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   1 GROMACS 2018.1 release notes
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   3
   4 This version was released on March 21, 2018. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 initial version 2018, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2016.5 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
   9
  10 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  11 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  12
  13 Fixed leap-frog integrator with Nose-Hoover T coupling and Parrinello-Rahman P coupling
  14 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  15
  16 With Parrinello-Rahman P coupling active, when applying Nose-Hoover T
  17 coupling at an MD step where no P coupling occured, the update phase
  18 could use outdated or garbage coupling data. Such simulations with
  19 :mdp:`nsttcouple` equal to :mdp:`nstpcouple` are unaffected
  20 by this issue, so few users will be impacted by this. Simulations
  21 using other coupling algorithms are unaffected.
  22
  23 :issue:`2418`
  24
  25 Used SIMD bondeds without perturbed interactions
  26 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  27 In free-energy calculations that lacked bonded interactions between
  28 perturbed atom types, the SIMD-accelerated bonded functions were
  29 inadvertently disabled. This has been enabled, which will improve
  30 the performance of some kinds of free-energy calculations.
  31
  32 Fixed bonds whose displacement was zero
  33 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  34 We should allow overlapping atoms in harmonic bonds. But the former
  35 code would cause a floating point exception and incorrect free-energy
  36 derivatives.
  37
  38 Fixed centre-of-mass motion removal on part of the system
  39 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  40 COMM removal requested for part of the system acted on the whole
  41 system.
  42
  43 :issue:`2381`
  44
  45 Fixed multi-simulations with multiple ranks per simulation
  46 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  47 These used to crash or hang mysteriously before the simulation would
  48 start.
  49
  50 :issue:`2403`
  51
  52 Improved inter-simulation signalling implementation
  53 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  54 Reduced communication overhead with either many simulations or many
  55 ranks per simulation.
  56
  57 Fixed FEP calculations with SHAKE
  58 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  59 All SHAKE + FEP calculations accumulated wrong values to dH/dl output,
  60 but in some cases the result will look the same.
  61
  62 :issue:`2434`
  63
  64 Fixed handling of mdp ``define`` statement assigning preprocessor values
  65 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  66 Now .mdp files can configure the topology with values, as originally
  67 intended, e.g. ``"define = -DBOOL -DVAR=VALUE"``.
  68
  69 :issue:`2392`
  70
  71 Prevented log file energy average printing dividing by zero
  72 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  73 If very few simulation frames have computed energies, then there may
  74 be insufficient data for averages. If so, skip the average printing
  75 entirely.
  76
  77 :issue:`2394`
  78
  79 Correctly set cutoff modifiers in forcerec
  80 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  81 The cutoff modifiers were not copied from interaction_const_t
  82 to forcerec_t which meant only the generic kernels were used with
  83 the group scheme. This fix will restore the performance of the
  84 group scheme.
  85
  86 :issue:`2399`
  87
  88 Fixed box scaling in PME mixed mode using both GPU and CPU
  89 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  90
  91 :issue:`2385`
  92
  93 Re-enabled GPU support with walls and 1 energy group
  94 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  95 With a single non-bonded energy group and walls, we can now use a GPU
  96 for non-bonded calculations.
  97
  98 Removed tumbling ice-cube warning with SD integrator
  99 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 100 With SD, there is friction, so ice cubes will not tumble.
 101
 102 Fixed assertion failure in test-particle insertion
 103 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 104 Erroneous logic in the TPI meant that it always failed without producing
 105 any result.
 106
 107 :issue:`2398`
 108
 109 Avoided mdrun echoing "No option -multi"
 110 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 111 mdrun would print as many messages "No option -multi" as there
 112 are MPI ranks to stderr.
 113 Also updated -multi to -multidir in an error message.
 114
 115 :issue:`2377`
 116
 117 Improved mdrun handling when GPUs are present but unavailable
 118 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 119
 120 :issue:`2415`
 121
 122 Fixed crash with AWH and awh1-equilibrate-histogram=yes
 123 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 124 When running AWH with awh1-equilibrate-histogram=yes and multiple MPI
 125 ranks, the simulation would segmentation fault.
 126
 127 :issue:`2436`
 128
 129 Fixed issues with AWH and bias sharing
 130 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 131 When sharing AWH biases between multiple simulations, there were four
 132 issues. An MPI error would occur when an individual simulation would
 133 use more than one rank. The deconvoluted PMF would be garbage (but
 134 the sampling was correct). with more than 32 MPI ranks for an individual
 135 simulation, an error about a coordinate being 0 could occur.
 136 And continuation from checkpoints could be refused.
 137
 138 :issue:`2433`
 139 :issue:`2439`
 140 :issue:`2441`
 141 :issue:`2444`
 142
 143 Fixed virial with AWH and domain decomposiion
 144 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 145 When running AWH with domain decomposition, the AWH/pull virial
 146 contribution would be multiplied with the number of MPI ranks.
 147
 148
 149 Fixed restart bug with pull geometry direction-periodic
 150 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 151 With COM pulling with geometry direction-periodic, (only) at the step
 152 of continuing from checkpoint the closest PBC image would be used
 153 instead of the of the one closest to the reference value. This could
 154 lead to a sharp spike in the pull force at the continuation step.
 155
 156 :issue:`2446`
 157
 158 Fixes for ``gmx`` tools
 159 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 160
 161 Added check in grompp to avoid assertion failure
 162 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 163 With an mdp file with a parameter present with both the current name
 164 and the old name which automatically gets replaced, an assertion
 165 would fail. Now a fatal error is issued.
 166
 167 :issue:`2386`
 168
 169 Fixed grompp net charge check
 170 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 171 Use of multiple non-consecutive blocks of a moleculetype now works
 172 correctly.
 173
 174 :issue:`2407`
 175
 176 Fixed issue with adding selection groups for TNG output
 177 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 178 When there were more molecule blocks than molecule types in the topology,
 179 the output was wrong.
 180
 181 Fixed help text and functionality of ``pdb2gmx -missing``
 182 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 183 This now permits dangling bonds at termini, which is occasionally useful.
 184
 185 Fixes to improve portability
 186 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 187
 188 PME on Fermi-era GPUs on large systems now works
 189 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 190 On older GPUs, it was possible to run into a hardware size limitation
 191 that has now been fixed.
 192
 193 :issue:`2409`
 194
 195 GoogleTest death tests are now used in a more portable way
 196 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 197
 198 Tests for GPU utility functionality are now more robust
 199 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 200 Non-GPU builds, and GPU builds that find incompatible or otherwise
 201 unavailable devices will pass the tests in the manner intended.
 202
 203 :issue:`2405`
 204
 205 Used more portable python shebangs
 206 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 207 Per https://www.python.org/dev/peps/pep-0394/#recommendation, we
 208 should use env, and point it at python2. When we either make them 2/3
 209 or just-3 compatible, this should change.
 210
 211 Some distros (notably Arch Linux) already point python at python3 so
 212 we should choose to be explicit, and thus somewhat portable.
 213
 214 :issue:`2401`
 215
 216 Added work-around for GCC 5.3 targetting AVX512 hardware
 217 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 218 GCC 5.3 has bug in overload resolution causing the AVX512
 219 and scalar function to become ambiguous.
 220
 221 Used isfinite unambiguously
 222 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 223 Patch provdied by Veselin Kolev to quiet some compiler warnings.
 224
 225 :issue:`2400`
 226
 227 Worked around gcc-6 bug in tabulated group non-bonded kernels
 228 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 229 With the gcc-6 compiler, AVX and -O3, which is the default,
 230 the tabulated non-bonded kernels of the (deprecated) group
 231 cutoff-scheme produced incorrect energies and forces.
 232 The errors are so large that they could not have caused latent issues.
 233
 234 :issue:`2424`
 235
 236 Detected correct AMD Zen SMT topology
 237 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 238 On recent AMD Zen processors, hardware thread detection and pinning
 239 handling have been fixed, improving performance.
 240
 241 :issue:`2388`
 242
 243 Fixed POWER VSX SIMD usage for upcoming gcc version 8
 244 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 245 :issue:`2421`
 246
 247 Fixed clang 6 with CUDA 9
 248 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 249 Permits builds for sm_70 and may work around an issue with sm_37
 250
 251 :issue:`2443`
 252
 253 Miscellaneous
 254 ^^^^^^^^^^^^^
 255
 256 Made multi-atom TPI reproducible with different compilers
 257 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 258
 259 Documentation enhancements
 260 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 261 In particular, for handling options to mdrun relating to GPUs and
 262 running mdrun with good performance.