[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForOplsaa_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_1.xml
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4 <OutputFiles Name="Files">
5 <File Name="-o">
6 <GroFile Name="Header">
7 <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">281</Int>
9 </GroFile>
10 </File>
11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 18 THR rtp THR q +1.0
33 1 opls_287 18 THR N 1 -0.3 14.0027
34 2 opls_290 18 THR H1 1 0.33 1.008
35 3 opls_290 18 THR H2 1 0.33 1.008
36 4 opls_290 18 THR H3 1 0.33 1.008
37 5 opls_293B 18 THR CA 1 0.25 12.011
38 6 opls_140 18 THR HA 1 0.06 1.008
39 7 opls_158 18 THR CB 2 0.205 12.011
40 8 opls_140 18 THR HB 2 0.06 1.008
41 9 opls_154 18 THR OG1 2 -0.683 15.9994
42 10 opls_155 18 THR HG1 2 0.418 1.008
43 11 opls_135 18 THR CG2 3 -0.18 12.011
44 12 opls_140 18 THR HG21 3 0.06 1.008
45 13 opls_140 18 THR HG22 3 0.06 1.008
46 14 opls_140 18 THR HG23 3 0.06 1.008
47 15 opls_235 18 THR C 4 0.5 12.011
48 16 opls_236 18 THR O 4 -0.5 15.9994 ; qtot 1
49 ; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
50 17 opls_238 19 VAL N 5 -0.5 14.0067
51 18 opls_241 19 VAL H 5 0.3 1.008
52 19 opls_224B 19 VAL CA 5 0.14 12.011
53 20 opls_140 19 VAL HA 5 0.06 1.008
54 21 opls_137 19 VAL CB 6 -0.06 12.011
55 22 opls_140 19 VAL HB 6 0.06 1.008
56 23 opls_135 19 VAL CG1 7 -0.18 12.011
57 24 opls_140 19 VAL HG11 7 0.06 1.008
58 25 opls_140 19 VAL HG12 7 0.06 1.008
59 26 opls_140 19 VAL HG13 7 0.06 1.008
60 27 opls_135 19 VAL CG2 8 -0.18 12.011
61 28 opls_140 19 VAL HG21 8 0.06 1.008
62 29 opls_140 19 VAL HG22 8 0.06 1.008
63 30 opls_140 19 VAL HG23 8 0.06 1.008
64 31 opls_235 19 VAL C 9 0.5 12.011
65 32 opls_236 19 VAL O 9 -0.5 15.9994 ; qtot 1
66 ; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
67 33 opls_238 20 TRP N 10 -0.5 14.0067
68 34 opls_241 20 TRP H 10 0.3 1.008
69 35 opls_224B 20 TRP CA 10 0.14 12.011
70 36 opls_140 20 TRP HA 10 0.06 1.008
71 37 opls_136 20 TRP CB 11 -0.12 12.011
72 38 opls_140 20 TRP HB1 11 0.06 1.008
73 39 opls_140 20 TRP HB2 11 0.06 1.008
74 40 opls_500 20 TRP CG 12 0.075 12.011
75 41 opls_514 20 TRP CD1 13 -0.115 12.011
76 42 opls_146 20 TRP HD1 13 0.115 1.008
77 43 opls_501 20 TRP CD2 14 -0.055 12.011
78 44 opls_503 20 TRP NE1 15 -0.57 14.0067
79 45 opls_504 20 TRP HE1 15 0.42 1.008
80 46 opls_502 20 TRP CE2 15 0.13 12.011
81 47 opls_145 20 TRP CE3 16 -0.115 12.011
82 48 opls_146 20 TRP HE3 16 0.115 1.008
83 49 opls_145 20 TRP CZ2 17 -0.115 12.011
84 50 opls_146 20 TRP HZ2 17 0.115 1.008
85 51 opls_145 20 TRP CZ3 18 -0.115 12.011
86 52 opls_146 20 TRP HZ3 18 0.115 1.008
87 53 opls_145 20 TRP CH2 19 -0.115 12.011
88 54 opls_146 20 TRP HH2 19 0.115 1.008
89 55 opls_235 20 TRP C 20 0.5 12.011
90 56 opls_236 20 TRP O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 1
91 ; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
92 57 opls_238 21 TYR N 21 -0.5 14.0067
93 58 opls_241 21 TYR H 21 0.3 1.008
94 59 opls_224B 21 TYR CA 21 0.14 12.011
95 60 opls_140 21 TYR HA 21 0.06 1.008
96 61 opls_149 21 TYR CB 22 -0.005 12.011
97 62 opls_140 21 TYR HB1 22 0.06 1.008
98 63 opls_140 21 TYR HB2 22 0.06 1.008
99 64 opls_145 21 TYR CG 22 -0.115 12.011
100 65 opls_145 21 TYR CD1 23 -0.115 12.011
101 66 opls_146 21 TYR HD1 23 0.115 1.008
102 67 opls_145 21 TYR CD2 24 -0.115 12.011
103 68 opls_146 21 TYR HD2 24 0.115 1.008
104 69 opls_145 21 TYR CE1 25 -0.115 12.011
105 70 opls_146 21 TYR HE1 25 0.115 1.008
106 71 opls_145 21 TYR CE2 26 -0.115 12.011
107 72 opls_146 21 TYR HE2 26 0.115 1.008
108 73 opls_166 21 TYR CZ 27 0.15 12.011
109 74 opls_167 21 TYR OH 27 -0.585 15.9994
110 75 opls_168 21 TYR HH 27 0.435 1.008
111 76 opls_235 21 TYR C 28 0.5 12.011
112 77 opls_236 21 TYR O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
113 ; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
114 78 opls_238 22 LYS N 29 -0.5 14.0067
115 79 opls_241 22 LYS H 29 0.3 1.008
116 80 opls_224B 22 LYS CA 29 0.14 12.011
117 81 opls_140 22 LYS HA 29 0.06 1.008
118 82 opls_136 22 LYS CB 30 -0.12 12.011
119 83 opls_140 22 LYS HB1 30 0.06 1.008
120 84 opls_140 22 LYS HB2 30 0.06 1.008
121 85 opls_136 22 LYS CG 31 -0.12 12.011
122 86 opls_140 22 LYS HG1 31 0.06 1.008
123 87 opls_140 22 LYS HG2 31 0.06 1.008
124 88 opls_136 22 LYS CD 32 -0.12 12.011
125 89 opls_140 22 LYS HD1 32 0.06 1.008
126 90 opls_140 22 LYS HD2 32 0.06 1.008
127 91 opls_292 22 LYS CE 33 0.19 12.011
128 92 opls_140 22 LYS HE1 33 0.06 1.008
129 93 opls_140 22 LYS HE2 33 0.06 1.008
130 94 opls_287 22 LYS NZ 34 -0.3 14.0067
131 95 opls_290 22 LYS HZ1 34 0.33 1.008
132 96 opls_290 22 LYS HZ2 34 0.33 1.008
133 97 opls_290 22 LYS HZ3 34 0.33 1.008
134 98 opls_235 22 LYS C 35 0.5 12.011
135 99 opls_236 22 LYS O 35 -0.5 15.9994 ; qtot 2
136 ; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
137 100 opls_238 23 GLU N 36 -0.5 14.0067
138 101 opls_241 23 GLU H 36 0.3 1.008
139 102 opls_224B 23 GLU CA 36 0.14 12.011
140 103 opls_140 23 GLU HA 36 0.06 1.008
141 104 opls_136 23 GLU CB 37 -0.12 12.011
142 105 opls_140 23 GLU HB1 37 0.06 1.008
143 106 opls_140 23 GLU HB2 37 0.06 1.008
144 107 opls_274 23 GLU CG 38 -0.22 12.011
145 108 opls_140 23 GLU HG1 38 0.06 1.008
146 109 opls_140 23 GLU HG2 38 0.06 1.008
147 110 opls_271 23 GLU CD 39 0.7 12.011
148 111 opls_272 23 GLU OE1 39 -0.8 15.9994
149 112 opls_272 23 GLU OE2 39 -0.8 15.9994
150 113 opls_235 23 GLU C 40 0.5 12.011
151 114 opls_236 23 GLU O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
152 ; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
153 115 opls_238 24 TRP N 41 -0.5 14.0067
154 116 opls_241 24 TRP H 41 0.3 1.008
155 117 opls_224B 24 TRP CA 41 0.14 12.011
156 118 opls_140 24 TRP HA 41 0.06 1.008
157 119 opls_136 24 TRP CB 42 -0.12 12.011
158 120 opls_140 24 TRP HB1 42 0.06 1.008
159 121 opls_140 24 TRP HB2 42 0.06 1.008
160 122 opls_500 24 TRP CG 43 0.075 12.011
161 123 opls_514 24 TRP CD1 44 -0.115 12.011
162 124 opls_146 24 TRP HD1 44 0.115 1.008
163 125 opls_501 24 TRP CD2 45 -0.055 12.011
164 126 opls_503 24 TRP NE1 46 -0.57 14.0067
165 127 opls_504 24 TRP HE1 46 0.42 1.008
166 128 opls_502 24 TRP CE2 46 0.13 12.011
167 129 opls_145 24 TRP CE3 47 -0.115 12.011
168 130 opls_146 24 TRP HE3 47 0.115 1.008
169 131 opls_145 24 TRP CZ2 48 -0.115 12.011
170 132 opls_146 24 TRP HZ2 48 0.115 1.008
171 133 opls_145 24 TRP CZ3 49 -0.115 12.011
172 134 opls_146 24 TRP HZ3 49 0.115 1.008
173 135 opls_145 24 TRP CH2 50 -0.115 12.011
174 136 opls_146 24 TRP HH2 50 0.115 1.008
175 137 opls_235 24 TRP C 51 0.5 12.011
176 138 opls_236 24 TRP O 51 -0.5 15.9994 ; qtot 1
177 ; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
178 139 opls_239 25 PRO N 52 -0.14 14.0067
179 140 opls_246 25 PRO CA 52 0.01 12.011
180 141 opls_140 25 PRO HA 52 0.06 1.008
181 142 opls_136 25 PRO CB 53 -0.12 12.011
182 143 opls_140 25 PRO HB1 53 0.06 1.008
183 144 opls_140 25 PRO HB2 53 0.06 1.008
184 145 opls_136 25 PRO CG 54 -0.12 12.011
185 146 opls_140 25 PRO HG1 54 0.06 1.008
186 147 opls_140 25 PRO HG2 54 0.06 1.008
187 148 opls_245 25 PRO CD 55 -0.05 12.011
188 149 opls_140 25 PRO HD1 55 0.06 1.008
189 150 opls_140 25 PRO HD2 55 0.06 1.008
190 151 opls_235 25 PRO C 56 0.5 12.011
191 152 opls_236 25 PRO O 56 -0.5 15.9994 ; qtot 1
192 ; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
193 153 opls_239 26 PRO N 57 -0.14 14.0067
194 154 opls_246 26 PRO CA 57 0.01 12.011
195 155 opls_140 26 PRO HA 57 0.06 1.008
196 156 opls_136 26 PRO CB 58 -0.12 12.011
197 157 opls_140 26 PRO HB1 58 0.06 1.008
198 158 opls_140 26 PRO HB2 58 0.06 1.008
199 159 opls_136 26 PRO CG 59 -0.12 12.011
200 160 opls_140 26 PRO HG1 59 0.06 1.008
201 161 opls_140 26 PRO HG2 59 0.06 1.008
202 162 opls_245 26 PRO CD 60 -0.05 12.011
203 163 opls_140 26 PRO HD1 60 0.06 1.008
204 164 opls_140 26 PRO HD2 60 0.06 1.008
205 165 opls_235 26 PRO C 61 0.5 12.011
206 166 opls_236 26 PRO O 61 -0.5 15.9994 ; qtot 1
207 ; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
208 167 opls_238 27 CYS N 62 -0.5 14.0067
209 168 opls_241 27 CYS H 62 0.3 1.008
210 169 opls_224B 27 CYS CA 62 0.14 12.011
211 170 opls_140 27 CYS HA 62 0.06 1.008
212 171 opls_206 27 CYS CB 63 0.06 12.011
213 172 opls_140 27 CYS HB1 63 0.06 1.008
214 173 opls_140 27 CYS HB2 63 0.06 1.008
215 174 opls_200 27 CYS SG 64 -0.335 32.06
216 175 opls_204 27 CYS HG 64 0.155 1.008
217 176 opls_235 27 CYS C 65 0.5 12.011
218 177 opls_236 27 CYS O 65 -0.5 15.9994 ; qtot 1
219 ; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
220 178 opls_238 28 ARG N 66 -0.5 14.0067
221 179 opls_241 28 ARG H 66 0.3 1.008
222 180 opls_224B 28 ARG CA 66 0.14 12.011
223 181 opls_140 28 ARG HA 66 0.06 1.008
224 182 opls_136 28 ARG CB 67 -0.12 12.011
225 183 opls_140 28 ARG HB1 67 0.06 1.008
226 184 opls_140 28 ARG HB2 67 0.06 1.008
227 185 opls_308 28 ARG CG 68 -0.05 12.011
228 186 opls_140 28 ARG HG1 68 0.06 1.008
229 187 opls_140 28 ARG HG2 68 0.06 1.008
230 188 opls_307 28 ARG CD 69 0.19 12.011
231 189 opls_140 28 ARG HD1 69 0.06 1.008
232 190 opls_140 28 ARG HD2 69 0.06 1.008
233 191 opls_303 28 ARG NE 70 -0.7 14.0067
234 192 opls_304 28 ARG HE 70 0.44 1.008
235 193 opls_302 28 ARG CZ 70 0.64 12.011
236 194 opls_300 28 ARG NH1 71 -0.8 14.0067
237 195 opls_301 28 ARG HH11 71 0.46 1.008
238 196 opls_301 28 ARG HH12 71 0.46 1.008
239 197 opls_300 28 ARG NH2 72 -0.8 14.0067
240 198 opls_301 28 ARG HH21 72 0.46 1.008
241 199 opls_301 28 ARG HH22 72 0.46 1.008
242 200 opls_235 28 ARG C 73 0.5 12.011
243 201 opls_236 28 ARG O 73 -0.5 15.9994 ; qtot 2
244 ; residue 29 HIS rtp HISE q 0.0
245 202 opls_238 29 HIS N 74 -0.5 14.0067
246 203 opls_241 29 HIS H 74 0.3 1.008
247 204 opls_224B 29 HIS CA 74 0.14 12.011
248 205 opls_140 29 HIS HA 74 0.06 1.008
249 206 opls_505 29 HIS CB 75 -0.005 12.011
250 207 opls_140 29 HIS HB1 75 0.06 1.008
251 208 opls_140 29 HIS HB2 75 0.06 1.008
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253 210 opls_511 29 HIS ND1 76 -0.49 14.0067
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262 ; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
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1356 272 277 1
1357 273 276 1
1358 274 275 1
1359 274 278 1
1360 276 278 1
1362 [ angles ]
1363 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1364 2 1 3 1
1365 2 1 4 1
1366 2 1 5 1
1367 3 1 4 1
1368 3 1 5 1
1369 4 1 5 1
1370 1 5 6 1
1371 1 5 7 1
1372 1 5 15 1
1373 6 5 7 1
1374 6 5 15 1
1375 7 5 15 1
1376 5 7 8 1
1377 5 7 9 1
1378 5 7 11 1
1379 8 7 9 1
1380 8 7 11 1
1381 9 7 11 1
1382 7 9 10 1
1383 7 11 12 1
1384 7 11 13 1
1385 7 11 14 1
1386 12 11 13 1
1387 12 11 14 1
1388 13 11 14 1
1389 5 15 16 1
1390 5 15 17 1
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1447 41 44 46 1
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1656 156 154 165 1
1657 154 156 157 1
1658 154 156 158 1
1659 154 156 159 1
1660 157 156 158 1
1661 157 156 159 1
1662 158 156 159 1
1663 156 159 160 1
1664 156 159 161 1
1665 156 159 162 1
1666 160 159 161 1
1667 160 159 162 1
1668 161 159 162 1
1669 153 162 159 1
1670 153 162 163 1
1671 153 162 164 1
1672 159 162 163 1
1673 159 162 164 1
1674 163 162 164 1
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1676 154 165 167 1
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1681 167 169 170 1
1682 167 169 171 1
1683 167 169 176 1
1684 170 169 171 1
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1693 171 174 175 1
1694 169 176 177 1
1695 169 176 178 1
1696 177 176 178 1
1697 176 178 179 1
1698 176 178 180 1
1699 179 178 180 1
1700 178 180 181 1
1701 178 180 182 1
1702 178 180 200 1
1703 181 180 182 1
1704 181 180 200 1
1705 182 180 200 1
1706 180 182 183 1
1707 180 182 184 1
1708 180 182 185 1
1709 183 182 184 1
1710 183 182 185 1
1711 184 182 185 1
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1713 182 185 187 1
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1716 186 185 188 1
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1719 185 188 190 1
1720 185 188 191 1
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1722 189 188 191 1
1723 190 188 191 1
1724 188 191 192 1
1725 188 191 193 1
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1728 191 193 197 1
1729 194 193 197 1
1730 193 194 195 1
1731 193 194 196 1
1732 195 194 196 1
1733 193 197 198 1
1734 193 197 199 1
1735 198 197 199 1
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1737 180 200 202 1
1738 201 200 202 1
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1741 203 202 204 1
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1743 202 204 206 1
1744 202 204 217 1
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1746 205 204 217 1
1747 206 204 217 1
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1749 204 206 208 1
1750 204 206 209 1
1751 207 206 208 1
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1753 208 206 209 1
1754 206 209 210 1
1755 206 209 211 1
1756 210 209 211 1
1757 209 210 213 1
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1759 209 211 215 1
1760 212 211 215 1
1761 210 213 214 1
1762 210 213 215 1
1763 214 213 215 1
1764 211 215 213 1
1765 211 215 216 1
1766 213 215 216 1
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1768 204 217 219 1
1769 218 217 219 1
1770 217 219 220 1
1771 217 219 221 1
1772 220 219 221 1
1773 219 221 222 1
1774 219 221 223 1
1775 219 221 231 1
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1777 222 221 231 1
1778 223 221 231 1
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1780 221 223 225 1
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1783 224 223 226 1
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1786 223 226 228 1
1787 227 226 228 1
1788 226 228 229 1
1789 226 228 230 1
1790 229 228 230 1
1791 221 231 232 1
1792 221 231 233 1
1793 232 231 233 1
1794 231 233 234 1
1795 231 233 235 1
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1797 233 235 236 1
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1799 233 235 242 1
1800 236 235 237 1
1801 236 235 242 1
1802 237 235 242 1
1803 235 237 238 1
1804 235 237 239 1
1805 235 237 240 1
1806 238 237 239 1
1807 238 237 240 1
1808 239 237 240 1
1809 237 240 241 1
1810 235 242 243 1
1811 235 242 244 1
1812 243 242 244 1
1813 242 244 245 1
1814 242 244 246 1
1815 245 244 246 1
1816 244 246 247 1
1817 244 246 248 1
1818 244 246 259 1
1819 247 246 248 1
1820 247 246 259 1
1821 248 246 259 1
1822 246 248 249 1
1823 246 248 250 1
1824 246 248 251 1
1825 249 248 250 1
1826 249 248 251 1
1827 250 248 251 1
1828 248 251 252 1
1829 248 251 253 1
1830 252 251 253 1
1831 251 252 255 1
1832 251 253 254 1
1833 251 253 257 1
1834 254 253 257 1
1835 252 255 256 1
1836 252 255 257 1
1837 256 255 257 1
1838 253 257 255 1
1839 253 257 258 1
1840 255 257 258 1
1841 246 259 260 1
1842 246 259 261 1
1843 260 259 261 1
1844 259 261 262 1
1845 259 261 263 1
1846 262 261 263 1
1847 261 263 264 1
1848 261 263 265 1
1849 261 263 279 1
1850 264 263 265 1
1851 264 263 279 1
1852 265 263 279 1
1853 263 265 266 1
1854 263 265 267 1
1855 263 265 268 1
1856 266 265 267 1
1857 266 265 268 1
1858 267 265 268 1
1859 265 268 269 1
1860 265 268 271 1
1861 269 268 271 1
1862 268 269 270 1
1863 268 269 273 1
1864 270 269 273 1
1865 268 271 272 1
1866 268 271 275 1
1867 272 271 275 1
1868 269 273 274 1
1869 269 273 277 1
1870 274 273 277 1
1871 271 275 276 1
1872 271 275 277 1
1873 276 275 277 1
1874 273 277 275 1
1875 273 277 278 1
1876 275 277 278 1
1877 263 279 280 1
1878 263 279 281 1
1879 280 279 281 1
1881 [ dihedrals ]
1882 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1883 2 1 5 6 3
1884 2 1 5 7 3
1885 2 1 5 15 3
1886 3 1 5 6 3
1887 3 1 5 7 3
1888 3 1 5 15 3
1889 4 1 5 6 3
1890 4 1 5 7 3
1891 4 1 5 15 3
1892 1 5 7 9 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
1893 15 5 7 9 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
1894 1 5 7 8 3
1895 1 5 7 11 3
1896 6 5 7 8 3
1897 6 5 7 9 3
1898 6 5 7 11 3
1899 15 5 7 8 3
1900 15 5 7 11 3
1901 1 5 15 16 3
1902 1 5 15 17 3
1903 6 5 15 16 3
1904 6 5 15 17 3
1905 7 5 15 16 3
1906 7 5 15 17 3
1907 5 7 9 10 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
1908 8 7 9 10 3
1909 11 7 9 10 3
1910 5 7 11 12 3
1911 5 7 11 13 3
1912 5 7 11 14 3
1913 8 7 11 12 3
1914 8 7 11 13 3
1915 8 7 11 14 3
1916 9 7 11 12 3
1917 9 7 11 13 3
1918 9 7 11 14 3
1919 5 15 17 18 3
1920 5 15 17 19 3
1921 16 15 17 18 3
1922 16 15 17 19 3
1923 15 17 19 20 3
1924 15 17 19 21 3
1925 15 17 19 31 3
1926 18 17 19 20 3
1927 18 17 19 21 3
1928 18 17 19 31 3
1929 17 19 21 23 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
1930 17 19 21 27 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
1931 31 19 21 23 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
1932 31 19 21 27 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
1933 17 19 21 22 3
1934 20 19 21 22 3
1935 20 19 21 23 3
1936 20 19 21 27 3
1937 31 19 21 22 3
1938 17 19 31 32 3
1939 17 19 31 33 3
1940 20 19 31 32 3
1941 20 19 31 33 3
1942 21 19 31 32 3
1943 21 19 31 33 3
1944 19 21 23 24 3
1945 19 21 23 25 3
1946 19 21 23 26 3
1947 22 21 23 24 3
1948 22 21 23 25 3
1949 22 21 23 26 3
1950 27 21 23 24 3
1951 27 21 23 25 3
1952 27 21 23 26 3
1953 19 21 27 28 3
1954 19 21 27 29 3
1955 19 21 27 30 3
1956 22 21 27 28 3
1957 22 21 27 29 3
1958 22 21 27 30 3
1959 23 21 27 28 3
1960 23 21 27 29 3
1961 23 21 27 30 3
1962 19 31 33 34 3
1963 19 31 33 35 3
1964 32 31 33 34 3
1965 32 31 33 35 3
1966 31 33 35 36 3
1967 31 33 35 37 3
1968 31 33 35 55 3
1969 34 33 35 36 3
1970 34 33 35 37 3
1971 34 33 35 55 3
1972 33 35 37 40 3 dih_TRP_chi1_N_C_C_C
1973 55 35 37 40 3 dih_TRP_chi1_C_C_C_CO
1974 33 35 37 38 3
1975 33 35 37 39 3
1976 36 35 37 38 3
1977 36 35 37 39 3
1978 36 35 37 40 3
1979 55 35 37 38 3
1980 55 35 37 39 3
1981 33 35 55 56 3
1982 33 35 55 57 3
1983 36 35 55 56 3
1984 36 35 55 57 3
1985 37 35 55 56 3
1986 37 35 55 57 3
1987 35 37 40 41 3
1988 35 37 40 43 3
1989 38 37 40 41 3
1990 38 37 40 43 3
1991 39 37 40 41 3
1992 39 37 40 43 3
1993 37 40 41 42 3
1994 37 40 41 44 3
1995 43 40 41 42 3
1996 43 40 41 44 3
1997 37 40 43 46 3
1998 37 40 43 47 3
1999 41 40 43 46 3
2000 41 40 43 47 3
2001 40 41 44 45 3
2002 40 41 44 46 3
2003 42 41 44 45 3
2004 42 41 44 46 3
2005 40 43 46 44 3
2006 40 43 46 49 3
2007 47 43 46 44 3
2008 47 43 46 49 3
2009 40 43 47 48 3
2010 40 43 47 51 3
2011 46 43 47 48 3
2012 46 43 47 51 3
2013 41 44 46 43 3
2014 41 44 46 49 3
2015 45 44 46 43 3
2016 45 44 46 49 3
2017 43 46 49 50 3
2018 43 46 49 53 3
2019 44 46 49 50 3
2020 44 46 49 53 3
2021 43 47 51 52 3
2022 43 47 51 53 3
2023 48 47 51 52 3
2024 48 47 51 53 3
2025 46 49 53 51 3
2026 46 49 53 54 3
2027 50 49 53 51 3
2028 50 49 53 54 3
2029 47 51 53 49 3
2030 47 51 53 54 3
2031 52 51 53 49 3
2032 52 51 53 54 3
2033 35 55 57 58 3
2034 35 55 57 59 3
2035 56 55 57 58 3
2036 56 55 57 59 3
2037 55 57 59 60 3
2038 55 57 59 61 3
2039 55 57 59 76 3
2040 58 57 59 60 3
2041 58 57 59 61 3
2042 58 57 59 76 3
2043 57 59 61 62 3
2044 57 59 61 63 3
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2381 170 169 176 177 3
2382 170 169 176 178 3
2383 171 169 176 177 3
2384 171 169 176 178 3
2385 169 171 174 175 3
2386 172 171 174 175 3
2387 173 171 174 175 3
2388 169 176 178 179 3
2389 169 176 178 180 3
2390 177 176 178 179 3
2391 177 176 178 180 3
2392 176 178 180 181 3
2393 176 178 180 182 3
2394 176 178 180 200 3
2395 179 178 180 181 3
2396 179 178 180 182 3
2397 179 178 180 200 3
2398 178 180 182 185 3 dih_ARG_chi1_N_C_C_C
2399 200 180 182 185 3 dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
2400 178 180 182 183 3
2401 178 180 182 184 3
2402 181 180 182 183 3
2403 181 180 182 184 3
2404 181 180 182 185 3
2405 200 180 182 183 3
2406 200 180 182 184 3
2407 178 180 200 201 3
2408 178 180 200 202 3
2409 181 180 200 201 3
2410 181 180 200 202 3
2411 182 180 200 201 3
2412 182 180 200 202 3
2413 180 182 185 186 3
2414 180 182 185 187 3
2415 180 182 185 188 3
2416 183 182 185 186 3
2417 183 182 185 187 3
2418 183 182 185 188 3
2419 184 182 185 186 3
2420 184 182 185 187 3
2421 184 182 185 188 3
2422 182 185 188 189 3
2423 182 185 188 190 3
2424 182 185 188 191 3
2425 186 185 188 189 3
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2427 186 185 188 191 3
2428 187 185 188 189 3
2429 187 185 188 190 3
2430 187 185 188 191 3
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2432 185 188 191 193 3
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2436 190 188 191 193 3
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2439 192 191 193 194 3
2440 192 191 193 197 3
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2442 191 193 194 196 3
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2445 191 193 197 198 3
2446 191 193 197 199 3
2447 194 193 197 198 3
2448 194 193 197 199 3
2449 180 200 202 203 3
2450 180 200 202 204 3
2451 201 200 202 203 3
2452 201 200 202 204 3
2453 200 202 204 205 3
2454 200 202 204 206 3
2455 200 202 204 217 3
2456 203 202 204 205 3
2457 203 202 204 206 3
2458 203 202 204 217 3
2459 202 204 206 209 3 dih_HIS_chi1_N_C_C_C
2460 217 204 206 209 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
2461 202 204 206 207 3
2462 202 204 206 208 3
2463 205 204 206 207 3
2464 205 204 206 208 3
2465 205 204 206 209 3
2466 217 204 206 207 3
2467 217 204 206 208 3
2468 202 204 217 218 3
2469 202 204 217 219 3
2470 205 204 217 218 3
2471 205 204 217 219 3
2472 206 204 217 218 3
2473 206 204 217 219 3
2474 204 206 209 210 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
2475 204 206 209 211 3
2476 207 206 209 210 3
2477 207 206 209 211 3
2478 208 206 209 210 3
2479 208 206 209 211 3
2480 206 209 210 213 3
2481 211 209 210 213 3
2482 206 209 211 212 3
2483 206 209 211 215 3
2484 210 209 211 212 3
2485 210 209 211 215 3
2486 209 210 213 214 3
2487 209 210 213 215 3
2488 209 211 215 213 3
2489 209 211 215 216 3
2490 212 211 215 213 3
2491 212 211 215 216 3
2492 210 213 215 211 3
2493 210 213 215 216 3
2494 214 213 215 211 3
2495 214 213 215 216 3
2496 204 217 219 220 3
2497 204 217 219 221 3
2498 218 217 219 220 3
2499 218 217 219 221 3
2500 217 219 221 222 3
2501 217 219 221 223 3
2502 217 219 221 231 3
2503 220 219 221 222 3
2504 220 219 221 223 3
2505 220 219 221 231 3
2506 219 221 223 226 3 dih_ASN_chi1_N_C_C_C
2507 231 221 223 226 3 dih_ASN_chi1_C_C_C_CO
2508 219 221 223 224 3
2509 219 221 223 225 3
2510 222 221 223 224 3
2511 222 221 223 225 3
2512 222 221 223 226 3
2513 231 221 223 224 3
2514 231 221 223 225 3
2515 219 221 231 232 3
2516 219 221 231 233 3
2517 222 221 231 232 3
2518 222 221 231 233 3
2519 223 221 231 232 3
2520 223 221 231 233 3
2521 221 223 226 228 3 dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
2522 221 223 226 227 3
2523 224 223 226 227 3
2524 224 223 226 228 3
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2526 225 223 226 228 3
2527 223 226 228 229 3
2528 223 226 228 230 3
2529 227 226 228 229 3
2530 227 226 228 230 3
2531 221 231 233 234 3
2532 221 231 233 235 3
2533 232 231 233 234 3
2534 232 231 233 235 3
2535 231 233 235 236 3
2536 231 233 235 237 3
2537 231 233 235 242 3
2538 234 233 235 236 3
2539 234 233 235 237 3
2540 234 233 235 242 3
2541 233 235 237 240 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
2542 242 235 237 240 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
2543 233 235 237 238 3
2544 233 235 237 239 3
2545 236 235 237 238 3
2546 236 235 237 239 3
2547 236 235 237 240 3
2548 242 235 237 238 3
2549 242 235 237 239 3
2550 233 235 242 243 3
2551 233 235 242 244 3
2552 236 235 242 243 3
2553 236 235 242 244 3
2554 237 235 242 243 3
2555 237 235 242 244 3
2556 235 237 240 241 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
2557 238 237 240 241 3
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2559 235 242 244 245 3
2560 235 242 244 246 3
2561 243 242 244 245 3
2562 243 242 244 246 3
2563 242 244 246 247 3
2564 242 244 246 248 3
2565 242 244 246 259 3
2566 245 244 246 247 3
2567 245 244 246 248 3
2568 245 244 246 259 3
2569 244 246 248 251 3 dih_HIS_chi1_N_C_C_C
2570 259 246 248 251 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
2571 244 246 248 249 3
2572 244 246 248 250 3
2573 247 246 248 249 3
2574 247 246 248 250 3
2575 247 246 248 251 3
2576 259 246 248 249 3
2577 259 246 248 250 3
2578 244 246 259 260 3
2579 244 246 259 261 3
2580 247 246 259 260 3
2581 247 246 259 261 3
2582 248 246 259 260 3
2583 248 246 259 261 3
2584 246 248 251 252 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
2585 246 248 251 253 3
2586 249 248 251 252 3
2587 249 248 251 253 3
2588 250 248 251 252 3
2589 250 248 251 253 3
2590 248 251 252 255 3
2591 253 251 252 255 3
2592 248 251 253 254 3
2593 248 251 253 257 3
2594 252 251 253 254 3
2595 252 251 253 257 3
2596 251 252 255 256 3
2597 251 252 255 257 3
2598 251 253 257 255 3
2599 251 253 257 258 3
2600 254 253 257 255 3
2601 254 253 257 258 3
2602 252 255 257 253 3
2603 252 255 257 258 3
2604 256 255 257 253 3
2605 256 255 257 258 3
2606 246 259 261 262 3
2607 246 259 261 263 3
2608 260 259 261 262 3
2609 260 259 261 263 3
2610 259 261 263 264 3
2611 259 261 263 265 3
2612 259 261 263 279 3
2613 262 261 263 264 3
2614 262 261 263 265 3
2615 262 261 263 279 3
2616 261 263 265 266 3
2617 261 263 265 267 3
2618 261 263 265 268 3
2619 264 263 265 266 3
2620 264 263 265 267 3
2621 264 263 265 268 3
2622 279 263 265 266 3
2623 279 263 265 267 3
2624 279 263 265 268 3
2625 261 263 279 280 3
2626 261 263 279 281 3
2627 264 263 279 280 3
2628 264 263 279 281 3
2629 265 263 279 280 3
2630 265 263 279 281 3
2631 263 265 268 269 3
2632 263 265 268 271 3
2633 266 265 268 269 3
2634 266 265 268 271 3
2635 267 265 268 269 3
2636 267 265 268 271 3
2637 265 268 269 270 3
2638 265 268 269 273 3
2639 271 268 269 270 3
2640 271 268 269 273 3
2641 265 268 271 272 3
2642 265 268 271 275 3
2643 269 268 271 272 3
2644 269 268 271 275 3
2645 268 269 273 274 3
2646 268 269 273 277 3
2647 270 269 273 274 3
2648 270 269 273 277 3
2649 268 271 275 276 3
2650 268 271 275 277 3
2651 272 271 275 276 3
2652 272 271 275 277 3
2653 269 273 277 275 3
2654 269 273 277 278 3
2655 274 273 277 275 3
2656 274 273 277 278 3
2657 271 275 277 273 3
2658 271 275 277 278 3
2659 276 275 277 273 3
2660 276 275 277 278 3
2662 [ dihedrals ]
2663 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2664 5 17 15 16 1 improper_O_C_X_Y
2665 15 19 17 18 1 improper_Z_N_X_Y
2666 19 33 31 32 1 improper_O_C_X_Y
2667 31 35 33 34 1 improper_Z_N_X_Y
2668 35 57 55 56 1 improper_O_C_X_Y
2669 37 40 43 41 1 improper_Z_CA_X_Y
2670 40 44 41 42 1 improper_Z_CA_X_Y
2671 41 46 44 45 1 improper_Z_N_X_Y
2672 46 53 49 50 1 improper_Z_CA_X_Y
2673 48 47 43 51 1 improper_Z_CA_X_Y
2674 49 51 53 54 1 improper_Z_CA_X_Y
2675 52 51 47 53 1 improper_Z_CA_X_Y
2676 55 59 57 58 1 improper_Z_N_X_Y
2677 59 78 76 77 1 improper_O_C_X_Y
2678 61 64 67 65 1 improper_Z_CA_X_Y
2679 64 69 65 66 1 improper_Z_CA_X_Y
2680 64 71 67 68 1 improper_Z_CA_X_Y
2681 65 73 69 70 1 improper_Z_CA_X_Y
2682 67 73 71 72 1 improper_Z_CA_X_Y
2683 69 71 73 74 1 improper_Z_CA_X_Y
2684 76 80 78 79 1 improper_Z_N_X_Y
2685 80 100 98 99 1 improper_O_C_X_Y
2686 98 102 100 101 1 improper_Z_N_X_Y
2687 102 115 113 114 1 improper_O_C_X_Y
2688 107 111 110 112 1 improper_O_C_X_Y
2689 113 117 115 116 1 improper_Z_N_X_Y
2690 117 139 137 138 1 improper_O_C_X_Y
2691 119 122 125 123 1 improper_Z_CA_X_Y
2692 122 126 123 124 1 improper_Z_CA_X_Y
2693 123 128 126 127 1 improper_Z_N_X_Y
2694 128 135 131 132 1 improper_Z_CA_X_Y
2695 130 129 125 133 1 improper_Z_CA_X_Y
2696 131 133 135 136 1 improper_Z_CA_X_Y
2697 134 133 129 135 1 improper_Z_CA_X_Y
2698 137 140 139 148 1 improper_Z_N_X_Y
2699 140 153 151 152 1 improper_O_C_X_Y
2700 151 154 153 162 1 improper_Z_N_X_Y
2701 154 167 165 166 1 improper_O_C_X_Y
2702 165 169 167 168 1 improper_Z_N_X_Y
2703 169 178 176 177 1 improper_O_C_X_Y
2704 176 180 178 179 1 improper_Z_N_X_Y
2705 180 202 200 201 1 improper_O_C_X_Y
2706 188 193 191 192 1 improper_Z_N_X_Y
2707 191 194 193 197 1 improper_O_C_X_Y
2708 193 195 194 196 1 improper_Z_N_X_Y
2709 193 198 197 199 1 improper_Z_N_X_Y
2710 200 204 202 203 1 improper_Z_N_X_Y
2711 204 219 217 218 1 improper_O_C_X_Y
2712 206 209 211 210 1 improper_Z_CA_X_Y
2713 209 215 211 212 1 improper_Z_CA_X_Y
2714 210 215 213 214 1 improper_Z_CA_X_Y
2715 213 211 215 216 1 improper_Z_N_X_Y
2716 217 221 219 220 1 improper_Z_N_X_Y
2717 221 233 231 232 1 improper_O_C_X_Y
2718 223 228 226 227 1 improper_O_C_X_Y
2719 226 229 228 230 1 improper_Z_N_X_Y
2720 231 235 233 234 1 improper_Z_N_X_Y
2721 235 244 242 243 1 improper_O_C_X_Y
2722 242 246 244 245 1 improper_Z_N_X_Y
2723 246 261 259 260 1 improper_O_C_X_Y
2724 248 251 253 252 1 improper_Z_CA_X_Y
2725 251 257 253 254 1 improper_Z_CA_X_Y
2726 252 257 255 256 1 improper_Z_CA_X_Y
2727 255 253 257 258 1 improper_Z_N_X_Y
2728 259 263 261 262 1 improper_Z_N_X_Y
2729 263 280 279 281 1 improper_O_C_X_Y
2730 265 268 271 269 1 improper_Z_CA_X_Y
2731 268 273 269 270 1 improper_Z_CA_X_Y
2732 268 275 271 272 1 improper_Z_CA_X_Y
2733 269 277 273 274 1 improper_Z_CA_X_Y
2734 271 277 275 276 1 improper_Z_CA_X_Y
2735 273 275 277 278 1 improper_Z_CA_X_Y
2737 ; Include Position restraint file
2738 #ifdef POSRES
2739 #include "posre.itp"
2740 #endif
2742 ; Include water topology
2743 #include "oplsaa.ff/tip3p.itp"
2745 #ifdef POSRES_WATER
2746 ; Position restraint for each water oxygen
2747 [ position_restraints ]
2748 ; i funct fcx fcy fcz
2749 1 1 1000 1000 1000
2750 #endif
2752 ; Include topology for ions
2753 #include "oplsaa.ff/ions.itp"
2755 [ system ]
2756 ; Name
2757 Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2759 [ molecules ]
2760 ; Compound #mols
2761 Protein 1
2762 ]]></String>
2763 </File>
2764 </OutputFiles>
2765 </ReferenceData>