[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForAmber99sb_ildn_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_2.xml
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7 <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">255</Int>
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11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 34 ALA rtp NALA q +1.0
33 1 N3 34 ALA N 1 0.1414 14.01
34 2 H 34 ALA H1 2 0.1997 1.008
35 3 H 34 ALA H2 3 0.1997 1.008
36 4 H 34 ALA H3 4 0.1997 1.008
37 5 CT 34 ALA CA 5 0.0962 12.01
38 6 HP 34 ALA HA 6 0.0889 1.008
39 7 CT 34 ALA CB 7 -0.0597 12.01
40 8 HC 34 ALA HB1 8 0.03 1.008
41 9 HC 34 ALA HB2 9 0.03 1.008
42 10 HC 34 ALA HB3 10 0.03 1.008
43 11 C 34 ALA C 11 0.6163 12.01
44 12 O 34 ALA O 12 -0.5722 16 ; qtot 1
45 ; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
46 13 N 35 VAL N 13 -0.4157 14.01
47 14 H 35 VAL H 14 0.2719 1.008
48 15 CT 35 VAL CA 15 -0.0875 12.01
49 16 H1 35 VAL HA 16 0.0969 1.008
50 17 CT 35 VAL CB 17 0.2985 12.01
51 18 HC 35 VAL HB 18 -0.0297 1.008
52 19 CT 35 VAL CG1 19 -0.3192 12.01
53 20 HC 35 VAL HG11 20 0.0791 1.008
54 21 HC 35 VAL HG12 21 0.0791 1.008
55 22 HC 35 VAL HG13 22 0.0791 1.008
56 23 CT 35 VAL CG2 23 -0.3192 12.01
57 24 HC 35 VAL HG21 24 0.0791 1.008
58 25 HC 35 VAL HG22 25 0.0791 1.008
59 26 HC 35 VAL HG23 26 0.0791 1.008
60 27 C 35 VAL C 27 0.5973 12.01
61 28 O 35 VAL O 28 -0.5679 16 ; qtot 1
62 ; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
63 29 N 36 PRO N 29 -0.2548 14.01
64 30 CT 36 PRO CD 30 0.0192 12.01
65 31 H1 36 PRO HD1 31 0.0391 1.008
66 32 H1 36 PRO HD2 32 0.0391 1.008
67 33 CT 36 PRO CG 33 0.0189 12.01
68 34 HC 36 PRO HG1 34 0.0213 1.008
69 35 HC 36 PRO HG2 35 0.0213 1.008
70 36 CT 36 PRO CB 36 -0.007 12.01
71 37 HC 36 PRO HB1 37 0.0253 1.008
72 38 HC 36 PRO HB2 38 0.0253 1.008
73 39 CT 36 PRO CA 39 -0.0266 12.01
74 40 H1 36 PRO HA 40 0.0641 1.008
75 41 C 36 PRO C 41 0.5896 12.01
76 42 O 36 PRO O 42 -0.5748 16 ; qtot 1
77 ; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
78 43 N 37 GLY N 43 -0.4157 14.01
79 44 H 37 GLY H 44 0.2719 1.008
80 45 CT 37 GLY CA 45 -0.0252 12.01
81 46 H1 37 GLY HA1 46 0.0698 1.008
82 47 H1 37 GLY HA2 47 0.0698 1.008
83 48 C 37 GLY C 48 0.5973 12.01
84 49 O 37 GLY O 49 -0.5679 16 ; qtot 1
85 ; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
86 50 N 38 TYR N 50 -0.4157 14.01
87 51 H 38 TYR H 51 0.2719 1.008
88 52 CT 38 TYR CA 52 -0.0014 12.01
89 53 H1 38 TYR HA 53 0.0876 1.008
90 54 CT 38 TYR CB 54 -0.0152 12.01
91 55 HC 38 TYR HB1 55 0.0295 1.008
92 56 HC 38 TYR HB2 56 0.0295 1.008
93 57 CA 38 TYR CG 57 -0.0011 12.01
94 58 CA 38 TYR CD1 58 -0.1906 12.01
95 59 HA 38 TYR HD1 59 0.1699 1.008
96 60 CA 38 TYR CE1 60 -0.2341 12.01
97 61 HA 38 TYR HE1 61 0.1656 1.008
98 62 C 38 TYR CZ 62 0.3226 12.01
99 63 OH 38 TYR OH 63 -0.5579 16
100 64 HO 38 TYR HH 64 0.3992 1.008
101 65 CA 38 TYR CE2 65 -0.2341 12.01
102 66 HA 38 TYR HE2 66 0.1656 1.008
103 67 CA 38 TYR CD2 67 -0.1906 12.01
104 68 HA 38 TYR HD2 68 0.1699 1.008
105 69 C 38 TYR C 69 0.5973 12.01
106 70 O 38 TYR O 70 -0.5679 16 ; qtot 1
107 ; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
108 71 N 39 ASP N 71 -0.5163 14.01
109 72 H 39 ASP H 72 0.2936 1.008
110 73 CT 39 ASP CA 73 0.0381 12.01
111 74 H1 39 ASP HA 74 0.088 1.008
112 75 CT 39 ASP CB 75 -0.0303 12.01
113 76 HC 39 ASP HB1 76 -0.0122 1.008
114 77 HC 39 ASP HB2 77 -0.0122 1.008
115 78 C 39 ASP CG 78 0.7994 12.01
116 79 O2 39 ASP OD1 79 -0.8014 16
117 80 O2 39 ASP OD2 80 -0.8014 16
118 81 C 39 ASP C 81 0.5366 12.01
119 82 O 39 ASP O 82 -0.5819 16 ; qtot 0
120 ; residue 40 LYS rtp LYS q +1.0
121 83 N 40 LYS N 83 -0.3479 14.01
122 84 H 40 LYS H 84 0.2747 1.008
123 85 CT 40 LYS CA 85 -0.24 12.01
124 86 H1 40 LYS HA 86 0.1426 1.008
125 87 CT 40 LYS CB 87 -0.0094 12.01
126 88 HC 40 LYS HB1 88 0.0362 1.008
127 89 HC 40 LYS HB2 89 0.0362 1.008
128 90 CT 40 LYS CG 90 0.0187 12.01
129 91 HC 40 LYS HG1 91 0.0103 1.008
130 92 HC 40 LYS HG2 92 0.0103 1.008
131 93 CT 40 LYS CD 93 -0.0479 12.01
132 94 HC 40 LYS HD1 94 0.0621 1.008
133 95 HC 40 LYS HD2 95 0.0621 1.008
134 96 CT 40 LYS CE 96 -0.0143 12.01
135 97 HP 40 LYS HE1 97 0.1135 1.008
136 98 HP 40 LYS HE2 98 0.1135 1.008
137 99 N3 40 LYS NZ 99 -0.3854 14.01
138 100 H 40 LYS HZ1 100 0.34 1.008
139 101 H 40 LYS HZ2 101 0.34 1.008
140 102 H 40 LYS HZ3 102 0.34 1.008
141 103 C 40 LYS C 103 0.7341 12.01
142 104 O 40 LYS O 104 -0.5894 16 ; qtot 1
143 ; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
144 105 N 41 ILE N 105 -0.4157 14.01
145 106 H 41 ILE H 106 0.2719 1.008
146 107 CT 41 ILE CA 107 -0.0597 12.01
147 108 H1 41 ILE HA 108 0.0869 1.008
148 109 CT 41 ILE CB 109 0.1303 12.01
149 110 HC 41 ILE HB 110 0.0187 1.008
150 111 CT 41 ILE CG2 111 -0.3204 12.01
151 112 HC 41 ILE HG21 112 0.0882 1.008
152 113 HC 41 ILE HG22 113 0.0882 1.008
153 114 HC 41 ILE HG23 114 0.0882 1.008
154 115 CT 41 ILE CG1 115 -0.043 12.01
155 116 HC 41 ILE HG11 116 0.0236 1.008
156 117 HC 41 ILE HG12 117 0.0236 1.008
157 118 CT 41 ILE CD 118 -0.066 12.01
158 119 HC 41 ILE HD1 119 0.0186 1.008
159 120 HC 41 ILE HD2 120 0.0186 1.008
160 121 HC 41 ILE HD3 121 0.0186 1.008
161 122 C 41 ILE C 122 0.5973 12.01
162 123 O 41 ILE O 123 -0.5679 16 ; qtot 1
163 ; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
164 124 N 42 PRO N 124 -0.2548 14.01
165 125 CT 42 PRO CD 125 0.0192 12.01
166 126 H1 42 PRO HD1 126 0.0391 1.008
167 127 H1 42 PRO HD2 127 0.0391 1.008
168 128 CT 42 PRO CG 128 0.0189 12.01
169 129 HC 42 PRO HG1 129 0.0213 1.008
170 130 HC 42 PRO HG2 130 0.0213 1.008
171 131 CT 42 PRO CB 131 -0.007 12.01
172 132 HC 42 PRO HB1 132 0.0253 1.008
173 133 HC 42 PRO HB2 133 0.0253 1.008
174 134 CT 42 PRO CA 134 -0.0266 12.01
175 135 H1 42 PRO HA 135 0.0641 1.008
176 136 C 42 PRO C 136 0.5896 12.01
177 137 O 42 PRO O 137 -0.5748 16 ; qtot 1
178 ; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
179 138 N 43 ASP N 138 -0.5163 14.01
180 139 H 43 ASP H 139 0.2936 1.008
181 140 CT 43 ASP CA 140 0.0381 12.01
182 141 H1 43 ASP HA 141 0.088 1.008
183 142 CT 43 ASP CB 142 -0.0303 12.01
184 143 HC 43 ASP HB1 143 -0.0122 1.008
185 144 HC 43 ASP HB2 144 -0.0122 1.008
186 145 C 43 ASP CG 145 0.7994 12.01
187 146 O2 43 ASP OD1 146 -0.8014 16
188 147 O2 43 ASP OD2 147 -0.8014 16
189 148 C 43 ASP C 148 0.5366 12.01
190 149 O 43 ASP O 149 -0.5819 16 ; qtot 0
191 ; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
192 150 N 44 TYR N 150 -0.4157 14.01
193 151 H 44 TYR H 151 0.2719 1.008
194 152 CT 44 TYR CA 152 -0.0014 12.01
195 153 H1 44 TYR HA 153 0.0876 1.008
196 154 CT 44 TYR CB 154 -0.0152 12.01
197 155 HC 44 TYR HB1 155 0.0295 1.008
198 156 HC 44 TYR HB2 156 0.0295 1.008
199 157 CA 44 TYR CG 157 -0.0011 12.01
200 158 CA 44 TYR CD1 158 -0.1906 12.01
201 159 HA 44 TYR HD1 159 0.1699 1.008
202 160 CA 44 TYR CE1 160 -0.2341 12.01
203 161 HA 44 TYR HE1 161 0.1656 1.008
204 162 C 44 TYR CZ 162 0.3226 12.01
205 163 OH 44 TYR OH 163 -0.5579 16
206 164 HO 44 TYR HH 164 0.3992 1.008
207 165 CA 44 TYR CE2 165 -0.2341 12.01
208 166 HA 44 TYR HE2 166 0.1656 1.008
209 167 CA 44 TYR CD2 167 -0.1906 12.01
210 168 HA 44 TYR HD2 168 0.1699 1.008
211 169 C 44 TYR C 169 0.5973 12.01
212 170 O 44 TYR O 170 -0.5679 16 ; qtot 0
213 ; residue 45 HIS rtp HIE q 0.0
214 171 N 45 HIS N 171 -0.4157 14.01
215 172 H 45 HIS H 172 0.2719 1.008
216 173 CT 45 HIS CA 173 -0.0581 12.01
217 174 H1 45 HIS HA 174 0.136 1.008
218 175 CT 45 HIS CB 175 -0.0074 12.01
219 176 HC 45 HIS HB1 176 0.0367 1.008
220 177 HC 45 HIS HB2 177 0.0367 1.008
221 178 CC 45 HIS CG 178 0.1868 12.01
222 179 NB 45 HIS ND1 179 -0.5432 14.01
223 180 CR 45 HIS CE1 180 0.1635 12.01
224 181 H5 45 HIS HE1 181 0.1435 1.008
225 182 NA 45 HIS NE2 182 -0.2795 14.01
226 183 H 45 HIS HE2 183 0.3339 1.008
227 184 CW 45 HIS CD2 184 -0.2207 12.01
228 185 H4 45 HIS HD2 185 0.1862 1.008
229 186 C 45 HIS C 186 0.5973 12.01
230 187 O 45 HIS O 187 -0.5679 16 ; qtot 0
231 ; residue 46 MET rtp MET q 0.0
232 188 N 46 MET N 188 -0.4157 14.01
233 189 H 46 MET H 189 0.2719 1.008
234 190 CT 46 MET CA 190 -0.0237 12.01
235 191 H1 46 MET HA 191 0.088 1.008
236 192 CT 46 MET CB 192 0.0342 12.01
237 193 HC 46 MET HB1 193 0.0241 1.008
238 194 HC 46 MET HB2 194 0.0241 1.008
239 195 CT 46 MET CG 195 0.0018 12.01
240 196 H1 46 MET HG1 196 0.044 1.008
241 197 H1 46 MET HG2 197 0.044 1.008
242 198 S 46 MET SD 198 -0.2737 32.06
243 199 CT 46 MET CE 199 -0.0536 12.01
244 200 H1 46 MET HE1 200 0.0684 1.008
245 201 H1 46 MET HE2 201 0.0684 1.008
246 202 H1 46 MET HE3 202 0.0684 1.008
247 203 C 46 MET C 203 0.5973 12.01
248 204 O 46 MET O 204 -0.5679 16 ; qtot 0
249 ; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
250 205 N 47 TRP N 205 -0.4157 14.01
251 206 H 47 TRP H 206 0.2719 1.008
252 207 CT 47 TRP CA 207 -0.0275 12.01
253 208 H1 47 TRP HA 208 0.1123 1.008
254 209 CT 47 TRP CB 209 -0.005 12.01
255 210 HC 47 TRP HB1 210 0.0339 1.008
256 211 HC 47 TRP HB2 211 0.0339 1.008
257 212 C* 47 TRP CG 212 -0.1415 12.01
258 213 CW 47 TRP CD1 213 -0.1638 12.01
259 214 H4 47 TRP HD1 214 0.2062 1.008
260 215 NA 47 TRP NE1 215 -0.3418 14.01
261 216 H 47 TRP HE1 216 0.3412 1.008
262 217 CN 47 TRP CE2 217 0.138 12.01
263 218 CA 47 TRP CZ2 218 -0.2601 12.01
264 219 HA 47 TRP HZ2 219 0.1572 1.008
265 220 CA 47 TRP CH2 220 -0.1134 12.01
266 221 HA 47 TRP HH2 221 0.1417 1.008
267 222 CA 47 TRP CZ3 222 -0.1972 12.01
268 223 HA 47 TRP HZ3 223 0.1447 1.008
269 224 CA 47 TRP CE3 224 -0.2387 12.01
270 225 HA 47 TRP HE3 225 0.17 1.008
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272 227 C 47 TRP C 227 0.5973 12.01
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1233 249 255 1
1234 250 253 1
1235 251 253 1
1236 252 253 1
1238 [ angles ]
1239 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1240 2 1 3 1
1241 2 1 4 1
1242 2 1 5 1
1243 3 1 4 1
1244 3 1 5 1
1245 4 1 5 1
1246 1 5 6 1
1247 1 5 7 1
1248 1 5 11 1
1249 6 5 7 1
1250 6 5 11 1
1251 7 5 11 1
1252 5 7 8 1
1253 5 7 9 1
1254 5 7 10 1
1255 8 7 9 1
1256 8 7 10 1
1257 9 7 10 1
1258 5 11 12 1
1259 5 11 13 1
1260 12 11 13 1
1261 11 13 14 1
1262 11 13 15 1
1263 14 13 15 1
1264 13 15 16 1
1265 13 15 17 1
1266 13 15 27 1
1267 16 15 17 1
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1270 15 17 18 1
1271 15 17 19 1
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1276 17 19 20 1
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1278 17 19 22 1
1279 20 19 21 1
1280 20 19 22 1
1281 21 19 22 1
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1287 25 23 26 1
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1289 15 27 29 1
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1699 245 247 253 1
1700 248 247 249 1
1701 248 247 253 1
1702 249 247 253 1
1703 247 249 250 1
1704 247 249 251 1
1705 247 249 252 1
1706 250 249 251 1
1707 250 249 252 1
1708 251 249 252 1
1709 247 253 254 1
1710 247 253 255 1
1711 254 253 255 1
1713 [ dihedrals ]
1714 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1715 2 1 5 6 9
1716 2 1 5 7 9
1717 2 1 5 11 9
1718 3 1 5 6 9
1719 3 1 5 7 9
1720 3 1 5 11 9
1721 4 1 5 6 9
1722 4 1 5 7 9
1723 4 1 5 11 9
1724 1 5 7 8 9
1725 1 5 7 9 9
1726 1 5 7 10 9
1727 6 5 7 8 9
1728 6 5 7 9 9
1729 6 5 7 10 9
1730 11 5 7 8 9
1731 11 5 7 9 9
1732 11 5 7 10 9
1733 1 5 11 12 9
1734 1 5 11 13 9
1735 6 5 11 12 9
1736 6 5 11 13 9
1737 7 5 11 12 9
1738 7 5 11 13 9
1739 5 11 13 14 9
1740 5 11 13 15 9
1741 12 11 13 14 9
1742 12 11 13 15 9
1743 11 13 15 16 9
1744 11 13 15 17 9
1745 11 13 15 27 9
1746 14 13 15 16 9
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1749 13 15 17 18 9
1750 13 15 17 19 9
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1753 16 15 17 19 9
1754 16 15 17 23 9
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1759 13 15 27 29 9
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1761 16 15 27 29 9
1762 17 15 27 28 9
1763 17 15 27 29 9
1764 15 17 19 20 9
1765 15 17 19 21 9
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1767 18 17 19 20 9
1768 18 17 19 21 9
1769 18 17 19 22 9
1770 23 17 19 20 9
1771 23 17 19 21 9
1772 23 17 19 22 9
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1780 19 17 23 25 9
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1782 15 27 29 30 9
1783 15 27 29 39 9
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1820 37 36 39 40 9
1821 37 36 39 41 9
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1823 38 36 39 40 9
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1862 53 52 54 57 9
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1864 69 52 54 56 9
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1961 83 85 87 89 9
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1997 94 93 96 98 9
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2001 95 93 96 99 9
2002 93 96 99 100 9
2003 93 96 99 101 9
2004 93 96 99 102 9
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2006 97 96 99 101 9
2007 97 96 99 102 9
2008 98 96 99 100 9
2009 98 96 99 101 9
2010 98 96 99 102 9
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2012 85 103 105 107 9
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2014 104 103 105 107 9
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2017 103 105 107 122 9
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2019 106 105 107 109 9
2020 106 105 107 122 9
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2027 108 107 109 115 9
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2029 122 107 109 111 9
2030 122 107 109 115 9
2031 105 107 122 123 9
2032 105 107 122 124 9
2033 108 107 122 123 9
2034 108 107 122 124 9
2035 109 107 122 123 9
2036 109 107 122 124 9
2037 107 109 111 112 9
2038 107 109 111 113 9
2039 107 109 111 114 9
2040 110 109 111 112 9
2041 110 109 111 113 9
2042 110 109 111 114 9
2043 115 109 111 112 9
2044 115 109 111 113 9
2045 115 109 111 114 9
2046 107 109 115 116 9
2047 107 109 115 117 9
2048 107 109 115 118 9
2049 110 109 115 116 9
2050 110 109 115 117 9
2051 110 109 115 118 9
2052 111 109 115 116 9
2053 111 109 115 117 9
2054 111 109 115 118 9
2055 109 115 118 119 9
2056 109 115 118 120 9
2057 109 115 118 121 9
2058 116 115 118 119 9
2059 116 115 118 120 9
2060 116 115 118 121 9
2061 117 115 118 119 9
2062 117 115 118 120 9
2063 117 115 118 121 9
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2381 230 229 231 232 9
2382 230 229 231 233 9
2383 230 229 231 243 9
2384 229 231 233 234 9
2385 229 231 233 235 9
2386 229 231 233 239 9
2387 232 231 233 234 9
2388 232 231 233 235 9
2389 232 231 233 239 9
2390 243 231 233 234 9
2391 243 231 233 235 9
2392 243 231 233 239 9
2393 229 231 243 244 9
2394 229 231 243 245 9
2395 232 231 243 244 9
2396 232 231 243 245 9
2397 233 231 243 244 9
2398 233 231 243 245 9
2399 231 233 235 236 9
2400 231 233 235 237 9
2401 231 233 235 238 9
2402 234 233 235 236 9
2403 234 233 235 237 9
2404 234 233 235 238 9
2405 239 233 235 236 9
2406 239 233 235 237 9
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2408 231 233 239 240 9
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2410 231 233 239 242 9
2411 234 233 239 240 9
2412 234 233 239 241 9
2413 234 233 239 242 9
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2417 231 243 245 246 9
2418 231 243 245 247 9
2419 244 243 245 246 9
2420 244 243 245 247 9
2421 243 245 247 248 9
2422 243 245 247 249 9
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2426 246 245 247 253 9
2427 245 247 249 250 9
2428 245 247 249 251 9
2429 245 247 249 252 9
2430 248 247 249 250 9
2431 248 247 249 251 9
2432 248 247 249 252 9
2433 253 247 249 250 9
2434 253 247 249 251 9
2435 253 247 249 252 9
2436 245 247 253 254 9
2437 245 247 253 255 9
2438 248 247 253 254 9
2439 248 247 253 255 9
2440 249 247 253 254 9
2441 249 247 253 255 9
2443 [ dihedrals ]
2444 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2445 5 13 11 12 4
2446 11 15 13 14 4
2447 15 29 27 28 4
2448 27 30 29 39 4
2449 39 43 41 42 4
2450 41 45 43 44 4
2451 45 50 48 49 4
2452 48 52 50 51 4
2453 52 71 69 70 4
2454 54 57 67 58 4
2455 57 60 58 59 4
2456 57 65 67 68 4
2457 58 62 60 61 4
2458 60 65 62 63 4
2459 62 67 65 66 4
2460 69 73 71 72 4
2461 73 83 81 82 4
2462 75 79 78 80 4
2463 81 85 83 84 4
2464 85 105 103 104 4
2465 103 107 105 106 4
2466 107 124 122 123 4
2467 122 125 124 134 4
2468 134 138 136 137 4
2469 136 140 138 139 4
2470 140 150 148 149 4
2471 142 146 145 147 4
2472 148 152 150 151 4
2473 152 171 169 170 4
2474 154 157 167 158 4
2475 157 160 158 159 4
2476 157 165 167 168 4
2477 158 162 160 161 4
2478 160 165 162 163 4
2479 162 167 165 166 4
2480 169 173 171 172 4
2481 173 188 186 187 4
2482 175 178 184 179 4
2483 178 182 184 185 4
2484 179 182 180 181 4
2485 180 184 182 183 4
2486 186 190 188 189 4
2487 190 205 203 204 4
2488 203 207 205 206 4
2489 207 229 227 228 4
2490 212 215 213 214 4
2491 213 217 215 216 4
2492 213 212 209 226 4
2493 217 220 218 219 4
2494 218 222 220 221 4
2495 220 224 222 223 4
2496 222 226 224 225 4
2497 227 231 229 230 4
2498 231 245 243 244 4
2499 243 247 245 246 4
2500 247 254 253 255 4
2502 ; Include Position restraint file
2503 #ifdef POSRES
2504 #include "posre.itp"
2505 #endif
2507 ; Include water topology
2508 #include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
2510 #ifdef POSRES_WATER
2511 ; Position restraint for each water oxygen
2512 [ position_restraints ]
2513 ; i funct fcx fcy fcz
2514 1 1 1000 1000 1000
2515 #endif
2517 ; Include topology for ions
2518 #include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
2520 [ system ]
2521 ; Name
2522 Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2524 [ molecules ]
2525 ; Compound #mols
2526 Protein 1
2527 ]]></String>
2528 </File>
2529 </OutputFiles>
2530 </ReferenceData>