src/gromacs/tools/tests/refdata/HelpwritingTest_ConvertTprWritesHelp.xml

   1 <?xml version="1.0"?>
   2 <?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
   3 <ReferenceData>
   4   <String Name="HelpOutput"><![CDATA[
   5 SYNOPSIS
   6
   7 test convert-tpr [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr/.gro/...>]]
   8              [-extend <time>] [-until <time>] [-nsteps <int>] [-[no]zeroq]
   9
  10 DESCRIPTION
  11
  12 test convert-tpr can edit run input files in three ways.
  13
  14 1. by modifying the number of steps in a run input file with options -extend,
  15 -until or -nsteps (nsteps=-1 means unlimited number of steps)
  16
  17 2. by creating a .tpx file for a subset of your original tpx file, which is
  18 useful when you want to remove the solvent from your .tpx file, or when you
  19 want to make e.g. a pure Calpha .tpx file. Note that you may need to use
  20 -nsteps -1 (or similar) to get this to work. WARNING: this .tpx file is not
  21 fully functional.
  22
  23 3. by setting the charges of a specified group to zero. This is useful when
  24 doing free energy estimates using the LIE (Linear Interaction Energy) method.
  25
  26 OPTIONS
  27
  28 Options to specify input files:
  29
  30  -s      [<.tpr/.gro/...>]  (topol.tpr)
  31            Run input file to modify: tpr gro g96 pdb brk ent
  32  -n      [<.ndx>]           (index.ndx)      (Opt.)
  33            File containing additional index groups
  34
  35 Options to specify output files:
  36
  37  -o      [<.tpr/.gro/...>]  (tprout.tpr)     (Opt.)
  38            Generated modified run input file: tpr gro g96 pdb brk ent
  39
  40 Other options:
  41
  42  -extend <time>             (0)
  43            Extend runtime by this amount (ps)
  44  -until  <time>             (0)
  45            Extend runtime until this ending time (ps)
  46  -nsteps <int>              (0)
  47            Change the number of steps
  48  -[no]zeroq                 (no)
  49            Set the charges of a group (from the index) to zero
  50 ]]></String>
  51 </ReferenceData>