[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForOplsaa_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_22.xml
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4 <OutputFiles Name="Files">
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6 <GroFile Name="Header">
7 <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">277</Int>
9 </GroFile>
10 </File>
11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 34 ALA rtp ALA q +1.0
33 1 MNH3 34 ALA MN1 1 0 8.51335
34 2 MNH3 34 ALA MN2 1 0 8.51335
35 3 opls_287 34 ALA N 1 -0.3 0
36 4 opls_290 34 ALA H1 1 0.33 0
37 5 opls_290 34 ALA H2 1 0.33 0
38 6 opls_290 34 ALA H3 1 0.33 0
39 7 opls_293B 34 ALA CA 1 0.25 13.019
40 8 opls_140 34 ALA HA 1 0.06 0
41 9 MCH3B 34 ALA MCB1 2 0 7.5175
42 10 MCH3B 34 ALA MCB2 2 0 7.5175
43 11 opls_135 34 ALA CB 2 -0.18 0
44 12 opls_140 34 ALA HB1 2 0.06 0
45 13 opls_140 34 ALA HB2 2 0.06 0
46 14 opls_140 34 ALA HB3 2 0.06 0
47 15 opls_235 34 ALA C 3 0.5 12.011
48 16 opls_236 34 ALA O 3 -0.5 15.9994 ; qtot 1
49 ; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
50 17 opls_238 35 VAL N 4 -0.5 15.0147
51 18 opls_241 35 VAL H 4 0.3 0
52 19 opls_224B 35 VAL CA 4 0.14 13.019
53 20 opls_140 35 VAL HA 4 0.06 0
54 21 opls_137 35 VAL CB 5 -0.06 13.019
55 22 opls_140 35 VAL HB 5 0.06 0
56 23 MCH3B 35 VAL MCG1 6 0 7.5175
57 24 MCH3B 35 VAL MCG2 6 0 7.5175
58 25 opls_135 35 VAL CG1 6 -0.18 0
59 26 opls_140 35 VAL HG11 6 0.06 0
60 27 opls_140 35 VAL HG12 6 0.06 0
61 28 opls_140 35 VAL HG13 6 0.06 0
62 29 MCH3B 35 VAL MCG1 7 0 7.5175
63 30 MCH3B 35 VAL MCG2 7 0 7.5175
64 31 opls_135 35 VAL CG2 7 -0.18 0
65 32 opls_140 35 VAL HG21 7 0.06 0
66 33 opls_140 35 VAL HG22 7 0.06 0
67 34 opls_140 35 VAL HG23 7 0.06 0
68 35 opls_235 35 VAL C 8 0.5 12.011
69 36 opls_236 35 VAL O 8 -0.5 15.9994 ; qtot 1
70 ; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
71 37 opls_239 36 PRO N 9 -0.14 14.0067
72 38 opls_246 36 PRO CA 9 0.01 13.019
73 39 opls_140 36 PRO HA 9 0.06 0
74 40 opls_136 36 PRO CB 10 -0.12 14.027
75 41 opls_140 36 PRO HB1 10 0.06 0
76 42 opls_140 36 PRO HB2 10 0.06 0
77 43 opls_136 36 PRO CG 11 -0.12 14.027
78 44 opls_140 36 PRO HG1 11 0.06 0
79 45 opls_140 36 PRO HG2 11 0.06 0
80 46 opls_245 36 PRO CD 12 -0.05 14.027
81 47 opls_140 36 PRO HD1 12 0.06 0
82 48 opls_140 36 PRO HD2 12 0.06 0
83 49 opls_235 36 PRO C 13 0.5 12.011
84 50 opls_236 36 PRO O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 1
85 ; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
86 51 opls_238 37 GLY N 14 -0.5 15.0147
87 52 opls_241 37 GLY H 14 0.3 0
88 53 opls_223B 37 GLY CA 14 0.08 14.027
89 54 opls_140 37 GLY HA1 14 0.06 0
90 55 opls_140 37 GLY HA2 14 0.06 0
91 56 opls_235 37 GLY C 15 0.5 12.011
92 57 opls_236 37 GLY O 15 -0.5 15.9994 ; qtot 1
93 ; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
94 58 opls_238 38 TYR N 16 -0.5 15.0147
95 59 opls_241 38 TYR H 16 0.3 0
96 60 opls_224B 38 TYR CA 16 0.14 13.019
97 61 opls_140 38 TYR HA 16 0.06 0
98 62 opls_149 38 TYR CB 17 -0.005 14.027
99 63 opls_140 38 TYR HB1 17 0.06 0
100 64 opls_140 38 TYR HB2 17 0.06 0
101 65 opls_145 38 TYR CG 17 -0.115 12.011
102 66 opls_145 38 TYR CD1 18 -0.115 13.019
103 67 opls_146 38 TYR HD1 18 0.115 0
104 68 opls_145 38 TYR CD2 19 -0.115 13.019
105 69 opls_146 38 TYR HD2 19 0.115 0
106 70 opls_145 38 TYR CE1 20 -0.115 13.019
107 71 opls_146 38 TYR HE1 20 0.115 0
108 72 opls_145 38 TYR CE2 21 -0.115 13.019
109 73 opls_146 38 TYR HE2 21 0.115 0
110 74 opls_166 38 TYR CZ 22 0.15 12.011
111 75 opls_167 38 TYR OH 22 -0.585 15.9994
112 76 opls_168 38 TYR HH 22 0.435 1.008
113 77 opls_235 38 TYR C 23 0.5 12.011
114 78 opls_236 38 TYR O 23 -0.5 15.9994 ; qtot 1
115 ; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
116 79 opls_238 39 ASP N 24 -0.5 15.0147
117 80 opls_241 39 ASP H 24 0.3 0
118 81 opls_224B 39 ASP CA 24 0.14 13.019
119 82 opls_140 39 ASP HA 24 0.06 0
120 83 opls_274 39 ASP CB 25 -0.22 14.027
121 84 opls_140 39 ASP HB1 25 0.06 0
122 85 opls_140 39 ASP HB2 25 0.06 0
123 86 opls_271 39 ASP CG 26 0.7 12.011
124 87 opls_272 39 ASP OD1 26 -0.8 15.9994
125 88 opls_272 39 ASP OD2 26 -0.8 15.9994
126 89 opls_235 39 ASP C 27 0.5 12.011
127 90 opls_236 39 ASP O 27 -0.5 15.9994 ; qtot 0
128 ; residue 40 LYS rtp LYSH q +1.0
129 91 opls_238 40 LYS N 28 -0.5 15.0147
130 92 opls_241 40 LYS H 28 0.3 0
131 93 opls_224B 40 LYS CA 28 0.14 13.019
132 94 opls_140 40 LYS HA 28 0.06 0
133 95 opls_136 40 LYS CB 29 -0.12 14.027
134 96 opls_140 40 LYS HB1 29 0.06 0
135 97 opls_140 40 LYS HB2 29 0.06 0
136 98 opls_136 40 LYS CG 30 -0.12 14.027
137 99 opls_140 40 LYS HG1 30 0.06 0
138 100 opls_140 40 LYS HG2 30 0.06 0
139 101 opls_136 40 LYS CD 31 -0.12 14.027
140 102 opls_140 40 LYS HD1 31 0.06 0
141 103 opls_140 40 LYS HD2 31 0.06 0
142 104 opls_292 40 LYS CE 32 0.19 14.027
143 105 opls_140 40 LYS HE1 32 0.06 0
144 106 opls_140 40 LYS HE2 32 0.06 0
145 107 MNH3 40 LYS MNZ1 33 0 8.51535
146 108 MNH3 40 LYS MNZ2 33 0 8.51535
147 109 opls_287 40 LYS NZ 33 -0.3 0
148 110 opls_290 40 LYS HZ1 33 0.33 0
149 111 opls_290 40 LYS HZ2 33 0.33 0
150 112 opls_290 40 LYS HZ3 33 0.33 0
151 113 opls_235 40 LYS C 34 0.5 12.011
152 114 opls_236 40 LYS O 34 -0.5 15.9994 ; qtot 1
153 ; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
154 115 opls_238 41 ILE N 35 -0.5 15.0147
155 116 opls_241 41 ILE H 35 0.3 0
156 117 opls_224B 41 ILE CA 35 0.14 13.019
157 118 opls_140 41 ILE HA 35 0.06 0
158 119 opls_137 41 ILE CB 36 -0.06 13.019
159 120 opls_140 41 ILE HB 36 0.06 0
160 121 opls_136 41 ILE CG1 37 -0.12 14.027
161 122 opls_140 41 ILE HG11 37 0.06 0
162 123 opls_140 41 ILE HG12 37 0.06 0
163 124 MCH3B 41 ILE MCG1 38 0 7.5175
164 125 MCH3B 41 ILE MCG2 38 0 7.5175
165 126 opls_135 41 ILE CG2 38 -0.18 0
166 127 opls_140 41 ILE HG21 38 0.06 0
167 128 opls_140 41 ILE HG22 38 0.06 0
168 129 opls_140 41 ILE HG23 38 0.06 0
169 130 MCH3B 41 ILE MCD1 39 0 7.5175
170 131 MCH3B 41 ILE MCD2 39 0 7.5175
171 132 opls_135 41 ILE CD 39 -0.18 0
172 133 opls_140 41 ILE HD1 39 0.06 0
173 134 opls_140 41 ILE HD2 39 0.06 0
174 135 opls_140 41 ILE HD3 39 0.06 0
175 136 opls_235 41 ILE C 40 0.5 12.011
176 137 opls_236 41 ILE O 40 -0.5 15.9994 ; qtot 1
177 ; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
178 138 opls_239 42 PRO N 41 -0.14 14.0067
179 139 opls_246 42 PRO CA 41 0.01 13.019
180 140 opls_140 42 PRO HA 41 0.06 0
181 141 opls_136 42 PRO CB 42 -0.12 14.027
182 142 opls_140 42 PRO HB1 42 0.06 0
183 143 opls_140 42 PRO HB2 42 0.06 0
184 144 opls_136 42 PRO CG 43 -0.12 14.027
185 145 opls_140 42 PRO HG1 43 0.06 0
186 146 opls_140 42 PRO HG2 43 0.06 0
187 147 opls_245 42 PRO CD 44 -0.05 14.027
188 148 opls_140 42 PRO HD1 44 0.06 0
189 149 opls_140 42 PRO HD2 44 0.06 0
190 150 opls_235 42 PRO C 45 0.5 12.011
191 151 opls_236 42 PRO O 45 -0.5 15.9994 ; qtot 1
192 ; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
193 152 opls_238 43 ASP N 46 -0.5 15.0147
194 153 opls_241 43 ASP H 46 0.3 0
195 154 opls_224B 43 ASP CA 46 0.14 13.019
196 155 opls_140 43 ASP HA 46 0.06 0
197 156 opls_274 43 ASP CB 47 -0.22 14.027
198 157 opls_140 43 ASP HB1 47 0.06 0
199 158 opls_140 43 ASP HB2 47 0.06 0
200 159 opls_271 43 ASP CG 48 0.7 12.011
201 160 opls_272 43 ASP OD1 48 -0.8 15.9994
202 161 opls_272 43 ASP OD2 48 -0.8 15.9994
203 162 opls_235 43 ASP C 49 0.5 12.011
204 163 opls_236 43 ASP O 49 -0.5 15.9994 ; qtot 0
205 ; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
206 164 opls_238 44 TYR N 50 -0.5 15.0147
207 165 opls_241 44 TYR H 50 0.3 0
208 166 opls_224B 44 TYR CA 50 0.14 13.019
209 167 opls_140 44 TYR HA 50 0.06 0
210 168 opls_149 44 TYR CB 51 -0.005 14.027
211 169 opls_140 44 TYR HB1 51 0.06 0
212 170 opls_140 44 TYR HB2 51 0.06 0
213 171 opls_145 44 TYR CG 51 -0.115 12.011
214 172 opls_145 44 TYR CD1 52 -0.115 13.019
215 173 opls_146 44 TYR HD1 52 0.115 0
216 174 opls_145 44 TYR CD2 53 -0.115 13.019
217 175 opls_146 44 TYR HD2 53 0.115 0
218 176 opls_145 44 TYR CE1 54 -0.115 13.019
219 177 opls_146 44 TYR HE1 54 0.115 0
220 178 opls_145 44 TYR CE2 55 -0.115 13.019
221 179 opls_146 44 TYR HE2 55 0.115 0
222 180 opls_166 44 TYR CZ 56 0.15 12.011
223 181 opls_167 44 TYR OH 56 -0.585 15.9994
224 182 opls_168 44 TYR HH 56 0.435 1.008
225 183 opls_235 44 TYR C 57 0.5 12.011
226 184 opls_236 44 TYR O 57 -0.5 15.9994 ; qtot 0
227 ; residue 45 HIS rtp HISE q 0.0
228 185 opls_238 45 HIS N 58 -0.5 15.0147
229 186 opls_241 45 HIS H 58 0.3 0
230 187 opls_224B 45 HIS CA 58 0.14 13.019
231 188 opls_140 45 HIS HA 58 0.06 0
232 189 opls_505 45 HIS CB 59 -0.005 14.027
233 190 opls_140 45 HIS HB1 59 0.06 0
234 191 opls_140 45 HIS HB2 59 0.06 0
235 192 opls_507 45 HIS CG 60 -0.015 12.011
236 193 opls_511 45 HIS ND1 60 -0.49 14.0067
237 194 opls_508 45 HIS CD2 61 0.015 13.019
238 195 opls_146 45 HIS HD2 61 0.115 0
239 196 opls_506 45 HIS CE1 62 0.295 13.019
240 197 opls_146 45 HIS HE1 62 0.115 0
241 198 opls_503 45 HIS NE2 63 -0.57 15.0147
242 199 opls_504 45 HIS HE2 63 0.42 0
243 200 opls_235 45 HIS C 64 0.5 12.011
244 201 opls_236 45 HIS O 64 -0.5 15.9994 ; qtot 0
245 ; residue 46 MET rtp MET q 0.0
246 202 opls_238 46 MET N 65 -0.5 15.0147
247 203 opls_241 46 MET H 65 0.3 0
248 204 opls_224B 46 MET CA 65 0.14 13.019
249 205 opls_140 46 MET HA 65 0.06 0
250 206 opls_136 46 MET CB 66 -0.12 14.027
251 207 opls_140 46 MET HB1 66 0.06 0
252 208 opls_140 46 MET HB2 66 0.06 0
253 209 opls_210 46 MET CG 67 0.048 14.027
254 210 opls_140 46 MET HG1 67 0.06 0
255 211 opls_140 46 MET HG2 67 0.06 0
256 212 opls_202 46 MET SD 68 -0.335 32.06
257 213 MCH3A 46 MET MCE1 69 0 7.5175
258 214 MCH3A 46 MET MCE2 69 0 7.5175
259 215 opls_209 46 MET CE 69 -0.013 0
260 216 opls_140 46 MET HE1 69 0.06 0
261 217 opls_140 46 MET HE2 69 0.06 0
262 218 opls_140 46 MET HE3 69 0.06 0
263 219 opls_235 46 MET C 70 0.5 12.011
264 220 opls_236 46 MET O 70 -0.5 15.9994 ; qtot 0
265 ; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
266 221 opls_238 47 TRP N 71 -0.5 15.0147
267 222 opls_241 47 TRP H 71 0.3 0
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1295 273 275 1
1296 274 275 1
1298 [ angles ]
1299 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1300 4 3 5 1
1301 4 3 6 1
1302 4 3 7 1
1303 5 3 6 1
1304 5 3 7 1
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1678 220 219 221 1
1679 219 221 222 1
1680 219 221 223 1
1681 222 221 223 1
1682 221 223 224 1
1683 221 223 225 1
1684 221 223 243 1
1685 224 223 225 1
1686 224 223 243 1
1687 225 223 243 1
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1689 223 225 227 1
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1699 230 229 232 1
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1701 228 231 235 1
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1704 229 232 234 1
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1744 255 253 256 1
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1750 261 259 262 1
1751 247 263 264 1
1752 247 263 265 1
1753 264 263 265 1
1754 263 265 266 1
1755 263 265 267 1
1756 266 265 267 1
1757 265 267 268 1
1758 265 267 271 1
1759 265 267 275 1
1760 268 267 271 1
1761 268 267 275 1
1762 271 267 275 1
1763 267 271 272 1
1764 267 271 273 1
1765 267 271 274 1
1766 272 271 273 1
1767 272 271 274 1
1768 273 271 274 1
1769 267 275 276 1
1770 267 275 277 1
1771 276 275 277 1
1773 [ dihedrals ]
1774 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1775 4 3 7 8 3
1776 4 3 7 11 3
1777 4 3 7 15 3
1778 5 3 7 8 3
1779 5 3 7 11 3
1780 5 3 7 15 3
1781 6 3 7 8 3
1782 6 3 7 11 3
1783 6 3 7 15 3
1784 3 7 11 12 3
1785 3 7 11 13 3
1786 3 7 11 14 3
1787 8 7 11 12 3
1788 8 7 11 13 3
1789 8 7 11 14 3
1790 15 7 11 12 3
1791 15 7 11 13 3
1792 15 7 11 14 3
1793 3 7 15 16 3
1794 3 7 15 17 3
1795 8 7 15 16 3
1796 8 7 15 17 3
1797 11 7 15 16 3
1798 11 7 15 17 3
1799 7 15 17 18 3
1800 7 15 17 19 3
1801 16 15 17 18 3
1802 16 15 17 19 3
1803 15 17 19 20 3
1804 15 17 19 21 3
1805 15 17 19 35 3
1806 18 17 19 20 3
1807 18 17 19 21 3
1808 18 17 19 35 3
1809 17 19 21 25 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
1810 17 19 21 31 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
1811 35 19 21 25 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
1812 35 19 21 31 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
1813 17 19 21 22 3
1814 20 19 21 22 3
1815 20 19 21 25 3
1816 20 19 21 31 3
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1818 17 19 35 36 3
1819 17 19 35 37 3
1820 20 19 35 36 3
1821 20 19 35 37 3
1822 21 19 35 36 3
1823 21 19 35 37 3
1824 19 21 25 26 3
1825 19 21 25 27 3
1826 19 21 25 28 3
1827 22 21 25 26 3
1828 22 21 25 27 3
1829 22 21 25 28 3
1830 31 21 25 26 3
1831 31 21 25 27 3
1832 31 21 25 28 3
1833 19 21 31 32 3
1834 19 21 31 33 3
1835 19 21 31 34 3
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1841 25 21 31 34 3
1842 19 35 37 38 3
1843 19 35 37 46 3
1844 36 35 37 38 3
1845 36 35 37 46 3
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1847 35 37 38 40 3
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1858 37 38 40 41 3
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1862 39 38 40 42 3
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1864 49 38 40 41 3
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1867 37 38 49 50 3
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1869 39 38 49 50 3
1870 39 38 49 51 3
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1872 40 38 49 51 3
1873 38 40 43 44 3
1874 38 40 43 45 3
1875 38 40 43 46 3
1876 41 40 43 44 3
1877 41 40 43 45 3
1878 41 40 43 46 3
1879 42 40 43 44 3
1880 42 40 43 45 3
1881 42 40 43 46 3
1882 40 43 46 37 3
1883 40 43 46 47 3
1884 40 43 46 48 3
1885 44 43 46 37 3
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1887 44 43 46 48 3
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1890 45 43 46 48 3
1891 38 49 51 52 3
1892 38 49 51 53 3
1893 50 49 51 52 3
1894 50 49 51 53 3
1895 49 51 53 54 3
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1899 52 51 53 55 3
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1944 66 65 68 69 3
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1949 67 66 70 74 3
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1953 69 68 72 74 3
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1957 71 70 74 75 3
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1963 72 74 75 76 3
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1970 77 79 81 89 3
1971 80 79 81 82 3
1972 80 79 81 83 3
1973 80 79 81 89 3
1974 79 81 83 86 3 dih_ASP_chi1_N_C_C_C
1975 89 81 83 86 3 dih_ASP_chi1_C_C_C_CO
1976 79 81 83 84 3
1977 79 81 83 85 3
1978 82 81 83 84 3
1979 82 81 83 85 3
1980 82 81 83 86 3
1981 89 81 83 84 3
1982 89 81 83 85 3
1983 79 81 89 90 3
1984 79 81 89 91 3
1985 82 81 89 90 3
1986 82 81 89 91 3
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1990 81 83 86 88 3
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1992 84 83 86 88 3
1993 85 83 86 87 3
1994 85 83 86 88 3
1995 81 89 91 92 3
1996 81 89 91 93 3
1997 90 89 91 92 3
1998 90 89 91 93 3
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2005 91 93 95 98 3 dih_LYS_chi1_N_C_C_C
2006 113 93 95 98 3 dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
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2022 93 95 98 101 3
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2045 103 101 104 106 3
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2049 101 104 109 112 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
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2373 230 229 232 233 3
2374 230 229 232 234 3
2375 228 231 234 232 3
2376 228 231 234 237 3
2377 235 231 234 232 3
2378 235 231 234 237 3
2379 228 231 235 236 3
2380 228 231 235 239 3
2381 234 231 235 236 3
2382 234 231 235 239 3
2383 229 232 234 231 3
2384 229 232 234 237 3
2385 233 232 234 231 3
2386 233 232 234 237 3
2387 231 234 237 238 3
2388 231 234 237 241 3
2389 232 234 237 238 3
2390 232 234 237 241 3
2391 231 235 239 240 3
2392 231 235 239 241 3
2393 236 235 239 240 3
2394 236 235 239 241 3
2395 234 237 241 239 3
2396 234 237 241 242 3
2397 238 237 241 239 3
2398 238 237 241 242 3
2399 235 239 241 237 3
2400 235 239 241 242 3
2401 240 239 241 237 3
2402 240 239 241 242 3
2403 223 243 245 246 3
2404 223 243 245 247 3
2405 244 243 245 246 3
2406 244 243 245 247 3
2407 243 245 247 248 3
2408 243 245 247 249 3
2409 243 245 247 263 3
2410 246 245 247 248 3
2411 246 245 247 249 3
2412 246 245 247 263 3
2413 245 247 249 253 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
2414 245 247 249 259 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
2415 263 247 249 253 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
2416 263 247 249 259 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
2417 245 247 249 250 3
2418 248 247 249 250 3
2419 248 247 249 253 3
2420 248 247 249 259 3
2421 263 247 249 250 3
2422 245 247 263 264 3
2423 245 247 263 265 3
2424 248 247 263 264 3
2425 248 247 263 265 3
2426 249 247 263 264 3
2427 249 247 263 265 3
2428 247 249 253 254 3
2429 247 249 253 255 3
2430 247 249 253 256 3
2431 250 249 253 254 3
2432 250 249 253 255 3
2433 250 249 253 256 3
2434 259 249 253 254 3
2435 259 249 253 255 3
2436 259 249 253 256 3
2437 247 249 259 260 3
2438 247 249 259 261 3
2439 247 249 259 262 3
2440 250 249 259 260 3
2441 250 249 259 261 3
2442 250 249 259 262 3
2443 253 249 259 260 3
2444 253 249 259 261 3
2445 253 249 259 262 3
2446 247 263 265 266 3
2447 247 263 265 267 3
2448 264 263 265 266 3
2449 264 263 265 267 3
2450 263 265 267 268 3
2451 263 265 267 271 3
2452 263 265 267 275 3
2453 266 265 267 268 3
2454 266 265 267 271 3
2455 266 265 267 275 3
2456 265 267 271 272 3
2457 265 267 271 273 3
2458 265 267 271 274 3
2459 268 267 271 272 3
2460 268 267 271 273 3
2461 268 267 271 274 3
2462 275 267 271 272 3
2463 275 267 271 273 3
2464 275 267 271 274 3
2465 265 267 275 276 3
2466 265 267 275 277 3
2467 268 267 275 276 3
2468 268 267 275 277 3
2469 271 267 275 276 3
2470 271 267 275 277 3
2472 [ dihedrals ]
2473 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2474 7 17 15 16 1 improper_O_C_X_Y
2475 15 19 17 18 1 improper_Z_N_X_Y
2476 19 37 35 36 1 improper_O_C_X_Y
2477 35 38 37 46 1 improper_Z_N_X_Y
2478 38 51 49 50 1 improper_O_C_X_Y
2479 49 53 51 52 1 improper_Z_N_X_Y
2480 53 58 56 57 1 improper_O_C_X_Y
2481 56 60 58 59 1 improper_Z_N_X_Y
2482 60 79 77 78 1 improper_O_C_X_Y
2483 62 65 68 66 1 improper_Z_CA_X_Y
2484 65 70 66 67 1 improper_Z_CA_X_Y
2485 65 72 68 69 1 improper_Z_CA_X_Y
2486 66 74 70 71 1 improper_Z_CA_X_Y
2487 68 74 72 73 1 improper_Z_CA_X_Y
2488 70 72 74 75 1 improper_Z_CA_X_Y
2489 77 81 79 80 1 improper_Z_N_X_Y
2490 81 91 89 90 1 improper_O_C_X_Y
2491 83 87 86 88 1 improper_O_C_X_Y
2492 89 93 91 92 1 improper_Z_N_X_Y
2493 93 115 113 114 1 improper_O_C_X_Y
2494 113 117 115 116 1 improper_Z_N_X_Y
2495 117 138 136 137 1 improper_O_C_X_Y
2496 136 139 138 147 1 improper_Z_N_X_Y
2497 139 152 150 151 1 improper_O_C_X_Y
2498 150 154 152 153 1 improper_Z_N_X_Y
2499 154 164 162 163 1 improper_O_C_X_Y
2500 156 160 159 161 1 improper_O_C_X_Y
2501 162 166 164 165 1 improper_Z_N_X_Y
2502 166 185 183 184 1 improper_O_C_X_Y
2503 168 171 174 172 1 improper_Z_CA_X_Y
2504 171 176 172 173 1 improper_Z_CA_X_Y
2505 171 178 174 175 1 improper_Z_CA_X_Y
2506 172 180 176 177 1 improper_Z_CA_X_Y
2507 174 180 178 179 1 improper_Z_CA_X_Y
2508 176 178 180 181 1 improper_Z_CA_X_Y
2509 183 187 185 186 1 improper_Z_N_X_Y
2510 187 202 200 201 1 improper_O_C_X_Y
2511 189 192 194 193 1 improper_Z_CA_X_Y
2512 192 198 194 195 1 improper_Z_CA_X_Y
2513 193 198 196 197 1 improper_Z_CA_X_Y
2514 196 194 198 199 1 improper_Z_N_X_Y
2515 200 204 202 203 1 improper_Z_N_X_Y
2516 204 221 219 220 1 improper_O_C_X_Y
2517 219 223 221 222 1 improper_Z_N_X_Y
2518 223 245 243 244 1 improper_O_C_X_Y
2519 225 228 231 229 1 improper_Z_CA_X_Y
2520 228 232 229 230 1 improper_Z_CA_X_Y
2521 229 234 232 233 1 improper_Z_N_X_Y
2522 234 241 237 238 1 improper_Z_CA_X_Y
2523 236 235 231 239 1 improper_Z_CA_X_Y
2524 237 239 241 242 1 improper_Z_CA_X_Y
2525 240 239 235 241 1 improper_Z_CA_X_Y
2526 243 247 245 246 1 improper_Z_N_X_Y
2527 247 265 263 264 1 improper_O_C_X_Y
2528 263 267 265 266 1 improper_Z_N_X_Y
2529 267 276 275 277 1 improper_O_C_X_Y
2531 [ virtual_sites3 ]
2532 ; ai aj ak al funct c0 c1
2533 3 7 1 2 1
2534 4 7 1 2 1
2535 11 7 9 10 1
2536 12 7 9 10 1
2537 25 21 23 24 1
2538 26 21 23 24 1
2539 31 21 29 30 1
2540 32 21 29 30 1
2541 109 104 107 108 1
2542 110 104 107 108 1
2543 126 119 124 125 1
2544 127 119 124 125 1
2545 132 121 130 131 1
2546 133 121 130 131 1
2547 215 212 213 214 1
2548 216 212 213 214 1
2549 253 249 251 252 1
2550 254 249 251 252 1
2551 259 249 257 258 1
2552 260 249 257 258 1
2553 271 267 269 270 1
2554 272 267 269 270 1
2556 [ virtual_sites3 ]
2557 ; ai aj ak al funct c0 c1
2558 18 17 15 19 2
2559 52 51 49 53 2
2560 59 58 56 60 2
2561 67 66 65 70 2
2562 69 68 65 72 2
2563 71 70 66 74 2
2564 73 72 68 74 2
2565 80 79 77 81 2
2566 92 91 89 93 2
2567 116 115 113 117 2
2568 153 152 150 154 2
2569 165 164 162 166 2
2570 173 172 171 176 2
2571 175 174 171 178 2
2572 177 176 172 180 2
2573 179 178 174 180 2
2574 186 185 183 187 2
2575 195 194 192 198 2
2576 197 196 193 198 2
2577 199 198 194 196 2
2578 203 202 200 204 2
2579 222 221 219 223 2
2580 230 229 228 232 2
2581 233 232 229 234 2
2582 236 235 231 239 2
2583 238 237 234 241 2
2584 240 239 235 241 2
2585 242 241 237 239 2
2586 246 245 243 247 2
2587 266 265 263 267 2
2589 [ virtual_sites3 ]
2590 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2
2591 5 7 1 2 -4
2592 6 7 1 2 4
2593 13 7 9 10 -4
2594 14 7 9 10 4
2595 27 21 23 24 -4
2596 28 21 23 24 4
2597 33 21 29 30 -4
2598 34 21 29 30 4
2599 41 40 38 43 4
2600 42 40 38 43 -4
2601 44 43 40 46 4
2602 45 43 40 46 -4
2603 47 46 37 43 4
2604 48 46 37 43 -4
2605 54 53 51 56 4
2606 55 53 51 56 -4
2607 63 62 60 65 4
2608 64 62 60 65 -4
2609 84 83 81 86 4
2610 85 83 81 86 -4
2611 96 95 93 98 4
2612 97 95 93 98 -4
2613 99 98 95 101 4
2614 100 98 95 101 -4
2615 102 101 98 104 4
2616 103 101 98 104 -4
2617 105 104 101 109 4
2618 106 104 101 109 -4
2619 111 104 107 108 -4
2620 112 104 107 108 4
2621 122 121 119 132 4
2622 123 121 119 132 -4
2623 128 119 124 125 -4
2624 129 119 124 125 4
2625 134 121 130 131 -4
2626 135 121 130 131 4
2627 142 141 139 144 4
2628 143 141 139 144 -4
2629 145 144 141 147 4
2630 146 144 141 147 -4
2631 148 147 138 144 4
2632 149 147 138 144 -4
2633 157 156 154 159 4
2634 158 156 154 159 -4
2635 169 168 166 171 4
2636 170 168 166 171 -4
2637 190 189 187 192 4
2638 191 189 187 192 -4
2639 207 206 204 209 4
2640 208 206 204 209 -4
2641 210 209 206 212 4
2642 211 209 206 212 -4
2643 217 212 213 214 -4
2644 218 212 213 214 4
2645 226 225 223 228 4
2646 227 225 223 228 -4
2647 255 249 251 252 -4
2648 256 249 251 252 4
2649 261 249 257 258 -4
2650 262 249 257 258 4
2651 273 267 269 270 -4
2652 274 267 269 270 4
2654 [ virtual_sites4 ]
2655 ; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
2656 8 7 3 11 15 2
2657 20 19 17 21 35 2
2658 22 21 19 25 31 2
2659 39 38 37 40 49 2
2660 61 60 58 62 77 2
2661 82 81 79 83 89 2
2662 94 93 91 95 113 2
2663 118 117 115 119 136 2
2664 120 119 121 117 126 2
2665 140 139 138 141 150 2
2666 155 154 152 156 162 2
2667 167 166 164 168 183 2
2668 188 187 185 189 200 2
2669 205 204 202 206 219 2
2670 224 223 221 225 243 2
2671 248 247 245 249 263 2
2672 250 249 247 253 259 2
2673 268 267 265 271 275 2
2675 ; Include Position restraint file
2676 #ifdef POSRES
2677 #include "posre.itp"
2678 #endif
2680 ; Include water topology
2681 #include "oplsaa.ff/tip5p.itp"
2683 #ifdef POSRES_WATER
2684 ; Position restraint for each water oxygen
2685 [ position_restraints ]
2686 ; i funct fcx fcy fcz
2687 1 1 1000 1000 1000
2688 #endif
2690 ; Include topology for ions
2691 #include "oplsaa.ff/ions.itp"
2693 [ system ]
2694 ; Name
2695 Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2697 [ molecules ]
2698 ; Compound #mols
2699 Protein 1
2700 ]]></String>
2701 </File>
2702 </OutputFiles>
2703 </ReferenceData>