src/gromacs/tools/tests/refdata/HelpwritingTest_DumpWritesHelp.xml

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   3 <ReferenceData>
   4   <String Name="HelpOutput"><![CDATA[
   5 SYNOPSIS
   6
   7 test dump [-s <.tpr>] [-f <.xtc/.trr/...>] [-e <.edr>] [-cp <.cpt>]
   8           [-p <.top>] [-mtx <.mtx>] [-om <.mdp>] [-[no]nr] [-[no]param]
   9           [-[no]sys] [-[no]orgir]
  10
  11 DESCRIPTION
  12
  13 test dump reads a run input file (.tpr), a trajectory (.trr/.xtc/tng), an
  14 energy file (.edr), a checkpoint file (.cpt) or topology file (.top) and
  15 prints that to standard output in a readable format. This program is essential
  16 for checking your run input file in case of problems.
  17
  18 OPTIONS
  19
  20 Options to specify input files:
  21
  22  -s      <.tpr>                              (Opt.)
  23            Run input file to dump
  24  -f      <.xtc/.trr/...>                     (Opt.)
  25            Trajectory file to dump: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
  26  -e      <.edr>                              (Opt.)
  27            Energy file to dump
  28  -cp     <.cpt>                              (Opt.)
  29            Checkpoint file to dump
  30  -p      <.top>                              (Opt.)
  31            Topology file to dump
  32  -mtx    <.mtx>                              (Opt.)
  33            Hessian matrix to dump
  34
  35 Options to specify output files:
  36
  37  -om     <.mdp>                              (Opt.)
  38            grompp input file from run input file
  39
  40 Other options:
  41
  42  -[no]nr                    (yes)
  43            Show index numbers in output (leaving them out makes comparison
  44            easier, but creates a useless topology)
  45  -[no]param                 (no)
  46            Show parameters for each bonded interaction (for comparing dumps,
  47            it is useful to combine this with -nonr)
  48  -[no]sys                   (no)
  49            List the atoms and bonded interactions for the whole system instead
  50            of for each molecule type
  51  -[no]orgir                 (no)
  52            Show input parameters from tpr as they were written by the version
  53            that produced the file, instead of how the current version reads
  54            them
  55
  56 KNOWN ISSUES
  57
  58 * The .mdp file produced by -om can not be read by grompp.
  59 ]]></String>
  60 </ReferenceData>