[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForAmber99sb_ildn_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_0.xml
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4 <OutputFiles Name="Files">
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6 <GroFile Name="Header">
7 <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">252</Int>
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10 </File>
11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 2 ALA rtp NALA q +1.0
33 1 N3 2 ALA N 1 0.1414 14.01
34 2 H 2 ALA H1 2 0.1997 1.008
35 3 H 2 ALA H2 3 0.1997 1.008
36 4 H 2 ALA H3 4 0.1997 1.008
37 5 CT 2 ALA CA 5 0.0962 12.01
38 6 HP 2 ALA HA 6 0.0889 1.008
39 7 CT 2 ALA CB 7 -0.0597 12.01
40 8 HC 2 ALA HB1 8 0.03 1.008
41 9 HC 2 ALA HB2 9 0.03 1.008
42 10 HC 2 ALA HB3 10 0.03 1.008
43 11 C 2 ALA C 11 0.6163 12.01
44 12 O 2 ALA O 12 -0.5722 16 ; qtot 1
45 ; residue 3 CYS rtp CYS q 0.0
46 13 N 3 CYS N 13 -0.4157 14.01
47 14 H 3 CYS H 14 0.2719 1.008
48 15 CT 3 CYS CA 15 0.0213 12.01
49 16 H1 3 CYS HA 16 0.1124 1.008
50 17 CT 3 CYS CB 17 -0.1231 12.01
51 18 H1 3 CYS HB1 18 0.1112 1.008
52 19 H1 3 CYS HB2 19 0.1112 1.008
53 20 SH 3 CYS SG 20 -0.3119 32.06
54 21 HS 3 CYS HG 21 0.1933 1.008
55 22 C 3 CYS C 22 0.5973 12.01
56 23 O 3 CYS O 23 -0.5679 16 ; qtot 1
57 ; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
58 24 N 4 ASP N 24 -0.5163 14.01
59 25 H 4 ASP H 25 0.2936 1.008
60 26 CT 4 ASP CA 26 0.0381 12.01
61 27 H1 4 ASP HA 27 0.088 1.008
62 28 CT 4 ASP CB 28 -0.0303 12.01
63 29 HC 4 ASP HB1 29 -0.0122 1.008
64 30 HC 4 ASP HB2 30 -0.0122 1.008
65 31 C 4 ASP CG 31 0.7994 12.01
66 32 O2 4 ASP OD1 32 -0.8014 16
67 33 O2 4 ASP OD2 33 -0.8014 16
68 34 C 4 ASP C 34 0.5366 12.01
69 35 O 4 ASP O 35 -0.5819 16 ; qtot 0
70 ; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
71 36 N 5 GLU N 36 -0.5163 14.01
72 37 H 5 GLU H 37 0.2936 1.008
73 38 CT 5 GLU CA 38 0.0397 12.01
74 39 H1 5 GLU HA 39 0.1105 1.008
75 40 CT 5 GLU CB 40 0.056 12.01
76 41 HC 5 GLU HB1 41 -0.0173 1.008
77 42 HC 5 GLU HB2 42 -0.0173 1.008
78 43 CT 5 GLU CG 43 0.0136 12.01
79 44 HC 5 GLU HG1 44 -0.0425 1.008
80 45 HC 5 GLU HG2 45 -0.0425 1.008
81 46 C 5 GLU CD 46 0.8054 12.01
82 47 O2 5 GLU OE1 47 -0.8188 16
83 48 O2 5 GLU OE2 48 -0.8188 16
84 49 C 5 GLU C 49 0.5366 12.01
85 50 O 5 GLU O 50 -0.5819 16 ; qtot -1
86 ; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
87 51 N 6 PHE N 51 -0.4157 14.01
88 52 H 6 PHE H 52 0.2719 1.008
89 53 CT 6 PHE CA 53 -0.0024 12.01
90 54 H1 6 PHE HA 54 0.0978 1.008
91 55 CT 6 PHE CB 55 -0.0343 12.01
92 56 HC 6 PHE HB1 56 0.0295 1.008
93 57 HC 6 PHE HB2 57 0.0295 1.008
94 58 CA 6 PHE CG 58 0.0118 12.01
95 59 CA 6 PHE CD1 59 -0.1256 12.01
96 60 HA 6 PHE HD1 60 0.133 1.008
97 61 CA 6 PHE CE1 61 -0.1704 12.01
98 62 HA 6 PHE HE1 62 0.143 1.008
99 63 CA 6 PHE CZ 63 -0.1072 12.01
100 64 HA 6 PHE HZ 64 0.1297 1.008
101 65 CA 6 PHE CE2 65 -0.1704 12.01
102 66 HA 6 PHE HE2 66 0.143 1.008
103 67 CA 6 PHE CD2 67 -0.1256 12.01
104 68 HA 6 PHE HD2 68 0.133 1.008
105 69 C 6 PHE C 69 0.5973 12.01
106 70 O 6 PHE O 70 -0.5679 16 ; qtot -1
107 ; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
108 71 N 7 GLY N 71 -0.4157 14.01
109 72 H 7 GLY H 72 0.2719 1.008
110 73 CT 7 GLY CA 73 -0.0252 12.01
111 74 H1 7 GLY HA1 74 0.0698 1.008
112 75 H1 7 GLY HA2 75 0.0698 1.008
113 76 C 7 GLY C 76 0.5973 12.01
114 77 O 7 GLY O 77 -0.5679 16 ; qtot -1
115 ; residue 8 HIS rtp HIE q 0.0
116 78 N 8 HIS N 78 -0.4157 14.01
117 79 H 8 HIS H 79 0.2719 1.008
118 80 CT 8 HIS CA 80 -0.0581 12.01
119 81 H1 8 HIS HA 81 0.136 1.008
120 82 CT 8 HIS CB 82 -0.0074 12.01
121 83 HC 8 HIS HB1 83 0.0367 1.008
122 84 HC 8 HIS HB2 84 0.0367 1.008
123 85 CC 8 HIS CG 85 0.1868 12.01
124 86 NB 8 HIS ND1 86 -0.5432 14.01
125 87 CR 8 HIS CE1 87 0.1635 12.01
126 88 H5 8 HIS HE1 88 0.1435 1.008
127 89 NA 8 HIS NE2 89 -0.2795 14.01
128 90 H 8 HIS HE2 90 0.3339 1.008
129 91 CW 8 HIS CD2 91 -0.2207 12.01
130 92 H4 8 HIS HD2 92 0.1862 1.008
131 93 C 8 HIS C 93 0.5973 12.01
132 94 O 8 HIS O 94 -0.5679 16 ; qtot -1
133 ; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
134 95 N 9 ILE N 95 -0.4157 14.01
135 96 H 9 ILE H 96 0.2719 1.008
136 97 CT 9 ILE CA 97 -0.0597 12.01
137 98 H1 9 ILE HA 98 0.0869 1.008
138 99 CT 9 ILE CB 99 0.1303 12.01
139 100 HC 9 ILE HB 100 0.0187 1.008
140 101 CT 9 ILE CG2 101 -0.3204 12.01
141 102 HC 9 ILE HG21 102 0.0882 1.008
142 103 HC 9 ILE HG22 103 0.0882 1.008
143 104 HC 9 ILE HG23 104 0.0882 1.008
144 105 CT 9 ILE CG1 105 -0.043 12.01
145 106 HC 9 ILE HG11 106 0.0236 1.008
146 107 HC 9 ILE HG12 107 0.0236 1.008
147 108 CT 9 ILE CD 108 -0.066 12.01
148 109 HC 9 ILE HD1 109 0.0186 1.008
149 110 HC 9 ILE HD2 110 0.0186 1.008
150 111 HC 9 ILE HD3 111 0.0186 1.008
151 112 C 9 ILE C 112 0.5973 12.01
152 113 O 9 ILE O 113 -0.5679 16 ; qtot -1
153 ; residue 10 LYS rtp LYS q +1.0
154 114 N 10 LYS N 114 -0.3479 14.01
155 115 H 10 LYS H 115 0.2747 1.008
156 116 CT 10 LYS CA 116 -0.24 12.01
157 117 H1 10 LYS HA 117 0.1426 1.008
158 118 CT 10 LYS CB 118 -0.0094 12.01
159 119 HC 10 LYS HB1 119 0.0362 1.008
160 120 HC 10 LYS HB2 120 0.0362 1.008
161 121 CT 10 LYS CG 121 0.0187 12.01
162 122 HC 10 LYS HG1 122 0.0103 1.008
163 123 HC 10 LYS HG2 123 0.0103 1.008
164 124 CT 10 LYS CD 124 -0.0479 12.01
165 125 HC 10 LYS HD1 125 0.0621 1.008
166 126 HC 10 LYS HD2 126 0.0621 1.008
167 127 CT 10 LYS CE 127 -0.0143 12.01
168 128 HP 10 LYS HE1 128 0.1135 1.008
169 129 HP 10 LYS HE2 129 0.1135 1.008
170 130 N3 10 LYS NZ 130 -0.3854 14.01
171 131 H 10 LYS HZ1 131 0.34 1.008
172 132 H 10 LYS HZ2 132 0.34 1.008
173 133 H 10 LYS HZ3 133 0.34 1.008
174 134 C 10 LYS C 134 0.7341 12.01
175 135 O 10 LYS O 135 -0.5894 16 ; qtot 0
176 ; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
177 136 N 11 LEU N 136 -0.4157 14.01
178 137 H 11 LEU H 137 0.2719 1.008
179 138 CT 11 LEU CA 138 -0.0518 12.01
180 139 H1 11 LEU HA 139 0.0922 1.008
181 140 CT 11 LEU CB 140 -0.1102 12.01
182 141 HC 11 LEU HB1 141 0.0457 1.008
183 142 HC 11 LEU HB2 142 0.0457 1.008
184 143 CT 11 LEU CG 143 0.3531 12.01
185 144 HC 11 LEU HG 144 -0.0361 1.008
186 145 CT 11 LEU CD1 145 -0.4121 12.01
187 146 HC 11 LEU HD11 146 0.1 1.008
188 147 HC 11 LEU HD12 147 0.1 1.008
189 148 HC 11 LEU HD13 148 0.1 1.008
190 149 CT 11 LEU CD2 149 -0.4121 12.01
191 150 HC 11 LEU HD21 150 0.1 1.008
192 151 HC 11 LEU HD22 151 0.1 1.008
193 152 HC 11 LEU HD23 152 0.1 1.008
194 153 C 11 LEU C 153 0.5973 12.01
195 154 O 11 LEU O 154 -0.5679 16 ; qtot 0
196 ; residue 12 MET rtp MET q 0.0
197 155 N 12 MET N 155 -0.4157 14.01
198 156 H 12 MET H 156 0.2719 1.008
199 157 CT 12 MET CA 157 -0.0237 12.01
200 158 H1 12 MET HA 158 0.088 1.008
201 159 CT 12 MET CB 159 0.0342 12.01
202 160 HC 12 MET HB1 160 0.0241 1.008
203 161 HC 12 MET HB2 161 0.0241 1.008
204 162 CT 12 MET CG 162 0.0018 12.01
205 163 H1 12 MET HG1 163 0.044 1.008
206 164 H1 12 MET HG2 164 0.044 1.008
207 165 S 12 MET SD 165 -0.2737 32.06
208 166 CT 12 MET CE 166 -0.0536 12.01
209 167 H1 12 MET HE1 167 0.0684 1.008
210 168 H1 12 MET HE2 168 0.0684 1.008
211 169 H1 12 MET HE3 169 0.0684 1.008
212 170 C 12 MET C 170 0.5973 12.01
213 171 O 12 MET O 171 -0.5679 16 ; qtot 0
214 ; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
215 172 N 13 ASN N 172 -0.4157 14.01
216 173 H 13 ASN H 173 0.2719 1.008
217 174 CT 13 ASN CA 174 0.0143 12.01
218 175 H1 13 ASN HA 175 0.1048 1.008
219 176 CT 13 ASN CB 176 -0.2041 12.01
220 177 HC 13 ASN HB1 177 0.0797 1.008
221 178 HC 13 ASN HB2 178 0.0797 1.008
222 179 C 13 ASN CG 179 0.713 12.01
223 180 O 13 ASN OD1 180 -0.5931 16
224 181 N 13 ASN ND2 181 -0.9191 14.01
225 182 H 13 ASN HD21 182 0.4196 1.008
226 183 H 13 ASN HD22 183 0.4196 1.008
227 184 C 13 ASN C 184 0.5973 12.01
228 185 O 13 ASN O 185 -0.5679 16 ; qtot 0
229 ; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
230 186 N 14 PRO N 186 -0.2548 14.01
231 187 CT 14 PRO CD 187 0.0192 12.01
232 188 H1 14 PRO HD1 188 0.0391 1.008
233 189 H1 14 PRO HD2 189 0.0391 1.008
234 190 CT 14 PRO CG 190 0.0189 12.01
235 191 HC 14 PRO HG1 191 0.0213 1.008
236 192 HC 14 PRO HG2 192 0.0213 1.008
237 193 CT 14 PRO CB 193 -0.007 12.01
238 194 HC 14 PRO HB1 194 0.0253 1.008
239 195 HC 14 PRO HB2 195 0.0253 1.008
240 196 CT 14 PRO CA 196 -0.0266 12.01
241 197 H1 14 PRO HA 197 0.0641 1.008
242 198 C 14 PRO C 198 0.5896 12.01
243 199 O 14 PRO O 199 -0.5748 16 ; qtot 0
244 ; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
245 200 N 15 GLN N 200 -0.4157 14.01
246 201 H 15 GLN H 201 0.2719 1.008
247 202 CT 15 GLN CA 202 -0.0031 12.01
248 203 H1 15 GLN HA 203 0.085 1.008
249 204 CT 15 GLN CB 204 -0.0036 12.01
250 205 HC 15 GLN HB1 205 0.0171 1.008
251 206 HC 15 GLN HB2 206 0.0171 1.008
252 207 CT 15 GLN CG 207 -0.0645 12.01
253 208 HC 15 GLN HG1 208 0.0352 1.008
254 209 HC 15 GLN HG2 209 0.0352 1.008
255 210 C 15 GLN CD 210 0.6951 12.01
256 211 O 15 GLN OE1 211 -0.6086 16
257 212 N 15 GLN NE2 212 -0.9407 14.01
258 213 H 15 GLN HE21 213 0.4251 1.008
259 214 H 15 GLN HE22 214 0.4251 1.008
260 215 C 15 GLN C 215 0.5973 12.01
261 216 O 15 GLN O 216 -0.5679 16 ; qtot 0
262 ; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
263 217 N 16 ARG N 217 -0.3479 14.01
264 218 H 16 ARG H 218 0.2747 1.008
265 219 CT 16 ARG CA 219 -0.2637 12.01
266 220 H1 16 ARG HA 220 0.156 1.008
267 221 CT 16 ARG CB 221 -0.0007 12.01
268 222 HC 16 ARG HB1 222 0.0327 1.008
269 223 HC 16 ARG HB2 223 0.0327 1.008
270 224 CT 16 ARG CG 224 0.039 12.01
271 225 HC 16 ARG HG1 225 0.0285 1.008
272 226 HC 16 ARG HG2 226 0.0285 1.008
273 227 CT 16 ARG CD 227 0.0486 12.01
274 228 H1 16 ARG HD1 228 0.0687 1.008
275 229 H1 16 ARG HD2 229 0.0687 1.008
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277 231 H 16 ARG HE 231 0.3456 1.008
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1211 [ angles ]
1212 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1213 2 1 3 1
1214 2 1 4 1
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1221 1 5 11 1
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1601 207 210 212 1
1602 211 210 212 1
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1650 240 239 241 1
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1653 242 241 243 1
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1663 246 245 247 1
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1665 247 245 248 1
1666 245 248 249 1
1667 243 250 251 1
1668 243 250 252 1
1669 251 250 252 1
1671 [ dihedrals ]
1672 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1673 2 1 5 6 9
1674 2 1 5 7 9
1675 2 1 5 11 9
1676 3 1 5 6 9
1677 3 1 5 7 9
1678 3 1 5 11 9
1679 4 1 5 6 9
1680 4 1 5 7 9
1681 4 1 5 11 9
1682 1 5 7 8 9
1683 1 5 7 9 9
1684 1 5 7 10 9
1685 6 5 7 8 9
1686 6 5 7 9 9
1687 6 5 7 10 9
1688 11 5 7 8 9
1689 11 5 7 9 9
1690 11 5 7 10 9
1691 1 5 11 12 9
1692 1 5 11 13 9
1693 6 5 11 12 9
1694 6 5 11 13 9
1695 7 5 11 12 9
1696 7 5 11 13 9
1697 5 11 13 14 9
1698 5 11 13 15 9
1699 12 11 13 14 9
1700 12 11 13 15 9
1701 11 13 15 16 9
1702 11 13 15 17 9
1703 11 13 15 22 9
1704 14 13 15 16 9
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2362 246 245 248 249 9
2363 247 245 248 249 9
2365 [ dihedrals ]
2366 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2367 5 13 11 12 4
2368 11 15 13 14 4
2369 15 24 22 23 4
2370 22 26 24 25 4
2371 26 36 34 35 4
2372 28 32 31 33 4
2373 34 38 36 37 4
2374 38 51 49 50 4
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2376 49 53 51 52 4
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2379 58 61 59 60 4
2380 58 65 67 68 4
2381 59 63 61 62 4
2382 61 65 63 64 4
2383 63 67 65 66 4
2384 69 73 71 72 4
2385 73 78 76 77 4
2386 76 80 78 79 4
2387 80 95 93 94 4
2388 82 85 91 86 4
2389 85 89 91 92 4
2390 86 89 87 88 4
2391 87 91 89 90 4
2392 93 97 95 96 4
2393 97 114 112 113 4
2394 112 116 114 115 4
2395 116 136 134 135 4
2396 134 138 136 137 4
2397 138 155 153 154 4
2398 153 157 155 156 4
2399 157 172 170 171 4
2400 170 174 172 173 4
2401 174 186 184 185 4
2402 176 181 179 180 4
2403 179 182 181 183 4
2404 184 187 186 196 4
2405 196 200 198 199 4
2406 198 202 200 201 4
2407 202 217 215 216 4
2408 207 212 210 211 4
2409 210 213 212 214 4
2410 215 219 217 218 4
2411 219 241 239 240 4
2412 227 232 230 231 4
2413 230 233 232 236 4
2414 232 234 233 235 4
2415 232 237 236 238 4
2416 239 243 241 242 4
2417 243 251 250 252 4
2419 ; Include Position restraint file
2420 #ifdef POSRES
2421 #include "posre.itp"
2422 #endif
2424 ; Include water topology
2425 #include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
2427 #ifdef POSRES_WATER
2428 ; Position restraint for each water oxygen
2429 [ position_restraints ]
2430 ; i funct fcx fcy fcz
2431 1 1 1000 1000 1000
2432 #endif
2434 ; Include topology for ions
2435 #include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
2437 [ system ]
2438 ; Name
2439 Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2441 [ molecules ]
2442 ; Compound #mols
2443 Protein 1
2444 ]]></String>
2445 </File>
2446 </OutputFiles>
2447 </ReferenceData>