[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForOplsaa_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_0.xml
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4 <OutputFiles Name="Files">
5 <File Name="-o">
6 <GroFile Name="Header">
7 <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">252</Int>
9 </GroFile>
10 </File>
11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
33 1 opls_287 2 ALA N 1 -0.3 14.0027
34 2 opls_290 2 ALA H1 1 0.33 1.008
35 3 opls_290 2 ALA H2 1 0.33 1.008
36 4 opls_290 2 ALA H3 1 0.33 1.008
37 5 opls_293B 2 ALA CA 1 0.25 12.011
38 6 opls_140 2 ALA HA 1 0.06 1.008
39 7 opls_135 2 ALA CB 2 -0.18 12.011
40 8 opls_140 2 ALA HB1 2 0.06 1.008
41 9 opls_140 2 ALA HB2 2 0.06 1.008
42 10 opls_140 2 ALA HB3 2 0.06 1.008
43 11 opls_235 2 ALA C 3 0.5 12.011
44 12 opls_236 2 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
45 ; residue 3 CYS rtp CYSH q 0.0
46 13 opls_238 3 CYS N 4 -0.5 14.0067
47 14 opls_241 3 CYS H 4 0.3 1.008
48 15 opls_224B 3 CYS CA 4 0.14 12.011
49 16 opls_140 3 CYS HA 4 0.06 1.008
50 17 opls_206 3 CYS CB 5 0.06 12.011
51 18 opls_140 3 CYS HB1 5 0.06 1.008
52 19 opls_140 3 CYS HB2 5 0.06 1.008
53 20 opls_200 3 CYS SG 6 -0.335 32.06
54 21 opls_204 3 CYS HG 6 0.155 1.008
55 22 opls_235 3 CYS C 7 0.5 12.011
56 23 opls_236 3 CYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 1
57 ; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
58 24 opls_238 4 ASP N 8 -0.5 14.0067
59 25 opls_241 4 ASP H 8 0.3 1.008
60 26 opls_224B 4 ASP CA 8 0.14 12.011
61 27 opls_140 4 ASP HA 8 0.06 1.008
62 28 opls_274 4 ASP CB 9 -0.22 12.011
63 29 opls_140 4 ASP HB1 9 0.06 1.008
64 30 opls_140 4 ASP HB2 9 0.06 1.008
65 31 opls_271 4 ASP CG 10 0.7 12.011
66 32 opls_272 4 ASP OD1 10 -0.8 15.9994
67 33 opls_272 4 ASP OD2 10 -0.8 15.9994
68 34 opls_235 4 ASP C 11 0.5 12.011
69 35 opls_236 4 ASP O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 0
70 ; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
71 36 opls_238 5 GLU N 12 -0.5 14.0067
72 37 opls_241 5 GLU H 12 0.3 1.008
73 38 opls_224B 5 GLU CA 12 0.14 12.011
74 39 opls_140 5 GLU HA 12 0.06 1.008
75 40 opls_136 5 GLU CB 13 -0.12 12.011
76 41 opls_140 5 GLU HB1 13 0.06 1.008
77 42 opls_140 5 GLU HB2 13 0.06 1.008
78 43 opls_274 5 GLU CG 14 -0.22 12.011
79 44 opls_140 5 GLU HG1 14 0.06 1.008
80 45 opls_140 5 GLU HG2 14 0.06 1.008
81 46 opls_271 5 GLU CD 15 0.7 12.011
82 47 opls_272 5 GLU OE1 15 -0.8 15.9994
83 48 opls_272 5 GLU OE2 15 -0.8 15.9994
84 49 opls_235 5 GLU C 16 0.5 12.011
85 50 opls_236 5 GLU O 16 -0.5 15.9994 ; qtot -1
86 ; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
87 51 opls_238 6 PHE N 17 -0.5 14.0067
88 52 opls_241 6 PHE H 17 0.3 1.008
89 53 opls_224B 6 PHE CA 17 0.14 12.011
90 54 opls_140 6 PHE HA 17 0.06 1.008
91 55 opls_149 6 PHE CB 18 -0.005 12.011
92 56 opls_140 6 PHE HB1 18 0.06 1.008
93 57 opls_140 6 PHE HB2 18 0.06 1.008
94 58 opls_145 6 PHE CG 18 -0.115 12.011
95 59 opls_145 6 PHE CD1 19 -0.115 12.011
96 60 opls_146 6 PHE HD1 19 0.115 1.008
97 61 opls_145 6 PHE CD2 20 -0.115 12.011
98 62 opls_146 6 PHE HD2 20 0.115 1.008
99 63 opls_145 6 PHE CE1 21 -0.115 12.011
100 64 opls_146 6 PHE HE1 21 0.115 1.008
101 65 opls_145 6 PHE CE2 22 -0.115 12.011
102 66 opls_146 6 PHE HE2 22 0.115 1.008
103 67 opls_145 6 PHE CZ 23 -0.115 12.011
104 68 opls_146 6 PHE HZ 23 0.115 1.008
105 69 opls_235 6 PHE C 24 0.5 12.011
106 70 opls_236 6 PHE O 24 -0.5 15.9994 ; qtot -1
107 ; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
108 71 opls_238 7 GLY N 25 -0.5 14.0067
109 72 opls_241 7 GLY H 25 0.3 1.008
110 73 opls_223B 7 GLY CA 25 0.08 12.011
111 74 opls_140 7 GLY HA1 25 0.06 1.008
112 75 opls_140 7 GLY HA2 25 0.06 1.008
113 76 opls_235 7 GLY C 26 0.5 12.011
114 77 opls_236 7 GLY O 26 -0.5 15.9994 ; qtot -1
115 ; residue 8 HIS rtp HISE q 0.0
116 78 opls_238 8 HIS N 27 -0.5 14.0067
117 79 opls_241 8 HIS H 27 0.3 1.008
118 80 opls_224B 8 HIS CA 27 0.14 12.011
119 81 opls_140 8 HIS HA 27 0.06 1.008
120 82 opls_505 8 HIS CB 28 -0.005 12.011
121 83 opls_140 8 HIS HB1 28 0.06 1.008
122 84 opls_140 8 HIS HB2 28 0.06 1.008
123 85 opls_507 8 HIS CG 29 -0.015 12.011
124 86 opls_511 8 HIS ND1 29 -0.49 14.0067
125 87 opls_508 8 HIS CD2 30 0.015 12.011
126 88 opls_146 8 HIS HD2 30 0.115 1.008
127 89 opls_506 8 HIS CE1 31 0.295 12.011
128 90 opls_146 8 HIS HE1 31 0.115 1.008
129 91 opls_503 8 HIS NE2 32 -0.57 14.0067
130 92 opls_504 8 HIS HE2 32 0.42 1.008
131 93 opls_235 8 HIS C 33 0.5 12.011
132 94 opls_236 8 HIS O 33 -0.5 15.9994 ; qtot -1
133 ; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
134 95 opls_238 9 ILE N 34 -0.5 14.0067
135 96 opls_241 9 ILE H 34 0.3 1.008
136 97 opls_224B 9 ILE CA 34 0.14 12.011
137 98 opls_140 9 ILE HA 34 0.06 1.008
138 99 opls_137 9 ILE CB 35 -0.06 12.011
139 100 opls_140 9 ILE HB 35 0.06 1.008
140 101 opls_136 9 ILE CG1 36 -0.12 12.011
141 102 opls_140 9 ILE HG11 36 0.06 1.008
142 103 opls_140 9 ILE HG12 36 0.06 1.008
143 104 opls_135 9 ILE CG2 37 -0.18 12.011
144 105 opls_140 9 ILE HG21 37 0.06 1.008
145 106 opls_140 9 ILE HG22 37 0.06 1.008
146 107 opls_140 9 ILE HG23 37 0.06 1.008
147 108 opls_135 9 ILE CD 38 -0.18 12.011
148 109 opls_140 9 ILE HD1 38 0.06 1.008
149 110 opls_140 9 ILE HD2 38 0.06 1.008
150 111 opls_140 9 ILE HD3 38 0.06 1.008
151 112 opls_235 9 ILE C 39 0.5 12.011
152 113 opls_236 9 ILE O 39 -0.5 15.9994 ; qtot -1
153 ; residue 10 LYS rtp LYSH q +1.0
154 114 opls_238 10 LYS N 40 -0.5 14.0067
155 115 opls_241 10 LYS H 40 0.3 1.008
156 116 opls_224B 10 LYS CA 40 0.14 12.011
157 117 opls_140 10 LYS HA 40 0.06 1.008
158 118 opls_136 10 LYS CB 41 -0.12 12.011
159 119 opls_140 10 LYS HB1 41 0.06 1.008
160 120 opls_140 10 LYS HB2 41 0.06 1.008
161 121 opls_136 10 LYS CG 42 -0.12 12.011
162 122 opls_140 10 LYS HG1 42 0.06 1.008
163 123 opls_140 10 LYS HG2 42 0.06 1.008
164 124 opls_136 10 LYS CD 43 -0.12 12.011
165 125 opls_140 10 LYS HD1 43 0.06 1.008
166 126 opls_140 10 LYS HD2 43 0.06 1.008
167 127 opls_292 10 LYS CE 44 0.19 12.011
168 128 opls_140 10 LYS HE1 44 0.06 1.008
169 129 opls_140 10 LYS HE2 44 0.06 1.008
170 130 opls_287 10 LYS NZ 45 -0.3 14.0067
171 131 opls_290 10 LYS HZ1 45 0.33 1.008
172 132 opls_290 10 LYS HZ2 45 0.33 1.008
173 133 opls_290 10 LYS HZ3 45 0.33 1.008
174 134 opls_235 10 LYS C 46 0.5 12.011
175 135 opls_236 10 LYS O 46 -0.5 15.9994 ; qtot 0
176 ; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
177 136 opls_238 11 LEU N 47 -0.5 14.0067
178 137 opls_241 11 LEU H 47 0.3 1.008
179 138 opls_224B 11 LEU CA 47 0.14 12.011
180 139 opls_140 11 LEU HA 47 0.06 1.008
181 140 opls_136 11 LEU CB 48 -0.12 12.011
182 141 opls_140 11 LEU HB1 48 0.06 1.008
183 142 opls_140 11 LEU HB2 48 0.06 1.008
184 143 opls_137 11 LEU CG 49 -0.06 12.011
185 144 opls_140 11 LEU HG 49 0.06 1.008
186 145 opls_135 11 LEU CD1 50 -0.18 12.011
187 146 opls_140 11 LEU HD11 50 0.06 1.008
188 147 opls_140 11 LEU HD12 50 0.06 1.008
189 148 opls_140 11 LEU HD13 50 0.06 1.008
190 149 opls_135 11 LEU CD2 51 -0.18 12.011
191 150 opls_140 11 LEU HD21 51 0.06 1.008
192 151 opls_140 11 LEU HD22 51 0.06 1.008
193 152 opls_140 11 LEU HD23 51 0.06 1.008
194 153 opls_235 11 LEU C 52 0.5 12.011
195 154 opls_236 11 LEU O 52 -0.5 15.9994 ; qtot 0
196 ; residue 12 MET rtp MET q 0.0
197 155 opls_238 12 MET N 53 -0.5 14.0067
198 156 opls_241 12 MET H 53 0.3 1.008
199 157 opls_224B 12 MET CA 53 0.14 12.011
200 158 opls_140 12 MET HA 53 0.06 1.008
201 159 opls_136 12 MET CB 54 -0.12 12.011
202 160 opls_140 12 MET HB1 54 0.06 1.008
203 161 opls_140 12 MET HB2 54 0.06 1.008
204 162 opls_210 12 MET CG 55 0.048 12.011
205 163 opls_140 12 MET HG1 55 0.06 1.008
206 164 opls_140 12 MET HG2 55 0.06 1.008
207 165 opls_202 12 MET SD 56 -0.335 32.06
208 166 opls_209 12 MET CE 57 -0.013 12.011
209 167 opls_140 12 MET HE1 57 0.06 1.008
210 168 opls_140 12 MET HE2 57 0.06 1.008
211 169 opls_140 12 MET HE3 57 0.06 1.008
212 170 opls_235 12 MET C 58 0.5 12.011
213 171 opls_236 12 MET O 58 -0.5 15.9994 ; qtot 0
214 ; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
215 172 opls_238 13 ASN N 59 -0.5 14.0067
216 173 opls_241 13 ASN H 59 0.3 1.008
217 174 opls_224B 13 ASN CA 60 0.14 12.011
218 175 opls_140 13 ASN HA 60 0.06 1.008
219 176 opls_136 13 ASN CB 61 -0.12 12.011
220 177 opls_140 13 ASN HB1 61 0.06 1.008
221 178 opls_140 13 ASN HB2 61 0.06 1.008
222 179 opls_235 13 ASN CG 62 0.5 12.011
223 180 opls_236 13 ASN OD1 62 -0.5 15.9994
224 181 opls_237 13 ASN ND2 63 -0.76 14.0067
225 182 opls_240 13 ASN HD21 63 0.38 1.008
226 183 opls_240 13 ASN HD22 63 0.38 1.008
227 184 opls_235 13 ASN C 64 0.5 12.011
228 185 opls_236 13 ASN O 64 -0.5 15.9994 ; qtot 0
229 ; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
230 186 opls_239 14 PRO N 65 -0.14 14.0067
231 187 opls_246 14 PRO CA 65 0.01 12.011
232 188 opls_140 14 PRO HA 65 0.06 1.008
233 189 opls_136 14 PRO CB 66 -0.12 12.011
234 190 opls_140 14 PRO HB1 66 0.06 1.008
235 191 opls_140 14 PRO HB2 66 0.06 1.008
236 192 opls_136 14 PRO CG 67 -0.12 12.011
237 193 opls_140 14 PRO HG1 67 0.06 1.008
238 194 opls_140 14 PRO HG2 67 0.06 1.008
239 195 opls_245 14 PRO CD 68 -0.05 12.011
240 196 opls_140 14 PRO HD1 68 0.06 1.008
241 197 opls_140 14 PRO HD2 68 0.06 1.008
242 198 opls_235 14 PRO C 69 0.5 12.011
243 199 opls_236 14 PRO O 69 -0.5 15.9994 ; qtot 0
244 ; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
245 200 opls_238 15 GLN N 70 -0.5 14.0067
246 201 opls_241 15 GLN H 70 0.3 1.008
247 202 opls_224B 15 GLN CA 71 0.14 12.011
248 203 opls_140 15 GLN HA 71 0.06 1.008
249 204 opls_136 15 GLN CB 72 -0.12 12.011
250 205 opls_140 15 GLN HB1 72 0.06 1.008
251 206 opls_140 15 GLN HB2 72 0.06 1.008
252 207 opls_136 15 GLN CG 73 -0.12 12.011
253 208 opls_140 15 GLN HG1 73 0.06 1.008
254 209 opls_140 15 GLN HG2 73 0.06 1.008
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256 211 opls_236 15 GLN OE1 74 -0.5 15.9994
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1211 [ angles ]
1212 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1213 2 1 3 1
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1663 246 245 247 1
1664 246 245 248 1
1665 247 245 248 1
1666 245 248 249 1
1667 243 250 251 1
1668 243 250 252 1
1669 251 250 252 1
1671 [ dihedrals ]
1672 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1673 2 1 5 6 3
1674 2 1 5 7 3
1675 2 1 5 11 3
1676 3 1 5 6 3
1677 3 1 5 7 3
1678 3 1 5 11 3
1679 4 1 5 6 3
1680 4 1 5 7 3
1681 4 1 5 11 3
1682 1 5 7 8 3
1683 1 5 7 9 3
1684 1 5 7 10 3
1685 6 5 7 8 3
1686 6 5 7 9 3
1687 6 5 7 10 3
1688 11 5 7 8 3
1689 11 5 7 9 3
1690 11 5 7 10 3
1691 1 5 11 12 3
1692 1 5 11 13 3
1693 6 5 11 12 3
1694 6 5 11 13 3
1695 7 5 11 12 3
1696 7 5 11 13 3
1697 5 11 13 14 3
1698 5 11 13 15 3
1699 12 11 13 14 3
1700 12 11 13 15 3
1701 11 13 15 16 3
1702 11 13 15 17 3
1703 11 13 15 22 3
1704 14 13 15 16 3
1705 14 13 15 17 3
1706 14 13 15 22 3
1707 13 15 17 20 3 dih_CYS_chi1_N_C_C_S
1708 22 15 17 20 3 dih_CYS_chi1_CO_C_C_S
1709 13 15 17 18 3
1710 13 15 17 19 3
1711 16 15 17 18 3
1712 16 15 17 19 3
1713 16 15 17 20 3
1714 22 15 17 18 3
1715 22 15 17 19 3
1716 13 15 22 23 3
1717 13 15 22 24 3
1718 16 15 22 23 3
1719 16 15 22 24 3
1720 17 15 22 23 3
1721 17 15 22 24 3
1722 15 17 20 21 3
1723 18 17 20 21 3
1724 19 17 20 21 3
1725 15 22 24 25 3
1726 15 22 24 26 3
1727 23 22 24 25 3
1728 23 22 24 26 3
1729 22 24 26 27 3
1730 22 24 26 28 3
1731 22 24 26 34 3
1732 25 24 26 27 3
1733 25 24 26 28 3
1734 25 24 26 34 3
1735 24 26 28 31 3 dih_ASP_chi1_N_C_C_C
1736 34 26 28 31 3 dih_ASP_chi1_C_C_C_CO
1737 24 26 28 29 3
1738 24 26 28 30 3
1739 27 26 28 29 3
1740 27 26 28 30 3
1741 27 26 28 31 3
1742 34 26 28 29 3
1743 34 26 28 30 3
1744 24 26 34 35 3
1745 24 26 34 36 3
1746 27 26 34 35 3
1747 27 26 34 36 3
1748 28 26 34 35 3
1749 28 26 34 36 3
1750 26 28 31 32 3
1751 26 28 31 33 3
1752 29 28 31 32 3
1753 29 28 31 33 3
1754 30 28 31 32 3
1755 30 28 31 33 3
1756 26 34 36 37 3
1757 26 34 36 38 3
1758 35 34 36 37 3
1759 35 34 36 38 3
1760 34 36 38 39 3
1761 34 36 38 40 3
1762 34 36 38 49 3
1763 37 36 38 39 3
1764 37 36 38 40 3
1765 37 36 38 49 3
1766 36 38 40 43 3 dih_GLU_chi1_N_C_C_C
1767 49 38 40 43 3 dih_GLU_chi1_C_C_C_CO
1768 36 38 40 41 3
1769 36 38 40 42 3
1770 39 38 40 41 3
1771 39 38 40 42 3
1772 39 38 40 43 3
1773 49 38 40 41 3
1774 49 38 40 42 3
1775 36 38 49 50 3
1776 36 38 49 51 3
1777 39 38 49 50 3
1778 39 38 49 51 3
1779 40 38 49 50 3
1780 40 38 49 51 3
1781 38 40 43 44 3
1782 38 40 43 45 3
1783 38 40 43 46 3
1784 41 40 43 44 3
1785 41 40 43 45 3
1786 41 40 43 46 3
1787 42 40 43 44 3
1788 42 40 43 45 3
1789 42 40 43 46 3
1790 40 43 46 47 3
1791 40 43 46 48 3
1792 44 43 46 47 3
1793 44 43 46 48 3
1794 45 43 46 47 3
1795 45 43 46 48 3
1796 38 49 51 52 3
1797 38 49 51 53 3
1798 50 49 51 52 3
1799 50 49 51 53 3
1800 49 51 53 54 3
1801 49 51 53 55 3
1802 49 51 53 69 3
1803 52 51 53 54 3
1804 52 51 53 55 3
1805 52 51 53 69 3
1806 51 53 55 56 3
1807 51 53 55 57 3
1808 51 53 55 58 3
1809 54 53 55 56 3
1810 54 53 55 57 3
1811 54 53 55 58 3
1812 69 53 55 56 3
1813 69 53 55 57 3
1814 69 53 55 58 3
1815 51 53 69 70 3
1816 51 53 69 71 3
1817 54 53 69 70 3
1818 54 53 69 71 3
1819 55 53 69 70 3
1820 55 53 69 71 3
1821 53 55 58 59 3
1822 53 55 58 61 3
1823 56 55 58 59 3
1824 56 55 58 61 3
1825 57 55 58 59 3
1826 57 55 58 61 3
1827 55 58 59 60 3
1828 55 58 59 63 3
1829 61 58 59 60 3
1830 61 58 59 63 3
1831 55 58 61 62 3
1832 55 58 61 65 3
1833 59 58 61 62 3
1834 59 58 61 65 3
1835 58 59 63 64 3
1836 58 59 63 67 3
1837 60 59 63 64 3
1838 60 59 63 67 3
1839 58 61 65 66 3
1840 58 61 65 67 3
1841 62 61 65 66 3
1842 62 61 65 67 3
1843 59 63 67 65 3
1844 59 63 67 68 3
1845 64 63 67 65 3
1846 64 63 67 68 3
1847 61 65 67 63 3
1848 61 65 67 68 3
1849 66 65 67 63 3
1850 66 65 67 68 3
1851 53 69 71 72 3
1852 53 69 71 73 3
1853 70 69 71 72 3
1854 70 69 71 73 3
1855 69 71 73 74 3
1856 69 71 73 75 3
1857 69 71 73 76 3
1858 72 71 73 74 3
1859 72 71 73 75 3
1860 72 71 73 76 3
1861 71 73 76 77 3
1862 71 73 76 78 3
1863 74 73 76 77 3
1864 74 73 76 78 3
1865 75 73 76 77 3
1866 75 73 76 78 3
1867 73 76 78 79 3
1868 73 76 78 80 3
1869 77 76 78 79 3
1870 77 76 78 80 3
1871 76 78 80 81 3
1872 76 78 80 82 3
1873 76 78 80 93 3
1874 79 78 80 81 3
1875 79 78 80 82 3
1876 79 78 80 93 3
1877 78 80 82 85 3 dih_HIS_chi1_N_C_C_C
1878 93 80 82 85 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
1879 78 80 82 83 3
1880 78 80 82 84 3
1881 81 80 82 83 3
1882 81 80 82 84 3
1883 81 80 82 85 3
1884 93 80 82 83 3
1885 93 80 82 84 3
1886 78 80 93 94 3
1887 78 80 93 95 3
1888 81 80 93 94 3
1889 81 80 93 95 3
1890 82 80 93 94 3
1891 82 80 93 95 3
1892 80 82 85 86 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
1893 80 82 85 87 3
1894 83 82 85 86 3
1895 83 82 85 87 3
1896 84 82 85 86 3
1897 84 82 85 87 3
1898 82 85 86 89 3
1899 87 85 86 89 3
1900 82 85 87 88 3
1901 82 85 87 91 3
1902 86 85 87 88 3
1903 86 85 87 91 3
1904 85 86 89 90 3
1905 85 86 89 91 3
1906 85 87 91 89 3
1907 85 87 91 92 3
1908 88 87 91 89 3
1909 88 87 91 92 3
1910 86 89 91 87 3
1911 86 89 91 92 3
1912 90 89 91 87 3
1913 90 89 91 92 3
1914 80 93 95 96 3
1915 80 93 95 97 3
1916 94 93 95 96 3
1917 94 93 95 97 3
1918 93 95 97 98 3
1919 93 95 97 99 3
1920 93 95 97 112 3
1921 96 95 97 98 3
1922 96 95 97 99 3
1923 96 95 97 112 3
1924 95 97 99 101 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
1925 95 97 99 104 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
1926 112 97 99 101 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
1927 112 97 99 104 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
1928 95 97 99 100 3
1929 98 97 99 100 3
1930 98 97 99 101 3
1931 98 97 99 104 3
1932 112 97 99 100 3
1933 95 97 112 113 3
1934 95 97 112 114 3
1935 98 97 112 113 3
1936 98 97 112 114 3
1937 99 97 112 113 3
1938 99 97 112 114 3
1939 97 99 101 102 3
1940 97 99 101 103 3
1941 97 99 101 108 3
1942 100 99 101 102 3
1943 100 99 101 103 3
1944 100 99 101 108 3
1945 104 99 101 102 3
1946 104 99 101 103 3
1947 104 99 101 108 3
1948 97 99 104 105 3
1949 97 99 104 106 3
1950 97 99 104 107 3
1951 100 99 104 105 3
1952 100 99 104 106 3
1953 100 99 104 107 3
1954 101 99 104 105 3
1955 101 99 104 106 3
1956 101 99 104 107 3
1957 99 101 108 109 3
1958 99 101 108 110 3
1959 99 101 108 111 3
1960 102 101 108 109 3
1961 102 101 108 110 3
1962 102 101 108 111 3
1963 103 101 108 109 3
1964 103 101 108 110 3
1965 103 101 108 111 3
1966 97 112 114 115 3
1967 97 112 114 116 3
1968 113 112 114 115 3
1969 113 112 114 116 3
1970 112 114 116 117 3
1971 112 114 116 118 3
1972 112 114 116 134 3
1973 115 114 116 117 3
1974 115 114 116 118 3
1975 115 114 116 134 3
1976 114 116 118 121 3 dih_LYS_chi1_N_C_C_C
1977 134 116 118 121 3 dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
1978 114 116 118 119 3
1979 114 116 118 120 3
1980 117 116 118 119 3
1981 117 116 118 120 3
1982 117 116 118 121 3
1983 134 116 118 119 3
1984 134 116 118 120 3
1985 114 116 134 135 3
1986 114 116 134 136 3
1987 117 116 134 135 3
1988 117 116 134 136 3
1989 118 116 134 135 3
1990 118 116 134 136 3
1991 116 118 121 122 3
1992 116 118 121 123 3
1993 116 118 121 124 3
1994 119 118 121 122 3
1995 119 118 121 123 3
1996 119 118 121 124 3
1997 120 118 121 122 3
1998 120 118 121 123 3
1999 120 118 121 124 3
2000 118 121 124 125 3
2001 118 121 124 126 3
2002 118 121 124 127 3
2003 122 121 124 125 3
2004 122 121 124 126 3
2005 122 121 124 127 3
2006 123 121 124 125 3
2007 123 121 124 126 3
2008 123 121 124 127 3
2009 121 124 127 128 3
2010 121 124 127 129 3
2011 121 124 127 130 3
2012 125 124 127 128 3
2013 125 124 127 129 3
2014 125 124 127 130 3
2015 126 124 127 128 3
2016 126 124 127 129 3
2017 126 124 127 130 3
2018 124 127 130 131 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
2019 124 127 130 132 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
2020 124 127 130 133 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
2021 128 127 130 131 3
2022 128 127 130 132 3
2023 128 127 130 133 3
2024 129 127 130 131 3
2025 129 127 130 132 3
2026 129 127 130 133 3
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2028 116 134 136 138 3
2029 135 134 136 137 3
2030 135 134 136 138 3
2031 134 136 138 139 3
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2332 245 243 250 252 3
2333 243 245 248 249 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
2334 246 245 248 249 3
2335 247 245 248 249 3
2337 [ dihedrals ]
2338 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2339 5 13 11 12 1 improper_O_C_X_Y
2340 11 15 13 14 1 improper_Z_N_X_Y
2341 15 24 22 23 1 improper_O_C_X_Y
2342 22 26 24 25 1 improper_Z_N_X_Y
2343 26 36 34 35 1 improper_O_C_X_Y
2344 28 32 31 33 1 improper_O_C_X_Y
2345 34 38 36 37 1 improper_Z_N_X_Y
2346 38 51 49 50 1 improper_O_C_X_Y
2347 43 47 46 48 1 improper_O_C_X_Y
2348 49 53 51 52 1 improper_Z_N_X_Y
2349 53 71 69 70 1 improper_O_C_X_Y
2350 55 58 61 59 1 improper_Z_CA_X_Y
2351 58 63 59 60 1 improper_Z_CA_X_Y
2352 58 65 61 62 1 improper_Z_CA_X_Y
2353 59 67 63 64 1 improper_Z_CA_X_Y
2354 61 67 65 66 1 improper_Z_CA_X_Y
2355 63 65 67 68 1 improper_Z_CA_X_Y
2356 69 73 71 72 1 improper_Z_N_X_Y
2357 73 78 76 77 1 improper_O_C_X_Y
2358 76 80 78 79 1 improper_Z_N_X_Y
2359 80 95 93 94 1 improper_O_C_X_Y
2360 82 85 87 86 1 improper_Z_CA_X_Y
2361 85 91 87 88 1 improper_Z_CA_X_Y
2362 86 91 89 90 1 improper_Z_CA_X_Y
2363 89 87 91 92 1 improper_Z_N_X_Y
2364 93 97 95 96 1 improper_Z_N_X_Y
2365 97 114 112 113 1 improper_O_C_X_Y
2366 112 116 114 115 1 improper_Z_N_X_Y
2367 116 136 134 135 1 improper_O_C_X_Y
2368 134 138 136 137 1 improper_Z_N_X_Y
2369 138 155 153 154 1 improper_O_C_X_Y
2370 153 157 155 156 1 improper_Z_N_X_Y
2371 157 172 170 171 1 improper_O_C_X_Y
2372 170 174 172 173 1 improper_Z_N_X_Y
2373 174 186 184 185 1 improper_O_C_X_Y
2374 176 181 179 180 1 improper_O_C_X_Y
2375 179 182 181 183 1 improper_Z_N_X_Y
2376 184 187 186 195 1 improper_Z_N_X_Y
2377 187 200 198 199 1 improper_O_C_X_Y
2378 198 202 200 201 1 improper_Z_N_X_Y
2379 202 217 215 216 1 improper_O_C_X_Y
2380 207 212 210 211 1 improper_O_C_X_Y
2381 210 213 212 214 1 improper_Z_N_X_Y
2382 215 219 217 218 1 improper_Z_N_X_Y
2383 219 241 239 240 1 improper_O_C_X_Y
2384 227 232 230 231 1 improper_Z_N_X_Y
2385 230 233 232 236 1 improper_O_C_X_Y
2386 232 234 233 235 1 improper_Z_N_X_Y
2387 232 237 236 238 1 improper_Z_N_X_Y
2388 239 243 241 242 1 improper_Z_N_X_Y
2389 243 251 250 252 1 improper_O_C_X_Y
2391 ; Include Position restraint file
2392 #ifdef POSRES
2393 #include "posre.itp"
2394 #endif
2396 ; Include water topology
2397 #include "oplsaa.ff/tip3p.itp"
2399 #ifdef POSRES_WATER
2400 ; Position restraint for each water oxygen
2401 [ position_restraints ]
2402 ; i funct fcx fcy fcz
2403 1 1 1000 1000 1000
2404 #endif
2406 ; Include topology for ions
2407 #include "oplsaa.ff/ions.itp"
2409 [ system ]
2410 ; Name
2411 Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2413 [ molecules ]
2414 ; Compound #mols
2415 Protein 1
2416 ]]></String>
2417 </File>
2418 </OutputFiles>
2419 </ReferenceData>