docs/release-notes/2018/major/bugs-fixed.rst

   1 Bugs fixed
   2 ^^^^^^^^^^
   3
   4 Fixed multiple time stepping with Parrinello-Rahman and Nose-Hoover.
   5 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
   6 These now work in correct Trotter style, applied once and scaled by
   7 the correct number of steps.
   8
   9 Fixes :issue:`2031`
  10 Fixes :issue:`2032`
  11
  12 Applied Berendsen pressure coupling only at nstpcouple steps
  13 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  14 Berendsen pressure coupling was mistakenly applied on successive
  15 steps. Since there is no need for this, this is changed to act only on
  16 nstpcouple steps. Note that this change prevents continuation from old
  17 checkpoint files for Berendsen pressuring-coupling runs, since the
  18 previous-step pressure is no longer stored.
  19
  20 Added missing Ewald correction for PME-User
  21 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  22 With :mdp-value:`coulombtype=PME-User`, the Ewald mesh energy was not subtracted
  23 leading to (very) incorrect Coulomb energies and forces.
  24
  25 Fixes :issue:`2286`
  26
  27 Fixed incorrect dV/dlambda for walls
  28 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  29 The free-energy derivative dV/dlambda for walls, which can be
  30 perturbed by changing atom types of non-wall atoms, only contained the
  31 B-state contribution.
  32
  33 Fixes :issue:`2267`
  34
  35 Supported OpenMP for orientation restraints
  36 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  37 Previously this was broken, but has been fixed and is now tested and
  38 supported.
  39
  40 Fixed orientation restraint reference
  41 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  42 The resetting of the COM of the molecule with orientation restraints
  43 for fitting to the reference structure was done with the COM of the
  44 reference structure instead of the instantaneous structure. This does
  45 not affect the restraining (unless ensemble averaging is used), only
  46 the printed orientation tensor.
  47
  48 Fixes :issue:`2219`
  49
  50 Used graph with orientation restraints
  51 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  52 With the Verlet cut-off scheme by default molecules are not made whole.
  53 Now they are made whole when orientation restraints are used.
  54 Added checks and assertions for correct PBC treatment with orientation
  55 restraints.
  56
  57 Fixes :issue:`2228`
  58
  59 Fixed Ekin at step 0 with COM removal
  60 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  61 The kinetic energy at step 0 was computed from the velocities without
  62 the center of mass velocity removed. This could cause a relatively
  63 large jump in kinetic energy, especially for small systems.
  64 Now compute_globals is called twice with COM removal so we get
  65 the correct kinetic energy.
  66
  67 Fixed :ref:`gmx grompp` with Andersen massive and no COM removal
  68 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  69 Fixed a floating point exception leading to a segv.
  70 Also fixed possible different rounding for the interval for
  71 Andersen massive in :ref:`gmx grompp` in mdrun for the common case where tau-t
  72 is a multiple of delta-t.
  73
  74 Fixes :issue:`2256`
  75
  76 Improved Verlet buffer constraint estimate
  77 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  78 The displacement estimate for a constrained atom (typically H)
  79 rotating around the COM with a partner atom is now derived and
  80 documented correctly.  Note that we (still) use a Gaussian with
  81 matched variance, which results in a much larger buffer than
  82 necessary, since the tail of the displacement distribution sets the
  83 buffer size and the Gaussian has a long tail whereas the actual
  84 distribution has no tail.
  85
  86 Fixed virtual site generation for water oxygens not named OW
  87 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  88 :ref:`gmx pdb2gmx` would break when generating virtual sites if water oxygens
  89 were not named OW. Now checking for the atomnumber instead.
  90
  91 Fixes :issue:`2268`
  92
  93 Fixed thread-MPI rank choice for orientation restraints
  94 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  95 Only a single rank is supported, so that must be what the thread-MPI
  96 code will choose. There's another check later on that catches the
  97 multi-rank MPI case.
  98
  99 Fixed some incorrect behavior with :ref:`gmx solvate`
 100 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 101 :ref:`gmx solvate` cannot replicate non-rectangular solvent boxes correctly
 102 (there are several different places that assume a diagonal box matrix),
 103 so give a fatal error if that is attempted.  To support some uses with
 104 triclinic boxes, skip the replication step if the solvent and target box
 105 sizes are already equal.
 106
 107 Support for general triclinic boxes can be added separately, and the
 108 check introduced here can be valuable even in that case: it keeps a
 109 pre-equilibrated solvent box intact if the target box size is the same.
 110
 111 Related to fix of :issue:`2148`
 112
 113 Fixed DD exact continuation in reproducible node
 114 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 115 With domain decomposition, the local atom density, used for setting
 116 the search grid for sorting particles, was based on the local atom
 117 count including atoms/charge groups that would be moved to neighboring
 118 cells. This lead to a different density value, which in turn could
 119 result in a different number of search grid cells and thus a different
 120 summation order during a run compared with continuing that run from a
 121 checkpoint, when no atoms would be moved. That difference violated
 122 the intention of ``mdrun -reprod``, and is now fixed.
 123
 124 Refs Fixes :issue:`2318`
 125
 126 Made mdrun only stop at nstlist steps with mdrun -reprod
 127 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 128 Stopping mdrun with two INT or TERM signals (e.g. from Ctrl-C from the
 129 terminal shell) would always happen right after the first global
 130 communication step. But this breaks exact continuation. Now with
 131 ``mdrun -reprod`` a second signal will still stop at a pair-list
 132 generation step, like with the first signal, so we can still have
 133 exact continuation.
 134
 135 Fixes :issue:`2318`
 136
 137 Added check for GPU detection support before detecting GPU devices
 138 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 139 When a CUDA-enabled binary was run on a node with no CUDA driver
 140 available, a note was issued that the version of the CUDA driver is
 141 insufficient, which was wrong and now fixed.
 142
 143 Fixes :issue:`2322`
 144
 145 Removed duplicated lines from OPLS ffbonded.itp
 146 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 147 Identical lines have been removed, as identified with uniq.
 148
 149 Fixes :issue:`1678`.
 150
 151 mdrun no longer warns about NVML clocks that are at max
 152 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 153 If the clocks are already maxed out there is no point in echoing
 154 warnings about not being able to set them.
 155
 156 Fixes :issue:`2313`.
 157
 158 Used reduced default tolerances for tpx comparison
 159 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 160 The tolerances for gmx check are mainly intended for handling slight
 161 statistical deviations, but they can hide differences between tpr
 162 files, when the user likely wants exact checks on small quantities
 163 like Lennard-Jones parameters. This changes changes the default
 164 relative tolerance to 0.000001 and the absolute tolerance to zero, so
 165 that we only allow for any minor differences due to compiler
 166 optimization.
 167
 168 Fixes :issue:`2024`.
 169
 170 Fixed return values of frame-reading functions
 171 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 172 This function was based on read_first_x that returned the number of
 173 atoms, and was documented to do the same, but has always returned a
 174 logical boolean about whether a frame has been read. This led to
 175 aspects of ``gmx spatial`` and ``gmx trjcat -demux`` being broken.
 176
 177 Fixed by returning a proper bool, and fixing the remaining logic that
 178 used the return value in a non-boolean sense.
 179
 180 Refs :issue:`2157`
 181
 182 Removed PBC before generating TPR with group scheme
 183 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 184 Ensure that all molecules have been made whole before generating the
 185 run input file when using the group scheme, to avoid error messages
 186 for large charge groups when molecules are broken over PBC boundaries.
 187
 188 Fixes :issue:`2339`
 189
 190 Fixed PBC error in gmx_spatial
 191 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 192
 193 Fixes :issue:`2157`.
 194
 195 Documented power spectrum options of gmx velacc
 196 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 197 Fixes :issue:`2019`.
 198
 199 Changed to require .tpr file for gmx cluster
 200 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 201 The program could crash without it, so it wasn't optional.
 202
 203 Fixes :issue:`2170`.
 204
 205 Disallowed ascii formats for gmx trjcat
 206 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 207 Since gmx trjcat (deliberately) does not use any .tpr file, the tool
 208 can't handle trajectory formats such as .gro or .pdb where
 209 atom/residue names are needed.
 210
 211 Fixes :issue:`2225`.
 212
 213 Improved grompp missing-parameters error message
 214 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 215 If an interaction entry had parameters but not the function type, then
 216 the error message has been confusing. Note that even when only one
 217 function type is implemented, the field is still required, which makes
 218 for ready extensibility.
 219
 220 Refs :issue:`2144`
 221
 222 Checked for large energy at first step
 223 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 224 Also added step number to fatal error message.
 225
 226 Fixes :issue:`2333`
 227
 228 Disallowed combination of PME-user and verlet cutoff
 229 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 230 Fixes :issue:`2332`
 231
 232 Avoided confusing message at end of non-dynamical runs
 233 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 234 Energy minimization, test-particle insertion, normal-mode analysis,
 235 etc.  are not targets for performance optimization so we will not
 236 write performance reports. This commit fixes an oversight whereby we
 237 would warn a user when the lack of performance report is normal and
 238 expected.
 239
 240 Fixes :issue:`2172`
 241
 242 Changed to require ``-ntmpi`` when setting ``-ntomp`` and using GPUs
 243 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 244 With GPUs and thread-MPI, setting only ``gmx mdrun -ntomp`` could lead
 245 to oversubscription of the hardware threads.  Now, with GPUs and
 246 thread-MPI the user is required to set ``-ntmpi`` when using
 247 ``-ntomp``. Here we chose that to also require ``-ntmpi`` when the
 248 user specified both ``-nt`` and ``-ntomp``; here we could infer the
 249 number of ranks, but it's safer to ask the user to explicity set
 250 ``-ntmpi``.  Note that specifying both ``-ntmpi`` and ``-nt`` has
 251 always worked correctly.
 252
 253 Fixes :issue:`2348`