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   1 GROMACS 2016.3 Release Notes
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   3
   4 This version was released on March 14, 2017. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since version
   6 2016.2 to fix known issues. It also incorporates all fixes made in
   7 version 5.1.4 and several since.
   8
   9 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  10 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  11
  12 Fixed mdrun with separate PME ranks hanging upon exit
  13 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  14 A recent fix for another issue led to mdrun hanging while communicating
  15 with PME ranks to coordinate end-of-run performance statistics.
  16
  17 :issue:`2131`
  18
  19 Fixed handling of previous virials with md-vv integrator
  20 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21 These quantities get written to checkpoint files only for the Trotter
  22 pressure-coupling integrators that need them, but they were being
  23 copied in do_md for all Trotter integrators. This meant that an
  24 appending restart of md-vv plus nose-hoover plus no pressure coupling
  25 truncated off a correct edr frame and wrote one with zero virial and
  26 wrong pressure. And in the same case, a no-append restart writes a
  27 duplicate frame that does not agree with the one written before
  28 termination.
  29
  30 :issue:`1793`
  31
  32 Fixed an incorrect check that nstlog != 0 for expanded ensembles
  33 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  34 The original version was accidentally reversed, causing it to
  35 fail when nstlog was not equal to 0.
  36
  37 Fixes for ``gmx`` tools
  38 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  39
  40 Fixed ``gmx tune_pme`` detection of GPU support
  41 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  42
  43 Fixed spacing in ``gmx tune_pme`` call to thread-MPI mdrun
  44 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  45
  46 Fixed minor issues in ``gmx traj -av -af``
  47 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  48 Made the description of the xvg y-axis more useful. Also works for
  49 option ``-af``.
  50
  51 :issue:`2133`
  52
  53 Removed rogue printing to xvg file in gmx mindist
  54 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  55 ``gmx mindist -xvg`` none is now adhered to, and printing is preceded by
  56 a comment.
  57
  58 :issue:`2129`
  59
  60 Fixed bug in ``gmx solvate -shell`` if it yielded 0 SOL.
  61 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  62 In the transition from genbox to solvate, some incorrect logic was
  63 introduced.
  64
  65 :issue:`2119`
  66
  67 Corrected output of ``gmx do_dssp -sc``
  68 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  69 This code has always written a probability, and not a percentage, so
  70 fixed the label. It still fits within the expected 8-character field.
  71
  72 :issue:`2120`
  73
  74 Improved documentation
  75 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  76
  77 Made several minor improvements to documentation and messages to users
  78 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  79 Removed documentation of unimplemented ``gmx trjconv -clustercenter``.
  80
  81 Introduced system preparation section to user guide, to create
  82 somewhere to document the use and limitations of vdwradii.dat.
  83 Enchanced documentation of solvate and insert-molecules, similarly.
  84
  85 :issue:`2094`
  86
  87 Documented that we now support AMD GCN on Mesa/LLVM
  88 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  89 AMD GPUs using Mesa 17.0+ and LLVM 4.0+ run GROMACS using OpenCL.
  90
  91 Documented running Clang static analyzer manually
  92 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  93
  94 Portability enhancements
  95 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  96
  97 Enabled avx512 in the GROMACS FFTW build only if the compiler supports it
  98 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  99 Enabling avx512 requires GCC 4.9 or newer or Clang 3.9 or newer. Since
 100 we support compilers older than those, we can not afford to enable
 101 avx512 in ``GMX_BUILD_OWN_FFTW=on`` unconditionally.
 102
 103 Worked around false positives in SIMD test from bug in xlc 13.1.5
 104 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 105 atan2(0,0) should return 0.0, which the GROMACS simd implementation
 106 does. However, since at least one compiler produces -nan for the
 107 standard library version it's better to compare with the known
 108 correct value rather than calling std:atan2(0,0).
 109
 110 :issue:`2102`
 111
 112 Fixed compile with icc of ``GMX_SIMD=None``
 113 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 114 ICC defines invsqrt in math.h