[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForOplsaa_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_13.xml
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4 <OutputFiles Name="Files">
5 <File Name="-o">
6 <GroFile Name="Header">
7 <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">291</Int>
9 </GroFile>
10 </File>
11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 18 THR rtp THR q +1.0
33 1 MNH3 18 THR MN1 1 0 8.51335
34 2 MNH3 18 THR MN2 1 0 8.51335
35 3 opls_287 18 THR N 1 -0.3 0
36 4 opls_290 18 THR H1 1 0.33 0
37 5 opls_290 18 THR H2 1 0.33 0
38 6 opls_290 18 THR H3 1 0.33 0
39 7 opls_293B 18 THR CA 1 0.25 13.019
40 8 opls_140 18 THR HA 1 0.06 0
41 9 opls_158 18 THR CB 2 0.205 13.019
42 10 opls_140 18 THR HB 2 0.06 0
43 11 opls_154 18 THR OG1 2 -0.683 15.9994
44 12 opls_155 18 THR HG1 2 0.418 1.008
45 13 MCH3B 18 THR MCG1 3 0 7.5175
46 14 MCH3B 18 THR MCG2 3 0 7.5175
47 15 opls_135 18 THR CG2 3 -0.18 0
48 16 opls_140 18 THR HG21 3 0.06 0
49 17 opls_140 18 THR HG22 3 0.06 0
50 18 opls_140 18 THR HG23 3 0.06 0
51 19 opls_235 18 THR C 4 0.5 12.011
52 20 opls_236 18 THR O 4 -0.5 15.9994 ; qtot 1
53 ; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
54 21 opls_238 19 VAL N 5 -0.5 15.0147
55 22 opls_241 19 VAL H 5 0.3 0
56 23 opls_224B 19 VAL CA 5 0.14 13.019
57 24 opls_140 19 VAL HA 5 0.06 0
58 25 opls_137 19 VAL CB 6 -0.06 13.019
59 26 opls_140 19 VAL HB 6 0.06 0
60 27 MCH3B 19 VAL MCG1 7 0 7.5175
61 28 MCH3B 19 VAL MCG2 7 0 7.5175
62 29 opls_135 19 VAL CG1 7 -0.18 0
63 30 opls_140 19 VAL HG11 7 0.06 0
64 31 opls_140 19 VAL HG12 7 0.06 0
65 32 opls_140 19 VAL HG13 7 0.06 0
66 33 MCH3B 19 VAL MCG1 8 0 7.5175
67 34 MCH3B 19 VAL MCG2 8 0 7.5175
68 35 opls_135 19 VAL CG2 8 -0.18 0
69 36 opls_140 19 VAL HG21 8 0.06 0
70 37 opls_140 19 VAL HG22 8 0.06 0
71 38 opls_140 19 VAL HG23 8 0.06 0
72 39 opls_235 19 VAL C 9 0.5 12.011
73 40 opls_236 19 VAL O 9 -0.5 15.9994 ; qtot 1
74 ; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
75 41 opls_238 20 TRP N 10 -0.5 15.0147
76 42 opls_241 20 TRP H 10 0.3 0
77 43 opls_224B 20 TRP CA 10 0.14 13.019
78 44 opls_140 20 TRP HA 10 0.06 0
79 45 opls_136 20 TRP CB 11 -0.12 14.027
80 46 opls_140 20 TRP HB1 11 0.06 0
81 47 opls_140 20 TRP HB2 11 0.06 0
82 48 opls_500 20 TRP CG 12 0.075 12.011
83 49 opls_514 20 TRP CD1 13 -0.115 13.019
84 50 opls_146 20 TRP HD1 13 0.115 0
85 51 opls_501 20 TRP CD2 14 -0.055 12.011
86 52 opls_503 20 TRP NE1 15 -0.57 15.0147
87 53 opls_504 20 TRP HE1 15 0.42 0
88 54 opls_502 20 TRP CE2 15 0.13 12.011
89 55 opls_145 20 TRP CE3 16 -0.115 13.019
90 56 opls_146 20 TRP HE3 16 0.115 0
91 57 opls_145 20 TRP CZ2 17 -0.115 13.019
92 58 opls_146 20 TRP HZ2 17 0.115 0
93 59 opls_145 20 TRP CZ3 18 -0.115 13.019
94 60 opls_146 20 TRP HZ3 18 0.115 0
95 61 opls_145 20 TRP CH2 19 -0.115 13.019
96 62 opls_146 20 TRP HH2 19 0.115 0
97 63 opls_235 20 TRP C 20 0.5 12.011
98 64 opls_236 20 TRP O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 1
99 ; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
100 65 opls_238 21 TYR N 21 -0.5 15.0147
101 66 opls_241 21 TYR H 21 0.3 0
102 67 opls_224B 21 TYR CA 21 0.14 13.019
103 68 opls_140 21 TYR HA 21 0.06 0
104 69 opls_149 21 TYR CB 22 -0.005 14.027
105 70 opls_140 21 TYR HB1 22 0.06 0
106 71 opls_140 21 TYR HB2 22 0.06 0
107 72 opls_145 21 TYR CG 22 -0.115 12.011
108 73 opls_145 21 TYR CD1 23 -0.115 13.019
109 74 opls_146 21 TYR HD1 23 0.115 0
110 75 opls_145 21 TYR CD2 24 -0.115 13.019
111 76 opls_146 21 TYR HD2 24 0.115 0
112 77 opls_145 21 TYR CE1 25 -0.115 13.019
113 78 opls_146 21 TYR HE1 25 0.115 0
114 79 opls_145 21 TYR CE2 26 -0.115 13.019
115 80 opls_146 21 TYR HE2 26 0.115 0
116 81 opls_166 21 TYR CZ 27 0.15 12.011
117 82 opls_167 21 TYR OH 27 -0.585 15.9994
118 83 opls_168 21 TYR HH 27 0.435 1.008
119 84 opls_235 21 TYR C 28 0.5 12.011
120 85 opls_236 21 TYR O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
121 ; residue 22 LYS rtp LYSH q +1.0
122 86 opls_238 22 LYS N 29 -0.5 15.0147
123 87 opls_241 22 LYS H 29 0.3 0
124 88 opls_224B 22 LYS CA 29 0.14 13.019
125 89 opls_140 22 LYS HA 29 0.06 0
126 90 opls_136 22 LYS CB 30 -0.12 14.027
127 91 opls_140 22 LYS HB1 30 0.06 0
128 92 opls_140 22 LYS HB2 30 0.06 0
129 93 opls_136 22 LYS CG 31 -0.12 14.027
130 94 opls_140 22 LYS HG1 31 0.06 0
131 95 opls_140 22 LYS HG2 31 0.06 0
132 96 opls_136 22 LYS CD 32 -0.12 14.027
133 97 opls_140 22 LYS HD1 32 0.06 0
134 98 opls_140 22 LYS HD2 32 0.06 0
135 99 opls_292 22 LYS CE 33 0.19 14.027
136 100 opls_140 22 LYS HE1 33 0.06 0
137 101 opls_140 22 LYS HE2 33 0.06 0
138 102 MNH3 22 LYS MNZ1 34 0 8.51535
139 103 MNH3 22 LYS MNZ2 34 0 8.51535
140 104 opls_287 22 LYS NZ 34 -0.3 0
141 105 opls_290 22 LYS HZ1 34 0.33 0
142 106 opls_290 22 LYS HZ2 34 0.33 0
143 107 opls_290 22 LYS HZ3 34 0.33 0
144 108 opls_235 22 LYS C 35 0.5 12.011
145 109 opls_236 22 LYS O 35 -0.5 15.9994 ; qtot 2
146 ; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
147 110 opls_238 23 GLU N 36 -0.5 15.0147
148 111 opls_241 23 GLU H 36 0.3 0
149 112 opls_224B 23 GLU CA 36 0.14 13.019
150 113 opls_140 23 GLU HA 36 0.06 0
151 114 opls_136 23 GLU CB 37 -0.12 14.027
152 115 opls_140 23 GLU HB1 37 0.06 0
153 116 opls_140 23 GLU HB2 37 0.06 0
154 117 opls_274 23 GLU CG 38 -0.22 14.027
155 118 opls_140 23 GLU HG1 38 0.06 0
156 119 opls_140 23 GLU HG2 38 0.06 0
157 120 opls_271 23 GLU CD 39 0.7 12.011
158 121 opls_272 23 GLU OE1 39 -0.8 15.9994
159 122 opls_272 23 GLU OE2 39 -0.8 15.9994
160 123 opls_235 23 GLU C 40 0.5 12.011
161 124 opls_236 23 GLU O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
162 ; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
163 125 opls_238 24 TRP N 41 -0.5 15.0147
164 126 opls_241 24 TRP H 41 0.3 0
165 127 opls_224B 24 TRP CA 41 0.14 13.019
166 128 opls_140 24 TRP HA 41 0.06 0
167 129 opls_136 24 TRP CB 42 -0.12 14.027
168 130 opls_140 24 TRP HB1 42 0.06 0
169 131 opls_140 24 TRP HB2 42 0.06 0
170 132 opls_500 24 TRP CG 43 0.075 12.011
171 133 opls_514 24 TRP CD1 44 -0.115 13.019
172 134 opls_146 24 TRP HD1 44 0.115 0
173 135 opls_501 24 TRP CD2 45 -0.055 12.011
174 136 opls_503 24 TRP NE1 46 -0.57 15.0147
175 137 opls_504 24 TRP HE1 46 0.42 0
176 138 opls_502 24 TRP CE2 46 0.13 12.011
177 139 opls_145 24 TRP CE3 47 -0.115 13.019
178 140 opls_146 24 TRP HE3 47 0.115 0
179 141 opls_145 24 TRP CZ2 48 -0.115 13.019
180 142 opls_146 24 TRP HZ2 48 0.115 0
181 143 opls_145 24 TRP CZ3 49 -0.115 13.019
182 144 opls_146 24 TRP HZ3 49 0.115 0
183 145 opls_145 24 TRP CH2 50 -0.115 13.019
184 146 opls_146 24 TRP HH2 50 0.115 0
185 147 opls_235 24 TRP C 51 0.5 12.011
186 148 opls_236 24 TRP O 51 -0.5 15.9994 ; qtot 1
187 ; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
188 149 opls_239 25 PRO N 52 -0.14 14.0067
189 150 opls_246 25 PRO CA 52 0.01 13.019
190 151 opls_140 25 PRO HA 52 0.06 0
191 152 opls_136 25 PRO CB 53 -0.12 14.027
192 153 opls_140 25 PRO HB1 53 0.06 0
193 154 opls_140 25 PRO HB2 53 0.06 0
194 155 opls_136 25 PRO CG 54 -0.12 14.027
195 156 opls_140 25 PRO HG1 54 0.06 0
196 157 opls_140 25 PRO HG2 54 0.06 0
197 158 opls_245 25 PRO CD 55 -0.05 14.027
198 159 opls_140 25 PRO HD1 55 0.06 0
199 160 opls_140 25 PRO HD2 55 0.06 0
200 161 opls_235 25 PRO C 56 0.5 12.011
201 162 opls_236 25 PRO O 56 -0.5 15.9994 ; qtot 1
202 ; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
203 163 opls_239 26 PRO N 57 -0.14 14.0067
204 164 opls_246 26 PRO CA 57 0.01 13.019
205 165 opls_140 26 PRO HA 57 0.06 0
206 166 opls_136 26 PRO CB 58 -0.12 14.027
207 167 opls_140 26 PRO HB1 58 0.06 0
208 168 opls_140 26 PRO HB2 58 0.06 0
209 169 opls_136 26 PRO CG 59 -0.12 14.027
210 170 opls_140 26 PRO HG1 59 0.06 0
211 171 opls_140 26 PRO HG2 59 0.06 0
212 172 opls_245 26 PRO CD 60 -0.05 14.027
213 173 opls_140 26 PRO HD1 60 0.06 0
214 174 opls_140 26 PRO HD2 60 0.06 0
215 175 opls_235 26 PRO C 61 0.5 12.011
216 176 opls_236 26 PRO O 61 -0.5 15.9994 ; qtot 1
217 ; residue 27 CYS rtp CYSH q 0.0
218 177 opls_238 27 CYS N 62 -0.5 15.0147
219 178 opls_241 27 CYS H 62 0.3 0
220 179 opls_224B 27 CYS CA 62 0.14 13.019
221 180 opls_140 27 CYS HA 62 0.06 0
222 181 opls_206 27 CYS CB 63 0.06 14.027
223 182 opls_140 27 CYS HB1 63 0.06 0
224 183 opls_140 27 CYS HB2 63 0.06 0
225 184 opls_200 27 CYS SG 64 -0.335 32.06
226 185 opls_204 27 CYS HG 64 0.155 1.008
227 186 opls_235 27 CYS C 65 0.5 12.011
228 187 opls_236 27 CYS O 65 -0.5 15.9994 ; qtot 1
229 ; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
230 188 opls_238 28 ARG N 66 -0.5 15.0147
231 189 opls_241 28 ARG H 66 0.3 0
232 190 opls_224B 28 ARG CA 66 0.14 13.019
233 191 opls_140 28 ARG HA 66 0.06 0
234 192 opls_136 28 ARG CB 67 -0.12 14.027
235 193 opls_140 28 ARG HB1 67 0.06 0
236 194 opls_140 28 ARG HB2 67 0.06 0
237 195 opls_308 28 ARG CG 68 -0.05 14.027
238 196 opls_140 28 ARG HG1 68 0.06 0
239 197 opls_140 28 ARG HG2 68 0.06 0
240 198 opls_307 28 ARG CD 69 0.19 14.027
241 199 opls_140 28 ARG HD1 69 0.06 0
242 200 opls_140 28 ARG HD2 69 0.06 0
243 201 opls_303 28 ARG NE 70 -0.7 15.0147
244 202 opls_304 28 ARG HE 70 0.44 0
245 203 opls_302 28 ARG CZ 70 0.64 12.011
246 204 opls_300 28 ARG NH1 71 -0.8 16.0227
247 205 opls_301 28 ARG HH11 71 0.46 0
248 206 opls_301 28 ARG HH12 71 0.46 0
249 207 opls_300 28 ARG NH2 72 -0.8 16.0227
250 208 opls_301 28 ARG HH21 72 0.46 0
251 209 opls_301 28 ARG HH22 72 0.46 0
252 210 opls_235 28 ARG C 73 0.5 12.011
253 211 opls_236 28 ARG O 73 -0.5 15.9994 ; qtot 2
254 ; residue 29 HIS rtp HISE q 0.0
255 212 opls_238 29 HIS N 74 -0.5 15.0147
256 213 opls_241 29 HIS H 74 0.3 0
257 214 opls_224B 29 HIS CA 74 0.14 13.019
258 215 opls_140 29 HIS HA 74 0.06 0
259 216 opls_505 29 HIS CB 75 -0.005 14.027
260 217 opls_140 29 HIS HB1 75 0.06 0
261 218 opls_140 29 HIS HB2 75 0.06 0
262 219 opls_507 29 HIS CG 76 -0.015 12.011
263 220 opls_511 29 HIS ND1 76 -0.49 14.0067
264 221 opls_508 29 HIS CD2 77 0.015 13.019
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1391 284 288 1
1392 286 288 1
1394 [ angles ]
1395 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1396 4 3 5 1
1397 4 3 6 1
1398 4 3 7 1
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1679 162 161 163 1
1680 161 163 164 1
1681 161 163 172 1
1682 164 163 172 1
1683 163 164 165 1
1684 163 164 166 1
1685 163 164 175 1
1686 165 164 166 1
1687 165 164 175 1
1688 166 164 175 1
1689 164 166 167 1
1690 164 166 168 1
1691 164 166 169 1
1692 167 166 168 1
1693 167 166 169 1
1694 168 166 169 1
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1698 170 169 171 1
1699 170 169 172 1
1700 171 169 172 1
1701 163 172 169 1
1702 163 172 173 1
1703 163 172 174 1
1704 169 172 173 1
1705 169 172 174 1
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1728 187 186 188 1
1729 186 188 189 1
1730 186 188 190 1
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1734 188 190 210 1
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1737 192 190 210 1
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1740 190 192 195 1
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1743 194 192 195 1
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1749 197 195 198 1
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1751 195 198 200 1
1752 195 198 201 1
1753 199 198 200 1
1754 199 198 201 1
1755 200 198 201 1
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1757 198 201 203 1
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1760 201 203 207 1
1761 204 203 207 1
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1763 203 204 206 1
1764 205 204 206 1
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1766 203 207 209 1
1767 208 207 209 1
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1769 190 210 212 1
1770 211 210 212 1
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1772 210 212 214 1
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1776 212 214 227 1
1777 215 214 216 1
1778 215 214 227 1
1779 216 214 227 1
1780 214 216 217 1
1781 214 216 218 1
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1783 217 216 218 1
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1785 218 216 219 1
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1787 216 219 221 1
1788 220 219 221 1
1789 219 220 223 1
1790 219 221 222 1
1791 219 221 225 1
1792 222 221 225 1
1793 220 223 224 1
1794 220 223 225 1
1795 224 223 225 1
1796 221 225 223 1
1797 221 225 226 1
1798 223 225 226 1
1799 214 227 228 1
1800 214 227 229 1
1801 228 227 229 1
1802 227 229 230 1
1803 227 229 231 1
1804 230 229 231 1
1805 229 231 232 1
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1808 232 231 233 1
1809 232 231 241 1
1810 233 231 241 1
1811 231 233 234 1
1812 231 233 235 1
1813 231 233 236 1
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1819 237 236 238 1
1820 236 238 239 1
1821 236 238 240 1
1822 239 238 240 1
1823 231 241 242 1
1824 231 241 243 1
1825 242 241 243 1
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1827 241 243 245 1
1828 244 243 245 1
1829 243 245 246 1
1830 243 245 247 1
1831 243 245 252 1
1832 246 245 247 1
1833 246 245 252 1
1834 247 245 252 1
1835 245 247 248 1
1836 245 247 249 1
1837 245 247 250 1
1838 248 247 249 1
1839 248 247 250 1
1840 249 247 250 1
1841 247 250 251 1
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1843 245 252 254 1
1844 253 252 254 1
1845 252 254 255 1
1846 252 254 256 1
1847 255 254 256 1
1848 254 256 257 1
1849 254 256 258 1
1850 254 256 269 1
1851 257 256 258 1
1852 257 256 269 1
1853 258 256 269 1
1854 256 258 259 1
1855 256 258 260 1
1856 256 258 261 1
1857 259 258 260 1
1858 259 258 261 1
1859 260 258 261 1
1860 258 261 262 1
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1862 262 261 263 1
1863 261 262 265 1
1864 261 263 264 1
1865 261 263 267 1
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1867 262 265 266 1
1868 262 265 267 1
1869 266 265 267 1
1870 263 267 265 1
1871 263 267 268 1
1872 265 267 268 1
1873 256 269 270 1
1874 256 269 271 1
1875 270 269 271 1
1876 269 271 272 1
1877 269 271 273 1
1878 272 271 273 1
1879 271 273 274 1
1880 271 273 275 1
1881 271 273 289 1
1882 274 273 275 1
1883 274 273 289 1
1884 275 273 289 1
1885 273 275 276 1
1886 273 275 277 1
1887 273 275 278 1
1888 276 275 277 1
1889 276 275 278 1
1890 277 275 278 1
1891 275 278 279 1
1892 275 278 281 1
1893 279 278 281 1
1894 278 279 280 1
1895 278 279 283 1
1896 280 279 283 1
1897 278 281 282 1
1898 278 281 285 1
1899 282 281 285 1
1900 279 283 284 1
1901 279 283 287 1
1902 284 283 287 1
1903 281 285 286 1
1904 281 285 287 1
1905 286 285 287 1
1906 283 287 285 1
1907 283 287 288 1
1908 285 287 288 1
1909 273 289 290 1
1910 273 289 291 1
1911 290 289 291 1
1913 [ dihedrals ]
1914 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1915 4 3 7 8 3
1916 4 3 7 9 3
1917 4 3 7 19 3
1918 5 3 7 8 3
1919 5 3 7 9 3
1920 5 3 7 19 3
1921 6 3 7 8 3
1922 6 3 7 9 3
1923 6 3 7 19 3
1924 3 7 9 11 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
1925 19 7 9 11 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
1926 3 7 9 10 3
1927 3 7 9 15 3
1928 8 7 9 10 3
1929 8 7 9 11 3
1930 8 7 9 15 3
1931 19 7 9 10 3
1932 19 7 9 15 3
1933 3 7 19 20 3
1934 3 7 19 21 3
1935 8 7 19 20 3
1936 8 7 19 21 3
1937 9 7 19 20 3
1938 9 7 19 21 3
1939 7 9 11 12 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
1940 10 9 11 12 3
1941 15 9 11 12 3
1942 7 9 15 16 3
1943 7 9 15 17 3
1944 7 9 15 18 3
1945 10 9 15 16 3
1946 10 9 15 17 3
1947 10 9 15 18 3
1948 11 9 15 16 3
1949 11 9 15 17 3
1950 11 9 15 18 3
1951 7 19 21 22 3
1952 7 19 21 23 3
1953 20 19 21 22 3
1954 20 19 21 23 3
1955 19 21 23 24 3
1956 19 21 23 25 3
1957 19 21 23 39 3
1958 22 21 23 24 3
1959 22 21 23 25 3
1960 22 21 23 39 3
1961 21 23 25 29 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
1962 21 23 25 35 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
1963 39 23 25 29 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
1964 39 23 25 35 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
1965 21 23 25 26 3
1966 24 23 25 26 3
1967 24 23 25 29 3
1968 24 23 25 35 3
1969 39 23 25 26 3
1970 21 23 39 40 3
1971 21 23 39 41 3
1972 24 23 39 40 3
1973 24 23 39 41 3
1974 25 23 39 40 3
1975 25 23 39 41 3
1976 23 25 29 30 3
1977 23 25 29 31 3
1978 23 25 29 32 3
1979 26 25 29 30 3
1980 26 25 29 31 3
1981 26 25 29 32 3
1982 35 25 29 30 3
1983 35 25 29 31 3
1984 35 25 29 32 3
1985 23 25 35 36 3
1986 23 25 35 37 3
1987 23 25 35 38 3
1988 26 25 35 36 3
1989 26 25 35 37 3
1990 26 25 35 38 3
1991 29 25 35 36 3
1992 29 25 35 37 3
1993 29 25 35 38 3
1994 23 39 41 42 3
1995 23 39 41 43 3
1996 40 39 41 42 3
1997 40 39 41 43 3
1998 39 41 43 44 3
1999 39 41 43 45 3
2000 39 41 43 63 3
2001 42 41 43 44 3
2002 42 41 43 45 3
2003 42 41 43 63 3
2004 41 43 45 48 3 dih_TRP_chi1_N_C_C_C
2005 63 43 45 48 3 dih_TRP_chi1_C_C_C_CO
2006 41 43 45 46 3
2007 41 43 45 47 3
2008 44 43 45 46 3
2009 44 43 45 47 3
2010 44 43 45 48 3
2011 63 43 45 46 3
2012 63 43 45 47 3
2013 41 43 63 64 3
2014 41 43 63 65 3
2015 44 43 63 64 3
2016 44 43 63 65 3
2017 45 43 63 64 3
2018 45 43 63 65 3
2019 43 45 48 49 3
2020 43 45 48 51 3
2021 46 45 48 49 3
2022 46 45 48 51 3
2023 47 45 48 49 3
2024 47 45 48 51 3
2025 45 48 49 50 3
2026 45 48 49 52 3
2027 51 48 49 50 3
2028 51 48 49 52 3
2029 45 48 51 54 3
2030 45 48 51 55 3
2031 49 48 51 54 3
2032 49 48 51 55 3
2033 48 49 52 53 3
2034 48 49 52 54 3
2035 50 49 52 53 3
2036 50 49 52 54 3
2037 48 51 54 52 3
2038 48 51 54 57 3
2039 55 51 54 52 3
2040 55 51 54 57 3
2041 48 51 55 56 3
2042 48 51 55 59 3
2043 54 51 55 56 3
2044 54 51 55 59 3
2045 49 52 54 51 3
2046 49 52 54 57 3
2047 53 52 54 51 3
2048 53 52 54 57 3
2049 51 54 57 58 3
2050 51 54 57 61 3
2051 52 54 57 58 3
2052 52 54 57 61 3
2053 51 55 59 60 3
2054 51 55 59 61 3
2055 56 55 59 60 3
2056 56 55 59 61 3
2057 54 57 61 59 3
2058 54 57 61 62 3
2059 58 57 61 59 3
2060 58 57 61 62 3
2061 55 59 61 57 3
2062 55 59 61 62 3
2063 60 59 61 57 3
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2402 177 179 181 184 3 dih_CYS_chi1_N_C_C_S
2403 186 179 181 184 3 dih_CYS_chi1_CO_C_C_S
2404 177 179 181 182 3
2405 177 179 181 183 3
2406 180 179 181 182 3
2407 180 179 181 183 3
2408 180 179 181 184 3
2409 186 179 181 182 3
2410 186 179 181 183 3
2411 177 179 186 187 3
2412 177 179 186 188 3
2413 180 179 186 187 3
2414 180 179 186 188 3
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2419 183 181 184 185 3
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2421 179 186 188 190 3
2422 187 186 188 189 3
2423 187 186 188 190 3
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2426 186 188 190 210 3
2427 189 188 190 191 3
2428 189 188 190 192 3
2429 189 188 190 210 3
2430 188 190 192 195 3 dih_ARG_chi1_N_C_C_C
2431 210 190 192 195 3 dih_ARG_chi1_C_C_C_CO
2432 188 190 192 193 3
2433 188 190 192 194 3
2434 191 190 192 193 3
2435 191 190 192 194 3
2436 191 190 192 195 3
2437 210 190 192 193 3
2438 210 190 192 194 3
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2440 188 190 210 212 3
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2442 191 190 210 212 3
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2447 190 192 195 198 3
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2450 193 192 195 198 3
2451 194 192 195 196 3
2452 194 192 195 197 3
2453 194 192 195 198 3
2454 192 195 198 199 3
2455 192 195 198 200 3
2456 192 195 198 201 3
2457 196 195 198 199 3
2458 196 195 198 200 3
2459 196 195 198 201 3
2460 197 195 198 199 3
2461 197 195 198 200 3
2462 197 195 198 201 3
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2464 195 198 201 203 3
2465 199 198 201 202 3
2466 199 198 201 203 3
2467 200 198 201 202 3
2468 200 198 201 203 3
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2472 202 201 203 207 3
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2475 207 203 204 205 3
2476 207 203 204 206 3
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2478 201 203 207 209 3
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2480 204 203 207 209 3
2481 190 210 212 213 3
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2491 212 214 216 219 3 dih_HIS_chi1_N_C_C_C
2492 227 214 216 219 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
2493 212 214 216 217 3
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2498 227 214 216 217 3
2499 227 214 216 218 3
2500 212 214 227 228 3
2501 212 214 227 229 3
2502 215 214 227 228 3
2503 215 214 227 229 3
2504 216 214 227 228 3
2505 216 214 227 229 3
2506 214 216 219 220 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
2507 214 216 219 221 3
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2509 217 216 219 221 3
2510 218 216 219 220 3
2511 218 216 219 221 3
2512 216 219 220 223 3
2513 221 219 220 223 3
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2516 220 219 221 222 3
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2519 219 220 223 225 3
2520 219 221 225 223 3
2521 219 221 225 226 3
2522 222 221 225 223 3
2523 222 221 225 226 3
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2525 220 223 225 226 3
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2534 227 229 231 241 3
2535 230 229 231 232 3
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2552 233 231 241 243 3
2553 231 233 236 238 3 dih_ASN_chi2_C_C_CO_N
2554 231 233 236 237 3
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2561 237 236 238 239 3
2562 237 236 238 240 3
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2564 231 241 243 245 3
2565 242 241 243 244 3
2566 242 241 243 245 3
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2573 243 245 247 250 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
2574 252 245 247 250 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
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2580 252 245 247 248 3
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2585 246 245 252 254 3
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2587 247 245 252 254 3
2588 245 247 250 251 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
2589 248 247 250 251 3
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2593 253 252 254 255 3
2594 253 252 254 256 3
2595 252 254 256 257 3
2596 252 254 256 258 3
2597 252 254 256 269 3
2598 255 254 256 257 3
2599 255 254 256 258 3
2600 255 254 256 269 3
2601 254 256 258 261 3 dih_HIS_chi1_N_C_C_C
2602 269 256 258 261 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
2603 254 256 258 259 3
2604 254 256 258 260 3
2605 257 256 258 259 3
2606 257 256 258 260 3
2607 257 256 258 261 3
2608 269 256 258 259 3
2609 269 256 258 260 3
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2611 254 256 269 271 3
2612 257 256 269 270 3
2613 257 256 269 271 3
2614 258 256 269 270 3
2615 258 256 269 271 3
2616 256 258 261 262 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
2617 256 258 261 263 3
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2623 263 261 262 265 3
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2631 261 263 267 268 3
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2633 264 263 267 268 3
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2636 266 265 267 263 3
2637 266 265 267 268 3
2638 256 269 271 272 3
2639 256 269 271 273 3
2640 270 269 271 272 3
2641 270 269 271 273 3
2642 269 271 273 274 3
2643 269 271 273 275 3
2644 269 271 273 289 3
2645 272 271 273 274 3
2646 272 271 273 275 3
2647 272 271 273 289 3
2648 271 273 275 276 3
2649 271 273 275 277 3
2650 271 273 275 278 3
2651 274 273 275 276 3
2652 274 273 275 277 3
2653 274 273 275 278 3
2654 289 273 275 276 3
2655 289 273 275 277 3
2656 289 273 275 278 3
2657 271 273 289 290 3
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2663 273 275 278 279 3
2664 273 275 278 281 3
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2666 276 275 278 281 3
2667 277 275 278 279 3
2668 277 275 278 281 3
2669 275 278 279 280 3
2670 275 278 279 283 3
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2672 281 278 279 283 3
2673 275 278 281 282 3
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2680 280 279 283 287 3
2681 278 281 285 286 3
2682 278 281 285 287 3
2683 282 281 285 286 3
2684 282 281 285 287 3
2685 279 283 287 285 3
2686 279 283 287 288 3
2687 284 283 287 285 3
2688 284 283 287 288 3
2689 281 285 287 283 3
2690 281 285 287 288 3
2691 286 285 287 283 3
2692 286 285 287 288 3
2694 [ dihedrals ]
2695 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2696 7 21 19 20 1 improper_O_C_X_Y
2697 19 23 21 22 1 improper_Z_N_X_Y
2698 23 41 39 40 1 improper_O_C_X_Y
2699 39 43 41 42 1 improper_Z_N_X_Y
2700 43 65 63 64 1 improper_O_C_X_Y
2701 45 48 51 49 1 improper_Z_CA_X_Y
2702 48 52 49 50 1 improper_Z_CA_X_Y
2703 49 54 52 53 1 improper_Z_N_X_Y
2704 54 61 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
2705 56 55 51 59 1 improper_Z_CA_X_Y
2706 57 59 61 62 1 improper_Z_CA_X_Y
2707 60 59 55 61 1 improper_Z_CA_X_Y
2708 63 67 65 66 1 improper_Z_N_X_Y
2709 67 86 84 85 1 improper_O_C_X_Y
2710 69 72 75 73 1 improper_Z_CA_X_Y
2711 72 77 73 74 1 improper_Z_CA_X_Y
2712 72 79 75 76 1 improper_Z_CA_X_Y
2713 73 81 77 78 1 improper_Z_CA_X_Y
2714 75 81 79 80 1 improper_Z_CA_X_Y
2715 77 79 81 82 1 improper_Z_CA_X_Y
2716 84 88 86 87 1 improper_Z_N_X_Y
2717 88 110 108 109 1 improper_O_C_X_Y
2718 108 112 110 111 1 improper_Z_N_X_Y
2719 112 125 123 124 1 improper_O_C_X_Y
2720 117 121 120 122 1 improper_O_C_X_Y
2721 123 127 125 126 1 improper_Z_N_X_Y
2722 127 149 147 148 1 improper_O_C_X_Y
2723 129 132 135 133 1 improper_Z_CA_X_Y
2724 132 136 133 134 1 improper_Z_CA_X_Y
2725 133 138 136 137 1 improper_Z_N_X_Y
2726 138 145 141 142 1 improper_Z_CA_X_Y
2727 140 139 135 143 1 improper_Z_CA_X_Y
2728 141 143 145 146 1 improper_Z_CA_X_Y
2729 144 143 139 145 1 improper_Z_CA_X_Y
2730 147 150 149 158 1 improper_Z_N_X_Y
2731 150 163 161 162 1 improper_O_C_X_Y
2732 161 164 163 172 1 improper_Z_N_X_Y
2733 164 177 175 176 1 improper_O_C_X_Y
2734 175 179 177 178 1 improper_Z_N_X_Y
2735 179 188 186 187 1 improper_O_C_X_Y
2736 186 190 188 189 1 improper_Z_N_X_Y
2737 190 212 210 211 1 improper_O_C_X_Y
2738 198 203 201 202 1 improper_Z_N_X_Y
2739 201 204 203 207 1 improper_O_C_X_Y
2740 203 205 204 206 1 improper_Z_N_X_Y
2741 203 208 207 209 1 improper_Z_N_X_Y
2742 210 214 212 213 1 improper_Z_N_X_Y
2743 214 229 227 228 1 improper_O_C_X_Y
2744 216 219 221 220 1 improper_Z_CA_X_Y
2745 219 225 221 222 1 improper_Z_CA_X_Y
2746 220 225 223 224 1 improper_Z_CA_X_Y
2747 223 221 225 226 1 improper_Z_N_X_Y
2748 227 231 229 230 1 improper_Z_N_X_Y
2749 231 243 241 242 1 improper_O_C_X_Y
2750 233 238 236 237 1 improper_O_C_X_Y
2751 236 239 238 240 1 improper_Z_N_X_Y
2752 241 245 243 244 1 improper_Z_N_X_Y
2753 245 254 252 253 1 improper_O_C_X_Y
2754 252 256 254 255 1 improper_Z_N_X_Y
2755 256 271 269 270 1 improper_O_C_X_Y
2756 258 261 263 262 1 improper_Z_CA_X_Y
2757 261 267 263 264 1 improper_Z_CA_X_Y
2758 262 267 265 266 1 improper_Z_CA_X_Y
2759 265 263 267 268 1 improper_Z_N_X_Y
2760 269 273 271 272 1 improper_Z_N_X_Y
2761 273 290 289 291 1 improper_O_C_X_Y
2762 275 278 281 279 1 improper_Z_CA_X_Y
2763 278 283 279 280 1 improper_Z_CA_X_Y
2764 278 285 281 282 1 improper_Z_CA_X_Y
2765 279 287 283 284 1 improper_Z_CA_X_Y
2766 281 287 285 286 1 improper_Z_CA_X_Y
2767 283 285 287 288 1 improper_Z_CA_X_Y
2769 [ virtual_sites3 ]
2770 ; ai aj ak al funct c0 c1
2771 3 7 1 2 1
2772 4 7 1 2 1
2773 15 9 13 14 1
2774 16 9 13 14 1
2775 29 25 27 28 1
2776 30 25 27 28 1
2777 35 25 33 34 1
2778 36 25 33 34 1
2779 104 99 102 103 1
2780 105 99 102 103 1
2782 [ virtual_sites3 ]
2783 ; ai aj ak al funct c0 c1
2784 22 21 19 23 2
2785 42 41 39 43 2
2786 50 49 48 52 2
2787 53 52 49 54 2
2788 56 55 51 59 2
2789 58 57 54 61 2
2790 60 59 55 61 2
2791 62 61 57 59 2
2792 66 65 63 67 2
2793 74 73 72 77 2
2794 76 75 72 79 2
2795 78 77 73 81 2
2796 80 79 75 81 2
2797 87 86 84 88 2
2798 111 110 108 112 2
2799 126 125 123 127 2
2800 134 133 132 136 2
2801 137 136 133 138 2
2802 140 139 135 143 2
2803 142 141 138 145 2
2804 144 143 139 145 2
2805 146 145 141 143 2
2806 178 177 175 179 2
2807 189 188 186 190 2
2808 202 201 198 203 2
2809 213 212 210 214 2
2810 222 221 219 225 2
2811 224 223 220 225 2
2812 226 225 221 223 2
2813 230 229 227 231 2
2814 244 243 241 245 2
2815 255 254 252 256 2
2816 264 263 261 267 2
2817 266 265 262 267 2
2818 268 267 263 265 2
2819 272 271 269 273 2
2820 280 279 278 283 2
2821 282 281 278 285 2
2822 284 283 279 287 2
2823 286 285 281 287 2
2824 288 287 283 285 2
2826 [ virtual_sites3 ]
2827 ; ai aj ak al funct c0 c1
2828 205 204 203 201 3
2829 206 204 203 201 -3
2830 208 207 203 201 3
2831 209 207 203 201 -3
2832 239 238 236 233 3
2833 240 238 236 233 -3
2835 [ virtual_sites3 ]
2836 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2
2837 5 7 1 2 -4
2838 6 7 1 2 4
2839 17 9 13 14 -4
2840 18 9 13 14 4
2841 31 25 27 28 -4
2842 32 25 27 28 4
2843 37 25 33 34 -4
2844 38 25 33 34 4
2845 46 45 43 48 4
2846 47 45 43 48 -4
2847 70 69 67 72 4
2848 71 69 67 72 -4
2849 91 90 88 93 4
2850 92 90 88 93 -4
2851 94 93 90 96 4
2852 95 93 90 96 -4
2853 97 96 93 99 4
2854 98 96 93 99 -4
2855 100 99 96 104 4
2856 101 99 96 104 -4
2857 106 99 102 103 -4
2858 107 99 102 103 4
2859 115 114 112 117 4
2860 116 114 112 117 -4
2861 118 117 114 120 4
2862 119 117 114 120 -4
2863 130 129 127 132 4
2864 131 129 127 132 -4
2865 153 152 150 155 4
2866 154 152 150 155 -4
2867 156 155 152 158 4
2868 157 155 152 158 -4
2869 159 158 149 155 4
2870 160 158 149 155 -4
2871 167 166 164 169 4
2872 168 166 164 169 -4
2873 170 169 166 172 4
2874 171 169 166 172 -4
2875 173 172 163 169 4
2876 174 172 163 169 -4
2877 182 181 179 184 4
2878 183 181 179 184 -4
2879 193 192 190 195 4
2880 194 192 190 195 -4
2881 196 195 192 198 4
2882 197 195 192 198 -4
2883 199 198 195 201 4
2884 200 198 195 201 -4
2885 217 216 214 219 4
2886 218 216 214 219 -4
2887 234 233 231 236 4
2888 235 233 231 236 -4
2889 248 247 245 250 4
2890 249 247 245 250 -4
2891 259 258 256 261 4
2892 260 258 256 261 -4
2893 276 275 273 278 4
2894 277 275 273 278 -4
2896 [ virtual_sites4 ]
2897 ; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
2898 8 7 3 9 19 2
2899 10 9 11 7 15 2
2900 24 23 21 25 39 2
2901 26 25 23 29 35 2
2902 44 43 41 45 63 2
2903 68 67 65 69 84 2
2904 89 88 86 90 108 2
2905 113 112 110 114 123 2
2906 128 127 125 129 147 2
2907 151 150 149 152 161 2
2908 165 164 163 166 175 2
2909 180 179 177 181 186 2
2910 191 190 188 192 210 2
2911 215 214 212 216 227 2
2912 232 231 229 233 241 2
2913 246 245 243 247 252 2
2914 257 256 254 258 269 2
2915 274 273 271 275 289 2
2917 ; Include Position restraint file
2918 #ifdef POSRES
2919 #include "posre.itp"
2920 #endif
2922 ; Include water topology
2923 #include "oplsaa.ff/tip4p.itp"
2925 #ifdef POSRES_WATER
2926 ; Position restraint for each water oxygen
2927 [ position_restraints ]
2928 ; i funct fcx fcy fcz
2929 1 1 1000 1000 1000
2930 #endif
2932 ; Include topology for ions
2933 #include "oplsaa.ff/ions.itp"
2935 [ system ]
2936 ; Name
2937 Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2939 [ molecules ]
2940 ; Compound #mols
2941 Protein 1
2942 ]]></String>
2943 </File>
2944 </OutputFiles>
2945 </ReferenceData>