[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForCharmm27_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_4.xml
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6 <GroFile Name="Header">
7 <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">268</Int>
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11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "charmm27.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
33 1 MNH3 2 ALA MN1 1 0 8.5155
34 2 MNH3 2 ALA MN2 1 0 8.5155
35 3 NH3 2 ALA N 1 -0.3 0
36 4 HC 2 ALA H1 2 0.33 0
37 5 HC 2 ALA H2 3 0.33 0
38 6 HC 2 ALA H3 4 0.33 0
39 7 CT1 2 ALA CA 5 0.21 13.019
40 8 HB 2 ALA HA 6 0.1 0
41 9 MCH3 2 ALA MCB1 7 0 7.5175
42 10 MCH3 2 ALA MCB2 7 0 7.5175
43 11 CT3 2 ALA CB 7 -0.27 0
44 12 HA 2 ALA HB1 8 0.09 0
45 13 HA 2 ALA HB2 9 0.09 0
46 14 HA 2 ALA HB3 10 0.09 0
47 15 C 2 ALA C 11 0.51 12.011
48 16 O 2 ALA O 12 -0.51 15.999 ; qtot 1
49 ; residue 3 CYS rtp CYS q 0.0
50 17 NH1 3 CYS N 13 -0.47 15.015
51 18 H 3 CYS HN 14 0.31 0
52 19 CT1 3 CYS CA 15 0.07 13.019
53 20 HB 3 CYS HA 16 0.09 0
54 21 CT2 3 CYS CB 17 -0.11 14.027
55 22 HA 3 CYS HB1 18 0.09 0
56 23 HA 3 CYS HB2 19 0.09 0
57 24 S 3 CYS SG 20 -0.23 32.06
58 25 HS 3 CYS HG1 21 0.16 1.008
59 26 C 3 CYS C 22 0.51 12.011
60 27 O 3 CYS O 23 -0.51 15.999 ; qtot 1
61 ; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
62 28 NH1 4 ASP N 24 -0.47 15.015
63 29 H 4 ASP HN 25 0.31 0
64 30 CT1 4 ASP CA 26 0.07 13.019
65 31 HB 4 ASP HA 27 0.09 0
66 32 CT2 4 ASP CB 28 -0.28 14.027
67 33 HA 4 ASP HB1 29 0.09 0
68 34 HA 4 ASP HB2 30 0.09 0
69 35 CC 4 ASP CG 31 0.62 12.011
70 36 OC 4 ASP OD1 32 -0.76 15.999
71 37 OC 4 ASP OD2 33 -0.76 15.999
72 38 C 4 ASP C 34 0.51 12.011
73 39 O 4 ASP O 35 -0.51 15.999 ; qtot 0
74 ; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
75 40 NH1 5 GLU N 36 -0.47 15.015
76 41 H 5 GLU HN 37 0.31 0
77 42 CT1 5 GLU CA 38 0.07 13.019
78 43 HB 5 GLU HA 39 0.09 0
79 44 CT2 5 GLU CB 40 -0.18 14.027
80 45 HA 5 GLU HB1 41 0.09 0
81 46 HA 5 GLU HB2 42 0.09 0
82 47 CT2 5 GLU CG 43 -0.28 14.027
83 48 HA 5 GLU HG1 44 0.09 0
84 49 HA 5 GLU HG2 45 0.09 0
85 50 CC 5 GLU CD 46 0.62 12.011
86 51 OC 5 GLU OE1 47 -0.76 15.999
87 52 OC 5 GLU OE2 48 -0.76 15.999
88 53 C 5 GLU C 49 0.51 12.011
89 54 O 5 GLU O 50 -0.51 15.999 ; qtot -1
90 ; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
91 55 NH1 6 PHE N 51 -0.47 15.015
92 56 H 6 PHE HN 52 0.31 0
93 57 CT1 6 PHE CA 53 0.07 13.019
94 58 HB 6 PHE HA 54 0.09 0
95 59 CT2 6 PHE CB 55 -0.18 14.027
96 60 HA 6 PHE HB1 56 0.09 0
97 61 HA 6 PHE HB2 57 0.09 0
98 62 CA 6 PHE CG 58 0 12.011
99 63 CA 6 PHE CD1 59 -0.115 13.019
100 64 HP 6 PHE HD1 60 0.115 0
101 65 CA 6 PHE CE1 61 -0.115 13.019
102 66 HP 6 PHE HE1 62 0.115 0
103 67 CA 6 PHE CZ 63 -0.115 13.019
104 68 HP 6 PHE HZ 64 0.115 0
105 69 CA 6 PHE CD2 65 -0.115 13.019
106 70 HP 6 PHE HD2 66 0.115 0
107 71 CA 6 PHE CE2 67 -0.115 13.019
108 72 HP 6 PHE HE2 68 0.115 0
109 73 C 6 PHE C 69 0.51 12.011
110 74 O 6 PHE O 70 -0.51 15.999 ; qtot -1
111 ; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
112 75 NH1 7 GLY N 71 -0.47 15.015
113 76 H 7 GLY HN 72 0.31 0
114 77 CT2 7 GLY CA 73 -0.02 14.027
115 78 HB 7 GLY HA1 74 0.09 0
116 79 HB 7 GLY HA2 75 0.09 0
117 80 C 7 GLY C 76 0.51 12.011
118 81 O 7 GLY O 77 -0.51 15.999 ; qtot -1
119 ; residue 8 HIS rtp HSE q 0.0
120 82 NH1 8 HIS N 78 -0.47 15.015
121 83 H 8 HIS HN 79 0.31 0
122 84 CT1 8 HIS CA 80 0.07 13.019
123 85 HB 8 HIS HA 81 0.09 0
124 86 CT2 8 HIS CB 82 -0.08 14.027
125 87 HA 8 HIS HB1 83 0.09 0
126 88 HA 8 HIS HB2 84 0.09 0
127 89 NR2 8 HIS ND1 85 -0.7 14.007
128 90 CPH1 8 HIS CG 86 0.22 12.011
129 91 CPH2 8 HIS CE1 87 0.25 13.019
130 92 HR1 8 HIS HE1 88 0.13 0
131 93 NR1 8 HIS NE2 89 -0.36 15.015
132 94 H 8 HIS HE2 90 0.32 0
133 95 CPH1 8 HIS CD2 91 -0.05 13.019
134 96 HR3 8 HIS HD2 92 0.09 0
135 97 C 8 HIS C 93 0.51 12.011
136 98 O 8 HIS O 94 -0.51 15.999 ; qtot -1
137 ; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
138 99 NH1 9 ILE N 95 -0.47 15.015
139 100 H 9 ILE HN 96 0.31 0
140 101 CT1 9 ILE CA 97 0.07 13.019
141 102 HB 9 ILE HA 98 0.09 0
142 103 CT1 9 ILE CB 99 -0.09 13.019
143 104 HA 9 ILE HB 100 0.09 0
144 105 MCH3 9 ILE MCG1 101 0 7.5175
145 106 MCH3 9 ILE MCG2 101 0 7.5175
146 107 CT3 9 ILE CG2 101 -0.27 0
147 108 HA 9 ILE HG21 102 0.09 0
148 109 HA 9 ILE HG22 103 0.09 0
149 110 HA 9 ILE HG23 104 0.09 0
150 111 CT2 9 ILE CG1 105 -0.18 14.027
151 112 HA 9 ILE HG11 106 0.09 0
152 113 HA 9 ILE HG12 107 0.09 0
153 114 MCH3 9 ILE MCD1 108 0 7.5175
154 115 MCH3 9 ILE MCD2 108 0 7.5175
155 116 CT3 9 ILE CD 108 -0.27 0
156 117 HA 9 ILE HD1 109 0.09 0
157 118 HA 9 ILE HD2 110 0.09 0
158 119 HA 9 ILE HD3 111 0.09 0
159 120 C 9 ILE C 112 0.51 12.011
160 121 O 9 ILE O 113 -0.51 15.999 ; qtot -1
161 ; residue 10 LYS rtp LYS q +1.0
162 122 NH1 10 LYS N 114 -0.47 15.015
163 123 H 10 LYS HN 115 0.31 0
164 124 CT1 10 LYS CA 116 0.07 13.019
165 125 HB 10 LYS HA 117 0.09 0
166 126 CT2 10 LYS CB 118 -0.18 14.027
167 127 HA 10 LYS HB1 119 0.09 0
168 128 HA 10 LYS HB2 120 0.09 0
169 129 CT2 10 LYS CG 121 -0.18 14.027
170 130 HA 10 LYS HG1 122 0.09 0
171 131 HA 10 LYS HG2 123 0.09 0
172 132 CT2 10 LYS CD 124 -0.18 14.027
173 133 HA 10 LYS HD1 125 0.09 0
174 134 HA 10 LYS HD2 126 0.09 0
175 135 CT2 10 LYS CE 127 0.21 14.027
176 136 HA 10 LYS HE1 128 0.05 0
177 137 HA 10 LYS HE2 129 0.05 0
178 138 MNH3 10 LYS MNZ1 130 0 8.5155
179 139 MNH3 10 LYS MNZ2 130 0 8.5155
180 140 NH3 10 LYS NZ 130 -0.3 0
181 141 HC 10 LYS HZ1 131 0.33 0
182 142 HC 10 LYS HZ2 132 0.33 0
183 143 HC 10 LYS HZ3 133 0.33 0
184 144 C 10 LYS C 134 0.51 12.011
185 145 O 10 LYS O 135 -0.51 15.999 ; qtot 0
186 ; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
187 146 NH1 11 LEU N 136 -0.47 15.015
188 147 H 11 LEU HN 137 0.31 0
189 148 CT1 11 LEU CA 138 0.07 13.019
190 149 HB 11 LEU HA 139 0.09 0
191 150 CT2 11 LEU CB 140 -0.18 14.027
192 151 HA 11 LEU HB1 141 0.09 0
193 152 HA 11 LEU HB2 142 0.09 0
194 153 CT1 11 LEU CG 143 -0.09 13.019
195 154 HA 11 LEU HG 144 0.09 0
196 155 MCH3 11 LEU MCD1 145 0 7.5175
197 156 MCH3 11 LEU MCD2 145 0 7.5175
198 157 CT3 11 LEU CD1 145 -0.27 0
199 158 HA 11 LEU HD11 146 0.09 0
200 159 HA 11 LEU HD12 147 0.09 0
201 160 HA 11 LEU HD13 148 0.09 0
202 161 MCH3 11 LEU MCD1 149 0 7.5175
203 162 MCH3 11 LEU MCD2 149 0 7.5175
204 163 CT3 11 LEU CD2 149 -0.27 0
205 164 HA 11 LEU HD21 150 0.09 0
206 165 HA 11 LEU HD22 151 0.09 0
207 166 HA 11 LEU HD23 152 0.09 0
208 167 C 11 LEU C 153 0.51 12.011
209 168 O 11 LEU O 154 -0.51 15.999 ; qtot 0
210 ; residue 12 MET rtp MET q 0.0
211 169 NH1 12 MET N 155 -0.47 15.015
212 170 H 12 MET HN 156 0.31 0
213 171 CT1 12 MET CA 157 0.07 13.019
214 172 HB 12 MET HA 158 0.09 0
215 173 CT2 12 MET CB 159 -0.18 14.027
216 174 HA 12 MET HB1 160 0.09 0
217 175 HA 12 MET HB2 161 0.09 0
218 176 CT2 12 MET CG 162 -0.14 14.027
219 177 HA 12 MET HG1 163 0.09 0
220 178 HA 12 MET HG2 164 0.09 0
221 179 S 12 MET SD 165 -0.09 32.06
222 180 MCH3S 12 MET MCE1 166 0 7.5175
223 181 MCH3S 12 MET MCE2 166 0 7.5175
224 182 CT3 12 MET CE 166 -0.22 0
225 183 HA 12 MET HE1 167 0.09 0
226 184 HA 12 MET HE2 168 0.09 0
227 185 HA 12 MET HE3 169 0.09 0
228 186 C 12 MET C 170 0.51 12.011
229 187 O 12 MET O 171 -0.51 15.999 ; qtot 0
230 ; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
231 188 NH1 13 ASN N 172 -0.47 15.015
232 189 H 13 ASN HN 173 0.31 0
233 190 CT1 13 ASN CA 174 0.07 13.019
234 191 HB 13 ASN HA 175 0.09 0
235 192 CT2 13 ASN CB 176 -0.18 14.027
236 193 HA 13 ASN HB1 177 0.09 0
237 194 HA 13 ASN HB2 178 0.09 0
238 195 CC 13 ASN CG 179 0.55 12.011
239 196 O 13 ASN OD1 180 -0.55 15.999
240 197 NH2 13 ASN ND2 181 -0.62 16.023
241 198 H 13 ASN HD21 182 0.32 0
242 199 H 13 ASN HD22 183 0.3 0
243 200 C 13 ASN C 184 0.51 12.011
244 201 O 13 ASN O 185 -0.51 15.999 ; qtot 0
245 ; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
246 202 N 14 PRO N 186 -0.29 14.007
247 203 CP3 14 PRO CD 187 0 14.027
248 204 HA 14 PRO HD1 188 0.09 0
249 205 HA 14 PRO HD2 189 0.09 0
250 206 CP1 14 PRO CA 190 0.02 13.019
251 207 HB 14 PRO HA 191 0.09 0
252 208 CP2 14 PRO CB 192 -0.18 14.027
253 209 HA 14 PRO HB1 193 0.09 0
254 210 HA 14 PRO HB2 194 0.09 0
255 211 CP2 14 PRO CG 195 -0.18 14.027
256 212 HA 14 PRO HG1 196 0.09 0
257 213 HA 14 PRO HG2 197 0.09 0
258 214 C 14 PRO C 198 0.51 12.011
259 215 O 14 PRO O 199 -0.51 15.999 ; qtot 0
260 ; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
261 216 NH1 15 GLN N 200 -0.47 15.015
262 217 H 15 GLN HN 201 0.31 0
263 218 CT1 15 GLN CA 202 0.07 13.019
264 219 HB 15 GLN HA 203 0.09 0
265 220 CT2 15 GLN CB 204 -0.18 14.027
266 221 HA 15 GLN HB1 205 0.09 0
267 222 HA 15 GLN HB2 206 0.09 0
268 223 CT2 15 GLN CG 207 -0.18 14.027
269 224 HA 15 GLN HG1 208 0.09 0
270 225 HA 15 GLN HG2 209 0.09 0
271 226 CC 15 GLN CD 210 0.55 12.011
272 227 O 15 GLN OE1 211 -0.55 15.999
273 228 NH2 15 GLN NE2 212 -0.62 16.023
274 229 H 15 GLN HE21 213 0.32 0
275 230 H 15 GLN HE22 214 0.3 0
276 231 C 15 GLN C 215 0.51 12.011
277 232 O 15 GLN O 216 -0.51 15.999 ; qtot 0
278 ; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
279 233 NH1 16 ARG N 217 -0.47 15.015
280 234 H 16 ARG HN 218 0.31 0
281 235 CT1 16 ARG CA 219 0.07 13.019
282 236 HB 16 ARG HA 220 0.09 0
283 237 CT2 16 ARG CB 221 -0.18 14.027
284 238 HA 16 ARG HB1 222 0.09 0
285 239 HA 16 ARG HB2 223 0.09 0
286 240 CT2 16 ARG CG 224 -0.18 14.027
287 241 HA 16 ARG HG1 225 0.09 0
288 242 HA 16 ARG HG2 226 0.09 0
289 243 CT2 16 ARG CD 227 0.2 14.027
290 244 HA 16 ARG HD1 228 0.09 0
291 245 HA 16 ARG HD2 229 0.09 0
292 246 NC2 16 ARG NE 230 -0.7 15.015
293 247 HC 16 ARG HE 231 0.44 0
294 248 C 16 ARG CZ 232 0.64 12.011
295 249 NC2 16 ARG NH1 233 -0.8 16.023
296 250 HC 16 ARG HH11 234 0.46 0
297 251 HC 16 ARG HH12 235 0.46 0
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1253 263 266 1
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1256 [ angles ]
1257 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1258 4 3 5 5
1259 4 3 6 5
1260 4 3 7 5
1261 5 3 6 5
1262 5 3 7 5
1263 6 3 7 5
1264 3 7 8 5
1265 3 7 11 5
1266 3 7 15 5
1267 8 7 11 5
1268 8 7 15 5
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1270 7 11 12 5
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1281 18 17 19 5
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1713 259 266 268 5
1714 267 266 268 5
1716 [ dihedrals ]
1717 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1718 4 3 7 8 9
1719 4 3 7 11 9
1720 4 3 7 15 9
1721 5 3 7 8 9
1722 5 3 7 11 9
1723 5 3 7 15 9
1724 6 3 7 8 9
1725 6 3 7 11 9
1726 6 3 7 15 9
1727 3 7 11 12 9
1728 3 7 11 13 9
1729 3 7 11 14 9
1730 8 7 11 12 9
1731 8 7 11 13 9
1732 8 7 11 14 9
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2380 263 261 264 265 9
2382 [ dihedrals ]
2383 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2384 15 7 17 16 2
2385 17 15 19 18 2
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2426 231 218 233 232 2
2427 233 231 235 234 2
2428 246 252 249 248 2
2429 255 235 257 256 2
2430 257 255 259 258 2
2431 266 259 268 267 2
2433 [ cmap ]
2434 ; ai aj ak al am funct
2435 15 17 19 26 28 1
2436 26 28 30 38 40 1
2437 38 40 42 53 55 1
2438 53 55 57 73 75 1
2439 73 75 77 80 82 1
2440 80 82 84 97 99 1
2441 97 99 101 120 122 1
2442 120 122 124 144 146 1
2443 144 146 148 167 169 1
2444 167 169 171 186 188 1
2445 186 188 190 200 202 1
2446 200 202 206 214 216 1
2447 214 216 218 231 233 1
2448 231 233 235 255 257 1
2450 [ virtual_sites3 ]
2451 ; ai aj ak al funct c0 c1
2452 3 7 1 2 1
2453 4 7 1 2 1
2454 11 7 9 10 1
2455 12 7 9 10 1
2456 107 103 105 106 1
2457 108 103 105 106 1
2458 116 111 114 115 1
2459 117 111 114 115 1
2460 140 135 138 139 1
2461 141 135 138 139 1
2462 157 153 155 156 1
2463 158 153 155 156 1
2464 163 153 161 162 1
2465 164 153 161 162 1
2466 182 179 180 181 1
2467 183 179 180 181 1
2469 [ virtual_sites3 ]
2470 ; ai aj ak al funct c0 c1
2471 18 17 15 19 2
2472 29 28 26 30 2
2473 41 40 38 42 2
2474 56 55 53 57 2
2475 64 63 62 65 2
2476 66 65 63 67 2
2477 68 67 65 71 2
2478 70 69 62 71 2
2479 72 71 67 69 2
2480 76 75 73 77 2
2481 83 82 80 84 2
2482 92 91 89 93 2
2483 94 93 91 95 2
2484 96 95 90 93 2
2485 100 99 97 101 2
2486 123 122 120 124 2
2487 147 146 144 148 2
2488 170 169 167 171 2
2489 189 188 186 190 2
2490 217 216 214 218 2
2491 234 233 231 235 2
2492 247 246 243 248 2
2493 258 257 255 259 2
2495 [ virtual_sites3 ]
2496 ; ai aj ak al funct c0 c1
2497 198 197 195 192 3
2498 199 197 195 192 -3
2499 229 228 226 223 3
2500 230 228 226 223 -3
2501 250 249 248 246 3
2502 251 249 248 246 -3
2503 253 252 248 246 3
2504 254 252 248 246 -3
2506 [ virtual_sites3 ]
2507 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2
2508 5 7 1 2 -4
2509 6 7 1 2 4
2510 13 7 9 10 -4
2511 14 7 9 10 4
2512 22 21 19 24 4
2513 23 21 19 24 -4
2514 33 32 30 35 4
2515 34 32 30 35 -4
2516 45 44 42 47 4
2517 46 44 42 47 -4
2518 48 47 44 50 4
2519 49 47 44 50 -4
2520 60 59 57 62 4
2521 61 59 57 62 -4
2522 78 77 75 80 4
2523 79 77 75 80 -4
2524 87 86 84 90 4
2525 88 86 84 90 -4
2526 109 103 105 106 -4
2527 110 103 105 106 4
2528 112 111 103 116 4
2529 113 111 103 116 -4
2530 118 111 114 115 -4
2531 119 111 114 115 4
2532 127 126 124 129 4
2533 128 126 124 129 -4
2534 130 129 126 132 4
2535 131 129 126 132 -4
2536 133 132 129 135 4
2537 134 132 129 135 -4
2538 136 135 132 140 4
2539 137 135 132 140 -4
2540 142 135 138 139 -4
2541 143 135 138 139 4
2542 151 150 148 153 4
2543 152 150 148 153 -4
2544 159 153 155 156 -4
2545 160 153 155 156 4
2546 165 153 161 162 -4
2547 166 153 161 162 4
2548 174 173 171 176 4
2549 175 173 171 176 -4
2550 177 176 173 179 4
2551 178 176 173 179 -4
2552 184 179 180 181 -4
2553 185 179 180 181 4
2554 193 192 190 195 4
2555 194 192 190 195 -4
2556 204 203 202 211 4
2557 205 203 202 211 -4
2558 209 208 206 211 4
2559 210 208 206 211 -4
2560 212 211 203 208 4
2561 213 211 203 208 -4
2562 221 220 218 223 4
2563 222 220 218 223 -4
2564 224 223 220 226 4
2565 225 223 220 226 -4
2566 238 237 235 240 4
2567 239 237 235 240 -4
2568 241 240 237 243 4
2569 242 240 237 243 -4
2570 244 243 240 246 4
2571 245 243 240 246 -4
2572 262 261 259 264 4
2573 263 261 259 264 -4
2575 [ virtual_sites4 ]
2576 ; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
2577 8 7 3 11 15 2
2578 20 19 17 21 26 2
2579 31 30 28 32 38 2
2580 43 42 40 44 53 2
2581 58 57 55 59 73 2
2582 85 84 82 86 97 2
2583 102 101 99 103 120 2
2584 104 103 101 107 111 2
2585 125 124 122 126 144 2
2586 149 148 146 150 167 2
2587 154 153 150 157 163 2
2588 172 171 169 173 186 2
2589 191 190 188 192 200 2
2590 207 206 202 208 214 2
2591 219 218 216 220 231 2
2592 236 235 233 237 255 2
2593 260 259 257 261 266 2
2595 ; Include Position restraint file
2596 #ifdef POSRES
2597 #include "posre.itp"
2598 #endif
2600 ; Include water topology
2601 #include "charmm27.ff/tip3p.itp"
2603 #ifdef POSRES_WATER
2604 ; Position restraint for each water oxygen
2605 [ position_restraints ]
2606 ; i funct fcx fcy fcz
2607 1 1 1000 1000 1000
2608 #endif
2610 ; Include topology for ions
2611 #include "charmm27.ff/ions.itp"
2613 [ system ]
2614 ; Name
2615 Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2617 [ molecules ]
2618 ; Compound #mols
2619 Protein 1
2620 ]]></String>
2621 </File>
2622 </OutputFiles>
2623 </ReferenceData>