[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ChainSep_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_2.xml
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4 <OutputFiles Name="Files">
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6 <GroFile Name="Header">
7 <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">258</Int>
9 </GroFile>
10 </File>
11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "charmm27.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein_chain_A 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
33 1 NH3 2 ALA N 1 -0.3 14.007
34 2 HC 2 ALA H1 2 0.33 1.008
35 3 HC 2 ALA H2 3 0.33 1.008
36 4 HC 2 ALA H3 4 0.33 1.008
37 5 CT1 2 ALA CA 5 0.21 12.011
38 6 HB 2 ALA HA 6 0.1 1.008
39 7 CT3 2 ALA CB 7 -0.27 12.011
40 8 HA 2 ALA HB1 8 0.09 1.008
41 9 HA 2 ALA HB2 9 0.09 1.008
42 10 HA 2 ALA HB3 10 0.09 1.008
43 11 C 2 ALA C 11 0.51 12.011
44 12 O 2 ALA O 12 -0.51 15.999 ; qtot 1
45 ; residue 3 CYS rtp CYS q 0.0
46 13 NH1 3 CYS N 13 -0.47 14.007
47 14 H 3 CYS HN 14 0.31 1.008
48 15 CT1 3 CYS CA 15 0.07 12.011
49 16 HB 3 CYS HA 16 0.09 1.008
50 17 CT2 3 CYS CB 17 -0.11 12.011
51 18 HA 3 CYS HB1 18 0.09 1.008
52 19 HA 3 CYS HB2 19 0.09 1.008
53 20 S 3 CYS SG 20 -0.23 32.06
54 21 HS 3 CYS HG1 21 0.16 1.008
55 22 C 3 CYS C 22 0.51 12.011
56 23 O 3 CYS O 23 -0.51 15.999 ; qtot 1
57 ; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
58 24 NH1 4 ASP N 24 -0.47 14.007
59 25 H 4 ASP HN 25 0.31 1.008
60 26 CT1 4 ASP CA 26 0.07 12.011
61 27 HB 4 ASP HA 27 0.09 1.008
62 28 CT2 4 ASP CB 28 -0.28 12.011
63 29 HA 4 ASP HB1 29 0.09 1.008
64 30 HA 4 ASP HB2 30 0.09 1.008
65 31 CC 4 ASP CG 31 0.62 12.011
66 32 OC 4 ASP OD1 32 -0.76 15.999
67 33 OC 4 ASP OD2 33 -0.76 15.999
68 34 C 4 ASP C 34 0.51 12.011
69 35 O 4 ASP O 35 -0.51 15.999 ; qtot 0
70 ; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
71 36 NH1 5 GLU N 36 -0.47 14.007
72 37 H 5 GLU HN 37 0.31 1.008
73 38 CT1 5 GLU CA 38 0.07 12.011
74 39 HB 5 GLU HA 39 0.09 1.008
75 40 CT2 5 GLU CB 40 -0.18 12.011
76 41 HA 5 GLU HB1 41 0.09 1.008
77 42 HA 5 GLU HB2 42 0.09 1.008
78 43 CT2 5 GLU CG 43 -0.28 12.011
79 44 HA 5 GLU HG1 44 0.09 1.008
80 45 HA 5 GLU HG2 45 0.09 1.008
81 46 CC 5 GLU CD 46 0.62 12.011
82 47 OC 5 GLU OE1 47 -0.76 15.999
83 48 OC 5 GLU OE2 48 -0.76 15.999
84 49 C 5 GLU C 49 0.51 12.011
85 50 O 5 GLU O 50 -0.51 15.999 ; qtot -1
86 ; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
87 51 NH1 6 PHE N 51 -0.47 14.007
88 52 H 6 PHE HN 52 0.31 1.008
89 53 CT1 6 PHE CA 53 0.07 12.011
90 54 HB 6 PHE HA 54 0.09 1.008
91 55 CT2 6 PHE CB 55 -0.18 12.011
92 56 HA 6 PHE HB1 56 0.09 1.008
93 57 HA 6 PHE HB2 57 0.09 1.008
94 58 CA 6 PHE CG 58 0 12.011
95 59 CA 6 PHE CD1 59 -0.115 12.011
96 60 HP 6 PHE HD1 60 0.115 1.008
97 61 CA 6 PHE CE1 61 -0.115 12.011
98 62 HP 6 PHE HE1 62 0.115 1.008
99 63 CA 6 PHE CZ 63 -0.115 12.011
100 64 HP 6 PHE HZ 64 0.115 1.008
101 65 CA 6 PHE CD2 65 -0.115 12.011
102 66 HP 6 PHE HD2 66 0.115 1.008
103 67 CA 6 PHE CE2 67 -0.115 12.011
104 68 HP 6 PHE HE2 68 0.115 1.008
105 69 C 6 PHE C 69 0.51 12.011
106 70 O 6 PHE O 70 -0.51 15.999 ; qtot -1
107 ; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
108 71 NH1 7 GLY N 71 -0.47 14.007
109 72 H 7 GLY HN 72 0.31 1.008
110 73 CT2 7 GLY CA 73 -0.02 12.011
111 74 HB 7 GLY HA1 74 0.09 1.008
112 75 HB 7 GLY HA2 75 0.09 1.008
113 76 C 7 GLY C 76 0.51 12.011
114 77 O 7 GLY O 77 -0.51 15.999 ; qtot -1
115 ; residue 8 HIS rtp HSE q 0.0
116 78 NH1 8 HIS N 78 -0.47 14.007
117 79 H 8 HIS HN 79 0.31 1.008
118 80 CT1 8 HIS CA 80 0.07 12.011
119 81 HB 8 HIS HA 81 0.09 1.008
120 82 CT2 8 HIS CB 82 -0.08 12.011
121 83 HA 8 HIS HB1 83 0.09 1.008
122 84 HA 8 HIS HB2 84 0.09 1.008
123 85 NR2 8 HIS ND1 85 -0.7 14.007
124 86 CPH1 8 HIS CG 86 0.22 12.011
125 87 CPH2 8 HIS CE1 87 0.25 12.011
126 88 HR1 8 HIS HE1 88 0.13 1.008
127 89 NR1 8 HIS NE2 89 -0.36 14.007
128 90 H 8 HIS HE2 90 0.32 1.008
129 91 CPH1 8 HIS CD2 91 -0.05 12.011
130 92 HR3 8 HIS HD2 92 0.09 1.008
131 93 C 8 HIS C 93 0.51 12.011
132 94 O 8 HIS O 94 -0.51 15.999 ; qtot -1
133 ; residue 9 ILE rtp ILE q -1.0
134 95 NH1 9 ILE N 95 -0.47 14.007
135 96 H 9 ILE HN 96 0.31 1.008
136 97 CT1 9 ILE CA 97 0.07 12.011
137 98 HB 9 ILE HA 98 0.09 1.008
138 99 CT1 9 ILE CB 99 -0.09 12.011
139 100 HA 9 ILE HB 100 0.09 1.008
140 101 CT3 9 ILE CG2 101 -0.27 12.011
141 102 HA 9 ILE HG21 102 0.09 1.008
142 103 HA 9 ILE HG22 103 0.09 1.008
143 104 HA 9 ILE HG23 104 0.09 1.008
144 105 CT2 9 ILE CG1 105 -0.18 12.011
145 106 HA 9 ILE HG11 106 0.09 1.008
146 107 HA 9 ILE HG12 107 0.09 1.008
147 108 CT3 9 ILE CD 108 -0.27 12.011
148 109 HA 9 ILE HD1 109 0.09 1.008
149 110 HA 9 ILE HD2 110 0.09 1.008
150 111 HA 9 ILE HD3 111 0.09 1.008
151 112 CC 9 ILE C 112 0.34 12.011
152 113 OC 9 ILE OT1 113 -0.67 15.9994
153 114 OC 9 ILE OT2 114 -0.67 15.9994 ; qtot -2
154 ; residue 10 LYS rtp LYS q +2.0
155 115 NH3 10 LYS N 115 -0.3 14.007
156 116 HC 10 LYS H1 116 0.33 1.008
157 117 HC 10 LYS H2 117 0.33 1.008
158 118 HC 10 LYS H3 118 0.33 1.008
159 119 CT1 10 LYS CA 119 0.21 12.011
160 120 HB 10 LYS HA 120 0.1 1.008
161 121 CT2 10 LYS CB 121 -0.18 12.011
162 122 HA 10 LYS HB1 122 0.09 1.008
163 123 HA 10 LYS HB2 123 0.09 1.008
164 124 CT2 10 LYS CG 124 -0.18 12.011
165 125 HA 10 LYS HG1 125 0.09 1.008
166 126 HA 10 LYS HG2 126 0.09 1.008
167 127 CT2 10 LYS CD 127 -0.18 12.011
168 128 HA 10 LYS HD1 128 0.09 1.008
169 129 HA 10 LYS HD2 129 0.09 1.008
170 130 CT2 10 LYS CE 130 0.21 12.011
171 131 HA 10 LYS HE1 131 0.05 1.008
172 132 HA 10 LYS HE2 132 0.05 1.008
173 133 NH3 10 LYS NZ 133 -0.3 14.007
174 134 HC 10 LYS HZ1 134 0.33 1.008
175 135 HC 10 LYS HZ2 135 0.33 1.008
176 136 HC 10 LYS HZ3 136 0.33 1.008
177 137 C 10 LYS C 137 0.51 12.011
178 138 O 10 LYS O 138 -0.51 15.999 ; qtot 0
179 ; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
180 139 NH1 11 LEU N 139 -0.47 14.007
181 140 H 11 LEU HN 140 0.31 1.008
182 141 CT1 11 LEU CA 141 0.07 12.011
183 142 HB 11 LEU HA 142 0.09 1.008
184 143 CT2 11 LEU CB 143 -0.18 12.011
185 144 HA 11 LEU HB1 144 0.09 1.008
186 145 HA 11 LEU HB2 145 0.09 1.008
187 146 CT1 11 LEU CG 146 -0.09 12.011
188 147 HA 11 LEU HG 147 0.09 1.008
189 148 CT3 11 LEU CD1 148 -0.27 12.011
190 149 HA 11 LEU HD11 149 0.09 1.008
191 150 HA 11 LEU HD12 150 0.09 1.008
192 151 HA 11 LEU HD13 151 0.09 1.008
193 152 CT3 11 LEU CD2 152 -0.27 12.011
194 153 HA 11 LEU HD21 153 0.09 1.008
195 154 HA 11 LEU HD22 154 0.09 1.008
196 155 HA 11 LEU HD23 155 0.09 1.008
197 156 C 11 LEU C 156 0.51 12.011
198 157 O 11 LEU O 157 -0.51 15.999 ; qtot 0
199 ; residue 12 MET rtp MET q -1.0
200 158 NH1 12 MET N 158 -0.47 14.007
201 159 H 12 MET HN 159 0.31 1.008
202 160 CT1 12 MET CA 160 0.07 12.011
203 161 HB 12 MET HA 161 0.09 1.008
204 162 CT2 12 MET CB 162 -0.18 12.011
205 163 HA 12 MET HB1 163 0.09 1.008
206 164 HA 12 MET HB2 164 0.09 1.008
207 165 CT2 12 MET CG 165 -0.14 12.011
208 166 HA 12 MET HG1 166 0.09 1.008
209 167 HA 12 MET HG2 167 0.09 1.008
210 168 S 12 MET SD 168 -0.09 32.06
211 169 CT3 12 MET CE 169 -0.22 12.011
212 170 HA 12 MET HE1 170 0.09 1.008
213 171 HA 12 MET HE2 171 0.09 1.008
214 172 HA 12 MET HE3 172 0.09 1.008
215 173 CC 12 MET C 173 0.34 12.011
216 174 OC 12 MET OT1 174 -0.67 15.9994
217 175 OC 12 MET OT2 175 -0.67 15.9994 ; qtot -1
218 ; residue 13 ASN rtp ASN q +1.0
219 176 NH3 13 ASN N 176 -0.3 14.007
220 177 HC 13 ASN H1 177 0.33 1.008
221 178 HC 13 ASN H2 178 0.33 1.008
222 179 HC 13 ASN H3 179 0.33 1.008
223 180 CT1 13 ASN CA 180 0.21 12.011
224 181 HB 13 ASN HA 181 0.1 1.008
225 182 CT2 13 ASN CB 182 -0.18 12.011
226 183 HA 13 ASN HB1 183 0.09 1.008
227 184 HA 13 ASN HB2 184 0.09 1.008
228 185 CC 13 ASN CG 185 0.55 12.011
229 186 O 13 ASN OD1 186 -0.55 15.999
230 187 NH2 13 ASN ND2 187 -0.62 14.007
231 188 H 13 ASN HD21 188 0.32 1.008
232 189 H 13 ASN HD22 189 0.3 1.008
233 190 C 13 ASN C 190 0.51 12.011
234 191 O 13 ASN O 191 -0.51 15.999 ; qtot 0
235 ; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
236 192 N 14 PRO N 192 -0.29 14.007
237 193 CP3 14 PRO CD 193 0 12.011
238 194 HA 14 PRO HD1 194 0.09 1.008
239 195 HA 14 PRO HD2 195 0.09 1.008
240 196 CP1 14 PRO CA 196 0.02 12.011
241 197 HB 14 PRO HA 197 0.09 1.008
242 198 CP2 14 PRO CB 198 -0.18 12.011
243 199 HA 14 PRO HB1 199 0.09 1.008
244 200 HA 14 PRO HB2 200 0.09 1.008
245 201 CP2 14 PRO CG 201 -0.18 12.011
246 202 HA 14 PRO HG1 202 0.09 1.008
247 203 HA 14 PRO HG2 203 0.09 1.008
248 204 C 14 PRO C 204 0.51 12.011
249 205 O 14 PRO O 205 -0.51 15.999 ; qtot 0
250 ; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
251 206 NH1 15 GLN N 206 -0.47 14.007
252 207 H 15 GLN HN 207 0.31 1.008
253 208 CT1 15 GLN CA 208 0.07 12.011
254 209 HB 15 GLN HA 209 0.09 1.008
255 210 CT2 15 GLN CB 210 -0.18 12.011
256 211 HA 15 GLN HB1 211 0.09 1.008
257 212 HA 15 GLN HB2 212 0.09 1.008
258 213 CT2 15 GLN CG 213 -0.18 12.011
259 214 HA 15 GLN HG1 214 0.09 1.008
260 215 HA 15 GLN HG2 215 0.09 1.008
261 216 CC 15 GLN CD 216 0.55 12.011
262 217 O 15 GLN OE1 217 -0.55 15.999
263 218 NH2 15 GLN NE2 218 -0.62 14.007
264 219 H 15 GLN HE21 219 0.32 1.008
265 220 H 15 GLN HE22 220 0.3 1.008
266 221 C 15 GLN C 221 0.51 12.011
267 222 O 15 GLN O 222 -0.51 15.999 ; qtot 0
268 ; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
269 223 NH1 16 ARG N 223 -0.47 14.007
270 224 H 16 ARG HN 224 0.31 1.008
271 225 CT1 16 ARG CA 225 0.07 12.011
272 226 HB 16 ARG HA 226 0.09 1.008
273 227 CT2 16 ARG CB 227 -0.18 12.011
274 228 HA 16 ARG HB1 228 0.09 1.008
275 229 HA 16 ARG HB2 229 0.09 1.008
276 230 CT2 16 ARG CG 230 -0.18 12.011
277 231 HA 16 ARG HG1 231 0.09 1.008
278 232 HA 16 ARG HG2 232 0.09 1.008
279 233 CT2 16 ARG CD 233 0.2 12.011
280 234 HA 16 ARG HD1 234 0.09 1.008
281 235 HA 16 ARG HD2 235 0.09 1.008
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1216 253 256 1
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1219 [ angles ]
1220 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1221 2 1 3 5
1222 2 1 4 5
1223 2 1 5 5
1224 3 1 4 5
1225 3 1 5 5
1226 4 1 5 5
1227 1 5 6 5
1228 1 5 7 5
1229 1 5 11 5
1230 6 5 7 5
1231 6 5 11 5
1232 7 5 11 5
1233 5 7 8 5
1234 5 7 9 5
1235 5 7 10 5
1236 8 7 9 5
1237 8 7 10 5
1238 9 7 10 5
1239 5 11 12 5
1240 5 11 13 5
1241 12 11 13 5
1242 11 13 14 5
1243 11 13 15 5
1244 14 13 15 5
1245 13 15 16 5
1246 13 15 17 5
1247 13 15 22 5
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1250 17 15 22 5
1251 15 17 18 5
1252 15 17 19 5
1253 15 17 20 5
1254 18 17 19 5
1255 18 17 20 5
1256 19 17 20 5
1257 17 20 21 5
1258 15 22 23 5
1259 15 22 24 5
1260 23 22 24 5
1261 22 24 25 5
1262 22 24 26 5
1263 25 24 26 5
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1266 24 26 34 5
1267 27 26 28 5
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1275 30 28 31 5
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1288 39 38 40 5
1289 39 38 49 5
1290 40 38 49 5
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1302 45 43 46 5
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1305 47 46 48 5
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1592 205 204 206 5
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1679 253 251 254 5
1680 251 254 255 5
1681 249 256 257 5
1682 249 256 258 5
1683 257 256 258 5
1685 [ dihedrals ]
1686 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1687 2 1 5 6 9
1688 2 1 5 7 9
1689 2 1 5 11 9
1690 3 1 5 6 9
1691 3 1 5 7 9
1692 3 1 5 11 9
1693 4 1 5 6 9
1694 4 1 5 7 9
1695 4 1 5 11 9
1696 1 5 7 8 9
1697 1 5 7 9 9
1698 1 5 7 10 9
1699 6 5 7 8 9
1700 6 5 7 9 9
1701 6 5 7 10 9
1702 11 5 7 8 9
1703 11 5 7 9 9
1704 11 5 7 10 9
1705 1 5 11 12 9
1706 1 5 11 13 9
1707 6 5 11 12 9
1708 6 5 11 13 9
1709 7 5 11 12 9
1710 7 5 11 13 9
1711 5 11 13 14 9
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2347 253 251 254 255 9
2349 [ dihedrals ]
2350 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
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2352 13 11 15 14 2
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2398 [ cmap ]
2399 ; ai aj ak al am funct
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2409 221 223 225 245 247 1
2411 ; Include Position restraint file
2412 #ifdef POSRES
2413 #include "posre.itp"
2414 #endif
2416 ; Include water topology
2417 #include "charmm27.ff/tip3p.itp"
2419 #ifdef POSRES_WATER
2420 ; Position restraint for each water oxygen
2421 [ position_restraints ]
2422 ; i funct fcx fcy fcz
2423 1 1 1000 1000 1000
2424 #endif
2426 ; Include topology for ions
2427 #include "charmm27.ff/ions.itp"
2429 [ system ]
2430 ; Name
2431 Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2433 [ molecules ]
2434 ; Compound #mols
2435 Protein_chain_A 1
2436 ]]></String>
2437 </File>
2438 </OutputFiles>
2439 </ReferenceData>