[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForAmber99sb_ildn_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_5.xml
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4 <OutputFiles Name="Files">
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7 <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">291</Int>
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11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 18 THR rtp NTHR q +1.0
33 1 MNH3 18 THR MN1 1 0 8.517
34 2 MNH3 18 THR MN2 1 0 8.517
35 3 N3 18 THR N 1 0.1812 0
36 4 H 18 THR H1 2 0.1934 0
37 5 H 18 THR H2 3 0.1934 0
38 6 H 18 THR H3 4 0.1934 0
39 7 CT 18 THR CA 5 0.0034 13.018
40 8 HP 18 THR HA 6 0.1087 0
41 9 CT 18 THR CB 7 0.4514 13.018
42 10 H1 18 THR HB 8 -0.0323 0
43 11 MCH3 18 THR MCG1 9 0 7.517
44 12 MCH3 18 THR MCG2 9 0 7.517
45 13 CT 18 THR CG2 9 -0.2554 0
46 14 HC 18 THR HG21 10 0.0627 0
47 15 HC 18 THR HG22 11 0.0627 0
48 16 HC 18 THR HG23 12 0.0627 0
49 17 OH 18 THR OG1 13 -0.6764 16
50 18 HO 18 THR HG1 14 0.407 1.008
51 19 C 18 THR C 15 0.6163 12.01
52 20 O 18 THR O 16 -0.5722 16 ; qtot 1
53 ; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
54 21 N 19 VAL N 17 -0.4157 15.018
55 22 H 19 VAL H 18 0.2719 0
56 23 CT 19 VAL CA 19 -0.0875 13.018
57 24 H1 19 VAL HA 20 0.0969 0
58 25 CT 19 VAL CB 21 0.2985 13.018
59 26 HC 19 VAL HB 22 -0.0297 0
60 27 MCH3 19 VAL MCG1 23 0 7.517
61 28 MCH3 19 VAL MCG2 23 0 7.517
62 29 CT 19 VAL CG1 23 -0.3192 0
63 30 HC 19 VAL HG11 24 0.0791 0
64 31 HC 19 VAL HG12 25 0.0791 0
65 32 HC 19 VAL HG13 26 0.0791 0
66 33 MCH3 19 VAL MCG1 27 0 7.517
67 34 MCH3 19 VAL MCG2 27 0 7.517
68 35 CT 19 VAL CG2 27 -0.3192 0
69 36 HC 19 VAL HG21 28 0.0791 0
70 37 HC 19 VAL HG22 29 0.0791 0
71 38 HC 19 VAL HG23 30 0.0791 0
72 39 C 19 VAL C 31 0.5973 12.01
73 40 O 19 VAL O 32 -0.5679 16 ; qtot 1
74 ; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
75 41 N 20 TRP N 33 -0.4157 15.018
76 42 H 20 TRP H 34 0.2719 0
77 43 CT 20 TRP CA 35 -0.0275 13.018
78 44 H1 20 TRP HA 36 0.1123 0
79 45 CT 20 TRP CB 37 -0.005 14.026
80 46 HC 20 TRP HB1 38 0.0339 0
81 47 HC 20 TRP HB2 39 0.0339 0
82 48 C* 20 TRP CG 40 -0.1415 12.01
83 49 CW 20 TRP CD1 41 -0.1638 13.018
84 50 H4 20 TRP HD1 42 0.2062 0
85 51 NA 20 TRP NE1 43 -0.3418 15.018
86 52 H 20 TRP HE1 44 0.3412 0
87 53 CN 20 TRP CE2 45 0.138 12.01
88 54 CA 20 TRP CZ2 46 -0.2601 13.018
89 55 HA 20 TRP HZ2 47 0.1572 0
90 56 CA 20 TRP CH2 48 -0.1134 13.018
91 57 HA 20 TRP HH2 49 0.1417 0
92 58 CA 20 TRP CZ3 50 -0.1972 13.018
93 59 HA 20 TRP HZ3 51 0.1447 0
94 60 CA 20 TRP CE3 52 -0.2387 13.018
95 61 HA 20 TRP HE3 53 0.17 0
96 62 CB 20 TRP CD2 54 0.1243 12.01
97 63 C 20 TRP C 55 0.5973 12.01
98 64 O 20 TRP O 56 -0.5679 16 ; qtot 1
99 ; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
100 65 N 21 TYR N 57 -0.4157 15.018
101 66 H 21 TYR H 58 0.2719 0
102 67 CT 21 TYR CA 59 -0.0014 13.018
103 68 H1 21 TYR HA 60 0.0876 0
104 69 CT 21 TYR CB 61 -0.0152 14.026
105 70 HC 21 TYR HB1 62 0.0295 0
106 71 HC 21 TYR HB2 63 0.0295 0
107 72 CA 21 TYR CG 64 -0.0011 12.01
108 73 CA 21 TYR CD1 65 -0.1906 13.018
109 74 HA 21 TYR HD1 66 0.1699 0
110 75 CA 21 TYR CE1 67 -0.2341 13.018
111 76 HA 21 TYR HE1 68 0.1656 0
112 77 C 21 TYR CZ 69 0.3226 12.01
113 78 OH 21 TYR OH 70 -0.5579 16
114 79 HO 21 TYR HH 71 0.3992 1.008
115 80 CA 21 TYR CE2 72 -0.2341 13.018
116 81 HA 21 TYR HE2 73 0.1656 0
117 82 CA 21 TYR CD2 74 -0.1906 13.018
118 83 HA 21 TYR HD2 75 0.1699 0
119 84 C 21 TYR C 76 0.5973 12.01
120 85 O 21 TYR O 77 -0.5679 16 ; qtot 1
121 ; residue 22 LYS rtp LYS q +1.0
122 86 N 22 LYS N 78 -0.3479 15.018
123 87 H 22 LYS H 79 0.2747 0
124 88 CT 22 LYS CA 80 -0.24 13.018
125 89 H1 22 LYS HA 81 0.1426 0
126 90 CT 22 LYS CB 82 -0.0094 14.026
127 91 HC 22 LYS HB1 83 0.0362 0
128 92 HC 22 LYS HB2 84 0.0362 0
129 93 CT 22 LYS CG 85 0.0187 14.026
130 94 HC 22 LYS HG1 86 0.0103 0
131 95 HC 22 LYS HG2 87 0.0103 0
132 96 CT 22 LYS CD 88 -0.0479 14.026
133 97 HC 22 LYS HD1 89 0.0621 0
134 98 HC 22 LYS HD2 90 0.0621 0
135 99 CT 22 LYS CE 91 -0.0143 14.026
136 100 HP 22 LYS HE1 92 0.1135 0
137 101 HP 22 LYS HE2 93 0.1135 0
138 102 MNH3 22 LYS MNZ1 94 0 8.517
139 103 MNH3 22 LYS MNZ2 94 0 8.517
140 104 N3 22 LYS NZ 94 -0.3854 0
141 105 H 22 LYS HZ1 95 0.34 0
142 106 H 22 LYS HZ2 96 0.34 0
143 107 H 22 LYS HZ3 97 0.34 0
144 108 C 22 LYS C 98 0.7341 12.01
145 109 O 22 LYS O 99 -0.5894 16 ; qtot 2
146 ; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
147 110 N 23 GLU N 100 -0.5163 15.018
148 111 H 23 GLU H 101 0.2936 0
149 112 CT 23 GLU CA 102 0.0397 13.018
150 113 H1 23 GLU HA 103 0.1105 0
151 114 CT 23 GLU CB 104 0.056 14.026
152 115 HC 23 GLU HB1 105 -0.0173 0
153 116 HC 23 GLU HB2 106 -0.0173 0
154 117 CT 23 GLU CG 107 0.0136 14.026
155 118 HC 23 GLU HG1 108 -0.0425 0
156 119 HC 23 GLU HG2 109 -0.0425 0
157 120 C 23 GLU CD 110 0.8054 12.01
158 121 O2 23 GLU OE1 111 -0.8188 16
159 122 O2 23 GLU OE2 112 -0.8188 16
160 123 C 23 GLU C 113 0.5366 12.01
161 124 O 23 GLU O 114 -0.5819 16 ; qtot 1
162 ; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
163 125 N 24 TRP N 115 -0.4157 15.018
164 126 H 24 TRP H 116 0.2719 0
165 127 CT 24 TRP CA 117 -0.0275 13.018
166 128 H1 24 TRP HA 118 0.1123 0
167 129 CT 24 TRP CB 119 -0.005 14.026
168 130 HC 24 TRP HB1 120 0.0339 0
169 131 HC 24 TRP HB2 121 0.0339 0
170 132 C* 24 TRP CG 122 -0.1415 12.01
171 133 CW 24 TRP CD1 123 -0.1638 13.018
172 134 H4 24 TRP HD1 124 0.2062 0
173 135 NA 24 TRP NE1 125 -0.3418 15.018
174 136 H 24 TRP HE1 126 0.3412 0
175 137 CN 24 TRP CE2 127 0.138 12.01
176 138 CA 24 TRP CZ2 128 -0.2601 13.018
177 139 HA 24 TRP HZ2 129 0.1572 0
178 140 CA 24 TRP CH2 130 -0.1134 13.018
179 141 HA 24 TRP HH2 131 0.1417 0
180 142 CA 24 TRP CZ3 132 -0.1972 13.018
181 143 HA 24 TRP HZ3 133 0.1447 0
182 144 CA 24 TRP CE3 134 -0.2387 13.018
183 145 HA 24 TRP HE3 135 0.17 0
184 146 CB 24 TRP CD2 136 0.1243 12.01
185 147 C 24 TRP C 137 0.5973 12.01
186 148 O 24 TRP O 138 -0.5679 16 ; qtot 1
187 ; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
188 149 N 25 PRO N 139 -0.2548 14.01
189 150 CT 25 PRO CD 140 0.0192 14.026
190 151 H1 25 PRO HD1 141 0.0391 0
191 152 H1 25 PRO HD2 142 0.0391 0
192 153 CT 25 PRO CG 143 0.0189 14.026
193 154 HC 25 PRO HG1 144 0.0213 0
194 155 HC 25 PRO HG2 145 0.0213 0
195 156 CT 25 PRO CB 146 -0.007 14.026
196 157 HC 25 PRO HB1 147 0.0253 0
197 158 HC 25 PRO HB2 148 0.0253 0
198 159 CT 25 PRO CA 149 -0.0266 13.018
199 160 H1 25 PRO HA 150 0.0641 0
200 161 C 25 PRO C 151 0.5896 12.01
201 162 O 25 PRO O 152 -0.5748 16 ; qtot 1
202 ; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
203 163 N 26 PRO N 153 -0.2548 14.01
204 164 CT 26 PRO CD 154 0.0192 14.026
205 165 H1 26 PRO HD1 155 0.0391 0
206 166 H1 26 PRO HD2 156 0.0391 0
207 167 CT 26 PRO CG 157 0.0189 14.026
208 168 HC 26 PRO HG1 158 0.0213 0
209 169 HC 26 PRO HG2 159 0.0213 0
210 170 CT 26 PRO CB 160 -0.007 14.026
211 171 HC 26 PRO HB1 161 0.0253 0
212 172 HC 26 PRO HB2 162 0.0253 0
213 173 CT 26 PRO CA 163 -0.0266 13.018
214 174 H1 26 PRO HA 164 0.0641 0
215 175 C 26 PRO C 165 0.5896 12.01
216 176 O 26 PRO O 166 -0.5748 16 ; qtot 1
217 ; residue 27 CYS rtp CYS q 0.0
218 177 N 27 CYS N 167 -0.4157 15.018
219 178 H 27 CYS H 168 0.2719 0
220 179 CT 27 CYS CA 169 0.0213 13.018
221 180 H1 27 CYS HA 170 0.1124 0
222 181 CT 27 CYS CB 171 -0.1231 14.026
223 182 H1 27 CYS HB1 172 0.1112 0
224 183 H1 27 CYS HB2 173 0.1112 0
225 184 SH 27 CYS SG 174 -0.3119 32.06
226 185 HS 27 CYS HG 175 0.1933 1.008
227 186 C 27 CYS C 176 0.5973 12.01
228 187 O 27 CYS O 177 -0.5679 16 ; qtot 1
229 ; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
230 188 N 28 ARG N 178 -0.3479 15.018
231 189 H 28 ARG H 179 0.2747 0
232 190 CT 28 ARG CA 180 -0.2637 13.018
233 191 H1 28 ARG HA 181 0.156 0
234 192 CT 28 ARG CB 182 -0.0007 14.026
235 193 HC 28 ARG HB1 183 0.0327 0
236 194 HC 28 ARG HB2 184 0.0327 0
237 195 CT 28 ARG CG 185 0.039 14.026
238 196 HC 28 ARG HG1 186 0.0285 0
239 197 HC 28 ARG HG2 187 0.0285 0
240 198 CT 28 ARG CD 188 0.0486 14.026
241 199 H1 28 ARG HD1 189 0.0687 0
242 200 H1 28 ARG HD2 190 0.0687 0
243 201 N2 28 ARG NE 191 -0.5295 15.018
244 202 H 28 ARG HE 192 0.3456 0
245 203 CA 28 ARG CZ 193 0.8076 12.01
246 204 N2 28 ARG NH1 194 -0.8627 16.026
247 205 H 28 ARG HH11 195 0.4478 0
248 206 H 28 ARG HH12 196 0.4478 0
249 207 N2 28 ARG NH2 197 -0.8627 16.026
250 208 H 28 ARG HH21 198 0.4478 0
251 209 H 28 ARG HH22 199 0.4478 0
252 210 C 28 ARG C 200 0.7341 12.01
253 211 O 28 ARG O 201 -0.5894 16 ; qtot 2
254 ; residue 29 HIS rtp HIE q 0.0
255 212 N 29 HIS N 202 -0.4157 15.018
256 213 H 29 HIS H 203 0.2719 0
257 214 CT 29 HIS CA 204 -0.0581 13.018
258 215 H1 29 HIS HA 205 0.136 0
259 216 CT 29 HIS CB 206 -0.0074 14.026
260 217 HC 29 HIS HB1 207 0.0367 0
261 218 HC 29 HIS HB2 208 0.0367 0
262 219 CC 29 HIS CG 209 0.1868 12.01
263 220 NB 29 HIS ND1 210 -0.5432 14.01
264 221 CR 29 HIS CE1 211 0.1635 13.018
265 222 H5 29 HIS HE1 212 0.1435 0
266 223 NA 29 HIS NE2 213 -0.2795 15.018
267 224 H 29 HIS HE2 214 0.3339 0
268 225 CW 29 HIS CD2 215 -0.2207 13.018
269 226 H4 29 HIS HD2 216 0.1862 0
270 227 C 29 HIS C 217 0.5973 12.01
271 228 O 29 HIS O 218 -0.5679 16 ; qtot 2
272 ; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
273 229 N 30 ASN N 219 -0.4157 15.018
274 230 H 30 ASN H 220 0.2719 0
275 231 CT 30 ASN CA 221 0.0143 13.018
276 232 H1 30 ASN HA 222 0.1048 0
277 233 CT 30 ASN CB 223 -0.2041 14.026
278 234 HC 30 ASN HB1 224 0.0797 0
279 235 HC 30 ASN HB2 225 0.0797 0
280 236 C 30 ASN CG 226 0.713 12.01
281 237 O 30 ASN OD1 227 -0.5931 16
282 238 N 30 ASN ND2 228 -0.9191 16.026
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284 240 H 30 ASN HD22 230 0.4196 0
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1391 284 287 1
1392 286 288 1
1394 [ angles ]
1395 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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1398 4 3 7 1
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1749 197 195 198 1
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1755 200 198 201 1
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1834 247 245 252 1
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1851 257 256 258 1
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1870 261 267 265 1
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1874 256 269 271 1
1875 270 269 271 1
1876 269 271 272 1
1877 269 271 273 1
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1879 271 273 274 1
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1888 276 275 277 1
1889 276 275 278 1
1890 277 275 278 1
1891 275 278 279 1
1892 275 278 287 1
1893 279 278 287 1
1894 278 279 280 1
1895 278 279 281 1
1896 280 279 281 1
1897 279 281 282 1
1898 279 281 283 1
1899 282 281 283 1
1900 281 283 284 1
1901 281 283 285 1
1902 284 283 285 1
1903 283 285 286 1
1904 283 285 287 1
1905 286 285 287 1
1906 278 287 285 1
1907 278 287 288 1
1908 285 287 288 1
1909 273 289 290 1
1910 273 289 291 1
1911 290 289 291 1
1913 [ dihedrals ]
1914 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1915 4 3 7 8 9
1916 4 3 7 9 9
1917 4 3 7 19 9
1918 5 3 7 8 9
1919 5 3 7 9 9
1920 5 3 7 19 9
1921 6 3 7 8 9
1922 6 3 7 9 9
1923 6 3 7 19 9
1924 3 7 9 10 9
1925 3 7 9 13 9
1926 3 7 9 17 9
1927 8 7 9 10 9
1928 8 7 9 13 9
1929 8 7 9 17 9
1930 19 7 9 10 9
1931 19 7 9 13 9
1932 19 7 9 17 9
1933 3 7 19 20 9
1934 3 7 19 21 9
1935 8 7 19 20 9
1936 8 7 19 21 9
1937 9 7 19 20 9
1938 9 7 19 21 9
1939 7 9 13 14 9
1940 7 9 13 15 9
1941 7 9 13 16 9
1942 10 9 13 14 9
1943 10 9 13 15 9
1944 10 9 13 16 9
1945 17 9 13 14 9
1946 17 9 13 15 9
1947 17 9 13 16 9
1948 7 9 17 18 9
1949 10 9 17 18 9
1950 13 9 17 18 9
1951 7 19 21 22 9
1952 7 19 21 23 9
1953 20 19 21 22 9
1954 20 19 21 23 9
1955 19 21 23 24 9
1956 19 21 23 25 9
1957 19 21 23 39 9
1958 22 21 23 24 9
1959 22 21 23 25 9
1960 22 21 23 39 9
1961 21 23 25 26 9
1962 21 23 25 29 9
1963 21 23 25 35 9
1964 24 23 25 26 9
1965 24 23 25 29 9
1966 24 23 25 35 9
1967 39 23 25 26 9
1968 39 23 25 29 9
1969 39 23 25 35 9
1970 21 23 39 40 9
1971 21 23 39 41 9
1972 24 23 39 40 9
1973 24 23 39 41 9
1974 25 23 39 40 9
1975 25 23 39 41 9
1976 23 25 29 30 9
1977 23 25 29 31 9
1978 23 25 29 32 9
1979 26 25 29 30 9
1980 26 25 29 31 9
1981 26 25 29 32 9
1982 35 25 29 30 9
1983 35 25 29 31 9
1984 35 25 29 32 9
1985 23 25 35 36 9
1986 23 25 35 37 9
1987 23 25 35 38 9
1988 26 25 35 36 9
1989 26 25 35 37 9
1990 26 25 35 38 9
1991 29 25 35 36 9
1992 29 25 35 37 9
1993 29 25 35 38 9
1994 23 39 41 42 9
1995 23 39 41 43 9
1996 40 39 41 42 9
1997 40 39 41 43 9
1998 39 41 43 44 9
1999 39 41 43 45 9
2000 39 41 43 63 9
2001 42 41 43 44 9
2002 42 41 43 45 9
2003 42 41 43 63 9
2004 41 43 45 46 9
2005 41 43 45 47 9
2006 41 43 45 48 9
2007 44 43 45 46 9
2008 44 43 45 47 9
2009 44 43 45 48 9
2010 63 43 45 46 9
2011 63 43 45 47 9
2012 63 43 45 48 9
2013 41 43 63 64 9
2014 41 43 63 65 9
2015 44 43 63 64 9
2016 44 43 63 65 9
2017 45 43 63 64 9
2018 45 43 63 65 9
2019 43 45 48 49 9
2020 43 45 48 62 9
2021 46 45 48 49 9
2022 46 45 48 62 9
2023 47 45 48 49 9
2024 47 45 48 62 9
2025 45 48 49 50 9
2026 45 48 49 51 9
2027 62 48 49 50 9
2028 62 48 49 51 9
2029 45 48 62 53 9
2030 45 48 62 60 9
2031 49 48 62 53 9
2032 49 48 62 60 9
2033 48 49 51 52 9
2034 48 49 51 53 9
2035 50 49 51 52 9
2036 50 49 51 53 9
2037 49 51 53 54 9
2038 49 51 53 62 9
2039 52 51 53 54 9
2040 52 51 53 62 9
2041 51 53 54 55 9
2042 51 53 54 56 9
2043 62 53 54 55 9
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2045 51 53 62 48 9
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2047 54 53 62 48 9
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2090 67 69 72 73 9
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2093 70 69 72 82 9
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2098 82 72 73 74 9
2099 82 72 73 75 9
2100 69 72 82 80 9
2101 69 72 82 83 9
2102 73 72 82 80 9
2103 73 72 82 83 9
2104 72 73 75 76 9
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2107 74 73 75 77 9
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2109 73 75 77 80 9
2110 76 75 77 78 9
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2701 286 285 287 278 9
2702 286 285 287 288 9
2704 [ dihedrals ]
2705 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2706 7 21 19 20 4
2707 19 23 21 22 4
2708 23 41 39 40 4
2709 39 43 41 42 4
2710 43 65 63 64 4
2711 48 51 49 50 4
2712 49 53 51 52 4
2713 49 48 45 62 4
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2715 54 58 56 57 4
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2717 58 62 60 61 4
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2769 263 267 265 266 4
2770 269 273 271 272 4
2771 273 290 289 291 4
2772 275 278 287 279 4
2773 278 281 279 280 4
2774 278 285 287 288 4
2775 279 283 281 282 4
2776 281 285 283 284 4
2777 283 287 285 286 4
2779 [ virtual_sites3 ]
2780 ; ai aj ak al funct c0 c1
2781 3 7 1 2 1
2782 4 7 1 2 1
2783 13 9 11 12 1
2784 14 9 11 12 1
2785 29 25 27 28 1
2786 30 25 27 28 1
2787 35 25 33 34 1
2788 36 25 33 34 1
2789 104 99 102 103 1
2790 105 99 102 103 1
2792 [ virtual_sites3 ]
2793 ; ai aj ak al funct c0 c1
2794 22 21 19 23 2
2795 42 41 39 43 2
2796 50 49 48 51 2
2797 52 51 49 53 2
2798 55 54 53 56 2
2799 57 56 54 58 2
2800 59 58 56 60 2
2801 61 60 58 62 2
2802 66 65 63 67 2
2803 74 73 72 75 2
2804 76 75 73 77 2
2805 81 80 77 82 2
2806 83 82 72 80 2
2807 87 86 84 88 2
2808 111 110 108 112 2
2809 126 125 123 127 2
2810 134 133 132 135 2
2811 136 135 133 137 2
2812 139 138 137 140 2
2813 141 140 138 142 2
2814 143 142 140 144 2
2815 145 144 142 146 2
2816 178 177 175 179 2
2817 189 188 186 190 2
2818 202 201 198 203 2
2819 213 212 210 214 2
2820 222 221 220 223 2
2821 224 223 221 225 2
2822 226 225 219 223 2
2823 230 229 227 231 2
2824 244 243 241 245 2
2825 255 254 252 256 2
2826 264 263 262 265 2
2827 266 265 263 267 2
2828 268 267 261 265 2
2829 272 271 269 273 2
2830 280 279 278 281 2
2831 282 281 279 283 2
2832 284 283 281 285 2
2833 286 285 283 287 2
2834 288 287 278 285 2
2836 [ virtual_sites3 ]
2837 ; ai aj ak al funct c0 c1
2838 205 204 203 201 3
2839 206 204 203 201 -3
2840 208 207 203 201 3
2841 209 207 203 201 -3
2842 239 238 236 233 3
2843 240 238 236 233 -3
2845 [ virtual_sites3 ]
2846 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2
2847 5 7 1 2 -4
2848 6 7 1 2 4
2849 15 9 11 12 -4
2850 16 9 11 12 4
2851 31 25 27 28 -4
2852 32 25 27 28 4
2853 37 25 33 34 -4
2854 38 25 33 34 4
2855 46 45 43 48 4
2856 47 45 43 48 -4
2857 70 69 67 72 4
2858 71 69 67 72 -4
2859 91 90 88 93 4
2860 92 90 88 93 -4
2861 94 93 90 96 4
2862 95 93 90 96 -4
2863 97 96 93 99 4
2864 98 96 93 99 -4
2865 100 99 96 104 4
2866 101 99 96 104 -4
2867 106 99 102 103 -4
2868 107 99 102 103 4
2869 115 114 112 117 4
2870 116 114 112 117 -4
2871 118 117 114 120 4
2872 119 117 114 120 -4
2873 130 129 127 132 4
2874 131 129 127 132 -4
2875 151 150 149 153 4
2876 152 150 149 153 -4
2877 154 153 150 156 4
2878 155 153 150 156 -4
2879 157 156 153 159 4
2880 158 156 153 159 -4
2881 165 164 163 167 4
2882 166 164 163 167 -4
2883 168 167 164 170 4
2884 169 167 164 170 -4
2885 171 170 167 173 4
2886 172 170 167 173 -4
2887 182 181 179 184 4
2888 183 181 179 184 -4
2889 193 192 190 195 4
2890 194 192 190 195 -4
2891 196 195 192 198 4
2892 197 195 192 198 -4
2893 199 198 195 201 4
2894 200 198 195 201 -4
2895 217 216 214 219 4
2896 218 216 214 219 -4
2897 234 233 231 236 4
2898 235 233 231 236 -4
2899 248 247 245 250 4
2900 249 247 245 250 -4
2901 259 258 256 261 4
2902 260 258 256 261 -4
2903 276 275 273 278 4
2904 277 275 273 278 -4
2906 [ virtual_sites4 ]
2907 ; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
2908 8 7 3 9 19 2
2909 10 9 7 13 17 2
2910 24 23 21 25 39 2
2911 26 25 23 29 35 2
2912 44 43 41 45 63 2
2913 68 67 65 69 84 2
2914 89 88 86 90 108 2
2915 113 112 110 114 123 2
2916 128 127 125 129 147 2
2917 160 159 149 156 161 2
2918 174 173 163 170 175 2
2919 180 179 177 181 186 2
2920 191 190 188 192 210 2
2921 215 214 212 216 227 2
2922 232 231 229 233 241 2
2923 246 245 243 247 252 2
2924 257 256 254 258 269 2
2925 274 273 271 275 289 2
2927 ; Include Position restraint file
2928 #ifdef POSRES
2929 #include "posre.itp"
2930 #endif
2932 ; Include water topology
2933 #include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
2935 #ifdef POSRES_WATER
2936 ; Position restraint for each water oxygen
2937 [ position_restraints ]
2938 ; i funct fcx fcy fcz
2939 1 1 1000 1000 1000
2940 #endif
2942 ; Include topology for ions
2943 #include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
2945 [ system ]
2946 ; Name
2947 Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2949 [ molecules ]
2950 ; Compound #mols
2951 Protein 1
2952 ]]></String>
2953 </File>
2954 </OutputFiles>
2955 </ReferenceData>