Enable splitting of listed interaction calculation
[gromacs.git] / COPYING
blob0088e6ad3ba9391c3f3fffacf4d12bb1c5e8b20f
1 GROMACS is free software, distributed under the GNU Lesser General
2 Public License (LGPL) Version 2.1 or (at your option) any later
3 version. See section 1 for details. GROMACS includes optional code
4 covered by several different licences as described below.  The
5 GROMACS package in its entirety may be copied, modified or
6 distributed according to the conditions described in section 1.
7 However, in the interests of clarity and completeness, some
8 individual parts of GROMACS that can be used under their respective
9 licenses are also noted here.
11 This file contains the licenses for the following bodies of code:
12 1. GROMACS
13 2. Trajectory file reading using VMD plugins
14 3. Internal FFT (fftpack)
15 4. thread_mpi
16 5. Blas
17 6. Lapack
18 7. Parts of Boost C++ library
19 8. Google Test and Google Mock
20 9. Sun XDR implementation (External Data Representation)
21 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
22 11. ThreeFry Random Engine
23 12. Gamma distribution from libc++
24 13. md5
25 14. lmfit
26 15. clFFT
27 16. Guidelines Support Library (GSL)
28 17. P0009 reference implementation (Sandia Corporation)
29 18. pybind11
30 19. Reference implementation of std::string_view
31 20. Reference implementation of std::optional
32 21. stl_interfaces
34 Our chosen method for packaging distributions (CPack) only permits a
35 package to have a single license file, so we are unfortunately forced
36 to combine all of this information into a single license file. Sorry
37 about that.
39 ============================================
41 1. GROMACS
42 ==========
44 As our use of the LGPL conveys upon a licensee the option to
45 redistribute the library under the terms of the plain GPL, we must
46 include a copy of that GPL for their reference. The applicable GPL
47 license comes after the applicable LGPL license in this file.
49 ============================================
51                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
52                        Version 2.1, February 1999
54  Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc.
55  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
56  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
57  of this license document, but changing it is not allowed.
59 [This is the first released version of the Lesser GPL.  It also counts
60  as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
61  the version number 2.1.]
63                             Preamble
65   The licenses for most software are designed to take away your
66 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
67 Licenses are intended to guarantee your freedom to share and change
68 free software--to make sure the software is free for all its users.
70   This license, the Lesser General Public License, applies to some
71 specially designated software packages--typically libraries--of the
72 Free Software Foundation and other authors who decide to use it.  You
73 can use it too, but we suggest you first think carefully about whether
74 this license or the ordinary General Public License is the better
75 strategy to use in any particular case, based on the explanations below.
77   When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
78 not price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that
79 you have the freedom to distribute copies of free software (and charge
80 for this service if you wish); that you receive source code or can get
81 it if you want it; that you can change the software and use pieces of
82 it in new free programs; and that you are informed that you can do
83 these things.
85   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
86 distributors to deny you these rights or to ask you to surrender these
87 rights.  These restrictions translate to certain responsibilities for
88 you if you distribute copies of the library or if you modify it.
90   For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
91 or for a fee, you must give the recipients all the rights that we gave
92 you.  You must make sure that they, too, receive or can get the source
93 code.  If you link other code with the library, you must provide
94 complete object files to the recipients, so that they can relink them
95 with the library after making changes to the library and recompiling
96 it.  And you must show them these terms so they know their rights.
98   We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright the
99 library, and (2) we offer you this license, which gives you legal
100 permission to copy, distribute and/or modify the library.
102   To protect each distributor, we want to make it very clear that
103 there is no warranty for the free library.  Also, if the library is
104 modified by someone else and passed on, the recipients should know
105 that what they have is not the original version, so that the original
106 author's reputation will not be affected by problems that might be
107 introduced by others.
109   Finally, software patents pose a constant threat to the existence of
110 any free program.  We wish to make sure that a company cannot
111 effectively restrict the users of a free program by obtaining a
112 restrictive license from a patent holder.  Therefore, we insist that
113 any patent license obtained for a version of the library must be
114 consistent with the full freedom of use specified in this license.
116   Most GNU software, including some libraries, is covered by the
117 ordinary GNU General Public License.  This license, the GNU Lesser
118 General Public License, applies to certain designated libraries, and
119 is quite different from the ordinary General Public License.  We use
120 this license for certain libraries in order to permit linking those
121 libraries into non-free programs.
123   When a program is linked with a library, whether statically or using
124 a shared library, the combination of the two is legally speaking a
125 combined work, a derivative of the original library.  The ordinary
126 General Public License therefore permits such linking only if the
127 entire combination fits its criteria of freedom.  The Lesser General
128 Public License permits more lax criteria for linking other code with
129 the library.
131   We call this license the "Lesser" General Public License because it
132 does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
133 Public License.  It also provides other free software developers Less
134 of an advantage over competing non-free programs.  These disadvantages
135 are the reason we use the ordinary General Public License for many
136 libraries.  However, the Lesser license provides advantages in certain
137 special circumstances.
139   For example, on rare occasions, there may be a special need to
140 encourage the widest possible use of a certain library, so that it becomes
141 a de-facto standard.  To achieve this, non-free programs must be
142 allowed to use the library.  A more frequent case is that a free
143 library does the same job as widely used non-free libraries.  In this
144 case, there is little to gain by limiting the free library to free
145 software only, so we use the Lesser General Public License.
147   In other cases, permission to use a particular library in non-free
148 programs enables a greater number of people to use a large body of
149 free software.  For example, permission to use the GNU C Library in
150 non-free programs enables many more people to use the whole GNU
151 operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
152 system.
154   Although the Lesser General Public License is Less protective of the
155 users' freedom, it does ensure that the user of a program that is
156 linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
157 that program using a modified version of the Library.
159   The precise terms and conditions for copying, distribution and
160 modification follow.  Pay close attention to the difference between a
161 "work based on the library" and a "work that uses the library".  The
162 former contains code derived from the library, whereas the latter must
163 be combined with the library in order to run.
165                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
166    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
168   0. This License Agreement applies to any software library or other
169 program which contains a notice placed by the copyright holder or
170 other authorized party saying it may be distributed under the terms of
171 this Lesser General Public License (also called "this License").
172 Each licensee is addressed as "you".
174   A "library" means a collection of software functions and/or data
175 prepared so as to be conveniently linked with application programs
176 (which use some of those functions and data) to form executables.
178   The "Library", below, refers to any such software library or work
179 which has been distributed under these terms.  A "work based on the
180 Library" means either the Library or any derivative work under
181 copyright law: that is to say, a work containing the Library or a
182 portion of it, either verbatim or with modifications and/or translated
183 straightforwardly into another language.  (Hereinafter, translation is
184 included without limitation in the term "modification".)
186   "Source code" for a work means the preferred form of the work for
187 making modifications to it.  For a library, complete source code means
188 all the source code for all modules it contains, plus any associated
189 interface definition files, plus the scripts used to control compilation
190 and installation of the library.
192   Activities other than copying, distribution and modification are not
193 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
194 running a program using the Library is not restricted, and output from
195 such a program is covered only if its contents constitute a work based
196 on the Library (independent of the use of the Library in a tool for
197 writing it).  Whether that is true depends on what the Library does
198 and what the program that uses the Library does.
200   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
201 complete source code as you receive it, in any medium, provided that
202 you conspicuously and appropriately publish on each copy an
203 appropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
204 all the notices that refer to this License and to the absence of any
205 warranty; and distribute a copy of this License along with the
206 Library.
208   You may charge a fee for the physical act of transferring a copy,
209 and you may at your option offer warranty protection in exchange for a
210 fee.
212   2. You may modify your copy or copies of the Library or any portion
213 of it, thus forming a work based on the Library, and copy and
214 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
215 above, provided that you also meet all of these conditions:
217     a) The modified work must itself be a software library.
219     b) You must cause the files modified to carry prominent notices
220     stating that you changed the files and the date of any change.
222     c) You must cause the whole of the work to be licensed at no
223     charge to all third parties under the terms of this License.
225     d) If a facility in the modified Library refers to a function or a
226     table of data to be supplied by an application program that uses
227     the facility, other than as an argument passed when the facility
228     is invoked, then you must make a good faith effort to ensure that,
229     in the event an application does not supply such function or
230     table, the facility still operates, and performs whatever part of
231     its purpose remains meaningful.
233     (For example, a function in a library to compute square roots has
234     a purpose that is entirely well-defined independent of the
235     application.  Therefore, Subsection 2d requires that any
236     application-supplied function or table used by this function must
237     be optional: if the application does not supply it, the square
238     root function must still compute square roots.)
240 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
241 identifiable sections of that work are not derived from the Library,
242 and can be reasonably considered independent and separate works in
243 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
244 sections when you distribute them as separate works.  But when you
245 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
246 on the Library, the distribution of the whole must be on the terms of
247 this License, whose permissions for other licensees extend to the
248 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
251 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
252 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
253 exercise the right to control the distribution of derivative or
254 collective works based on the Library.
256 In addition, mere aggregation of another work not based on the Library
257 with the Library (or with a work based on the Library) on a volume of
258 a storage or distribution medium does not bring the other work under
259 the scope of this License.
261   3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
262 License instead of this License to a given copy of the Library.  To do
263 this, you must alter all the notices that refer to this License, so
264 that they refer to the ordinary GNU General Public License, version 2,
265 instead of to this License.  (If a newer version than version 2 of the
266 ordinary GNU General Public License has appeared, then you can specify
267 that version instead if you wish.)  Do not make any other change in
268 these notices.
270   Once this change is made in a given copy, it is irreversible for
271 that copy, so the ordinary GNU General Public License applies to all
272 subsequent copies and derivative works made from that copy.
274   This option is useful when you wish to copy part of the code of
275 the Library into a program that is not a library.
277   4. You may copy and distribute the Library (or a portion or
278 derivative of it, under Section 2) in object code or executable form
279 under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
280 it with the complete corresponding machine-readable source code, which
281 must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a
282 medium customarily used for software interchange.
284   If distribution of object code is made by offering access to copy
285 from a designated place, then offering equivalent access to copy the
286 source code from the same place satisfies the requirement to
287 distribute the source code, even though third parties are not
288 compelled to copy the source along with the object code.
290   5. A program that contains no derivative of any portion of the
291 Library, but is designed to work with the Library by being compiled or
292 linked with it, is called a "work that uses the Library".  Such a
293 work, in isolation, is not a derivative work of the Library, and
294 therefore falls outside the scope of this License.
296   However, linking a "work that uses the Library" with the Library
297 creates an executable that is a derivative of the Library (because it
298 contains portions of the Library), rather than a "work that uses the
299 library".  The executable is therefore covered by this License.
300 Section 6 states terms for distribution of such executables.
302   When a "work that uses the Library" uses material from a header file
303 that is part of the Library, the object code for the work may be a
304 derivative work of the Library even though the source code is not.
305 Whether this is true is especially significant if the work can be
306 linked without the Library, or if the work is itself a library.  The
307 threshold for this to be true is not precisely defined by law.
309   If such an object file uses only numerical parameters, data
310 structure layouts and accessors, and small macros and small inline
311 functions (ten lines or less in length), then the use of the object
312 file is unrestricted, regardless of whether it is legally a derivative
313 work.  (Executables containing this object code plus portions of the
314 Library will still fall under Section 6.)
316   Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
317 distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
318 Any executables containing that work also fall under Section 6,
319 whether or not they are linked directly with the Library itself.
321   6. As an exception to the Sections above, you may also combine or
322 link a "work that uses the Library" with the Library to produce a
323 work containing portions of the Library, and distribute that work
324 under terms of your choice, provided that the terms permit
325 modification of the work for the customer's own use and reverse
326 engineering for debugging such modifications.
328   You must give prominent notice with each copy of the work that the
329 Library is used in it and that the Library and its use are covered by
330 this License.  You must supply a copy of this License.  If the work
331 during execution displays copyright notices, you must include the
332 copyright notice for the Library among them, as well as a reference
333 directing the user to the copy of this License.  Also, you must do one
334 of these things:
336     a) Accompany the work with the complete corresponding
337     machine-readable source code for the Library including whatever
338     changes were used in the work (which must be distributed under
339     Sections 1 and 2 above); and, if the work is an executable linked
340     with the Library, with the complete machine-readable "work that
341     uses the Library", as object code and/or source code, so that the
342     user can modify the Library and then relink to produce a modified
343     executable containing the modified Library.  (It is understood
344     that the user who changes the contents of definitions files in the
345     Library will not necessarily be able to recompile the application
346     to use the modified definitions.)
348     b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
349     Library.  A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a
350     copy of the library already present on the user's computer system,
351     rather than copying library functions into the executable, and (2)
352     will operate properly with a modified version of the library, if
353     the user installs one, as long as the modified version is
354     interface-compatible with the version that the work was made with.
356     c) Accompany the work with a written offer, valid for at
357     least three years, to give the same user the materials
358     specified in Subsection 6a, above, for a charge no more
359     than the cost of performing this distribution.
361     d) If distribution of the work is made by offering access to copy
362     from a designated place, offer equivalent access to copy the above
363     specified materials from the same place.
365     e) Verify that the user has already received a copy of these
366     materials or that you have already sent this user a copy.
368   For an executable, the required form of the "work that uses the
369 Library" must include any data and utility programs needed for
370 reproducing the executable from it.  However, as a special exception,
371 the materials to be distributed need not include anything that is
372 normally distributed (in either source or binary form) with the major
373 components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
374 which the executable runs, unless that component itself accompanies
375 the executable.
377   It may happen that this requirement contradicts the license
378 restrictions of other proprietary libraries that do not normally
379 accompany the operating system.  Such a contradiction means you cannot
380 use both them and the Library together in an executable that you
381 distribute.
383   7. You may place library facilities that are a work based on the
384 Library side-by-side in a single library together with other library
385 facilities not covered by this License, and distribute such a combined
386 library, provided that the separate distribution of the work based on
387 the Library and of the other library facilities is otherwise
388 permitted, and provided that you do these two things:
390     a) Accompany the combined library with a copy of the same work
391     based on the Library, uncombined with any other library
392     facilities.  This must be distributed under the terms of the
393     Sections above.
395     b) Give prominent notice with the combined library of the fact
396     that part of it is a work based on the Library, and explaining
397     where to find the accompanying uncombined form of the same work.
399   8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute
400 the Library except as expressly provided under this License.  Any
401 attempt otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or
402 distribute the Library is void, and will automatically terminate your
403 rights under this License.  However, parties who have received copies,
404 or rights, from you under this License will not have their licenses
405 terminated so long as such parties remain in full compliance.
407   9. You are not required to accept this License, since you have not
408 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
409 distribute the Library or its derivative works.  These actions are
410 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
411 modifying or distributing the Library (or any work based on the
412 Library), you indicate your acceptance of this License to do so, and
413 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
414 the Library or works based on it.
416   10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
417 Library), the recipient automatically receives a license from the
418 original licensor to copy, distribute, link with or modify the Library
419 subject to these terms and conditions.  You may not impose any further
420 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
421 You are not responsible for enforcing compliance by third parties with
422 this License.
424   11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
425 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
426 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
427 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
428 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
429 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
430 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
431 may not distribute the Library at all.  For example, if a patent
432 license would not permit royalty-free redistribution of the Library by
433 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
434 the only way you could satisfy both it and this License would be to
435 refrain entirely from distribution of the Library.
437 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under any
438 particular circumstance, the balance of the section is intended to apply,
439 and the section as a whole is intended to apply in other circumstances.
441 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
442 patents or other property right claims or to contest validity of any
443 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
444 integrity of the free software distribution system which is
445 implemented by public license practices.  Many people have made
446 generous contributions to the wide range of software distributed
447 through that system in reliance on consistent application of that
448 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
449 to distribute software through any other system and a licensee cannot
450 impose that choice.
452 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
453 be a consequence of the rest of this License.
455   12. If the distribution and/or use of the Library is restricted in
456 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
457 original copyright holder who places the Library under this License may add
458 an explicit geographical distribution limitation excluding those countries,
459 so that distribution is permitted only in or among countries not thus
460 excluded.  In such case, this License incorporates the limitation as if
461 written in the body of this License.
463   13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
464 versions of the Lesser General Public License from time to time.
465 Such new versions will be similar in spirit to the present version,
466 but may differ in detail to address new problems or concerns.
468 Each version is given a distinguishing version number.  If the Library
469 specifies a version number of this License which applies to it and
470 "any later version", you have the option of following the terms and
471 conditions either of that version or of any later version published by
472 the Free Software Foundation.  If the Library does not specify a
473 license version number, you may choose any version ever published by
474 the Free Software Foundation.
476   14. If you wish to incorporate parts of the Library into other free
477 programs whose distribution conditions are incompatible with these,
478 write to the author to ask for permission.  For software which is
479 copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
480 Software Foundation; we sometimes make exceptions for this.  Our
481 decision will be guided by the two goals of preserving the free status
482 of all derivatives of our free software and of promoting the sharing
483 and reuse of software generally.
485                             NO WARRANTY
487   15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
488 WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
489 EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
490 OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
491 KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
492 IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
493 PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
494 LIBRARY IS WITH YOU.  SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
495 THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
497   16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN
498 WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
499 AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU
500 FOR DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR
501 CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
502 LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
503 RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
504 FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER SOFTWARE), EVEN IF
505 SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
506 DAMAGES.
508                      END OF TERMS AND CONDITIONS
510            How to Apply These Terms to Your New Libraries
512   If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
513 possible use to the public, we recommend making it free software that
514 everyone can redistribute and change.  You can do so by permitting
515 redistribution under these terms (or, alternatively, under the terms of the
516 ordinary General Public License).
518   To apply these terms, attach the following notices to the library.  It is
519 safest to attach them to the start of each source file to most effectively
520 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least the
521 "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
523     <one line to give the library's name and a brief idea of what it does.>
524     Copyright (C) <year>  <name of author>
526     This library is free software; you can redistribute it and/or
527     modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
528     License as published by the Free Software Foundation; either
529     version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
531     This library is distributed in the hope that it will be useful,
532     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
533     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
534     Lesser General Public License for more details.
536     You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
537     License along with this library; if not, write to the Free Software
538     Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
540 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
542 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
543 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the library, if
544 necessary.  Here is a sample; alter the names:
546   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the
547   library `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random Hacker.
549   <signature of Ty Coon>, 1 April 1990
550   Ty Coon, President of Vice
552 That's all there is to it!
554 ============================================
556                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
557                        Version 2, June 1991
559  Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.,
560  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
561  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
562  of this license document, but changing it is not allowed.
564                             Preamble
566   The licenses for most software are designed to take away your
567 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
568 License is intended to guarantee your freedom to share and change free
569 software--to make sure the software is free for all its users.  This
570 General Public License applies to most of the Free Software
571 Foundation's software and to any other program whose authors commit to
572 using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
573 the GNU Lesser General Public License instead.)  You can apply it to
574 your programs, too.
576   When we speak of free software, we are referring to freedom, not
577 price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
578 have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
579 this service if you wish), that you receive source code or can get it
580 if you want it, that you can change the software or use pieces of it
581 in new free programs; and that you know you can do these things.
583   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
584 anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
585 These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
586 distribute copies of the software, or if you modify it.
588   For example, if you distribute copies of such a program, whether
589 gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
590 you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
591 source code.  And you must show them these terms so they know their
592 rights.
594   We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
595 (2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
596 distribute and/or modify the software.
598   Also, for each author's protection and ours, we want to make certain
599 that everyone understands that there is no warranty for this free
600 software.  If the software is modified by someone else and passed on, we
601 want its recipients to know that what they have is not the original, so
602 that any problems introduced by others will not reflect on the original
603 authors' reputations.
605   Finally, any free program is threatened constantly by software
606 patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free
607 program will individually obtain patent licenses, in effect making the
608 program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
609 patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.
611   The precise terms and conditions for copying, distribution and
612 modification follow.
614                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
615    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
617   0. This License applies to any program or other work which contains
618 a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
619 under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
620 refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
621 means either the Program or any derivative work under copyright law:
622 that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
623 either verbatim or with modifications and/or translated into another
624 language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
625 the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
627 Activities other than copying, distribution and modification are not
628 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
629 running the Program is not restricted, and the output from the Program
630 is covered only if its contents constitute a work based on the
631 Program (independent of having been made by running the Program).
632 Whether that is true depends on what the Program does.
634   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
635 source code as you receive it, in any medium, provided that you
636 conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
637 copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
638 notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
639 and give any other recipients of the Program a copy of this License
640 along with the Program.
642 You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
643 you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
645   2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion
646 of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
647 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
648 above, provided that you also meet all of these conditions:
650     a) You must cause the modified files to carry prominent notices
651     stating that you changed the files and the date of any change.
653     b) You must cause any work that you distribute or publish, that in
654     whole or in part contains or is derived from the Program or any
655     part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third
656     parties under the terms of this License.
658     c) If the modified program normally reads commands interactively
659     when run, you must cause it, when started running for such
660     interactive use in the most ordinary way, to print or display an
661     announcement including an appropriate copyright notice and a
662     notice that there is no warranty (or else, saying that you provide
663     a warranty) and that users may redistribute the program under
664     these conditions, and telling the user how to view a copy of this
665     License.  (Exception: if the Program itself is interactive but
666     does not normally print such an announcement, your work based on
667     the Program is not required to print an announcement.)
669 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
670 identifiable sections of that work are not derived from the Program,
671 and can be reasonably considered independent and separate works in
672 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
673 sections when you distribute them as separate works.  But when you
674 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
675 on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of
676 this License, whose permissions for other licensees extend to the
677 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
679 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
680 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
681 exercise the right to control the distribution of derivative or
682 collective works based on the Program.
684 In addition, mere aggregation of another work not based on the Program
685 with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
686 a storage or distribution medium does not bring the other work under
687 the scope of this License.
689   3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
690 under Section 2) in object code or executable form under the terms of
691 Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:
693     a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
694     source code, which must be distributed under the terms of Sections
695     1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
697     b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
698     years, to give any third party, for a charge no more than your
699     cost of physically performing source distribution, a complete
700     machine-readable copy of the corresponding source code, to be
701     distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
702     customarily used for software interchange; or,
704     c) Accompany it with the information you received as to the offer
705     to distribute corresponding source code.  (This alternative is
706     allowed only for noncommercial distribution and only if you
707     received the program in object code or executable form with such
708     an offer, in accord with Subsection b above.)
710 The source code for a work means the preferred form of the work for
711 making modifications to it.  For an executable work, complete source
712 code means all the source code for all modules it contains, plus any
713 associated interface definition files, plus the scripts used to
714 control compilation and installation of the executable.  However, as a
715 special exception, the source code distributed need not include
716 anything that is normally distributed (in either source or binary
717 form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
718 operating system on which the executable runs, unless that component
719 itself accompanies the executable.
721 If distribution of executable or object code is made by offering
722 access to copy from a designated place, then offering equivalent
723 access to copy the source code from the same place counts as
724 distribution of the source code, even though third parties are not
725 compelled to copy the source along with the object code.
727   4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
728 except as expressly provided under this License.  Any attempt
729 otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
730 void, and will automatically terminate your rights under this License.
731 However, parties who have received copies, or rights, from you under
732 this License will not have their licenses terminated so long as such
733 parties remain in full compliance.
735   5. You are not required to accept this License, since you have not
736 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
737 distribute the Program or its derivative works.  These actions are
738 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
739 modifying or distributing the Program (or any work based on the
740 Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
741 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
742 the Program or works based on it.
744   6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
745 Program), the recipient automatically receives a license from the
746 original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
747 these terms and conditions.  You may not impose any further
748 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
749 You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
750 this License.
752   7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
753 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
754 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
755 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
756 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
757 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
758 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
759 may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
760 license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
761 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
762 the only way you could satisfy both it and this License would be to
763 refrain entirely from distribution of the Program.
765 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
766 any particular circumstance, the balance of the section is intended to
767 apply and the section as a whole is intended to apply in other
768 circumstances.
770 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
771 patents or other property right claims or to contest validity of any
772 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
773 integrity of the free software distribution system, which is
774 implemented by public license practices.  Many people have made
775 generous contributions to the wide range of software distributed
776 through that system in reliance on consistent application of that
777 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
778 to distribute software through any other system and a licensee cannot
779 impose that choice.
781 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
782 be a consequence of the rest of this License.
784   8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
785 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
786 original copyright holder who places the Program under this License
787 may add an explicit geographical distribution limitation excluding
788 those countries, so that distribution is permitted only in or among
789 countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
790 the limitation as if written in the body of this License.
792   9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
793 of the General Public License from time to time.  Such new versions will
794 be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
795 address new problems or concerns.
797 Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
798 specifies a version number of this License which applies to it and "any
799 later version", you have the option of following the terms and conditions
800 either of that version or of any later version published by the Free
801 Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
802 this License, you may choose any version ever published by the Free Software
803 Foundation.
805   10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
806 programs whose distribution conditions are different, write to the author
807 to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
808 Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
809 make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
810 of preserving the free status of all derivatives of our free software and
811 of promoting the sharing and reuse of software generally.
813                             NO WARRANTY
815   11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
816 FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
817 OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
818 PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
819 OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
820 MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
821 TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
822 PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
823 REPAIR OR CORRECTION.
825   12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
826 WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
827 REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
828 INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
829 OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
830 TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
831 YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
832 PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
833 POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
835                      END OF TERMS AND CONDITIONS
837             How to Apply These Terms to Your New Programs
839   If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
840 possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
841 free software which everyone can redistribute and change under these terms.
843   To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
844 to attach them to the start of each source file to most effectively
845 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least
846 the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
848     <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>
849     Copyright (C) <year>  <name of author>
851     This program is free software; you can redistribute it and/or modify
852     it under the terms of the GNU General Public License as published by
853     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
854     (at your option) any later version.
856     This program is distributed in the hope that it will be useful,
857     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
858     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
859     GNU General Public License for more details.
861     You should have received a copy of the GNU General Public License along
862     with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
863     51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
865 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
867 If the program is interactive, make it output a short notice like this
868 when it starts in an interactive mode:
870     Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author
871     Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
872     This is free software, and you are welcome to redistribute it
873     under certain conditions; type `show c' for details.
875 The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
876 parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may
877 be called something other than `show w' and `show c'; they could even be
878 mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
880 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
881 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if
882 necessary.  Here is a sample; alter the names:
884   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
885   `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
887   <signature of Ty Coon>, 1 April 1989
888   Ty Coon, President of Vice
890 This General Public License does not permit incorporating your program into
891 proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
892 consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
893 library.  If this is what you want to do, use the GNU Lesser General
894 Public License instead of this License.
896 2. Trajectory file reading using VMD plugins
897 ============================================
899    Files: src/external/vmd_molfile/
900           src/gromacs/fileio/vmdio.c
902                 (C) Copyright 1995-2009 The Board of Trustees of the
903                             University of Illinois
904                              All Rights Reserved
906 Developed by:           Theoretical and Computational Biophysics Group
907                         University of Illinois at Urbana-Champaign
908                         http://www.ks.uiuc.edu/
910 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of
911 this software and associated documentation files (the Software), to deal with
912 the Software without restriction, including without limitation the rights to
913 use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies
914 of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to
915 do so, subject to the following conditions:
917 Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
918 this list of conditions and the following disclaimers.
920 Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
921 this list of conditions and the following disclaimers in the documentation
922 and/or other materials provided with the distribution.
924 Neither the names of Theoretical and Computational Biophysics Group,
925 University of Illinois at Urbana-Champaign, nor the names of its contributors
926 may be used to endorse or promote products derived from this Software without
927 specific prior written permission.
929 THE SOFTWARE IS PROVIDED AS IS, WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
930 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
931 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.  IN NO EVENT SHALL
932 THE CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR
933 OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
934 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR
935 OTHER DEALINGS WITH THE SOFTWARE.
937 3. Internal FFT (ffpack)
938 ========================
940    Files: src/external/fftpack/fftpack.c
942 Copyright (c) 2005-2011, NumPy Developers.
943 All rights reserved.
945 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
946 modification, are permitted provided that the following conditions are
947 met:
949     * Redistributions of source code must retain the above copyright
950        notice, this list of conditions and the following disclaimer.
952     * Redistributions in binary form must reproduce the above
953        copyright notice, this list of conditions and the following
954        disclaimer in the documentation and/or other materials provided
955        with the distribution.
957     * Neither the name of the NumPy Developers nor the names of any
958        contributors may be used to endorse or promote products derived
959        from this software without specific prior written permission.
961 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
962 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
963 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
964 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
965 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
966 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
967 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
968 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
969 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
970 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
971 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
973 fftpack.c : A set of FFT routines in C.
974 Algorithmically based on Fortran-77 FFTPACK by Paul N. Swarztrauber (Version 4, 1985).
976 4. thread_mpi
977 =============
979    Files: src/external/thread_mpi/
981 Copyright (c) 2009-2012, Sander Pronk & Erik Lindahl.
982 All rights reserved.
984 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
985 modification, are permitted provided that the following conditions are met:
986 1) Redistributions of source code must retain the above copyright
987    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
988 2) Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
989    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
990    documentation and/or other materials provided with the distribution.
991 3) Neither the name of the <organization> nor the
992    names of its contributors may be used to endorse or promote products
993    derived from this software without specific prior written permission.
995 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY US ''AS IS'' AND ANY
996 EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
997 WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
998 DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL <copyright holder> BE LIABLE FOR ANY
999 DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
1000 (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
1001 LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND
1002 ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
1003 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
1004 SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1006 If you want to redistribute modifications, please consider that
1007 scientific software is very special. Version control is crucial -
1008 bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
1009 inclusion in the official distribution, but derived work should not
1010 be called official thread_mpi.
1012 5. Blas
1013 =======
1015 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib BLAS library.
1016 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1017 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the GROMACS developers, and
1018 not the reference BLAS implementation.
1020 The reference BLAS implementation is available from http://www.netlib.org/blas
1022 BLAS does not come with a formal named "license", but a general statement that
1024 "The reference BLAS is a freely-available software package. It is available from netlib
1025 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1026 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1028 While the rest of GROMACS is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1029 our modified BLAS files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1030 However, be warned that we have only tested that they do the right thing in the cases used
1031 in GROMACS (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1032 better idea to use the full reference implementation.
1034 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1036 6. Lapack
1037 =========
1039 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib LAPACK library.
1040 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1041 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the GROMACS developers, and
1042 not the reference LAPACK implementation.
1044 The reference LAPACK implementation is available from http://www.netlib.org/lapack
1046 LAPACK does not come with a formal named "license", but a general statement saying:
1048 "The reference LAPACK is a freely-available software package. It is available from netlib
1049 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1050 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1052 While the rest of GROMACS is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1053 our modified LAPACK files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1055 However, be warned that we have only tested that they do the right thing in the cases used
1056 in GROMACS (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1057 better idea to use the full reference implementation.
1059 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1061 7. Parts of Boost C++ library
1062 =============================
1064    Files: src/gromacs/utility/current_function.h
1065           src/gromacs/utility/path.cpp
1067 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1069 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1070 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1071 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1072 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1073 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1074 do so, all subject to the following:
1076 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1077 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1078 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1079 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1080 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1081 a source language processor.
1083 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1084 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1085 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1086 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1087 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1088 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1089 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1091 8. Google Test and Google Mock
1092 ===============================
1094    Files: src/external/googletest/*
1096 Copyright 2008, Google Inc.
1097 All rights reserved.
1099 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1100 modification, are permitted provided that the following conditions are
1101 met:
1103     * Redistributions of source code must retain the above copyright
1104 notice, this list of conditions and the following disclaimer.
1105     * Redistributions in binary form must reproduce the above
1106 copyright notice, this list of conditions and the following disclaimer
1107 in the documentation and/or other materials provided with the
1108 distribution.
1109     * Neither the name of Google Inc. nor the names of its
1110 contributors may be used to endorse or promote products derived from
1111 this software without specific prior written permission.
1113 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
1114 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
1115 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
1116 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
1117 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
1118 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
1119 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
1120 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
1121 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
1122 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
1123 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1126 9. Sun Extensible Data Representation routines (XDR)
1127 =====================================================
1129     Files: src/gromacs/fileio/gmx_system_xdr.c
1131 Sun RPC is a product of Sun Microsystems, Inc. and is provided for
1132 unrestricted use provided that this legend is included on all tape
1133 media and as a part of the software program in whole or part.  Users
1134 may copy or modify Sun RPC without charge, but are not authorized
1135 to license or distribute it to anyone else except as part of a product or
1136 program developed by the user.
1138 SUN RPC IS PROVIDED AS IS WITH NO WARRANTIES OF ANY KIND INCLUDING THE
1139 WARRANTIES OF DESIGN, MERCHANTIBILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
1140 PURPOSE, OR ARISING FROM A COURSE OF DEALING, USAGE OR TRADE PRACTICE.
1142 Sun RPC is provided with no support and without any obligation on the
1143 part of Sun Microsystems, Inc. to assist in its use, correction,
1144 modification or enhancement.
1146 SUN MICROSYSTEMS, INC. SHALL HAVE NO LIABILITY WITH RESPECT TO THE
1147 INFRINGEMENT OF COPYRIGHTS, TRADE SECRETS OR ANY PATENTS BY SUN RPC
1148 OR ANY PART THEREOF.
1150 In no event will Sun Microsystems, Inc. be liable for any lost revenue
1151 or profits or other special, indirect and consequential damages, even if
1152 Sun has been advised of the possibility of such damages.
1154 Sun Microsystems, Inc.
1155 2550 Garcia Avenue
1156 Mountain View, California  94043
1159 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
1160 ===================================================
1162     Files: src/gromacs/math/utilities.c
1164 Copyright (C) 1993 by Sun Microsystems, Inc. All rights reserved.
1166 Developed at SunSoft, a Sun Microsystems, Inc. business.
1167 Permission to use, copy, modify, and distribute this
1168 software is freely granted, provided that this notice
1169 is preserved.
1172 11. ThreeFry Random Engine
1173 ============================================
1175 Based on proposed Boost implementations by
1176 a) John Salmon, Copyright 2010-2014 by D. E. Shaw Research
1177 b) Thijs van den Berg, Copyright (c) 2014 M.A. (Thijs) van den Berg
1179 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1181 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1182 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1183 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1184 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1185 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1186 do so, all subject to the following:
1188 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1189 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1190 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1191 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1192 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1193 a source language processor.
1195 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1196 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1197 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1198 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1199 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1200 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1201 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1203 12. Gamma distribution from libc++
1204 ============================================
1206 Copyright (c) The LLVM compiler infrastructure
1208 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
1209 of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
1210 in the Software without restriction, including without limitation the rights
1211 to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
1212 copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
1213 furnished to do so, subject to the following conditions:
1215 The above copyright notice and this permission notice shall be included in
1216 all copies or substantial portions of the Software.
1218 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1219 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1220 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
1221 AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
1222 LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
1223 OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
1224 THE SOFTWARE.
1227 13. md5
1228 ============================================
1230 Copyright (C) 1999, 2002 Aladdin Enterprises.  All rights reserved.
1232 This software is provided 'as-is', without any express or implied
1233 warranty.  In no event will the authors be held liable for any damages
1234 arising from the use of this software.
1236 Permission is granted to anyone to use this software for any purpose,
1237 including commercial applications, and to alter it and redistribute it
1238 freely, subject to the following restrictions:
1240 1. The origin of this software must not be misrepresented; you must not
1241   claim that you wrote the original software. If you use this software
1242   in a product, an acknowledgment in the product documentation would be
1243   appreciated but is not required.
1244 2. Altered source versions must be plainly marked as such, and must not be
1245   misrepresented as being the original software.
1246 3. This notice may not be removed or altered from any source distribution.
1248 L. Peter Deutsch
1249 ghost@aladdin.com
1251 14. lmfit
1252 ============================================
1253 The package lmfit is distributed under the FreeBSD License:
1256   Copyright (c) 1980-1999 University of Chicago,
1257                           as operator of Argonne National Laboratory
1258   Copyright (c) 2004-2015 Joachim Wuttke, Forschungszentrum Juelich GmbH
1260   All rights reserved.
1262   Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1263   modification, are permitted provided that the following conditions are met:
1265   - Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
1266     this list of conditions and the following disclaimer.
1267   - Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
1268     this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
1269     and/or other materials provided with the distribution.
1271   This software is provided by the copyright holders and contributors "as is"
1272   and any express or implied warranties, including, but not limited to, the
1273   implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose
1274   are disclaimed. In no event shall the copyright holder or contributors
1275   be liable for any direct, indirect, incidental, special, exemplary, or
1276   consequential damages (including, but not limited to, procurement of
1277   substitute goods or services; loss of use, data, or profits; or business
1278   interruption) however caused and on any theory of liability, whether in
1279   contract, strict liability, or tort (including negligence or otherwise)
1280   arising in any way out of the use of this software, even if advised of the
1281   possibility of such damage.
1284 15. clFFT
1285 ============================================
1287    Files: src/external/clFFT/*
1289 The source for clFFT is licensed under the Apache License, Version 2.0
1292 AMD clFFT
1293     Copyright 2013 Advanced Micro Devices, Inc.
1295     This product includes software developed at
1296     Advanced Micro Devices, Inc. (http://www.amd.com).
1299 15. Guidelines Support Library
1300 ============================================
1302    Files: src/gromacs/compat/pointers.h
1304 The source for the Guidelines Support Library (GSL) is licensed under
1305 the MIT license.
1308 Copyright (c) 2015 Microsoft Corporation. All rights reserved.
1310 This code is licensed under the MIT License (MIT).
1312 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
1313 of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
1314 in the Software without restriction, including without limitation the rights
1315 to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies
1316 of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to do
1317 so, subject to the following conditions:
1319 The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
1320 copies or substantial portions of the Software.
1322 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1323 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1324 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
1325 AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
1326 LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
1327 OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
1328 THE SOFTWARE.
1331 17. P0009 reference implementation (Sandia Corporation)
1332 =======================================================
1334    Files: src/gromacs/mdspan/*
1336                          Kokkos v. 2.0
1337               Copyright (2014) Sandia Corporation
1339 Under the terms of Contract DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation,
1340 the U.S. Government retains certain rights in this software.
1342 Kokkos is licensed under 3-clause BSD terms of use:
1344 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1345 modification, are permitted provided that the following conditions are
1346 met:
1348 1. Redistributions of source code must retain the above copyright
1349 notice, this list of conditions and the following disclaimer.
1351 2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
1352 notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
1353 documentation and/or other materials provided with the distribution.
1355 3. Neither the name of the Corporation nor the names of the
1356 contributors may be used to endorse or promote products derived from
1357 this software without specific prior written permission.
1359 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY SANDIA CORPORATION "AS IS" AND ANY
1360 EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
1361 IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
1362 PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL SANDIA CORPORATION OR THE
1363 CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL,
1364 EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO,
1365 PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR
1366 PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF
1367 LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING
1368 NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
1369 SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1371 Questions? Contact Christian R. Trott (crtrott@sandia.gov)
1373 18. pybind11 release 2.5.0 from https://github.com/pybind/pybind11
1374 ==================================================================
1376     Files: python_packaging/src/external/pybind/*
1379 Copyright (c) 2016 Wenzel Jakob <wenzel.jakob@epfl.ch>, All rights reserved.
1381 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1382 modification, are permitted provided that the following conditions are met:
1384 1. Redistributions of source code must retain the above copyright notice, this
1385    list of conditions and the following disclaimer.
1387 2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
1388    this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
1389    and/or other materials provided with the distribution.
1391 3. Neither the name of the copyright holder nor the names of its contributors
1392    may be used to endorse or promote products derived from this software
1393    without specific prior written permission.
1395 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS" AND
1396 ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
1397 WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
1398 DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT HOLDER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE
1399 FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL
1400 DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
1401 SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER
1402 CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY,
1403 OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
1404 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1406 Please also refer to the file CONTRIBUTING.md, which clarifies licensing of
1407 external contributions to this project including patches, pull requests, etc.
1410 19. Reference implementation of std::string_view
1411 ================================================
1413 Used with minor modifications from commit bf5824916b6895ccab0dbc2431520ee3b6d4f27f of
1414 https://github.com/martinmoene/string-view-lite.git, which is licensed as below.
1416 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1418 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1419 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1420 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1421 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1422 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1423 do so, all subject to the following:
1425 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1426 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1427 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1428 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1429 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1430 a source language processor.
1432 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1433 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1434 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1435 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1436 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1437 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1438 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1440 20. Reference implementation of std::optional
1441 =============================================
1443 Used with minor modifications from commit 096ce6d7e45ef184d of
1444 https://github.com/martinmoene/optional-lite.git, which is licensed as below.
1446 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1448 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1449 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1450 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1451 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1452 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1453 do so, all subject to the following:
1455 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1456 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1457 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1458 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1459 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1460 a source language processor.
1462 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1463 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1464 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1465 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1466 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1467 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1468 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1470 21. stl_interfaces
1471 ==================
1473 Used with minor modification from commit 486db0a5543cea2901ed of
1474 https://github.com/boostorg/stl_interfaces, which is licensed as below.
1476 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1478 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1479 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1480 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1481 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1482 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1483 do so, all subject to the following:
1485 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1486 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1487 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1488 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1489 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1490 a source language processor.
1492 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1493 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1494 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1495 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1496 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1497 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1498 DEALINGS IN THE SOFTWARE.