[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForOplsaa_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_10.xml
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4 <OutputFiles Name="Files">
5 <File Name="-o">
6 <GroFile Name="Header">
7 <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">255</Int>
9 </GroFile>
10 </File>
11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
33 1 opls_287 34 ALA N 1 -0.3 14.0027
34 2 opls_290 34 ALA H1 1 0.33 1.008
35 3 opls_290 34 ALA H2 1 0.33 1.008
36 4 opls_290 34 ALA H3 1 0.33 1.008
37 5 opls_293B 34 ALA CA 1 0.25 12.011
38 6 opls_140 34 ALA HA 1 0.06 1.008
39 7 opls_135 34 ALA CB 2 -0.18 12.011
40 8 opls_140 34 ALA HB1 2 0.06 1.008
41 9 opls_140 34 ALA HB2 2 0.06 1.008
42 10 opls_140 34 ALA HB3 2 0.06 1.008
43 11 opls_235 34 ALA C 3 0.5 12.011
44 12 opls_236 34 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
45 ; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
46 13 opls_238 35 VAL N 4 -0.5 14.0067
47 14 opls_241 35 VAL H 4 0.3 1.008
48 15 opls_224B 35 VAL CA 4 0.14 12.011
49 16 opls_140 35 VAL HA 4 0.06 1.008
50 17 opls_137 35 VAL CB 5 -0.06 12.011
51 18 opls_140 35 VAL HB 5 0.06 1.008
52 19 opls_135 35 VAL CG1 6 -0.18 12.011
53 20 opls_140 35 VAL HG11 6 0.06 1.008
54 21 opls_140 35 VAL HG12 6 0.06 1.008
55 22 opls_140 35 VAL HG13 6 0.06 1.008
56 23 opls_135 35 VAL CG2 7 -0.18 12.011
57 24 opls_140 35 VAL HG21 7 0.06 1.008
58 25 opls_140 35 VAL HG22 7 0.06 1.008
59 26 opls_140 35 VAL HG23 7 0.06 1.008
60 27 opls_235 35 VAL C 8 0.5 12.011
61 28 opls_236 35 VAL O 8 -0.5 15.9994 ; qtot 1
62 ; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
63 29 opls_239 36 PRO N 9 -0.14 14.0067
64 30 opls_246 36 PRO CA 9 0.01 12.011
65 31 opls_140 36 PRO HA 9 0.06 1.008
66 32 opls_136 36 PRO CB 10 -0.12 12.011
67 33 opls_140 36 PRO HB1 10 0.06 1.008
68 34 opls_140 36 PRO HB2 10 0.06 1.008
69 35 opls_136 36 PRO CG 11 -0.12 12.011
70 36 opls_140 36 PRO HG1 11 0.06 1.008
71 37 opls_140 36 PRO HG2 11 0.06 1.008
72 38 opls_245 36 PRO CD 12 -0.05 12.011
73 39 opls_140 36 PRO HD1 12 0.06 1.008
74 40 opls_140 36 PRO HD2 12 0.06 1.008
75 41 opls_235 36 PRO C 13 0.5 12.011
76 42 opls_236 36 PRO O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 1
77 ; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
78 43 opls_238 37 GLY N 14 -0.5 14.0067
79 44 opls_241 37 GLY H 14 0.3 1.008
80 45 opls_223B 37 GLY CA 14 0.08 12.011
81 46 opls_140 37 GLY HA1 14 0.06 1.008
82 47 opls_140 37 GLY HA2 14 0.06 1.008
83 48 opls_235 37 GLY C 15 0.5 12.011
84 49 opls_236 37 GLY O 15 -0.5 15.9994 ; qtot 1
85 ; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
86 50 opls_238 38 TYR N 16 -0.5 14.0067
87 51 opls_241 38 TYR H 16 0.3 1.008
88 52 opls_224B 38 TYR CA 16 0.14 12.011
89 53 opls_140 38 TYR HA 16 0.06 1.008
90 54 opls_149 38 TYR CB 17 -0.005 12.011
91 55 opls_140 38 TYR HB1 17 0.06 1.008
92 56 opls_140 38 TYR HB2 17 0.06 1.008
93 57 opls_145 38 TYR CG 17 -0.115 12.011
94 58 opls_145 38 TYR CD1 18 -0.115 12.011
95 59 opls_146 38 TYR HD1 18 0.115 1.008
96 60 opls_145 38 TYR CD2 19 -0.115 12.011
97 61 opls_146 38 TYR HD2 19 0.115 1.008
98 62 opls_145 38 TYR CE1 20 -0.115 12.011
99 63 opls_146 38 TYR HE1 20 0.115 1.008
100 64 opls_145 38 TYR CE2 21 -0.115 12.011
101 65 opls_146 38 TYR HE2 21 0.115 1.008
102 66 opls_166 38 TYR CZ 22 0.15 12.011
103 67 opls_167 38 TYR OH 22 -0.585 15.9994
104 68 opls_168 38 TYR HH 22 0.435 1.008
105 69 opls_235 38 TYR C 23 0.5 12.011
106 70 opls_236 38 TYR O 23 -0.5 15.9994 ; qtot 1
107 ; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
108 71 opls_238 39 ASP N 24 -0.5 14.0067
109 72 opls_241 39 ASP H 24 0.3 1.008
110 73 opls_224B 39 ASP CA 24 0.14 12.011
111 74 opls_140 39 ASP HA 24 0.06 1.008
112 75 opls_274 39 ASP CB 25 -0.22 12.011
113 76 opls_140 39 ASP HB1 25 0.06 1.008
114 77 opls_140 39 ASP HB2 25 0.06 1.008
115 78 opls_271 39 ASP CG 26 0.7 12.011
116 79 opls_272 39 ASP OD1 26 -0.8 15.9994
117 80 opls_272 39 ASP OD2 26 -0.8 15.9994
118 81 opls_235 39 ASP C 27 0.5 12.011
119 82 opls_236 39 ASP O 27 -0.5 15.9994 ; qtot 0
120 ; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
121 83 opls_238 40 LYS N 28 -0.5 14.0067
122 84 opls_241 40 LYS H 28 0.3 1.008
123 85 opls_224B 40 LYS CA 28 0.14 12.011
124 86 opls_140 40 LYS HA 28 0.06 1.008
125 87 opls_136 40 LYS CB 29 -0.12 12.011
126 88 opls_140 40 LYS HB1 29 0.06 1.008
127 89 opls_140 40 LYS HB2 29 0.06 1.008
128 90 opls_136 40 LYS CG 30 -0.12 12.011
129 91 opls_140 40 LYS HG1 30 0.06 1.008
130 92 opls_140 40 LYS HG2 30 0.06 1.008
131 93 opls_136 40 LYS CD 31 -0.12 12.011
132 94 opls_140 40 LYS HD1 31 0.06 1.008
133 95 opls_140 40 LYS HD2 31 0.06 1.008
134 96 opls_292 40 LYS CE 32 0.19 12.011
135 97 opls_140 40 LYS HE1 32 0.06 1.008
136 98 opls_140 40 LYS HE2 32 0.06 1.008
137 99 opls_287 40 LYS NZ 33 -0.3 14.0067
138 100 opls_290 40 LYS HZ1 33 0.33 1.008
139 101 opls_290 40 LYS HZ2 33 0.33 1.008
140 102 opls_290 40 LYS HZ3 33 0.33 1.008
141 103 opls_235 40 LYS C 34 0.5 12.011
142 104 opls_236 40 LYS O 34 -0.5 15.9994 ; qtot 1
143 ; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
144 105 opls_238 41 ILE N 35 -0.5 14.0067
145 106 opls_241 41 ILE H 35 0.3 1.008
146 107 opls_224B 41 ILE CA 35 0.14 12.011
147 108 opls_140 41 ILE HA 35 0.06 1.008
148 109 opls_137 41 ILE CB 36 -0.06 12.011
149 110 opls_140 41 ILE HB 36 0.06 1.008
150 111 opls_136 41 ILE CG1 37 -0.12 12.011
151 112 opls_140 41 ILE HG11 37 0.06 1.008
152 113 opls_140 41 ILE HG12 37 0.06 1.008
153 114 opls_135 41 ILE CG2 38 -0.18 12.011
154 115 opls_140 41 ILE HG21 38 0.06 1.008
155 116 opls_140 41 ILE HG22 38 0.06 1.008
156 117 opls_140 41 ILE HG23 38 0.06 1.008
157 118 opls_135 41 ILE CD 39 -0.18 12.011
158 119 opls_140 41 ILE HD1 39 0.06 1.008
159 120 opls_140 41 ILE HD2 39 0.06 1.008
160 121 opls_140 41 ILE HD3 39 0.06 1.008
161 122 opls_235 41 ILE C 40 0.5 12.011
162 123 opls_236 41 ILE O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
163 ; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
164 124 opls_239 42 PRO N 41 -0.14 14.0067
165 125 opls_246 42 PRO CA 41 0.01 12.011
166 126 opls_140 42 PRO HA 41 0.06 1.008
167 127 opls_136 42 PRO CB 42 -0.12 12.011
168 128 opls_140 42 PRO HB1 42 0.06 1.008
169 129 opls_140 42 PRO HB2 42 0.06 1.008
170 130 opls_136 42 PRO CG 43 -0.12 12.011
171 131 opls_140 42 PRO HG1 43 0.06 1.008
172 132 opls_140 42 PRO HG2 43 0.06 1.008
173 133 opls_245 42 PRO CD 44 -0.05 12.011
174 134 opls_140 42 PRO HD1 44 0.06 1.008
175 135 opls_140 42 PRO HD2 44 0.06 1.008
176 136 opls_235 42 PRO C 45 0.5 12.011
177 137 opls_236 42 PRO O 45 -0.5 15.9994 ; qtot 1
178 ; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
179 138 opls_238 43 ASP N 46 -0.5 14.0067
180 139 opls_241 43 ASP H 46 0.3 1.008
181 140 opls_224B 43 ASP CA 46 0.14 12.011
182 141 opls_140 43 ASP HA 46 0.06 1.008
183 142 opls_274 43 ASP CB 47 -0.22 12.011
184 143 opls_140 43 ASP HB1 47 0.06 1.008
185 144 opls_140 43 ASP HB2 47 0.06 1.008
186 145 opls_271 43 ASP CG 48 0.7 12.011
187 146 opls_272 43 ASP OD1 48 -0.8 15.9994
188 147 opls_272 43 ASP OD2 48 -0.8 15.9994
189 148 opls_235 43 ASP C 49 0.5 12.011
190 149 opls_236 43 ASP O 49 -0.5 15.9994 ; qtot 0
191 ; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
192 150 opls_238 44 TYR N 50 -0.5 14.0067
193 151 opls_241 44 TYR H 50 0.3 1.008
194 152 opls_224B 44 TYR CA 50 0.14 12.011
195 153 opls_140 44 TYR HA 50 0.06 1.008
196 154 opls_149 44 TYR CB 51 -0.005 12.011
197 155 opls_140 44 TYR HB1 51 0.06 1.008
198 156 opls_140 44 TYR HB2 51 0.06 1.008
199 157 opls_145 44 TYR CG 51 -0.115 12.011
200 158 opls_145 44 TYR CD1 52 -0.115 12.011
201 159 opls_146 44 TYR HD1 52 0.115 1.008
202 160 opls_145 44 TYR CD2 53 -0.115 12.011
203 161 opls_146 44 TYR HD2 53 0.115 1.008
204 162 opls_145 44 TYR CE1 54 -0.115 12.011
205 163 opls_146 44 TYR HE1 54 0.115 1.008
206 164 opls_145 44 TYR CE2 55 -0.115 12.011
207 165 opls_146 44 TYR HE2 55 0.115 1.008
208 166 opls_166 44 TYR CZ 56 0.15 12.011
209 167 opls_167 44 TYR OH 56 -0.585 15.9994
210 168 opls_168 44 TYR HH 56 0.435 1.008
211 169 opls_235 44 TYR C 57 0.5 12.011
212 170 opls_236 44 TYR O 57 -0.5 15.9994 ; qtot 0
213 ; residue 45 HIS rtp HISE q 0.0
214 171 opls_238 45 HIS N 58 -0.5 14.0067
215 172 opls_241 45 HIS H 58 0.3 1.008
216 173 opls_224B 45 HIS CA 58 0.14 12.011
217 174 opls_140 45 HIS HA 58 0.06 1.008
218 175 opls_505 45 HIS CB 59 -0.005 12.011
219 176 opls_140 45 HIS HB1 59 0.06 1.008
220 177 opls_140 45 HIS HB2 59 0.06 1.008
221 178 opls_507 45 HIS CG 60 -0.015 12.011
222 179 opls_511 45 HIS ND1 60 -0.49 14.0067
223 180 opls_508 45 HIS CD2 61 0.015 12.011
224 181 opls_146 45 HIS HD2 61 0.115 1.008
225 182 opls_506 45 HIS CE1 62 0.295 12.011
226 183 opls_146 45 HIS HE1 62 0.115 1.008
227 184 opls_503 45 HIS NE2 63 -0.57 14.0067
228 185 opls_504 45 HIS HE2 63 0.42 1.008
229 186 opls_235 45 HIS C 64 0.5 12.011
230 187 opls_236 45 HIS O 64 -0.5 15.9994 ; qtot 0
231 ; residue 46 MET rtp MET q 0.0
232 188 opls_238 46 MET N 65 -0.5 14.0067
233 189 opls_241 46 MET H 65 0.3 1.008
234 190 opls_224B 46 MET CA 65 0.14 12.011
235 191 opls_140 46 MET HA 65 0.06 1.008
236 192 opls_136 46 MET CB 66 -0.12 12.011
237 193 opls_140 46 MET HB1 66 0.06 1.008
238 194 opls_140 46 MET HB2 66 0.06 1.008
239 195 opls_210 46 MET CG 67 0.048 12.011
240 196 opls_140 46 MET HG1 67 0.06 1.008
241 197 opls_140 46 MET HG2 67 0.06 1.008
242 198 opls_202 46 MET SD 68 -0.335 32.06
243 199 opls_209 46 MET CE 69 -0.013 12.011
244 200 opls_140 46 MET HE1 69 0.06 1.008
245 201 opls_140 46 MET HE2 69 0.06 1.008
246 202 opls_140 46 MET HE3 69 0.06 1.008
247 203 opls_235 46 MET C 70 0.5 12.011
248 204 opls_236 46 MET O 70 -0.5 15.9994 ; qtot 0
249 ; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
250 205 opls_238 47 TRP N 71 -0.5 14.0067
251 206 opls_241 47 TRP H 71 0.3 1.008
252 207 opls_224B 47 TRP CA 71 0.14 12.011
253 208 opls_140 47 TRP HA 71 0.06 1.008
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1238 [ angles ]
1239 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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1661 207 227 228 1
1662 207 227 229 1
1663 228 227 229 1
1664 227 229 230 1
1665 227 229 231 1
1666 230 229 231 1
1667 229 231 232 1
1668 229 231 233 1
1669 229 231 243 1
1670 232 231 233 1
1671 232 231 243 1
1672 233 231 243 1
1673 231 233 234 1
1674 231 233 235 1
1675 231 233 239 1
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1681 233 235 238 1
1682 236 235 237 1
1683 236 235 238 1
1684 237 235 238 1
1685 233 239 240 1
1686 233 239 241 1
1687 233 239 242 1
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1689 240 239 242 1
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1691 231 243 244 1
1692 231 243 245 1
1693 244 243 245 1
1694 243 245 246 1
1695 243 245 247 1
1696 246 245 247 1
1697 245 247 248 1
1698 245 247 249 1
1699 245 247 253 1
1700 248 247 249 1
1701 248 247 253 1
1702 249 247 253 1
1703 247 249 250 1
1704 247 249 251 1
1705 247 249 252 1
1706 250 249 251 1
1707 250 249 252 1
1708 251 249 252 1
1709 247 253 254 1
1710 247 253 255 1
1711 254 253 255 1
1713 [ dihedrals ]
1714 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1715 2 1 5 6 3
1716 2 1 5 7 3
1717 2 1 5 11 3
1718 3 1 5 6 3
1719 3 1 5 7 3
1720 3 1 5 11 3
1721 4 1 5 6 3
1722 4 1 5 7 3
1723 4 1 5 11 3
1724 1 5 7 8 3
1725 1 5 7 9 3
1726 1 5 7 10 3
1727 6 5 7 8 3
1728 6 5 7 9 3
1729 6 5 7 10 3
1730 11 5 7 8 3
1731 11 5 7 9 3
1732 11 5 7 10 3
1733 1 5 11 12 3
1734 1 5 11 13 3
1735 6 5 11 12 3
1736 6 5 11 13 3
1737 7 5 11 12 3
1738 7 5 11 13 3
1739 5 11 13 14 3
1740 5 11 13 15 3
1741 12 11 13 14 3
1742 12 11 13 15 3
1743 11 13 15 16 3
1744 11 13 15 17 3
1745 11 13 15 27 3
1746 14 13 15 16 3
1747 14 13 15 17 3
1748 14 13 15 27 3
1749 13 15 17 19 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
1750 13 15 17 23 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
1751 27 15 17 19 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
1752 27 15 17 23 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
1753 13 15 17 18 3
1754 16 15 17 18 3
1755 16 15 17 19 3
1756 16 15 17 23 3
1757 27 15 17 18 3
1758 13 15 27 28 3
1759 13 15 27 29 3
1760 16 15 27 28 3
1761 16 15 27 29 3
1762 17 15 27 28 3
1763 17 15 27 29 3
1764 15 17 19 20 3
1765 15 17 19 21 3
1766 15 17 19 22 3
1767 18 17 19 20 3
1768 18 17 19 21 3
1769 18 17 19 22 3
1770 23 17 19 20 3
1771 23 17 19 21 3
1772 23 17 19 22 3
1773 15 17 23 24 3
1774 15 17 23 25 3
1775 15 17 23 26 3
1776 18 17 23 24 3
1777 18 17 23 25 3
1778 18 17 23 26 3
1779 19 17 23 24 3
1780 19 17 23 25 3
1781 19 17 23 26 3
1782 15 27 29 30 3
1783 15 27 29 38 3
1784 28 27 29 30 3
1785 28 27 29 38 3
1786 27 29 30 31 3
1787 27 29 30 32 3
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1795 30 29 38 35 3
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1797 30 29 38 40 3
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1800 29 30 32 35 3
1801 31 30 32 33 3
1802 31 30 32 34 3
1803 31 30 32 35 3
1804 41 30 32 33 3
1805 41 30 32 34 3
1806 41 30 32 35 3
1807 29 30 41 42 3
1808 29 30 41 43 3
1809 31 30 41 42 3
1810 31 30 41 43 3
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1812 32 30 41 43 3
1813 30 32 35 36 3
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1815 30 32 35 38 3
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1819 34 32 35 36 3
1820 34 32 35 37 3
1821 34 32 35 38 3
1822 32 35 38 29 3
1823 32 35 38 39 3
1824 32 35 38 40 3
1825 36 35 38 29 3
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1827 36 35 38 40 3
1828 37 35 38 29 3
1829 37 35 38 39 3
1830 37 35 38 40 3
1831 30 41 43 44 3
1832 30 41 43 45 3
1833 42 41 43 44 3
1834 42 41 43 45 3
1835 41 43 45 46 3
1836 41 43 45 47 3
1837 41 43 45 48 3
1838 44 43 45 46 3
1839 44 43 45 47 3
1840 44 43 45 48 3
1841 43 45 48 49 3
1842 43 45 48 50 3
1843 46 45 48 49 3
1844 46 45 48 50 3
1845 47 45 48 49 3
1846 47 45 48 50 3
1847 45 48 50 51 3
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1849 49 48 50 51 3
1850 49 48 50 52 3
1851 48 50 52 53 3
1852 48 50 52 54 3
1853 48 50 52 69 3
1854 51 50 52 53 3
1855 51 50 52 54 3
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1857 50 52 54 55 3
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1862 53 52 54 57 3
1863 69 52 54 55 3
1864 69 52 54 56 3
1865 69 52 54 57 3
1866 50 52 69 70 3
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1870 54 52 69 70 3
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1872 52 54 57 58 3
1873 52 54 57 60 3
1874 55 54 57 58 3
1875 55 54 57 60 3
1876 56 54 57 58 3
1877 56 54 57 60 3
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1879 54 57 58 62 3
1880 60 57 58 59 3
1881 60 57 58 62 3
1882 54 57 60 61 3
1883 54 57 60 64 3
1884 58 57 60 61 3
1885 58 57 60 64 3
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1889 59 58 62 66 3
1890 57 60 64 65 3
1891 57 60 64 66 3
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1893 61 60 64 66 3
1894 58 62 66 64 3
1895 58 62 66 67 3
1896 63 62 66 64 3
1897 63 62 66 67 3
1898 60 64 66 62 3
1899 60 64 66 67 3
1900 65 64 66 62 3
1901 65 64 66 67 3
1902 62 66 67 68 3
1903 64 66 67 68 3
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1905 52 69 71 73 3
1906 70 69 71 72 3
1907 70 69 71 73 3
1908 69 71 73 74 3
1909 69 71 73 75 3
1910 69 71 73 81 3
1911 72 71 73 74 3
1912 72 71 73 75 3
1913 72 71 73 81 3
1914 71 73 75 78 3 dih_ASP_chi1_N_C_C_C
1915 81 73 75 78 3 dih_ASP_chi1_C_C_C_CO
1916 71 73 75 76 3
1917 71 73 75 77 3
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1919 74 73 75 77 3
1920 74 73 75 78 3
1921 81 73 75 76 3
1922 81 73 75 77 3
1923 71 73 81 82 3
1924 71 73 81 83 3
1925 74 73 81 82 3
1926 74 73 81 83 3
1927 75 73 81 82 3
1928 75 73 81 83 3
1929 73 75 78 79 3
1930 73 75 78 80 3
1931 76 75 78 79 3
1932 76 75 78 80 3
1933 77 75 78 79 3
1934 77 75 78 80 3
1935 73 81 83 84 3
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1938 82 81 83 85 3
1939 81 83 85 86 3
1940 81 83 85 87 3
1941 81 83 85 103 3
1942 84 83 85 86 3
1943 84 83 85 87 3
1944 84 83 85 103 3
1945 83 85 87 90 3 dih_LYS_chi1_N_C_C_C
1946 103 85 87 90 3 dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
1947 83 85 87 88 3
1948 83 85 87 89 3
1949 86 85 87 88 3
1950 86 85 87 89 3
1951 86 85 87 90 3
1952 103 85 87 88 3
1953 103 85 87 89 3
1954 83 85 103 104 3
1955 83 85 103 105 3
1956 86 85 103 104 3
1957 86 85 103 105 3
1958 87 85 103 104 3
1959 87 85 103 105 3
1960 85 87 90 91 3
1961 85 87 90 92 3
1962 85 87 90 93 3
1963 88 87 90 91 3
1964 88 87 90 92 3
1965 88 87 90 93 3
1966 89 87 90 91 3
1967 89 87 90 92 3
1968 89 87 90 93 3
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1971 87 90 93 96 3
1972 91 90 93 94 3
1973 91 90 93 95 3
1974 91 90 93 96 3
1975 92 90 93 94 3
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1977 92 90 93 96 3
1978 90 93 96 97 3
1979 90 93 96 98 3
1980 90 93 96 99 3
1981 94 93 96 97 3
1982 94 93 96 98 3
1983 94 93 96 99 3
1984 95 93 96 97 3
1985 95 93 96 98 3
1986 95 93 96 99 3
1987 93 96 99 100 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1988 93 96 99 101 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1989 93 96 99 102 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1990 97 96 99 100 3
1991 97 96 99 101 3
1992 97 96 99 102 3
1993 98 96 99 100 3
1994 98 96 99 101 3
1995 98 96 99 102 3
1996 85 103 105 106 3
1997 85 103 105 107 3
1998 104 103 105 106 3
1999 104 103 105 107 3
2000 103 105 107 108 3
2001 103 105 107 109 3
2002 103 105 107 122 3
2003 106 105 107 108 3
2004 106 105 107 109 3
2005 106 105 107 122 3
2006 105 107 109 111 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
2007 105 107 109 114 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
2008 122 107 109 111 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
2009 122 107 109 114 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
2010 105 107 109 110 3
2011 108 107 109 110 3
2012 108 107 109 111 3
2013 108 107 109 114 3
2014 122 107 109 110 3
2015 105 107 122 123 3
2016 105 107 122 124 3
2017 108 107 122 123 3
2018 108 107 122 124 3
2019 109 107 122 123 3
2020 109 107 122 124 3
2021 107 109 111 112 3
2022 107 109 111 113 3
2023 107 109 111 118 3
2024 110 109 111 112 3
2025 110 109 111 113 3
2026 110 109 111 118 3
2027 114 109 111 112 3
2028 114 109 111 113 3
2029 114 109 111 118 3
2030 107 109 114 115 3
2031 107 109 114 116 3
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2351 230 229 231 233 3
2352 230 229 231 243 3
2353 229 231 233 235 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
2354 229 231 233 239 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
2355 243 231 233 235 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
2356 243 231 233 239 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
2357 229 231 233 234 3
2358 232 231 233 234 3
2359 232 231 233 235 3
2360 232 231 233 239 3
2361 243 231 233 234 3
2362 229 231 243 244 3
2363 229 231 243 245 3
2364 232 231 243 244 3
2365 232 231 243 245 3
2366 233 231 243 244 3
2367 233 231 243 245 3
2368 231 233 235 236 3
2369 231 233 235 237 3
2370 231 233 235 238 3
2371 234 233 235 236 3
2372 234 233 235 237 3
2373 234 233 235 238 3
2374 239 233 235 236 3
2375 239 233 235 237 3
2376 239 233 235 238 3
2377 231 233 239 240 3
2378 231 233 239 241 3
2379 231 233 239 242 3
2380 234 233 239 240 3
2381 234 233 239 241 3
2382 234 233 239 242 3
2383 235 233 239 240 3
2384 235 233 239 241 3
2385 235 233 239 242 3
2386 231 243 245 246 3
2387 231 243 245 247 3
2388 244 243 245 246 3
2389 244 243 245 247 3
2390 243 245 247 248 3
2391 243 245 247 249 3
2392 243 245 247 253 3
2393 246 245 247 248 3
2394 246 245 247 249 3
2395 246 245 247 253 3
2396 245 247 249 250 3
2397 245 247 249 251 3
2398 245 247 249 252 3
2399 248 247 249 250 3
2400 248 247 249 251 3
2401 248 247 249 252 3
2402 253 247 249 250 3
2403 253 247 249 251 3
2404 253 247 249 252 3
2405 245 247 253 254 3
2406 245 247 253 255 3
2407 248 247 253 254 3
2408 248 247 253 255 3
2409 249 247 253 254 3
2410 249 247 253 255 3
2412 [ dihedrals ]
2413 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2414 5 13 11 12 1 improper_O_C_X_Y
2415 11 15 13 14 1 improper_Z_N_X_Y
2416 15 29 27 28 1 improper_O_C_X_Y
2417 27 30 29 38 1 improper_Z_N_X_Y
2418 30 43 41 42 1 improper_O_C_X_Y
2419 41 45 43 44 1 improper_Z_N_X_Y
2420 45 50 48 49 1 improper_O_C_X_Y
2421 48 52 50 51 1 improper_Z_N_X_Y
2422 52 71 69 70 1 improper_O_C_X_Y
2423 54 57 60 58 1 improper_Z_CA_X_Y
2424 57 62 58 59 1 improper_Z_CA_X_Y
2425 57 64 60 61 1 improper_Z_CA_X_Y
2426 58 66 62 63 1 improper_Z_CA_X_Y
2427 60 66 64 65 1 improper_Z_CA_X_Y
2428 62 64 66 67 1 improper_Z_CA_X_Y
2429 69 73 71 72 1 improper_Z_N_X_Y
2430 73 83 81 82 1 improper_O_C_X_Y
2431 75 79 78 80 1 improper_O_C_X_Y
2432 81 85 83 84 1 improper_Z_N_X_Y
2433 85 105 103 104 1 improper_O_C_X_Y
2434 103 107 105 106 1 improper_Z_N_X_Y
2435 107 124 122 123 1 improper_O_C_X_Y
2436 122 125 124 133 1 improper_Z_N_X_Y
2437 125 138 136 137 1 improper_O_C_X_Y
2438 136 140 138 139 1 improper_Z_N_X_Y
2439 140 150 148 149 1 improper_O_C_X_Y
2440 142 146 145 147 1 improper_O_C_X_Y
2441 148 152 150 151 1 improper_Z_N_X_Y
2442 152 171 169 170 1 improper_O_C_X_Y
2443 154 157 160 158 1 improper_Z_CA_X_Y
2444 157 162 158 159 1 improper_Z_CA_X_Y
2445 157 164 160 161 1 improper_Z_CA_X_Y
2446 158 166 162 163 1 improper_Z_CA_X_Y
2447 160 166 164 165 1 improper_Z_CA_X_Y
2448 162 164 166 167 1 improper_Z_CA_X_Y
2449 169 173 171 172 1 improper_Z_N_X_Y
2450 173 188 186 187 1 improper_O_C_X_Y
2451 175 178 180 179 1 improper_Z_CA_X_Y
2452 178 184 180 181 1 improper_Z_CA_X_Y
2453 179 184 182 183 1 improper_Z_CA_X_Y
2454 182 180 184 185 1 improper_Z_N_X_Y
2455 186 190 188 189 1 improper_Z_N_X_Y
2456 190 205 203 204 1 improper_O_C_X_Y
2457 203 207 205 206 1 improper_Z_N_X_Y
2458 207 229 227 228 1 improper_O_C_X_Y
2459 209 212 215 213 1 improper_Z_CA_X_Y
2460 212 216 213 214 1 improper_Z_CA_X_Y
2461 213 218 216 217 1 improper_Z_N_X_Y
2462 218 225 221 222 1 improper_Z_CA_X_Y
2463 220 219 215 223 1 improper_Z_CA_X_Y
2464 221 223 225 226 1 improper_Z_CA_X_Y
2465 224 223 219 225 1 improper_Z_CA_X_Y
2466 227 231 229 230 1 improper_Z_N_X_Y
2467 231 245 243 244 1 improper_O_C_X_Y
2468 243 247 245 246 1 improper_Z_N_X_Y
2469 247 254 253 255 1 improper_O_C_X_Y
2471 ; Include Position restraint file
2472 #ifdef POSRES
2473 #include "posre.itp"
2474 #endif
2476 ; Include water topology
2477 #include "oplsaa.ff/tip4p.itp"
2479 #ifdef POSRES_WATER
2480 ; Position restraint for each water oxygen
2481 [ position_restraints ]
2482 ; i funct fcx fcy fcz
2483 1 1 1000 1000 1000
2484 #endif
2486 ; Include topology for ions
2487 #include "oplsaa.ff/ions.itp"
2489 [ system ]
2490 ; Name
2491 Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2493 [ molecules ]
2494 ; Compound #mols
2495 Protein 1
2496 ]]></String>
2497 </File>
2498 </OutputFiles>
2499 </ReferenceData>