HB2 144 0.09 1.008
186 145 CC 43 ASP CG 145 0.62 12.011
187 146 OC 43 ASP OD1 146 -0.76 15.999
188 147 OC 43 ASP OD2 147 -0.76 15.999
189 148 C 43 ASP C 148 0.51 12.011
190 149 O 43 ASP O 149 -0.51 15.999 ; qtot 0
191 ; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
192 150 NH1 44 TYR N 150 -0.47 14.007
193 151 H 44 TYR HN 151 0.31 1.008
194 152 CT1 44 TYR CA 152 0.07 12.011
195 153 HB 44 TYR HA 153 0.09 1.008
196 154 CT2 44 TYR CB 154 -0.18 12.011
197 155 HA 44 TYR HB1 155 0.09 1.008
198 156 HA 44 TYR HB2 156 0.09 1.008
199 157 CA 44 TYR CG 157 0 12.011
200 158 CA 44 TYR CD1 158 -0.115 12.011
201 159 HP 44 TYR HD1 159 0.115 1.008
202 160 CA 44 TYR CE1 160 -0.115 12.011
203 161 HP 44 TYR HE1 161 0.115 1.008
204 162 CA 44 TYR CZ 162 0.11 12.011
205 163 OH1 44 TYR OH 163 -0.54 15.999
206 164 H 44 TYR HH 164 0.43 1.008
207 165 CA 44 TYR CD2 165 -0.115 12.011
208 166 HP 44 TYR HD2 166 0.115 1.008
209 167 CA 44 TYR CE2 167 -0.115 12.011
210 168 HP 44 TYR HE2 168 0.115 1.008
211 169 C 44 TYR C 169 0.51 12.011
212 170 O 44 TYR O 170 -0.51 15.999 ; qtot 0
213 ; residue 45 HIS rtp HSE q 0.0
214 171 NH1 45 HIS N 171 -0.47 14.007
215 172 H 45 HIS HN 172 0.31 1.008
216 173 CT1 45 HIS CA 173 0.07 12.011
217 174 HB 45 HIS HA 174 0.09 1.008
218 175 CT2 45 HIS CB 175 -0.08 12.011
219 176 HA 45 HIS HB1 176 0.09 1.008
220 177 HA 45 HIS HB2 177 0.09 1.008
221 178 NR2 45 HIS ND1 178 -0.7 14.007
222 179 CPH1 45 HIS CG 179 0.22 12.011
223 180 CPH2 45 HIS CE1 180 0.25 12.011
224 181 HR1 45 HIS HE1 181 0.13 1.008
225 182 NR1 45 HIS NE2 182 -0.36 14.007
226 183 H 45 HIS HE2 183 0.32 1.008
227 184 CPH1 45 HIS CD2 184 -0.05 12.011
228 185 HR3 45 HIS HD2 185 0.09 1.008
229 186 C 45 HIS C 186 0.51 12.011
230 187 O 45 HIS O 187 -0.51 15.999 ; qtot 0
231 ; residue 46 MET rtp MET q 0.0
232 188 NH1 46 MET N 188 -0.47 14.007
233 189 H 46 MET HN 189 0.31 1.008
234 190 CT1 46 MET CA 190 0.07 12.011
235 191 HB 46 MET HA 191 0.09 1.008
236 192 CT2 46 MET CB 192 -0.18 12.011
237 193 HA 46 MET HB1 193 0.09 1.008
238 194 HA 46 MET HB2 194 0.09 1.008
239 195 CT2 46 MET CG 195 -0.14 12.011
240 196 HA 46 MET HG1 196 0.09 1.008
241 197 HA 46 MET HG2 197 0.09 1.008
242 198 S 46 MET SD 198 -0.09 32.06
243 199 CT3 46 MET CE 199 -0.22 12.011
244 200 HA 46 MET HE1 200 0.09 1.008
245 201 HA 46 MET HE2 201 0.09 1.008
246 202 HA 46 MET HE3 202 0.09 1.008
247 203 C 46 MET C 203 0.51 12.011
248 204 O 46 MET O 204 -0.51 15.999 ; qtot 0
249 ; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
250 205 NH1 47 TRP N 205 -0.47 14.007
251 206 H 47 TRP HN 206 0.31 1.008
252 207 CT1 47 TRP CA 207 0.07 12.011
253 208 HB 47 TRP HA 208 0.09 1.008
254 209 CT2 47 TRP CB 209 -0.18 12.011
255 210 HA 47 TRP HB1 210 0.09 1.008
256 211 HA 47 TRP HB2 211 0.09 1.008
257 212 CY 47 TRP CG 212 -0.03 12.011
258 213 CA 47 TRP CD1 213 0.035 12.011
259 214 HP 47 TRP HD1 214 0.115 1.008
260 215 NY 47 TRP NE1 215 -0.61 14.007
261 216 H 47 TRP HE1 216 0.38 1.008
262 217 CPT 47 TRP CE2 217 0.13 12.011
263 218 CPT 47 TRP CD2 218 -0.02 12.011
264 219 CA 47 TRP CE3 219 -0.115 12.011
265 220 HP 47 TRP HE3 220 0.115 1.008
266 221 CA 47 TRP CZ3 221 -0.115 12.011
267 222 HP 47 TRP HZ3 222 0.115 1.008
268 223 CA 47 TRP CZ2 223 -0.115 12.011
269 224 HP 47 TRP HZ2 224 0.115 1.008
270 225 CA 47 TRP CH2 225 -0.115 12.011
271 226 HP 47 TRP HH2 226 0.115 1.008
272 227 C 47 TRP C 227 0.51 12.011
273 228 O 47 TRP O 228 -0.51 15.999 ; qtot 0
274 ; residue 48 VAL rtp VAL q 0.0
275 229 NH1 48 VAL N 229 -0.47 14.007
276 230 H 48 VAL HN 230 0.31 1.008
277 231 CT1 48 VAL CA 231 0.07 12.011
278 232 HB 48 VAL HA 232 0.09 1.008
279 233 CT1 48 VAL CB 233 -0.09 12.011
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1234 250 253 1
1235 251 253 1
1236 252 253 1
1238 [ angles ]
1239 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1240 2 1 3 5
1241 2 1 4 5
1242 2 1 5 5
1243 3 1 4 5
1244 3 1 5 5
1245 4 1 5 5
1246 1 5 6 5
1247 1 5 7 5
1248 1 5 11 5
1249 6 5 7 5
1250 6 5 11 5
1251 7 5 11 5
1252 5 7 8 5
1253 5 7 9 5
1254 5 7 10 5
1255 8 7 9 5
1256 8 7 10 5
1257 9 7 10 5
1258 5 11 12 5
1259 5 11 13 5
1260 12 11 13 5
1261 11 13 14 5
1262 11 13 15 5
1263 14 13 15 5
1264 13 15 16 5
1265 13 15 17 5
1266 13 15 27 5
1267 16 15 17 5
1268 16 15 27 5
1269 17 15 27 5
1270 15 17 18 5
1271 15 17 19 5
1272 15 17 23 5
1273 18 17 19 5
1274 18 17 23 5
1275 19 17 23 5
1276 17 19 20 5
1277 17 19 21 5
1278 17 19 22 5
1279 20 19 21 5
1280 20 19 22 5
1281 21 19 22 5
1282 17 23 24 5
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1287 25 23 26 5
1288 15 27 28 5
1289 15 27 29 5
1290 28 27 29 5
1291 27 29 30 5
1292 27 29 33 5
1293 30 29 33 5
1294 29 30 31 5
1295 29 30 32 5
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1297 31 30 32 5
1298 31 30 38 5
1299 32 30 38 5
1300 29 33 34 5
1301 29 33 35 5
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1303 34 33 35 5
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1711 254 253 255 5
1713 [ dihedrals ]
1714 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1715 2 1 5 6 9
1716 2 1 5 7 9
1717 2 1 5 11 9
1718 3 1 5 6 9
1719 3 1 5 7 9
1720 3 1 5 11 9
1721 4 1 5 6 9
1722 4 1 5 7 9
1723 4 1 5 11 9
1724 1 5 7 8 9
1725 1 5 7 9 9
1726 1 5 7 10 9
1727 6 5 7 8 9
1728 6 5 7 9 9
1729 6 5 7 10 9
1730 11 5 7 8 9
1731 11 5 7 9 9
1732 11 5 7 10 9
1733 1 5 11 12 9
1734 1 5 11 13 9
1735 6 5 11 12 9
1736 6 5 11 13 9
1737 7 5 11 12 9
1738 7 5 11 13 9
1739 5 11 13 14 9
1740 5 11 13 15 9
1741 12 11 13 14 9
1742 12 11 13 15 9
1743 11 13 15 16 9
1744 11 13 15 17 9
1745 11 13 15 27 9
1746 14 13 15 16 9
1747 14 13 15 17 9
1748 14 13 15 27 9
1749 13 15 17 18 9
1750 13 15 17 19 9
1751 13 15 17 23 9
1752 16 15 17 18 9
1753 16 15 17 19 9
1754 16 15 17 23 9
1755 27 15 17 18 9
1756 27 15 17 19 9
1757 27 15 17 23 9
1758 13 15 27 28 9
1759 13 15 27 29 9
1760 16 15 27 28 9
1761 16 15 27 29 9
1762 17 15 27 28 9
1763 17 15 27 29 9
1764 15 17 19 20 9
1765 15 17 19 21 9
1766 15 17 19 22 9
1767 18 17 19 20 9
1768 18 17 19 21 9
1769 18 17 19 22 9
1770 23 17 19 20 9
1771 23 17 19 21 9
1772 23 17 19 22 9
1773 15 17 23 24 9
1774 15 17 23 25 9
1775 15 17 23 26 9
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1777 18 17 23 25 9
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1780 19 17 23 25 9
1781 19 17 23 26 9
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1783 15 27 29 33 9
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1787 27 29 30 32 9
1788 27 29 30 38 9
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1790 33 29 30 32 9
1791 33 29 30 38 9
1792 27 29 33 34 9
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1794 27 29 33 41 9
1795 30 29 33 34 9
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1797 30 29 33 41 9
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1803 31 30 38 40 9
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1805 32 30 38 39 9
1806 32 30 38 40 9
1807 29 33 35 36 9
1808 29 33 35 37 9
1809 29 33 35 38 9
1810 34 33 35 36 9
1811 34 33 35 37 9
1812 34 33 35 38 9
1813 41 33 35 36 9
1814 41 33 35 37 9
1815 41 33 35 38 9
1816 29 33 41 42 9
1817 29 33 41 43 9
1818 34 33 41 42 9
1819 34 33 41 43 9
1820 35 33 41 42 9
1821 35 33 41 43 9
1822 33 35 38 30 9
1823 33 35 38 39 9
1824 33 35 38 40 9
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1826 36 35 38 39 9
1827 36 35 38 40 9
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1829 37 35 38 39 9
1830 37 35 38 40 9
1831 33 41 43 44 9
1832 33 41 43 45 9
1833 42 41 43 44 9
1834 42 41 43 45 9
1835 41 43 45 46 9
1836 41 43 45 47 9
1837 41 43 45 48 9
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1839 44 43 45 47 9
1840 44 43 45 48 9
1841 43 45 48 49 9
1842 43 45 48 50 9
1843 46 45 48 49 9
1844 46 45 48 50 9
1845 47 45 48 49 9
1846 47 45 48 50 9
1847 45 48 50 51 9
1848 45 48 50 52 9
1849 49 48 50 51 9
1850 49 48 50 52 9
1851 48 50 52 53 9
1852 48 50 52 54 9
1853 48 50 52 69 9
1854 51 50 52 53 9
1855 51 50 52 54 9
1856 51 50 52 69 9
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1859 50 52 54 57 9
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1861 53 52 54 56 9
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1864 69 52 54 56 9
1865 69 52 54 57 9
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1867 50 52 69 71 9
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1871 54 52 69 71 9
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1873 52 54 57 65 9
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1875 55 54 57 65 9
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1877 56 54 57 65 9
1878 54 57 58 59 9
1879 54 57 58 60 9
1880 65 57 58 59 9
1881 65 57 58 60 9
1882 54 57 65 66 9
1883 54 57 65 67 9
1884 58 57 65 66 9
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1887 57 58 60 62 9
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1890 58 60 62 63 9
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1902 66 65 67 62 9
1903 66 65 67 68 9
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1907 70 69 71 73 9
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1919 74 73 75 78 9
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1921 81 73 75 77 9
1922 81 73 75 78 9
1923 71 73 81 82 9
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1925 74 73 81 82 9
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1930 73 75 78 80 9
1931 76 75 78 79 9
1932 76 75 78 80 9
1933 77 75 78 79 9
1934 77 75 78 80 9
1935 73 81 83 84 9
1936 73 81 83 85 9
1937 82 81 83 84 9
1938 82 81 83 85 9
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1940 81 83 85 87 9
1941 81 83 85 103 9
1942 84 83 85 86 9
1943 84 83 85 87 9
1944 84 83 85 103 9
1945 83 85 87 88 9
1946 83 85 87 89 9
1947 83 85 87 90 9
1948 86 85 87 88 9
1949 86 85 87 89 9
1950 86 85 87 90 9
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1952 103 85 87 89 9
1953 103 85 87 90 9
1954 83 85 103 104 9
1955 83 85 103 105 9
1956 86 85 103 104 9
1957 86 85 103 105 9
1958 87 85 103 104 9
1959 87 85 103 105 9
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1961 85 87 90 92 9
1962 85 87 90 93 9
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1967 89 87 90 92 9
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1979 90 93 96 98 9
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1983 94 93 96 99 9
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1989 93 96 99 102 9
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1992 97 96 99 102 9
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1994 98 96 99 101 9
1995 98 96 99 102 9
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1997 85 103 105 107 9
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1999 104 103 105 107 9
2000 103 105 107 108 9
2001 103 105 107 109 9
2002 103 105 107 122 9
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2004 106 105 107 109 9
2005 106 105 107 122 9
2006 105 107 109 110 9
2007 105 107 109 111 9
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2031 107 109 115 117 9
2032 107 109 115 118 9
2033 110 109 115 116 9
2034 110 109 115 117 9
2035 110 109 115 118 9
2036 111 109 115 116 9
2037 111 109 115 117 9
2038 111 109 115 118 9
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2061 125 124 128 129 9
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2077 129 128 130 132 9
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2410 249 247 253 255 9
2412 [ dihedrals ]
2413 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2414 11 5 13 12 2
2415 13 11 15 14 2
2416 27 15 29 28 2
2417 29 27 33 30 2
2418 41 33 43 42 2
2419 43 41 45 44 2
2420 48 45 50 49 2
2421 50 48 52 51 2
2422 69 52 71 70 2
2423 71 69 73 72 2
2424 78 75 80 79 2
2425 81 73 83 82 2
2426 83 81 85 84 2
2427 103 85 105 104 2
2428 105 103 107 106 2
2429 122 107 124 123 2
2430 124 122 128 125 2
2431 136 128 138 137 2
2432 138 136 140 139 2
2433 145 142 147 146 2
2434 148 140 150 149 2
2435 150 148 152 151 2
2436 169 152 171 170 2
2437 171 169 173 172 2
2438 180 178 182 181 2
2439 180 182 178 181 2
2440 182 180 184 183 2
2441 182 184 180 183 2
2442 184 179 182 185 2
2443 184 182 179 185 2
2444 186 173 188 187 2
2445 188 186 190 189 2
2446 203 190 205 204 2
2447 205 203 207 206 2
2448 227 207 229 228 2
2449 229 227 231 230 2
2450 243 231 245 244 2
2451 245 243 247 246 2
2452 253 247 255 254 2
2454 [ cmap ]
2455 ; ai aj ak al am funct
2456 11 13 15 27 29 1
2457 27 29 33 41 43 1
2458 41 43 45 48 50 1
2459 48 50 52 69 71 1
2460 69 71 73 81 83 1
2461 81 83 85 103 105 1
2462 103 105 107 122 124 1
2463 122 124 128 136 138 1
2464 136 138 140 148 150 1
2465 148 150 152 169 171 1
2466 169 171 173 186 188 1
2467 186 188 190 203 205 1
2468 203 205 207 227 229 1
2469 227 229 231 243 245 1
2471 ; Include Position restraint file
2472 #ifdef POSRES
2473 #include "posre.itp"
2474 #endif
2476 ; Include water topology
2477 #include "charmm27.ff/tip3p.itp"
2479 #ifdef POSRES_WATER
2480 ; Position restraint for each water oxygen
2481 [ position_restraints ]
2482 ; i funct fcx fcy fcz
2483 1 1 1000 1000 1000
2484 #endif
2486 ; Include topology for ions
2487 #include "charmm27.ff/ions.itp"
2489 [ system ]
2490 ; Name
2491 Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2493 [ molecules ]
2494 ; Compound #mols
2495 Protein 1
2496 ]]></String>
2497 </File>
2498 </OutputFiles>
2499 </ReferenceData>