[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForCharmm27_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_7.xml
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7 <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">246</Int>
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11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "charmm27.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 50 LYS rtp LYS q +2.0
33 1 MNH3 50 LYS MN1 1 0 8.5155
34 2 MNH3 50 LYS MN2 1 0 8.5155
35 3 NH3 50 LYS N 1 -0.3 0
36 4 HC 50 LYS H1 2 0.33 0
37 5 HC 50 LYS H2 3 0.33 0
38 6 HC 50 LYS H3 4 0.33 0
39 7 CT1 50 LYS CA 5 0.21 13.019
40 8 HB 50 LYS HA 6 0.1 0
41 9 CT2 50 LYS CB 7 -0.18 14.027
42 10 HA 50 LYS HB1 8 0.09 0
43 11 HA 50 LYS HB2 9 0.09 0
44 12 CT2 50 LYS CG 10 -0.18 14.027
45 13 HA 50 LYS HG1 11 0.09 0
46 14 HA 50 LYS HG2 12 0.09 0
47 15 CT2 50 LYS CD 13 -0.18 14.027
48 16 HA 50 LYS HD1 14 0.09 0
49 17 HA 50 LYS HD2 15 0.09 0
50 18 CT2 50 LYS CE 16 0.21 14.027
51 19 HA 50 LYS HE1 17 0.05 0
52 20 HA 50 LYS HE2 18 0.05 0
53 21 MNH3 50 LYS MNZ1 19 0 8.5155
54 22 MNH3 50 LYS MNZ2 19 0 8.5155
55 23 NH3 50 LYS NZ 19 -0.3 0
56 24 HC 50 LYS HZ1 20 0.33 0
57 25 HC 50 LYS HZ2 21 0.33 0
58 26 HC 50 LYS HZ3 22 0.33 0
59 27 C 50 LYS C 23 0.51 12.011
60 28 O 50 LYS O 24 -0.51 15.999 ; qtot 2
61 ; residue 51 SER rtp SER q 0.0
62 29 NH1 51 SER N 25 -0.47 15.015
63 30 H 51 SER HN 26 0.31 0
64 31 CT1 51 SER CA 27 0.07 13.019
65 32 HB 51 SER HA 28 0.09 0
66 33 CT2 51 SER CB 29 0.05 14.027
67 34 HA 51 SER HB1 30 0.09 0
68 35 HA 51 SER HB2 31 0.09 0
69 36 OH1 51 SER OG 32 -0.66 15.999
70 37 H 51 SER HG1 33 0.43 1.008
71 38 C 51 SER C 34 0.51 12.011
72 39 O 51 SER O 35 -0.51 15.999 ; qtot 2
73 ; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
74 40 NH1 52 GLY N 36 -0.47 15.015
75 41 H 52 GLY HN 37 0.31 0
76 42 CT2 52 GLY CA 38 -0.02 14.027
77 43 HB 52 GLY HA1 39 0.09 0
78 44 HB 52 GLY HA2 40 0.09 0
79 45 C 52 GLY C 41 0.51 12.011
80 46 O 52 GLY O 42 -0.51 15.999 ; qtot 2
81 ; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
82 47 NH1 53 TYR N 43 -0.47 15.015
83 48 H 53 TYR HN 44 0.31 0
84 49 CT1 53 TYR CA 45 0.07 13.019
85 50 HB 53 TYR HA 46 0.09 0
86 51 CT2 53 TYR CB 47 -0.18 14.027
87 52 HA 53 TYR HB1 48 0.09 0
88 53 HA 53 TYR HB2 49 0.09 0
89 54 CA 53 TYR CG 50 0 12.011
90 55 CA 53 TYR CD1 51 -0.115 13.019
91 56 HP 53 TYR HD1 52 0.115 0
92 57 CA 53 TYR CE1 53 -0.115 13.019
93 58 HP 53 TYR HE1 54 0.115 0
94 59 CA 53 TYR CZ 55 0.11 12.011
95 60 OH1 53 TYR OH 56 -0.54 15.999
96 61 H 53 TYR HH 57 0.43 1.008
97 62 CA 53 TYR CD2 58 -0.115 13.019
98 63 HP 53 TYR HD2 59 0.115 0
99 64 CA 53 TYR CE2 60 -0.115 13.019
100 65 HP 53 TYR HE2 61 0.115 0
101 66 C 53 TYR C 62 0.51 12.011
102 67 O 53 TYR O 63 -0.51 15.999 ; qtot 2
103 ; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
104 68 NH1 54 ASP N 64 -0.47 15.015
105 69 H 54 ASP HN 65 0.31 0
106 70 CT1 54 ASP CA 66 0.07 13.019
107 71 HB 54 ASP HA 67 0.09 0
108 72 CT2 54 ASP CB 68 -0.28 14.027
109 73 HA 54 ASP HB1 69 0.09 0
110 74 HA 54 ASP HB2 70 0.09 0
111 75 CC 54 ASP CG 71 0.62 12.011
112 76 OC 54 ASP OD1 72 -0.76 15.999
113 77 OC 54 ASP OD2 73 -0.76 15.999
114 78 C 54 ASP C 74 0.51 12.011
115 79 O 54 ASP O 75 -0.51 15.999 ; qtot 1
116 ; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
117 80 NH1 55 ALA N 76 -0.47 15.015
118 81 H 55 ALA HN 77 0.31 0
119 82 CT1 55 ALA CA 78 0.07 13.019
120 83 HB 55 ALA HA 79 0.09 0
121 84 MCH3 55 ALA MCB1 80 0 7.5175
122 85 MCH3 55 ALA MCB2 80 0 7.5175
123 86 CT3 55 ALA CB 80 -0.27 0
124 87 HA 55 ALA HB1 81 0.09 0
125 88 HA 55 ALA HB2 82 0.09 0
126 89 HA 55 ALA HB3 83 0.09 0
127 90 C 55 ALA C 84 0.51 12.011
128 91 O 55 ALA O 85 -0.51 15.999 ; qtot 1
129 ; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
130 92 N 56 PRO N 86 -0.29 14.007
131 93 CP3 56 PRO CD 87 0 14.027
132 94 HA 56 PRO HD1 88 0.09 0
133 95 HA 56 PRO HD2 89 0.09 0
134 96 CP1 56 PRO CA 90 0.02 13.019
135 97 HB 56 PRO HA 91 0.09 0
136 98 CP2 56 PRO CB 92 -0.18 14.027
137 99 HA 56 PRO HB1 93 0.09 0
138 100 HA 56 PRO HB2 94 0.09 0
139 101 CP2 56 PRO CG 95 -0.18 14.027
140 102 HA 56 PRO HG1 96 0.09 0
141 103 HA 56 PRO HG2 97 0.09 0
142 104 C 56 PRO C 98 0.51 12.011
143 105 O 56 PRO O 99 -0.51 15.999 ; qtot 1
144 ; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
145 106 NH1 57 PHE N 100 -0.47 15.015
146 107 H 57 PHE HN 101 0.31 0
147 108 CT1 57 PHE CA 102 0.07 13.019
148 109 HB 57 PHE HA 103 0.09 0
149 110 CT2 57 PHE CB 104 -0.18 14.027
150 111 HA 57 PHE HB1 105 0.09 0
151 112 HA 57 PHE HB2 106 0.09 0
152 113 CA 57 PHE CG 107 0 12.011
153 114 CA 57 PHE CD1 108 -0.115 13.019
154 115 HP 57 PHE HD1 109 0.115 0
155 116 CA 57 PHE CE1 110 -0.115 13.019
156 117 HP 57 PHE HE1 111 0.115 0
157 118 CA 57 PHE CZ 112 -0.115 13.019
158 119 HP 57 PHE HZ 113 0.115 0
159 120 CA 57 PHE CD2 114 -0.115 13.019
160 121 HP 57 PHE HD2 115 0.115 0
161 122 CA 57 PHE CE2 116 -0.115 13.019
162 123 HP 57 PHE HE2 117 0.115 0
163 124 C 57 PHE C 118 0.51 12.011
164 125 O 57 PHE O 119 -0.51 15.999 ; qtot 1
165 ; residue 58 THR rtp THR q 0.0
166 126 NH1 58 THR N 120 -0.47 15.015
167 127 H 58 THR HN 121 0.31 0
168 128 CT1 58 THR CA 122 0.07 13.019
169 129 HB 58 THR HA 123 0.09 0
170 130 CT1 58 THR CB 124 0.14 13.019
171 131 HA 58 THR HB 125 0.09 0
172 132 OH1 58 THR OG1 126 -0.66 15.999
173 133 H 58 THR HG1 127 0.43 1.008
174 134 MCH3 58 THR MCG1 128 0 7.5175
175 135 MCH3 58 THR MCG2 128 0 7.5175
176 136 CT3 58 THR CG2 128 -0.27 0
177 137 HA 58 THR HG21 129 0.09 0
178 138 HA 58 THR HG22 130 0.09 0
179 139 HA 58 THR HG23 131 0.09 0
180 140 C 58 THR C 132 0.51 12.011
181 141 O 58 THR O 133 -0.51 15.999 ; qtot 1
182 ; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
183 142 NH1 59 ILE N 134 -0.47 15.015
184 143 H 59 ILE HN 135 0.31 0
185 144 CT1 59 ILE CA 136 0.07 13.019
186 145 HB 59 ILE HA 137 0.09 0
187 146 CT1 59 ILE CB 138 -0.09 13.019
188 147 HA 59 ILE HB 139 0.09 0
189 148 MCH3 59 ILE MCG1 140 0 7.5175
190 149 MCH3 59 ILE MCG2 140 0 7.5175
191 150 CT3 59 ILE CG2 140 -0.27 0
192 151 HA 59 ILE HG21 141 0.09 0
193 152 HA 59 ILE HG22 142 0.09 0
194 153 HA 59 ILE HG23 143 0.09 0
195 154 CT2 59 ILE CG1 144 -0.18 14.027
196 155 HA 59 ILE HG11 145 0.09 0
197 156 HA 59 ILE HG12 146 0.09 0
198 157 MCH3 59 ILE MCD1 147 0 7.5175
199 158 MCH3 59 ILE MCD2 147 0 7.5175
200 159 CT3 59 ILE CD 147 -0.27 0
201 160 HA 59 ILE HD1 148 0.09 0
202 161 HA 59 ILE HD2 149 0.09 0
203 162 HA 59 ILE HD3 150 0.09 0
204 163 C 59 ILE C 151 0.51 12.011
205 164 O 59 ILE O 152 -0.51 15.999 ; qtot 1
206 ; residue 60 HIS rtp HSE q 0.0
207 165 NH1 60 HIS N 153 -0.47 15.015
208 166 H 60 HIS HN 154 0.31 0
209 167 CT1 60 HIS CA 155 0.07 13.019
210 168 HB 60 HIS HA 156 0.09 0
211 169 CT2 60 HIS CB 157 -0.08 14.027
212 170 HA 60 HIS HB1 158 0.09 0
213 171 HA 60 HIS HB2 159 0.09 0
214 172 NR2 60 HIS ND1 160 -0.7 14.007
215 173 CPH1 60 HIS CG 161 0.22 12.011
216 174 CPH2 60 HIS CE1 162 0.25 13.019
217 175 HR1 60 HIS HE1 163 0.13 0
218 176 NR1 60 HIS NE2 164 -0.36 15.015
219 177 H 60 HIS HE2 165 0.32 0
220 178 CPH1 60 HIS CD2 166 -0.05 13.019
221 179 HR3 60 HIS HD2 167 0.09 0
222 180 C 60 HIS C 168 0.51 12.011
223 181 O 60 HIS O 169 -0.51 15.999 ; qtot 1
224 ; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
225 182 NH1 61 VAL N 170 -0.47 15.015
226 183 H 61 VAL HN 171 0.31 0
227 184 CT1 61 VAL CA 172 0.07 13.019
228 185 HB 61 VAL HA 173 0.09 0
229 186 CT1 61 VAL CB 174 -0.09 13.019
230 187 HA 61 VAL HB 175 0.09 0
231 188 MCH3 61 VAL MCG1 176 0 7.5175
232 189 MCH3 61 VAL MCG2 176 0 7.5175
233 190 CT3 61 VAL CG1 176 -0.27 0
234 191 HA 61 VAL HG11 177 0.09 0
235 192 HA 61 VAL HG12 178 0.09 0
236 193 HA 61 VAL HG13 179 0.09 0
237 194 MCH3 61 VAL MCG1 180 0 7.5175
238 195 MCH3 61 VAL MCG2 180 0 7.5175
239 196 CT3 61 VAL CG2 180 -0.27 0
240 197 HA 61 VAL HG21 181 0.09 0
241 198 HA 61 VAL HG22 182 0.09 0
242 199 HA 61 VAL HG23 183 0.09 0
243 200 C 61 VAL C 184 0.51 12.011
244 201 O 61 VAL O 185 -0.51 15.999 ; qtot 1
245 ; residue 62 CYS rtp CYS q 0.0
246 202 NH1 62 CYS N 186 -0.47 15.015
247 203 H 62 CYS HN 187 0.31 0
248 204 CT1 62 CYS CA 188 0.07 13.019
249 205 HB 62 CYS HA 189 0.09 0
250 206 CT2 62 CYS CB 190 -0.11 14.027
251 207 HA 62 CYS HB1 191 0.09 0
252 208 HA 62 CYS HB2 192 0.09 0
253 209 S 62 CYS SG 193 -0.23 32.06
254 210 HS 62 CYS HG1 194 0.16 1.008
255 211 C 62 CYS C 195 0.51 12.011
256 212 O 62 CYS O 196 -0.51 15.999 ; qtot 1
257 ; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
258 213 NH1 63 GLY N 197 -0.47 15.015
259 214 H 63 GLY HN 198 0.31 0
260 215 CT2 63 GLY CA 199 -0.02 14.027
261 216 HB 63 GLY HA1 200 0.09 0
262 217 HB 63 GLY HA2 201 0.09 0
263 218 C 63 GLY C 202 0.51 12.011
264 219 O 63 GLY O 203 -0.51 15.999 ; qtot 1
265 ; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
266 220 NH1 64 ALA N 204 -0.47 15.015
267 221 H 64 ALA HN 205 0.31 0
268 222 CT1 64 ALA CA 206 0.07 13.019
269 223 HB 64 ALA HA 207 0.09 0
270 224 MCH3 64 ALA MCB1 208 0 7.5175
271 225 MCH3 64 ALA MCB2 208 0 7.5175
272 226 CT3 64 ALA CB 208 -0.27 0
273 227 HA 64 ALA HB1 209 0.09 0
274 228 HA 64 ALA HB2 210 0.09 0
275 229 HA 64 ALA HB3 211 0.09 0
276 230 C 64 ALA C 212 0.51 12.011
277 231 O 64 ALA O 213 -0.51 15.999 ; qtot 1
278 ; residue 65 PRO rtp PRO q -1.0
279 232 N 65 PRO N 214 -0.29 14.007
280 233 CP3 65 PRO CD 215 0 14.027
281 234 HA 65 PRO HD1 216 0.09 0
282 235 HA 65 PRO HD2 217 0.09 0
283 236 CP1 65 PRO CA 218 0.02 13.019
284 237 HB 65 PRO HA 219 0.09 0
285 238 CP2 65 PRO CB 220 -0.18 14.027
286 239 HA 65 PRO HB1 221 0.09 0
287 240 HA 65 PRO HB2 222 0.09 0
288 241 CP2 65 PRO CG 223 -0.18 14.027
289 242 HA 65 PRO HG1 224 0.09 0
290 243 HA 65 PRO HG2 225 0.09 0
291 244 CC 65 PRO C 226 0.34 12.011
292 245 OC 65 PRO OT1 227 -0.67 15.9994
293 246 OC 65 PRO OT2 228 -0.67 15.9994 ; qtot 0
295 [ bonds ]
296 ; ai aj funct c0 c1 c2 c3
297 3 4 1
298 3 5 1
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1160 240 243 1
1161 240 244 1
1162 241 244 1
1164 [ angles ]
1165 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1166 4 3 5 5
1167 4 3 6 5
1168 4 3 7 5
1169 5 3 6 5
1170 5 3 7 5
1171 6 3 7 5
1172 3 7 8 5
1173 3 7 9 5
1174 3 7 27 5
1175 8 7 9 5
1176 8 7 27 5
1177 9 7 27 5
1178 7 9 10 5
1179 7 9 11 5
1180 7 9 12 5
1181 10 9 11 5
1182 10 9 12 5
1183 11 9 12 5
1184 9 12 13 5
1185 9 12 14 5
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1188 13 12 15 5
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1195 17 15 18 5
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1199 19 18 20 5
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1578 233 241 243 5
1579 238 241 242 5
1580 238 241 243 5
1581 242 241 243 5
1582 236 244 245 5
1583 236 244 246 5
1584 245 244 246 5
1586 [ dihedrals ]
1587 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1588 4 3 7 8 9
1589 4 3 7 9 9
1590 4 3 7 27 9
1591 5 3 7 8 9
1592 5 3 7 9 9
1593 5 3 7 27 9
1594 6 3 7 8 9
1595 6 3 7 9 9
1596 6 3 7 27 9
1597 3 7 9 10 9
1598 3 7 9 11 9
1599 3 7 9 12 9
1600 8 7 9 10 9
1601 8 7 9 11 9
1602 8 7 9 12 9
1603 27 7 9 10 9
1604 27 7 9 11 9
1605 27 7 9 12 9
1606 3 7 27 28 9
1607 3 7 27 29 9
1608 8 7 27 28 9
1609 8 7 27 29 9
1610 9 7 27 28 9
1611 9 7 27 29 9
1612 7 9 12 13 9
1613 7 9 12 14 9
1614 7 9 12 15 9
1615 10 9 12 13 9
1616 10 9 12 14 9
1617 10 9 12 15 9
1618 11 9 12 13 9
1619 11 9 12 14 9
1620 11 9 12 15 9
1621 9 12 15 16 9
1622 9 12 15 17 9
1623 9 12 15 18 9
1624 13 12 15 16 9
1625 13 12 15 17 9
1626 13 12 15 18 9
1627 14 12 15 16 9
1628 14 12 15 17 9
1629 14 12 15 18 9
1630 12 15 18 19 9
1631 12 15 18 20 9
1632 12 15 18 23 9
1633 16 15 18 19 9
1634 16 15 18 20 9
1635 16 15 18 23 9
1636 17 15 18 19 9
1637 17 15 18 20 9
1638 17 15 18 23 9
1639 15 18 23 24 9
1640 15 18 23 25 9
1641 15 18 23 26 9
1642 19 18 23 24 9
1643 19 18 23 25 9
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1645 20 18 23 24 9
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1647 20 18 23 26 9
1648 7 27 29 30 9
1649 7 27 29 31 9
1650 28 27 29 30 9
1651 28 27 29 31 9
1652 27 29 31 32 9
1653 27 29 31 33 9
1654 27 29 31 38 9
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1675 35 33 36 37 9
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1679 39 38 40 42 9
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1681 38 40 42 44 9
1682 38 40 42 45 9
1683 41 40 42 43 9
1684 41 40 42 44 9
1685 41 40 42 45 9
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1687 40 42 45 47 9
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1699 48 47 49 50 9
1700 48 47 49 51 9
1701 48 47 49 66 9
1702 47 49 51 52 9
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1704 47 49 51 54 9
1705 50 49 51 52 9
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1709 66 49 51 53 9
1710 66 49 51 54 9
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1714 50 49 66 68 9
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1719 52 51 54 55 9
1720 52 51 54 62 9
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1722 53 51 54 62 9
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2076 196 186 190 191 9
2077 196 186 190 192 9
2078 196 186 190 193 9
2079 184 186 196 197 9
2080 184 186 196 198 9
2081 184 186 196 199 9
2082 187 186 196 197 9
2083 187 186 196 198 9
2084 187 186 196 199 9
2085 190 186 196 197 9
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2087 190 186 196 199 9
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2094 200 202 204 211 9
2095 203 202 204 205 9
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2105 211 204 206 208 9
2106 211 204 206 209 9
2107 202 204 211 212 9
2108 202 204 211 213 9
2109 205 204 211 212 9
2110 205 204 211 213 9
2111 206 204 211 212 9
2112 206 204 211 213 9
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2114 207 206 209 210 9
2115 208 206 209 210 9
2116 204 211 213 214 9
2117 204 211 213 215 9
2118 212 211 213 214 9
2119 212 211 213 215 9
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2121 211 213 215 217 9
2122 211 213 215 218 9
2123 214 213 215 216 9
2124 214 213 215 217 9
2125 214 213 215 218 9
2126 213 215 218 219 9
2127 213 215 218 220 9
2128 216 215 218 219 9
2129 216 215 218 220 9
2130 217 215 218 219 9
2131 217 215 218 220 9
2132 215 218 220 221 9
2133 215 218 220 222 9
2134 219 218 220 221 9
2135 219 218 220 222 9
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2137 218 220 222 226 9
2138 218 220 222 230 9
2139 221 220 222 223 9
2140 221 220 222 226 9
2141 221 220 222 230 9
2142 220 222 226 227 9
2143 220 222 226 228 9
2144 220 222 226 229 9
2145 223 222 226 227 9
2146 223 222 226 228 9
2147 223 222 226 229 9
2148 230 222 226 227 9
2149 230 222 226 228 9
2150 230 222 226 229 9
2151 220 222 230 231 9
2152 220 222 230 232 9
2153 223 222 230 231 9
2154 223 222 230 232 9
2155 226 222 230 231 9
2156 226 222 230 232 9
2157 222 230 232 233 9
2158 222 230 232 236 9
2159 231 230 232 233 9
2160 231 230 232 236 9
2161 230 232 233 234 9
2162 230 232 233 235 9
2163 230 232 233 241 9
2164 236 232 233 234 9
2165 236 232 233 235 9
2166 236 232 233 241 9
2167 230 232 236 237 9
2168 230 232 236 238 9
2169 230 232 236 244 9
2170 233 232 236 237 9
2171 233 232 236 238 9
2172 233 232 236 244 9
2173 232 233 241 238 9
2174 232 233 241 242 9
2175 232 233 241 243 9
2176 234 233 241 238 9
2177 234 233 241 242 9
2178 234 233 241 243 9
2179 235 233 241 238 9
2180 235 233 241 242 9
2181 235 233 241 243 9
2182 232 236 238 239 9
2183 232 236 238 240 9
2184 232 236 238 241 9
2185 237 236 238 239 9
2186 237 236 238 240 9
2187 237 236 238 241 9
2188 244 236 238 239 9
2189 244 236 238 240 9
2190 244 236 238 241 9
2191 232 236 244 245 9
2192 232 236 244 246 9
2193 237 236 244 245 9
2194 237 236 244 246 9
2195 238 236 244 245 9
2196 238 236 244 246 9
2197 236 238 241 233 9
2198 236 238 241 242 9
2199 236 238 241 243 9
2200 239 238 241 233 9
2201 239 238 241 242 9
2202 239 238 241 243 9
2203 240 238 241 233 9
2204 240 238 241 242 9
2205 240 238 241 243 9
2207 [ dihedrals ]
2208 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2209 27 7 29 28 2
2210 29 27 31 30 2
2211 38 31 40 39 2
2212 40 38 42 41 2
2213 45 42 47 46 2
2214 47 45 49 48 2
2215 66 49 68 67 2
2216 68 66 70 69 2
2217 75 72 77 76 2
2218 78 70 80 79 2
2219 80 78 82 81 2
2220 90 82 92 91 2
2221 92 90 96 93 2
2222 104 96 106 105 2
2223 106 104 108 107 2
2224 124 108 126 125 2
2225 126 124 128 127 2
2226 140 128 142 141 2
2227 142 140 144 143 2
2228 163 144 165 164 2
2229 165 163 167 166 2
2230 174 172 176 175 2
2231 174 176 172 175 2
2232 176 174 178 177 2
2233 176 178 174 177 2
2234 178 173 176 179 2
2235 178 176 173 179 2
2236 180 167 182 181 2
2237 182 180 184 183 2
2238 200 184 202 201 2
2239 202 200 204 203 2
2240 211 204 213 212 2
2241 213 211 215 214 2
2242 218 215 220 219 2
2243 220 218 222 221 2
2244 230 222 232 231 2
2245 232 230 236 233 2
2246 244 236 246 245 2
2248 [ cmap ]
2249 ; ai aj ak al am funct
2250 27 29 31 38 40 1
2251 38 40 42 45 47 1
2252 45 47 49 66 68 1
2253 66 68 70 78 80 1
2254 78 80 82 90 92 1
2255 90 92 96 104 106 1
2256 104 106 108 124 126 1
2257 124 126 128 140 142 1
2258 140 142 144 163 165 1
2259 163 165 167 180 182 1
2260 180 182 184 200 202 1
2261 200 202 204 211 213 1
2262 211 213 215 218 220 1
2263 218 220 222 230 232 1
2265 [ virtual_sites3 ]
2266 ; ai aj ak al funct c0 c1
2267 3 7 1 2 1
2268 4 7 1 2 1
2269 23 18 21 22 1
2270 24 18 21 22 1
2271 86 82 84 85 1
2272 87 82 84 85 1
2273 136 130 134 135 1
2274 137 130 134 135 1
2275 150 146 148 149 1
2276 151 146 148 149 1
2277 159 154 157 158 1
2278 160 154 157 158 1
2279 190 186 188 189 1
2280 191 186 188 189 1
2281 196 186 194 195 1
2282 197 186 194 195 1
2283 226 222 224 225 1
2284 227 222 224 225 1
2286 [ virtual_sites3 ]
2287 ; ai aj ak al funct c0 c1
2288 30 29 27 31 2
2289 41 40 38 42 2
2290 48 47 45 49 2
2291 56 55 54 57 2
2292 58 57 55 59 2
2293 63 62 54 64 2
2294 65 64 59 62 2
2295 69 68 66 70 2
2296 81 80 78 82 2
2297 107 106 104 108 2
2298 115 114 113 116 2
2299 117 116 114 118 2
2300 119 118 116 122 2
2301 121 120 113 122 2
2302 123 122 118 120 2
2303 127 126 124 128 2
2304 143 142 140 144 2
2305 166 165 163 167 2
2306 175 174 172 176 2
2307 177 176 174 178 2
2308 179 178 173 176 2
2309 183 182 180 184 2
2310 203 202 200 204 2
2311 214 213 211 215 2
2312 221 220 218 222 2
2314 [ virtual_sites3 ]
2315 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2
2316 5 7 1 2 -4
2317 6 7 1 2 4
2318 10 9 7 12 4
2319 11 9 7 12 -4
2320 13 12 9 15 4
2321 14 12 9 15 -4
2322 16 15 12 18 4
2323 17 15 12 18 -4
2324 19 18 15 23 4
2325 20 18 15 23 -4
2326 25 18 21 22 -4
2327 26 18 21 22 4
2328 34 33 31 36 4
2329 35 33 31 36 -4
2330 43 42 40 45 4
2331 44 42 40 45 -4
2332 52 51 49 54 4
2333 53 51 49 54 -4
2334 73 72 70 75 4
2335 74 72 70 75 -4
2336 88 82 84 85 -4
2337 89 82 84 85 4
2338 94 93 92 101 4
2339 95 93 92 101 -4
2340 99 98 96 101 4
2341 100 98 96 101 -4
2342 102 101 93 98 4
2343 103 101 93 98 -4
2344 111 110 108 113 4
2345 112 110 108 113 -4
2346 138 130 134 135 -4
2347 139 130 134 135 4
2348 152 146 148 149 -4
2349 153 146 148 149 4
2350 155 154 146 159 4
2351 156 154 146 159 -4
2352 161 154 157 158 -4
2353 162 154 157 158 4
2354 170 169 167 173 4
2355 171 169 167 173 -4
2356 192 186 188 189 -4
2357 193 186 188 189 4
2358 198 186 194 195 -4
2359 199 186 194 195 4
2360 207 206 204 209 4
2361 208 206 204 209 -4
2362 216 215 213 218 4
2363 217 215 213 218 -4
2364 228 222 224 225 -4
2365 229 222 224 225 4
2366 234 233 232 241 4
2367 235 233 232 241 -4
2368 239 238 236 241 4
2369 240 238 236 241 -4
2370 242 241 233 238 4
2371 243 241 233 238 -4
2373 [ virtual_sites4 ]
2374 ; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
2375 8 7 3 9 27 2
2376 32 31 29 33 38 2
2377 50 49 47 51 66 2
2378 71 70 68 72 78 2
2379 83 82 80 86 90 2
2380 97 96 92 98 104 2
2381 109 108 106 110 124 2
2382 129 128 126 130 140 2
2383 131 130 132 128 136 2
2384 145 144 142 146 163 2
2385 147 146 144 150 154 2
2386 168 167 165 169 180 2
2387 185 184 182 186 200 2
2388 187 186 184 190 196 2
2389 205 204 202 206 211 2
2390 223 222 220 226 230 2
2391 237 236 232 238 244 2
2393 ; Include Position restraint file
2394 #ifdef POSRES
2395 #include "posre.itp"
2396 #endif
2398 ; Include water topology
2399 #include "charmm27.ff/tip3p.itp"
2401 #ifdef POSRES_WATER
2402 ; Position restraint for each water oxygen
2403 [ position_restraints ]
2404 ; i funct fcx fcy fcz
2405 1 1 1000 1000 1000
2406 #endif
2408 ; Include topology for ions
2409 #include "charmm27.ff/ions.itp"
2411 [ system ]
2412 ; Name
2413 Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2415 [ molecules ]
2416 ; Compound #mols
2417 Protein 1
2418 ]]></String>
2419 </File>
2420 </OutputFiles>
2421 </ReferenceData>