docs/release-notes/2016/major/removed-features.rst

   1 Removed mdrun features
   2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 Removed SD2 integrator
   5 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
   6 This integrator has known problems, and is in all ways inferior to
   7 sd. It has no tests, and was deprecated in GROMACS 5.0. There are no
   8 plans to replace it.
   9
  10 :issue:`1137`
  11
  12 Removed the twin-range scheme
  13 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  14 Only the (deprecated) group scheme supports this, and the Verlet scheme will not
  15 support it in the foreseeable future.  There is now the explicit
  16 requirement that rlist >= max(rcoulomb,rvdw).
  17
  18 Removed support for twin-range with VV integrators
  19 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  20 Group-scheme twin-ranged non-bonded interactions never worked with
  21 velocity-Verlet integrators and constraints. There are no plans to
  22 make that combination work.
  23
  24 :issue:`1137`, :issue:`1793`
  25
  26 Removed Reaction-Field-nec
  27 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  28 The reaction-field no-exclusion correction option was only introduced for
  29 backward compatibility and a performance advantage for systems
  30 with only rigid molecules (e.g. water). For all other systems
  31 the forces are incorrect. The Verlet scheme does not support this
  32 option and even if it would, it wouldn't even improve performance.
  33
  34 Removed AdResS module
  35 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  36 This feature requires the (deprecated) group scheme, and there are no
  37 plans to port it to the Verlet scheme.
  38
  39 :issue:`1852`
  40
  41 Removed mdrun -compact
  42 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  43 It is too complicated to support multiple ways of analysing per-step
  44 data.
  45
  46 Removed lambda printing from mdrun log file
  47 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  48 :issue:`1773`
  49
  50 Removed GMX_NOCHARGEGROUPS
  51 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  52 This undocumented feature was only useful with the (deprecated) group
  53 scheme.