[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForCharmm27_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_6.xml
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7 <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">277</Int>
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11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "charmm27.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
33 1 MNH3 34 ALA MN1 1 0 8.5155
34 2 MNH3 34 ALA MN2 1 0 8.5155
35 3 NH3 34 ALA N 1 -0.3 0
36 4 HC 34 ALA H1 2 0.33 0
37 5 HC 34 ALA H2 3 0.33 0
38 6 HC 34 ALA H3 4 0.33 0
39 7 CT1 34 ALA CA 5 0.21 13.019
40 8 HB 34 ALA HA 6 0.1 0
41 9 MCH3 34 ALA MCB1 7 0 7.5175
42 10 MCH3 34 ALA MCB2 7 0 7.5175
43 11 CT3 34 ALA CB 7 -0.27 0
44 12 HA 34 ALA HB1 8 0.09 0
45 13 HA 34 ALA HB2 9 0.09 0
46 14 HA 34 ALA HB3 10 0.09 0
47 15 C 34 ALA C 11 0.51 12.011
48 16 O 34 ALA O 12 -0.51 15.999 ; qtot 1
49 ; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
50 17 NH1 35 VAL N 13 -0.47 15.015
51 18 H 35 VAL HN 14 0.31 0
52 19 CT1 35 VAL CA 15 0.07 13.019
53 20 HB 35 VAL HA 16 0.09 0
54 21 CT1 35 VAL CB 17 -0.09 13.019
55 22 HA 35 VAL HB 18 0.09 0
56 23 MCH3 35 VAL MCG1 19 0 7.5175
57 24 MCH3 35 VAL MCG2 19 0 7.5175
58 25 CT3 35 VAL CG1 19 -0.27 0
59 26 HA 35 VAL HG11 20 0.09 0
60 27 HA 35 VAL HG12 21 0.09 0
61 28 HA 35 VAL HG13 22 0.09 0
62 29 MCH3 35 VAL MCG1 23 0 7.5175
63 30 MCH3 35 VAL MCG2 23 0 7.5175
64 31 CT3 35 VAL CG2 23 -0.27 0
65 32 HA 35 VAL HG21 24 0.09 0
66 33 HA 35 VAL HG22 25 0.09 0
67 34 HA 35 VAL HG23 26 0.09 0
68 35 C 35 VAL C 27 0.51 12.011
69 36 O 35 VAL O 28 -0.51 15.999 ; qtot 1
70 ; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
71 37 N 36 PRO N 29 -0.29 14.007
72 38 CP3 36 PRO CD 30 0 14.027
73 39 HA 36 PRO HD1 31 0.09 0
74 40 HA 36 PRO HD2 32 0.09 0
75 41 CP1 36 PRO CA 33 0.02 13.019
76 42 HB 36 PRO HA 34 0.09 0
77 43 CP2 36 PRO CB 35 -0.18 14.027
78 44 HA 36 PRO HB1 36 0.09 0
79 45 HA 36 PRO HB2 37 0.09 0
80 46 CP2 36 PRO CG 38 -0.18 14.027
81 47 HA 36 PRO HG1 39 0.09 0
82 48 HA 36 PRO HG2 40 0.09 0
83 49 C 36 PRO C 41 0.51 12.011
84 50 O 36 PRO O 42 -0.51 15.999 ; qtot 1
85 ; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
86 51 NH1 37 GLY N 43 -0.47 15.015
87 52 H 37 GLY HN 44 0.31 0
88 53 CT2 37 GLY CA 45 -0.02 14.027
89 54 HB 37 GLY HA1 46 0.09 0
90 55 HB 37 GLY HA2 47 0.09 0
91 56 C 37 GLY C 48 0.51 12.011
92 57 O 37 GLY O 49 -0.51 15.999 ; qtot 1
93 ; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
94 58 NH1 38 TYR N 50 -0.47 15.015
95 59 H 38 TYR HN 51 0.31 0
96 60 CT1 38 TYR CA 52 0.07 13.019
97 61 HB 38 TYR HA 53 0.09 0
98 62 CT2 38 TYR CB 54 -0.18 14.027
99 63 HA 38 TYR HB1 55 0.09 0
100 64 HA 38 TYR HB2 56 0.09 0
101 65 CA 38 TYR CG 57 0 12.011
102 66 CA 38 TYR CD1 58 -0.115 13.019
103 67 HP 38 TYR HD1 59 0.115 0
104 68 CA 38 TYR CE1 60 -0.115 13.019
105 69 HP 38 TYR HE1 61 0.115 0
106 70 CA 38 TYR CZ 62 0.11 12.011
107 71 OH1 38 TYR OH 63 -0.54 15.999
108 72 H 38 TYR HH 64 0.43 1.008
109 73 CA 38 TYR CD2 65 -0.115 13.019
110 74 HP 38 TYR HD2 66 0.115 0
111 75 CA 38 TYR CE2 67 -0.115 13.019
112 76 HP 38 TYR HE2 68 0.115 0
113 77 C 38 TYR C 69 0.51 12.011
114 78 O 38 TYR O 70 -0.51 15.999 ; qtot 1
115 ; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
116 79 NH1 39 ASP N 71 -0.47 15.015
117 80 H 39 ASP HN 72 0.31 0
118 81 CT1 39 ASP CA 73 0.07 13.019
119 82 HB 39 ASP HA 74 0.09 0
120 83 CT2 39 ASP CB 75 -0.28 14.027
121 84 HA 39 ASP HB1 76 0.09 0
122 85 HA 39 ASP HB2 77 0.09 0
123 86 CC 39 ASP CG 78 0.62 12.011
124 87 OC 39 ASP OD1 79 -0.76 15.999
125 88 OC 39 ASP OD2 80 -0.76 15.999
126 89 C 39 ASP C 81 0.51 12.011
127 90 O 39 ASP O 82 -0.51 15.999 ; qtot 0
128 ; residue 40 LYS rtp LYS q +1.0
129 91 NH1 40 LYS N 83 -0.47 15.015
130 92 H 40 LYS HN 84 0.31 0
131 93 CT1 40 LYS CA 85 0.07 13.019
132 94 HB 40 LYS HA 86 0.09 0
133 95 CT2 40 LYS CB 87 -0.18 14.027
134 96 HA 40 LYS HB1 88 0.09 0
135 97 HA 40 LYS HB2 89 0.09 0
136 98 CT2 40 LYS CG 90 -0.18 14.027
137 99 HA 40 LYS HG1 91 0.09 0
138 100 HA 40 LYS HG2 92 0.09 0
139 101 CT2 40 LYS CD 93 -0.18 14.027
140 102 HA 40 LYS HD1 94 0.09 0
141 103 HA 40 LYS HD2 95 0.09 0
142 104 CT2 40 LYS CE 96 0.21 14.027
143 105 HA 40 LYS HE1 97 0.05 0
144 106 HA 40 LYS HE2 98 0.05 0
145 107 MNH3 40 LYS MNZ1 99 0 8.5155
146 108 MNH3 40 LYS MNZ2 99 0 8.5155
147 109 NH3 40 LYS NZ 99 -0.3 0
148 110 HC 40 LYS HZ1 100 0.33 0
149 111 HC 40 LYS HZ2 101 0.33 0
150 112 HC 40 LYS HZ3 102 0.33 0
151 113 C 40 LYS C 103 0.51 12.011
152 114 O 40 LYS O 104 -0.51 15.999 ; qtot 1
153 ; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
154 115 NH1 41 ILE N 105 -0.47 15.015
155 116 H 41 ILE HN 106 0.31 0
156 117 CT1 41 ILE CA 107 0.07 13.019
157 118 HB 41 ILE HA 108 0.09 0
158 119 CT1 41 ILE CB 109 -0.09 13.019
159 120 HA 41 ILE HB 110 0.09 0
160 121 MCH3 41 ILE MCG1 111 0 7.5175
161 122 MCH3 41 ILE MCG2 111 0 7.5175
162 123 CT3 41 ILE CG2 111 -0.27 0
163 124 HA 41 ILE HG21 112 0.09 0
164 125 HA 41 ILE HG22 113 0.09 0
165 126 HA 41 ILE HG23 114 0.09 0
166 127 CT2 41 ILE CG1 115 -0.18 14.027
167 128 HA 41 ILE HG11 116 0.09 0
168 129 HA 41 ILE HG12 117 0.09 0
169 130 MCH3 41 ILE MCD1 118 0 7.5175
170 131 MCH3 41 ILE MCD2 118 0 7.5175
171 132 CT3 41 ILE CD 118 -0.27 0
172 133 HA 41 ILE HD1 119 0.09 0
173 134 HA 41 ILE HD2 120 0.09 0
174 135 HA 41 ILE HD3 121 0.09 0
175 136 C 41 ILE C 122 0.51 12.011
176 137 O 41 ILE O 123 -0.51 15.999 ; qtot 1
177 ; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
178 138 N 42 PRO N 124 -0.29 14.007
179 139 CP3 42 PRO CD 125 0 14.027
180 140 HA 42 PRO HD1 126 0.09 0
181 141 HA 42 PRO HD2 127 0.09 0
182 142 CP1 42 PRO CA 128 0.02 13.019
183 143 HB 42 PRO HA 129 0.09 0
184 144 CP2 42 PRO CB 130 -0.18 14.027
185 145 HA 42 PRO HB1 131 0.09 0
186 146 HA 42 PRO HB2 132 0.09 0
187 147 CP2 42 PRO CG 133 -0.18 14.027
188 148 HA 42 PRO HG1 134 0.09 0
189 149 HA 42 PRO HG2 135 0.09 0
190 150 C 42 PRO C 136 0.51 12.011
191 151 O 42 PRO O 137 -0.51 15.999 ; qtot 1
192 ; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
193 152 NH1 43 ASP N 138 -0.47 15.015
194 153 H 43 ASP HN 139 0.31 0
195 154 CT1 43 ASP CA 140 0.07 13.019
196 155 HB 43 ASP HA 141 0.09 0
197 156 CT2 43 ASP CB 142 -0.28 14.027
198 157 HA 43 ASP HB1 143 0.09 0
199 158 HA 43 ASP HB2 144 0.09 0
200 159 CC 43 ASP CG 145 0.62 12.011
201 160 OC 43 ASP OD1 146 -0.76 15.999
202 161 OC 43 ASP OD2 147 -0.76 15.999
203 162 C 43 ASP C 148 0.51 12.011
204 163 O 43 ASP O 149 -0.51 15.999 ; qtot 0
205 ; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
206 164 NH1 44 TYR N 150 -0.47 15.015
207 165 H 44 TYR HN 151 0.31 0
208 166 CT1 44 TYR CA 152 0.07 13.019
209 167 HB 44 TYR HA 153 0.09 0
210 168 CT2 44 TYR CB 154 -0.18 14.027
211 169 HA 44 TYR HB1 155 0.09 0
212 170 HA 44 TYR HB2 156 0.09 0
213 171 CA 44 TYR CG 157 0 12.011
214 172 CA 44 TYR CD1 158 -0.115 13.019
215 173 HP 44 TYR HD1 159 0.115 0
216 174 CA 44 TYR CE1 160 -0.115 13.019
217 175 HP 44 TYR HE1 161 0.115 0
218 176 CA 44 TYR CZ 162 0.11 12.011
219 177 OH1 44 TYR OH 163 -0.54 15.999
220 178 H 44 TYR HH 164 0.43 1.008
221 179 CA 44 TYR CD2 165 -0.115 13.019
222 180 HP 44 TYR HD2 166 0.115 0
223 181 CA 44 TYR CE2 167 -0.115 13.019
224 182 HP 44 TYR HE2 168 0.115 0
225 183 C 44 TYR C 169 0.51 12.011
226 184 O 44 TYR O 170 -0.51 15.999 ; qtot 0
227 ; residue 45 HIS rtp HSE q 0.0
228 185 NH1 45 HIS N 171 -0.47 15.015
229 186 H 45 HIS HN 172 0.31 0
230 187 CT1 45 HIS CA 173 0.07 13.019
231 188 HB 45 HIS HA 174 0.09 0
232 189 CT2 45 HIS CB 175 -0.08 14.027
233 190 HA 45 HIS HB1 176 0.09 0
234 191 HA 45 HIS HB2 177 0.09 0
235 192 NR2 45 HIS ND1 178 -0.7 14.007
236 193 CPH1 45 HIS CG 179 0.22 12.011
237 194 CPH2 45 HIS CE1 180 0.25 13.019
238 195 HR1 45 HIS HE1 181 0.13 0
239 196 NR1 45 HIS NE2 182 -0.36 15.015
240 197 H 45 HIS HE2 183 0.32 0
241 198 CPH1 45 HIS CD2 184 -0.05 13.019
242 199 HR3 45 HIS HD2 185 0.09 0
243 200 C 45 HIS C 186 0.51 12.011
244 201 O 45 HIS O 187 -0.51 15.999 ; qtot 0
245 ; residue 46 MET rtp MET q 0.0
246 202 NH1 46 MET N 188 -0.47 15.015
247 203 H 46 MET HN 189 0.31 0
248 204 CT1 46 MET CA 190 0.07 13.019
249 205 HB 46 MET HA 191 0.09 0
250 206 CT2 46 MET CB 192 -0.18 14.027
251 207 HA 46 MET HB1 193 0.09 0
252 208 HA 46 MET HB2 194 0.09 0
253 209 CT2 46 MET CG 195 -0.14 14.027
254 210 HA 46 MET HG1 196 0.09 0
255 211 HA 46 MET HG2 197 0.09 0
256 212 S 46 MET SD 198 -0.09 32.06
257 213 MCH3S 46 MET MCE1 199 0 7.5175
258 214 MCH3S 46 MET MCE2 199 0 7.5175
259 215 CT3 46 MET CE 199 -0.22 0
260 216 HA 46 MET HE1 200 0.09 0
261 217 HA 46 MET HE2 201 0.09 0
262 218 HA 46 MET HE3 202 0.09 0
263 219 C 46 MET C 203 0.51 12.011
264 220 O 46 MET O 204 -0.51 15.999 ; qtot 0
265 ; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
266 221 NH1 47 TRP N 205 -0.47 15.015
267 222 H 47 TRP HN 206 0.31 0
268 223 CT1 47 TRP CA 207 0.07 13.019
269 224 HB 47 TRP HA 208 0.09 0
270 225 CT2 47 TRP CB 209 -0.18 14.027
271 226 HA 47 TRP HB1 210 0.09 0
272 227 HA 47 TRP HB2 211 0.09 0
273 228 CY 47 TRP CG 212 -0.03 12.011
274 229 CA 47 TRP CD1 213 0.035 13.019
275 230 HP 47 TRP HD1 214 0.115 0
276 231 NY 47 TRP NE1 215 -0.61 15.015
277 232 H 47 TRP HE1 216 0.38 0
278 233 CPT 47 TRP CE2 217 0.13 12.011
279 234 CPT 47 TRP CD2 218 -0.02 12.011
280 235 CA 47 TRP CE3 219 -0.115 13.019
281 236 HP 47 TRP HE3 220 0.115 0
282 237 CA 47 TRP CZ3 221 -0.115 13.019
283 238 HP 47 TRP HZ3 222 0.115 0
284 239 CA 47 TRP CZ2 223 -0.115 13.019
285 240 HP 47 TRP HZ2 224 0.115 0
286 241 CA 47 TRP CH2 225 -0.115 13.019
287 242 HP 47 TRP HH2 226 0.115 0
288 243 C 47 TRP C 227 0.51 12.011
289 244 O 47 TRP O 228 -0.51 15.999 ; qtot 0
290 ; residue 48 VAL rtp VAL q 0.0
291 245 NH1 48 VAL N 229 -0.47 15.015
292 246 H 48 VAL HN 230 0.31 0
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294 248 HB 48 VAL HA 232 0.09 0
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1298 [ angles ]
1299 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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1302 4 3 7 5
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1729 245 247 263 5
1730 248 247 249 5
1731 248 247 263 5
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1769 267 275 276 5
1770 267 275 277 5
1771 276 275 277 5
1773 [ dihedrals ]
1774 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1775 4 3 7 8 9
1776 4 3 7 11 9
1777 4 3 7 15 9
1778 5 3 7 8 9
1779 5 3 7 11 9
1780 5 3 7 15 9
1781 6 3 7 8 9
1782 6 3 7 11 9
1783 6 3 7 15 9
1784 3 7 11 12 9
1785 3 7 11 13 9
1786 3 7 11 14 9
1787 8 7 11 12 9
1788 8 7 11 13 9
1789 8 7 11 14 9
1790 15 7 11 12 9
1791 15 7 11 13 9
1792 15 7 11 14 9
1793 3 7 15 16 9
1794 3 7 15 17 9
1795 8 7 15 16 9
1796 8 7 15 17 9
1797 11 7 15 16 9
1798 11 7 15 17 9
1799 7 15 17 18 9
1800 7 15 17 19 9
1801 16 15 17 18 9
1802 16 15 17 19 9
1803 15 17 19 20 9
1804 15 17 19 21 9
1805 15 17 19 35 9
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1807 18 17 19 21 9
1808 18 17 19 35 9
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1810 17 19 21 25 9
1811 17 19 21 31 9
1812 20 19 21 22 9
1813 20 19 21 25 9
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1825 19 21 25 27 9
1826 19 21 25 28 9
1827 22 21 25 26 9
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2431 250 249 253 254 9
2432 250 249 253 255 9
2433 250 249 253 256 9
2434 259 249 253 254 9
2435 259 249 253 255 9
2436 259 249 253 256 9
2437 247 249 259 260 9
2438 247 249 259 261 9
2439 247 249 259 262 9
2440 250 249 259 260 9
2441 250 249 259 261 9
2442 250 249 259 262 9
2443 253 249 259 260 9
2444 253 249 259 261 9
2445 253 249 259 262 9
2446 247 263 265 266 9
2447 247 263 265 267 9
2448 264 263 265 266 9
2449 264 263 265 267 9
2450 263 265 267 268 9
2451 263 265 267 271 9
2452 263 265 267 275 9
2453 266 265 267 268 9
2454 266 265 267 271 9
2455 266 265 267 275 9
2456 265 267 271 272 9
2457 265 267 271 273 9
2458 265 267 271 274 9
2459 268 267 271 272 9
2460 268 267 271 273 9
2461 268 267 271 274 9
2462 275 267 271 272 9
2463 275 267 271 273 9
2464 275 267 271 274 9
2465 265 267 275 276 9
2466 265 267 275 277 9
2467 268 267 275 276 9
2468 268 267 275 277 9
2469 271 267 275 276 9
2470 271 267 275 277 9
2472 [ dihedrals ]
2473 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2474 15 7 17 16 2
2475 17 15 19 18 2
2476 35 19 37 36 2
2477 37 35 41 38 2
2478 49 41 51 50 2
2479 51 49 53 52 2
2480 56 53 58 57 2
2481 58 56 60 59 2
2482 77 60 79 78 2
2483 79 77 81 80 2
2484 86 83 88 87 2
2485 89 81 91 90 2
2486 91 89 93 92 2
2487 113 93 115 114 2
2488 115 113 117 116 2
2489 136 117 138 137 2
2490 138 136 142 139 2
2491 150 142 152 151 2
2492 152 150 154 153 2
2493 159 156 161 160 2
2494 162 154 164 163 2
2495 164 162 166 165 2
2496 183 166 185 184 2
2497 185 183 187 186 2
2498 194 192 196 195 2
2499 194 196 192 195 2
2500 196 194 198 197 2
2501 196 198 194 197 2
2502 198 193 196 199 2
2503 198 196 193 199 2
2504 200 187 202 201 2
2505 202 200 204 203 2
2506 219 204 221 220 2
2507 221 219 223 222 2
2508 243 223 245 244 2
2509 245 243 247 246 2
2510 263 247 265 264 2
2511 265 263 267 266 2
2512 275 267 277 276 2
2514 [ cmap ]
2515 ; ai aj ak al am funct
2516 15 17 19 35 37 1
2517 35 37 41 49 51 1
2518 49 51 53 56 58 1
2519 56 58 60 77 79 1
2520 77 79 81 89 91 1
2521 89 91 93 113 115 1
2522 113 115 117 136 138 1
2523 136 138 142 150 152 1
2524 150 152 154 162 164 1
2525 162 164 166 183 185 1
2526 183 185 187 200 202 1
2527 200 202 204 219 221 1
2528 219 221 223 243 245 1
2529 243 245 247 263 265 1
2531 [ virtual_sites3 ]
2532 ; ai aj ak al funct c0 c1
2533 3 7 1 2 1
2534 4 7 1 2 1
2535 11 7 9 10 1
2536 12 7 9 10 1
2537 25 21 23 24 1
2538 26 21 23 24 1
2539 31 21 29 30 1
2540 32 21 29 30 1
2541 109 104 107 108 1
2542 110 104 107 108 1
2543 123 119 121 122 1
2544 124 119 121 122 1
2545 132 127 130 131 1
2546 133 127 130 131 1
2547 215 212 213 214 1
2548 216 212 213 214 1
2549 253 249 251 252 1
2550 254 249 251 252 1
2551 259 249 257 258 1
2552 260 249 257 258 1
2553 271 267 269 270 1
2554 272 267 269 270 1
2556 [ virtual_sites3 ]
2557 ; ai aj ak al funct c0 c1
2558 18 17 15 19 2
2559 52 51 49 53 2
2560 59 58 56 60 2
2561 67 66 65 68 2
2562 69 68 66 70 2
2563 74 73 65 75 2
2564 76 75 70 73 2
2565 80 79 77 81 2
2566 92 91 89 93 2
2567 116 115 113 117 2
2568 153 152 150 154 2
2569 165 164 162 166 2
2570 173 172 171 174 2
2571 175 174 172 176 2
2572 180 179 171 181 2
2573 182 181 176 179 2
2574 186 185 183 187 2
2575 195 194 192 196 2
2576 197 196 194 198 2
2577 199 198 193 196 2
2578 203 202 200 204 2
2579 222 221 219 223 2
2580 230 229 228 231 2
2581 232 231 229 233 2
2582 236 235 234 237 2
2583 238 237 235 241 2
2584 240 239 233 241 2
2585 242 241 237 239 2
2586 246 245 243 247 2
2587 266 265 263 267 2
2589 [ virtual_sites3 ]
2590 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2
2591 5 7 1 2 -4
2592 6 7 1 2 4
2593 13 7 9 10 -4
2594 14 7 9 10 4
2595 27 21 23 24 -4
2596 28 21 23 24 4
2597 33 21 29 30 -4
2598 34 21 29 30 4
2599 39 38 37 46 4
2600 40 38 37 46 -4
2601 44 43 41 46 4
2602 45 43 41 46 -4
2603 47 46 38 43 4
2604 48 46 38 43 -4
2605 54 53 51 56 4
2606 55 53 51 56 -4
2607 63 62 60 65 4
2608 64 62 60 65 -4
2609 84 83 81 86 4
2610 85 83 81 86 -4
2611 96 95 93 98 4
2612 97 95 93 98 -4
2613 99 98 95 101 4
2614 100 98 95 101 -4
2615 102 101 98 104 4
2616 103 101 98 104 -4
2617 105 104 101 109 4
2618 106 104 101 109 -4
2619 111 104 107 108 -4
2620 112 104 107 108 4
2621 125 119 121 122 -4
2622 126 119 121 122 4
2623 128 127 119 132 4
2624 129 127 119 132 -4
2625 134 127 130 131 -4
2626 135 127 130 131 4
2627 140 139 138 147 4
2628 141 139 138 147 -4
2629 145 144 142 147 4
2630 146 144 142 147 -4
2631 148 147 139 144 4
2632 149 147 139 144 -4
2633 157 156 154 159 4
2634 158 156 154 159 -4
2635 169 168 166 171 4
2636 170 168 166 171 -4
2637 190 189 187 193 4
2638 191 189 187 193 -4
2639 207 206 204 209 4
2640 208 206 204 209 -4
2641 210 209 206 212 4
2642 211 209 206 212 -4
2643 217 212 213 214 -4
2644 218 212 213 214 4
2645 226 225 223 228 4
2646 227 225 223 228 -4
2647 255 249 251 252 -4
2648 256 249 251 252 4
2649 261 249 257 258 -4
2650 262 249 257 258 4
2651 273 267 269 270 -4
2652 274 267 269 270 4
2654 [ virtual_sites4 ]
2655 ; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
2656 8 7 3 11 15 2
2657 20 19 17 21 35 2
2658 22 21 19 25 31 2
2659 42 41 37 43 49 2
2660 61 60 58 62 77 2
2661 82 81 79 83 89 2
2662 94 93 91 95 113 2
2663 118 117 115 119 136 2
2664 120 119 117 123 127 2
2665 143 142 138 144 150 2
2666 155 154 152 156 162 2
2667 167 166 164 168 183 2
2668 188 187 185 189 200 2
2669 205 204 202 206 219 2
2670 224 223 221 225 243 2
2671 248 247 245 249 263 2
2672 250 249 247 253 259 2
2673 268 267 265 271 275 2
2675 ; Include Position restraint file
2676 #ifdef POSRES
2677 #include "posre.itp"
2678 #endif
2680 ; Include water topology
2681 #include "charmm27.ff/tip3p.itp"
2683 #ifdef POSRES_WATER
2684 ; Position restraint for each water oxygen
2685 [ position_restraints ]
2686 ; i funct fcx fcy fcz
2687 1 1 1000 1000 1000
2688 #endif
2690 ; Include topology for ions
2691 #include "charmm27.ff/ions.itp"
2693 [ system ]
2694 ; Name
2695 Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2697 [ molecules ]
2698 ; Compound #mols
2699 Protein 1
2700 ]]></String>
2701 </File>
2702 </OutputFiles>
2703 </ReferenceData>