docs/release-notes/2019/2019.1.rst

   1 GROMACS 2019.1 release notes
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   4 This version was released on TODO, 2019. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 initial version 2019, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2018.5 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
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  10 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  11 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
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  13 Fix error with 2D/3D dynamic load balancing
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  15
  16 With 2D or 3D domain decomposition with dynamics load balancing,
  17 mdrun would exit with the error "The domain decomposition grid
  18 as shifted too much .." when a cell size was limited.
  19
  20 :issue:`2830`
  21
  22 Fix incorrect LJ repulsion force switching on GPUs
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  24
  25 When using a CUDA or OpenCL GPU, the coefficient for the second order
  26 term for the LJ repulsion in the force switching function, called 'A'
  27 in the manual, had the wrong sign. This lead to very small errors in
  28 the forces and the pressure. Note that the dispersion force switching
  29 was correct. Although the effect on individual atoms pairs was negligible,
  30 their combined effect on the pressure could lead to deformation of
  31 CHARMM membrane systems, where LJ force switching is regularly applied.
  32
  33 :issue:`2845`
  34
  35
  36 Fix segmentation fault in mdrun with domain decomposition
  37 ---------------------------------------------------------
  38
  39 :issue:`2813`
  40
  41 Fix segmentation fault with energy minimization with the group scheme
  42 ---------------------------------------------------------------------
  43
  44 Using energy minimization in combination with the group cutoff scheme
  45 and domain decomposition could lead to a segmentation fault.
  46
  47 :issue:`2813`
  48
  49 Correct free-energy Delta H output with mass lambda's
  50 -----------------------------------------------------
  51
  52 When separate lambda parameters were used for perturbed mass
  53 free-energy contributions, these contributions were double counted
  54 in the Delta H output used for BAR calculations. Note that dH/dlambda
  55 was always correct
  56
  57 :issue:`2703`
  58 :issue:`2849`
  59
  60 Prevent mdrun -rerun from writing incorrect free-energy output
  61 --------------------------------------------------------------
  62
  63 Now mdrun -rerun exits with a fatal error when masses or constraints
  64 are perturbed. Their contributions to Hamiltonian differences and
  65 derivatives were incorrectly set to zero in version 2019.
  66
  67 :issue:`2849`
  68
  69 Fix possible division by zero in enforced-rotation code
  70 -------------------------------------------------------
  71
  72 :issue:`1431`
  73
  74 Fixes for ``gmx`` tools
  75 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  76
  77 Fix trjconv -ndec
  78 ---------------------------------------------------------
  79
  80 This only works for writing .xtc files. The code and documentation now
  81 works correctly with .gro files, which was changed in 2016 release series so that
  82 it would only write fixed-width columns.
  83
  84 :issue:`2824`
  85 :issue:`2037`
  86
  87 Fix using index file groups when .tpr file not supplied
  88 ---------------------------------------------------------
  89
  90 Selections that use groups from a supplied index file can
  91 again be used even when a .tpr file is not supplied.
  92
  93 :issue:`2847`
  94
  95 Fix tune_pme
  96 ---------------------------------------------------------
  97
  98 The tool did not work due to a file reading error that is fixed now.
  99
 100 :issue:`2827`
 101
 102 Fixes that affect portability
 103 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 104
 105 With MSVC, disabled internal clFFT fallback used for OpenCL support
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 107 GROMACS requires MSVC 2017, and the GROMACS OpenCL build requires
 108 clFFT. If clFFT is found on the user's system, then all may be well,
 109 but the version of clFFT bundled within GROMACS cannot be built
 110 because only MSVC 2010 is supported by clFFT at this time. A
 111 configure-time fatal error is now issued in this case.
 112
 113 :issue:`2500`
 114
 115 Explicitly require 64-bit platforms for OpenCL
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 117
 118 A 64-bit OpenCL runtime is required by GROMACS.
 119 All known OpenCL implementations on 64-bit platforms are 64-bit
 120 (and there are no known 32-bit platforms with 64-bit OpenCL),
 121 hence we require a 64-bit platform at configure-time in OpenCL builds.
 122 A known unsupported 32-bit platform is ARMv7.
 123
 124 Miscellaneous
 125 ^^^^^^^^^^^^^
 126
 127 Improved docs for applying electric fields
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