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   1 GROMACS 2016.1 Release Notes
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   4 This version was released on October 28, 2016. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 initial version 2016 to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 5.1.4.
   8
   9 Made distance restraints work with threads and DD
  10 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  11 The NMR distance restraints use several buffers for summing distances
  12 that were indexed based on the index of the thread+domain local ilist
  13 force atoms. This gives incorrect results with OpenMP and/or domain
  14 decomposition. Using the type index for the restraint and a domain-
  15 local, but not thread-local index for the pair resolves these issues.
  16 The are now only two limitations left:
  17
  18 * Time-averaged restraint don't work with DD.
  19 * Multiple copies of molecules in the same system without ensemble
  20   averaging does not work with DD.
  21
  22 Note that these fixes have not been made in any 5.1.x release.
  23
  24 :issue:`1117`
  25 :issue:`1989`
  26 :issue:`2029`
  27
  28 Fixed Ewald surface+3DC corrections
  29 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  30 Ewald surface and 3DC correction forces were only applied up to,
  31 but not including, the last atom with exclusions. With water at
  32 the end of the system only the last H would not be corrected.
  33 With ions at the end all ions would be missing.
  34 In addition, with the Verlet scheme and domain decomposition
  35 no force correction was applied at all.
  36
  37 :issue:`2040`
  38
  39 Fixed opening of wall table files
  40 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  41 :issue:`2033`
  42
  43 Fixed bug in gmx insert-molecules.
  44 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  45 With option -ip, and if all trials were unsuccessful, a molecule was
  46 eventually incorrectly placed at 0/0/0 due to a memory error
  47 when referencing to rpos[XX][mol].
  48
  49 Made virial reproducible
  50 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  51 OpenMP reduction was used to reduce virial contributions over threads,
  52 which does not have a defined order. This leads to different rounding,
  53 which makes runs non-reproducible (but still fully correct).
  54 Now thread local buffers are used.
  55 Also removed OpenMP parallezation for small count (e.g. shift forces).
  56
  57 Updated to support FFTW 3.3.5
  58 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  59 The auto-download of FFTW now gets FFTW 3.3.5 and builds it properly,
  60 including with ``--enable-vsx`` when GMX_SIMD is set to VSX, i.e. for
  61 Power8, and ``--enable-avx512`` when GMX_SIMD is any of the AVX flavours
  62 (which is safe on non-512 now, works on KNL, and is presumed useful
  63 for future AVX512 architectures).
  64
  65 Permitted automatic load balancing to disable itself when it makes the run slower
  66 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  67 Under certain conditions, especially with (shared) GPUs, DLB can
  68 decrease the performance. We now measure the cycles per step before
  69 turning on DLB. When the running average of cycles per step with DLB
  70 gets above the average without DLB, we turn off DLB. We then measure
  71 again without DLB. If without DLB the cycle count is still lower,
  72 we keep DLB off for the remainder of the run. Otherwise is can turn
  73 on again as before. This procedure ensures that the performance will
  74 never deteriorate due to DLB.
  75
  76 Improved the accuracy of timing for dynamic load balancing with GPUs
  77 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  78 With OpenCL, the time for the local non-bonded to finish on the GPU
  79 was ignored in the dynamic load balancing. This change lets OpenCL
  80 take the same code path as CUDA.
  81
  82 One internal heuristic parameter was far too small for both CUDA and
  83 OpenCL, which is now fixed.
  84
  85 Corrected kernel launch bounds for Tesla P100 GPUs
  86 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  87 This corrects our initial guess of kernel tuning parameters that resulted
  88 in reduced occupancy on sm_60 GPU, and thus improves performance.
  89
  90 Improved logic handling if/when the run is terminated for SETTLE warnings
  91 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  92 The code now honours that when the environment variable
  93 GMX_MAXCONSTRWARN is set to -1, there is no maximum number of warnings.
  94
  95 :issue:`2058`
  96
  97 Fixed bug in gmx wham for reading pullx files.
  98 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  99 Because the order of columns in the pullx files has changed recently,
 100 ``gmx wham`` did not pick the reaction coordinate from ``pullx.xvg``
 101 if the COM of the pull groups were written. ``gmx wham`` was tested
 102 with various pull options and geometries.
 103
 104 Fixed ouput bug in gmx wham
 105 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 106
 107 Fixed deadlock with thread-MPI
 108 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 109 With thread-MPI mdrun could deadlock while pinning threads.
 110
 111 :issue:`2025`
 112
 113 Made error reporting in grompp more user friendly
 114 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 115 This tool now always reports the file and line in user input files
 116 that lead to a condition such that subsequent parsing cannot continue.
 117
 118 Fixed SIMD suggestion for VMX
 119 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 120
 121 Fixed script xplor2gmx.pl to work with GMXDATA
 122 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 123
 124 Fixed default nice level in mdrun-only build
 125 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 126 Now an mdrun-only build should default to zero nice level, the same as
 127 ``gmx mdrun`` in a normal build.
 128
 129 Fixed math-test false positive
 130 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 131 Depending on the accuracy of the floating point division, the
 132 input of the test function could be 1ulp too large or too small.
 133 If it was too large the result of the test function wasn't
 134 within 4ulp and the test failed.
 135
 136 Improved documentation
 137 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 138
 139 Approaches for reducing overhead for GPU runs are now documented.
 140
 141 The available wallcycle counters and subcounters reported in the
 142 md.log files are now listed and and explained in the user guide, along
 143 with how to enable reporting of the subcounters.
 144
 145 Several install-guide sections have been improved, including those for
 146 OpenCL, mdrun-only, and "make check". A "quick and dirty" cluster
 147 installation section was added.
 148
 149 OpenCL error string are now written, instead of cryptic error codes
 150 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 151
 152 Fixed build with GMX_USE_TNG=off
 153 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 154
 155 Removed variable-precision .gro writing
 156 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 157 The precision used when writing .gro files is now fixed to 3, 4 and 5
 158 decimal places for x, v and box respectively to ensure compatibility with
 159 other software. Variable-precision reading is still supported.
 160
 161 :issue:`2037`
 162
 163 Fixed BG/Q platform files and install guide
 164 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 165 Renamed the platform file to reflect normal practice
 166 and the install guide.
 167
 168 Reduced the memory required for free-energy simulations
 169 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 170 Pair lists with atoms whose short-ranged parameters are perturbed
 171 now use less memory.
 172
 173 :issue:`2014`