share/top/amber99sb.ff/tip5p.itp

   1 ; original reference: [M. W. Mahoney and W. L. Jorgensen, J. Chem. Phys. 112 , 2000]
   2 ;
   3 ; Note that there are various issues with tip5p and the different forcefields.
   4 ; Discussion is here: https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/1348
   5
   6 [ moleculetype ]
   7 ; molname       nrexcl
   8 SOL             2
   9
  10 [ atoms ]
  11 ; id  at type     res nr  res name  at name  cg nr  charge    mass
  12   1   OW_tip5p    1       SOL       OW       1       0        16.00000
  13   2   HW_tip5p    1       SOL       HW1      1       0.241     1.00800
  14   3   HW_tip5p    1       SOL       HW2      1       0.241     1.00800
  15   4   MW          1       SOL       LP1      1      -0.241     0.00000
  16   5   MW          1       SOL       LP2      1      -0.241     0.00000
  17
  18 #ifndef FLEXIBLE
  19
  20 [ settles ]
  21 ; i     funct   doh     dhh
  22 1       1       0.09572 0.15139
  23
  24 #else
  25
  26 [ bonds ]
  27 ; i     j       funct   length  force.c.
  28 1       2       1       0.09572 502416.0 0.09572        502416.0
  29 1       3       1       0.09572 502416.0 0.09572        502416.0
  30
  31 [ angles ]
  32 ; i     j       k       funct   angle   force.c.
  33 2       1       3       1       104.52  628.02  104.52  628.02
  34
  35 #endif
  36
  37
  38 [ virtual_sites3 ]
  39 ; Vsite from                    funct   a               b               c
  40 4      1       2       3       4        -0.344908262    -0.34490826     -6.4437903493
  41 5      1       2       3       4        -0.344908262    -0.34490826     6.4437903493
  42
  43
  44 [ exclusions ]
  45 1       2       3       4       5
  46 2       1       3       4       5
  47 3       1       2       4       5
  48 4       1       2       3       5
  49 5       1       2       3       4
  50
  51
  52 ; The positions of the vsites are computed as follows:
  53 ;
  54 ;            LP1 LP2
  55 ;
  56 ;               O
  57 ;
  58 ;       H1              H2
  59 ;
  60 ; angle A (H1-O-H2) = 104.52
  61 ; angle B (M1-O-M2) = 109.47
  62 ; dist C (H-O) = 0.09572 nm
  63 ; dist D (M-O) = 0.070 nm
  64 ;
  65 ;atom   x               y               z
  66 ;O      0.0             0.0             0.0
  67 ;H1     0.585882276     0.756950327     0.0
  68 ;H2     0.585882276     -0.756950327    0.0
  69 ;M1     -0.404151276    0.0             0.571543301
  70 ;M2     -0.404151276    0.0             -0.571543301
  71 ; Dummy pos x4 = x1 + a4*(x2-x1) + b4*(x3-x1) + c4*((x2-x1) x (x3-x1))
  72 ; Dummy pos x5 = x1 + a5*(x2-x1) + b5*(x3-x1) + c5*((x2-x1) x (x3-x1))
  73 ; a4 = b4 = a5 = b5 = (D*cos(B/2)) / (2*C*cos(A/2))  = -0.34490826
  74 ; c5 = -c4 = (D * sin(B/2))/ (C^2 * sin(A)) = 6.4437903