[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForAmber99sb_ildn_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_6.xml
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7 <String Name="Title">Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">277</Int>
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11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 34 ALA rtp NALA q +1.0
33 1 MNH3 34 ALA MN1 1 0 8.517
34 2 MNH3 34 ALA MN2 1 0 8.517
35 3 N3 34 ALA N 1 0.1414 0
36 4 H 34 ALA H1 2 0.1997 0
37 5 H 34 ALA H2 3 0.1997 0
38 6 H 34 ALA H3 4 0.1997 0
39 7 CT 34 ALA CA 5 0.0962 13.018
40 8 HP 34 ALA HA 6 0.0889 0
41 9 MCH3 34 ALA MCB1 7 0 7.517
42 10 MCH3 34 ALA MCB2 7 0 7.517
43 11 CT 34 ALA CB 7 -0.0597 0
44 12 HC 34 ALA HB1 8 0.03 0
45 13 HC 34 ALA HB2 9 0.03 0
46 14 HC 34 ALA HB3 10 0.03 0
47 15 C 34 ALA C 11 0.6163 12.01
48 16 O 34 ALA O 12 -0.5722 16 ; qtot 1
49 ; residue 35 VAL rtp VAL q 0.0
50 17 N 35 VAL N 13 -0.4157 15.018
51 18 H 35 VAL H 14 0.2719 0
52 19 CT 35 VAL CA 15 -0.0875 13.018
53 20 H1 35 VAL HA 16 0.0969 0
54 21 CT 35 VAL CB 17 0.2985 13.018
55 22 HC 35 VAL HB 18 -0.0297 0
56 23 MCH3 35 VAL MCG1 19 0 7.517
57 24 MCH3 35 VAL MCG2 19 0 7.517
58 25 CT 35 VAL CG1 19 -0.3192 0
59 26 HC 35 VAL HG11 20 0.0791 0
60 27 HC 35 VAL HG12 21 0.0791 0
61 28 HC 35 VAL HG13 22 0.0791 0
62 29 MCH3 35 VAL MCG1 23 0 7.517
63 30 MCH3 35 VAL MCG2 23 0 7.517
64 31 CT 35 VAL CG2 23 -0.3192 0
65 32 HC 35 VAL HG21 24 0.0791 0
66 33 HC 35 VAL HG22 25 0.0791 0
67 34 HC 35 VAL HG23 26 0.0791 0
68 35 C 35 VAL C 27 0.5973 12.01
69 36 O 35 VAL O 28 -0.5679 16 ; qtot 1
70 ; residue 36 PRO rtp PRO q 0.0
71 37 N 36 PRO N 29 -0.2548 14.01
72 38 CT 36 PRO CD 30 0.0192 14.026
73 39 H1 36 PRO HD1 31 0.0391 0
74 40 H1 36 PRO HD2 32 0.0391 0
75 41 CT 36 PRO CG 33 0.0189 14.026
76 42 HC 36 PRO HG1 34 0.0213 0
77 43 HC 36 PRO HG2 35 0.0213 0
78 44 CT 36 PRO CB 36 -0.007 14.026
79 45 HC 36 PRO HB1 37 0.0253 0
80 46 HC 36 PRO HB2 38 0.0253 0
81 47 CT 36 PRO CA 39 -0.0266 13.018
82 48 H1 36 PRO HA 40 0.0641 0
83 49 C 36 PRO C 41 0.5896 12.01
84 50 O 36 PRO O 42 -0.5748 16 ; qtot 1
85 ; residue 37 GLY rtp GLY q 0.0
86 51 N 37 GLY N 43 -0.4157 15.018
87 52 H 37 GLY H 44 0.2719 0
88 53 CT 37 GLY CA 45 -0.0252 14.026
89 54 H1 37 GLY HA1 46 0.0698 0
90 55 H1 37 GLY HA2 47 0.0698 0
91 56 C 37 GLY C 48 0.5973 12.01
92 57 O 37 GLY O 49 -0.5679 16 ; qtot 1
93 ; residue 38 TYR rtp TYR q 0.0
94 58 N 38 TYR N 50 -0.4157 15.018
95 59 H 38 TYR H 51 0.2719 0
96 60 CT 38 TYR CA 52 -0.0014 13.018
97 61 H1 38 TYR HA 53 0.0876 0
98 62 CT 38 TYR CB 54 -0.0152 14.026
99 63 HC 38 TYR HB1 55 0.0295 0
100 64 HC 38 TYR HB2 56 0.0295 0
101 65 CA 38 TYR CG 57 -0.0011 12.01
102 66 CA 38 TYR CD1 58 -0.1906 13.018
103 67 HA 38 TYR HD1 59 0.1699 0
104 68 CA 38 TYR CE1 60 -0.2341 13.018
105 69 HA 38 TYR HE1 61 0.1656 0
106 70 C 38 TYR CZ 62 0.3226 12.01
107 71 OH 38 TYR OH 63 -0.5579 16
108 72 HO 38 TYR HH 64 0.3992 1.008
109 73 CA 38 TYR CE2 65 -0.2341 13.018
110 74 HA 38 TYR HE2 66 0.1656 0
111 75 CA 38 TYR CD2 67 -0.1906 13.018
112 76 HA 38 TYR HD2 68 0.1699 0
113 77 C 38 TYR C 69 0.5973 12.01
114 78 O 38 TYR O 70 -0.5679 16 ; qtot 1
115 ; residue 39 ASP rtp ASP q -1.0
116 79 N 39 ASP N 71 -0.5163 15.018
117 80 H 39 ASP H 72 0.2936 0
118 81 CT 39 ASP CA 73 0.0381 13.018
119 82 H1 39 ASP HA 74 0.088 0
120 83 CT 39 ASP CB 75 -0.0303 14.026
121 84 HC 39 ASP HB1 76 -0.0122 0
122 85 HC 39 ASP HB2 77 -0.0122 0
123 86 C 39 ASP CG 78 0.7994 12.01
124 87 O2 39 ASP OD1 79 -0.8014 16
125 88 O2 39 ASP OD2 80 -0.8014 16
126 89 C 39 ASP C 81 0.5366 12.01
127 90 O 39 ASP O 82 -0.5819 16 ; qtot 0
128 ; residue 40 LYS rtp LYS q +1.0
129 91 N 40 LYS N 83 -0.3479 15.018
130 92 H 40 LYS H 84 0.2747 0
131 93 CT 40 LYS CA 85 -0.24 13.018
132 94 H1 40 LYS HA 86 0.1426 0
133 95 CT 40 LYS CB 87 -0.0094 14.026
134 96 HC 40 LYS HB1 88 0.0362 0
135 97 HC 40 LYS HB2 89 0.0362 0
136 98 CT 40 LYS CG 90 0.0187 14.026
137 99 HC 40 LYS HG1 91 0.0103 0
138 100 HC 40 LYS HG2 92 0.0103 0
139 101 CT 40 LYS CD 93 -0.0479 14.026
140 102 HC 40 LYS HD1 94 0.0621 0
141 103 HC 40 LYS HD2 95 0.0621 0
142 104 CT 40 LYS CE 96 -0.0143 14.026
143 105 HP 40 LYS HE1 97 0.1135 0
144 106 HP 40 LYS HE2 98 0.1135 0
145 107 MNH3 40 LYS MNZ1 99 0 8.517
146 108 MNH3 40 LYS MNZ2 99 0 8.517
147 109 N3 40 LYS NZ 99 -0.3854 0
148 110 H 40 LYS HZ1 100 0.34 0
149 111 H 40 LYS HZ2 101 0.34 0
150 112 H 40 LYS HZ3 102 0.34 0
151 113 C 40 LYS C 103 0.7341 12.01
152 114 O 40 LYS O 104 -0.5894 16 ; qtot 1
153 ; residue 41 ILE rtp ILE q 0.0
154 115 N 41 ILE N 105 -0.4157 15.018
155 116 H 41 ILE H 106 0.2719 0
156 117 CT 41 ILE CA 107 -0.0597 13.018
157 118 H1 41 ILE HA 108 0.0869 0
158 119 CT 41 ILE CB 109 0.1303 13.018
159 120 HC 41 ILE HB 110 0.0187 0
160 121 MCH3 41 ILE MCG1 111 0 7.517
161 122 MCH3 41 ILE MCG2 111 0 7.517
162 123 CT 41 ILE CG2 111 -0.3204 0
163 124 HC 41 ILE HG21 112 0.0882 0
164 125 HC 41 ILE HG22 113 0.0882 0
165 126 HC 41 ILE HG23 114 0.0882 0
166 127 CT 41 ILE CG1 115 -0.043 14.026
167 128 HC 41 ILE HG11 116 0.0236 0
168 129 HC 41 ILE HG12 117 0.0236 0
169 130 MCH3 41 ILE MCD1 118 0 7.517
170 131 MCH3 41 ILE MCD2 118 0 7.517
171 132 CT 41 ILE CD 118 -0.066 0
172 133 HC 41 ILE HD1 119 0.0186 0
173 134 HC 41 ILE HD2 120 0.0186 0
174 135 HC 41 ILE HD3 121 0.0186 0
175 136 C 41 ILE C 122 0.5973 12.01
176 137 O 41 ILE O 123 -0.5679 16 ; qtot 1
177 ; residue 42 PRO rtp PRO q 0.0
178 138 N 42 PRO N 124 -0.2548 14.01
179 139 CT 42 PRO CD 125 0.0192 14.026
180 140 H1 42 PRO HD1 126 0.0391 0
181 141 H1 42 PRO HD2 127 0.0391 0
182 142 CT 42 PRO CG 128 0.0189 14.026
183 143 HC 42 PRO HG1 129 0.0213 0
184 144 HC 42 PRO HG2 130 0.0213 0
185 145 CT 42 PRO CB 131 -0.007 14.026
186 146 HC 42 PRO HB1 132 0.0253 0
187 147 HC 42 PRO HB2 133 0.0253 0
188 148 CT 42 PRO CA 134 -0.0266 13.018
189 149 H1 42 PRO HA 135 0.0641 0
190 150 C 42 PRO C 136 0.5896 12.01
191 151 O 42 PRO O 137 -0.5748 16 ; qtot 1
192 ; residue 43 ASP rtp ASP q -1.0
193 152 N 43 ASP N 138 -0.5163 15.018
194 153 H 43 ASP H 139 0.2936 0
195 154 CT 43 ASP CA 140 0.0381 13.018
196 155 H1 43 ASP HA 141 0.088 0
197 156 CT 43 ASP CB 142 -0.0303 14.026
198 157 HC 43 ASP HB1 143 -0.0122 0
199 158 HC 43 ASP HB2 144 -0.0122 0
200 159 C 43 ASP CG 145 0.7994 12.01
201 160 O2 43 ASP OD1 146 -0.8014 16
202 161 O2 43 ASP OD2 147 -0.8014 16
203 162 C 43 ASP C 148 0.5366 12.01
204 163 O 43 ASP O 149 -0.5819 16 ; qtot 0
205 ; residue 44 TYR rtp TYR q 0.0
206 164 N 44 TYR N 150 -0.4157 15.018
207 165 H 44 TYR H 151 0.2719 0
208 166 CT 44 TYR CA 152 -0.0014 13.018
209 167 H1 44 TYR HA 153 0.0876 0
210 168 CT 44 TYR CB 154 -0.0152 14.026
211 169 HC 44 TYR HB1 155 0.0295 0
212 170 HC 44 TYR HB2 156 0.0295 0
213 171 CA 44 TYR CG 157 -0.0011 12.01
214 172 CA 44 TYR CD1 158 -0.1906 13.018
215 173 HA 44 TYR HD1 159 0.1699 0
216 174 CA 44 TYR CE1 160 -0.2341 13.018
217 175 HA 44 TYR HE1 161 0.1656 0
218 176 C 44 TYR CZ 162 0.3226 12.01
219 177 OH 44 TYR OH 163 -0.5579 16
220 178 HO 44 TYR HH 164 0.3992 1.008
221 179 CA 44 TYR CE2 165 -0.2341 13.018
222 180 HA 44 TYR HE2 166 0.1656 0
223 181 CA 44 TYR CD2 167 -0.1906 13.018
224 182 HA 44 TYR HD2 168 0.1699 0
225 183 C 44 TYR C 169 0.5973 12.01
226 184 O 44 TYR O 170 -0.5679 16 ; qtot 0
227 ; residue 45 HIS rtp HIE q 0.0
228 185 N 45 HIS N 171 -0.4157 15.018
229 186 H 45 HIS H 172 0.2719 0
230 187 CT 45 HIS CA 173 -0.0581 13.018
231 188 H1 45 HIS HA 174 0.136 0
232 189 CT 45 HIS CB 175 -0.0074 14.026
233 190 HC 45 HIS HB1 176 0.0367 0
234 191 HC 45 HIS HB2 177 0.0367 0
235 192 CC 45 HIS CG 178 0.1868 12.01
236 193 NB 45 HIS ND1 179 -0.5432 14.01
237 194 CR 45 HIS CE1 180 0.1635 13.018
238 195 H5 45 HIS HE1 181 0.1435 0
239 196 NA 45 HIS NE2 182 -0.2795 15.018
240 197 H 45 HIS HE2 183 0.3339 0
241 198 CW 45 HIS CD2 184 -0.2207 13.018
242 199 H4 45 HIS HD2 185 0.1862 0
243 200 C 45 HIS C 186 0.5973 12.01
244 201 O 45 HIS O 187 -0.5679 16 ; qtot 0
245 ; residue 46 MET rtp MET q 0.0
246 202 N 46 MET N 188 -0.4157 15.018
247 203 H 46 MET H 189 0.2719 0
248 204 CT 46 MET CA 190 -0.0237 13.018
249 205 H1 46 MET HA 191 0.088 0
250 206 CT 46 MET CB 192 0.0342 14.026
251 207 HC 46 MET HB1 193 0.0241 0
252 208 HC 46 MET HB2 194 0.0241 0
253 209 CT 46 MET CG 195 0.0018 14.026
254 210 H1 46 MET HG1 196 0.044 0
255 211 H1 46 MET HG2 197 0.044 0
256 212 S 46 MET SD 198 -0.2737 32.06
257 213 MCH3 46 MET MCE1 199 0 7.517
258 214 MCH3 46 MET MCE2 199 0 7.517
259 215 CT 46 MET CE 199 -0.0536 0
260 216 H1 46 MET HE1 200 0.0684 0
261 217 H1 46 MET HE2 201 0.0684 0
262 218 H1 46 MET HE3 202 0.0684 0
263 219 C 46 MET C 203 0.5973 12.01
264 220 O 46 MET O 204 -0.5679 16 ; qtot 0
265 ; residue 47 TRP rtp TRP q 0.0
266 221 N 47 TRP N 205 -0.4157 15.018
267 222 H 47 TRP H 206 0.2719 0
268 223 CT 47 TRP CA 207 -0.0275 13.018
269 224 H1 47 TRP HA 208 0.1123 0
270 225 CT 47 TRP CB 209 -0.005 14.026
271 226 HC 47 TRP HB1 210 0.0339 0
272 227 HC 47 TRP HB2 211 0.0339 0
273 228 C* 47 TRP CG 212 -0.1415 12.01
274 229 CW 47 TRP CD1 213 -0.1638 13.018
275 230 H4 47 TRP HD1 214 0.2062 0
276 231 NA 47 TRP NE1 215 -0.3418 15.018
277 232 H 47 TRP HE1 216 0.3412 0
278 233 CN 47 TRP CE2 217 0.138 12.01
279 234 CA 47 TRP CZ2 218 -0.2601 13.018
280 235 HA 47 TRP HZ2 219 0.1572 0
281 236 CA 47 TRP CH2 220 -0.1134 13.018
282 237 HA 47 TRP HH2 221 0.1417 0
283 238 CA 47 TRP CZ3 222 -0.1972 13.018
284 239 HA 47 TRP HZ3 223 0.1447 0
285 240 CA 47 TRP CE3 224 -0.2387 13.018
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1298 [ angles ]
1299 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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1773 [ dihedrals ]
1774 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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2397 242 228 229 231 9
2398 225 228 242 233 9
2399 225 228 242 240 9
2400 229 228 242 233 9
2401 229 228 242 240 9
2402 228 229 231 232 9
2403 228 229 231 233 9
2404 230 229 231 232 9
2405 230 229 231 233 9
2406 229 231 233 234 9
2407 229 231 233 242 9
2408 232 231 233 234 9
2409 232 231 233 242 9
2410 231 233 234 235 9
2411 231 233 234 236 9
2412 242 233 234 235 9
2413 242 233 234 236 9
2414 231 233 242 228 9
2415 231 233 242 240 9
2416 234 233 242 228 9
2417 234 233 242 240 9
2418 233 234 236 237 9
2419 233 234 236 238 9
2420 235 234 236 237 9
2421 235 234 236 238 9
2422 234 236 238 239 9
2423 234 236 238 240 9
2424 237 236 238 239 9
2425 237 236 238 240 9
2426 236 238 240 241 9
2427 236 238 240 242 9
2428 239 238 240 241 9
2429 239 238 240 242 9
2430 238 240 242 228 9
2431 238 240 242 233 9
2432 241 240 242 228 9
2433 241 240 242 233 9
2434 223 243 245 246 9
2435 223 243 245 247 9
2436 244 243 245 246 9
2437 244 243 245 247 9
2438 243 245 247 248 9
2439 243 245 247 249 9
2440 243 245 247 263 9
2441 246 245 247 248 9
2442 246 245 247 249 9
2443 246 245 247 263 9
2444 245 247 249 250 9
2445 245 247 249 253 9
2446 245 247 249 259 9
2447 248 247 249 250 9
2448 248 247 249 253 9
2449 248 247 249 259 9
2450 263 247 249 250 9
2451 263 247 249 253 9
2452 263 247 249 259 9
2453 245 247 263 264 9
2454 245 247 263 265 9
2455 248 247 263 264 9
2456 248 247 263 265 9
2457 249 247 263 264 9
2458 249 247 263 265 9
2459 247 249 253 254 9
2460 247 249 253 255 9
2461 247 249 253 256 9
2462 250 249 253 254 9
2463 250 249 253 255 9
2464 250 249 253 256 9
2465 259 249 253 254 9
2466 259 249 253 255 9
2467 259 249 253 256 9
2468 247 249 259 260 9
2469 247 249 259 261 9
2470 247 249 259 262 9
2471 250 249 259 260 9
2472 250 249 259 261 9
2473 250 249 259 262 9
2474 253 249 259 260 9
2475 253 249 259 261 9
2476 253 249 259 262 9
2477 247 263 265 266 9
2478 247 263 265 267 9
2479 264 263 265 266 9
2480 264 263 265 267 9
2481 263 265 267 268 9
2482 263 265 267 271 9
2483 263 265 267 275 9
2484 266 265 267 268 9
2485 266 265 267 271 9
2486 266 265 267 275 9
2487 265 267 271 272 9
2488 265 267 271 273 9
2489 265 267 271 274 9
2490 268 267 271 272 9
2491 268 267 271 273 9
2492 268 267 271 274 9
2493 275 267 271 272 9
2494 275 267 271 273 9
2495 275 267 271 274 9
2496 265 267 275 276 9
2497 265 267 275 277 9
2498 268 267 275 276 9
2499 268 267 275 277 9
2500 271 267 275 276 9
2501 271 267 275 277 9
2503 [ dihedrals ]
2504 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2505 7 17 15 16 4
2506 15 19 17 18 4
2507 19 37 35 36 4
2508 35 38 37 47 4
2509 47 51 49 50 4
2510 49 53 51 52 4
2511 53 58 56 57 4
2512 56 60 58 59 4
2513 60 79 77 78 4
2514 62 65 75 66 4
2515 65 68 66 67 4
2516 65 73 75 76 4
2517 66 70 68 69 4
2518 68 73 70 71 4
2519 70 75 73 74 4
2520 77 81 79 80 4
2521 81 91 89 90 4
2522 83 87 86 88 4
2523 89 93 91 92 4
2524 93 115 113 114 4
2525 113 117 115 116 4
2526 117 138 136 137 4
2527 136 139 138 148 4
2528 148 152 150 151 4
2529 150 154 152 153 4
2530 154 164 162 163 4
2531 156 160 159 161 4
2532 162 166 164 165 4
2533 166 185 183 184 4
2534 168 171 181 172 4
2535 171 174 172 173 4
2536 171 179 181 182 4
2537 172 176 174 175 4
2538 174 179 176 177 4
2539 176 181 179 180 4
2540 183 187 185 186 4
2541 187 202 200 201 4
2542 189 192 198 193 4
2543 192 196 198 199 4
2544 193 196 194 195 4
2545 194 198 196 197 4
2546 200 204 202 203 4
2547 204 221 219 220 4
2548 219 223 221 222 4
2549 223 245 243 244 4
2550 228 231 229 230 4
2551 229 233 231 232 4
2552 229 228 225 242 4
2553 233 236 234 235 4
2554 234 238 236 237 4
2555 236 240 238 239 4
2556 238 242 240 241 4
2557 243 247 245 246 4
2558 247 265 263 264 4
2559 263 267 265 266 4
2560 267 276 275 277 4
2562 [ virtual_sites3 ]
2563 ; ai aj ak al funct c0 c1
2564 3 7 1 2 1
2565 4 7 1 2 1
2566 11 7 9 10 1
2567 12 7 9 10 1
2568 25 21 23 24 1
2569 26 21 23 24 1
2570 31 21 29 30 1
2571 32 21 29 30 1
2572 109 104 107 108 1
2573 110 104 107 108 1
2574 123 119 121 122 1
2575 124 119 121 122 1
2576 132 127 130 131 1
2577 133 127 130 131 1
2578 215 212 213 214 1
2579 216 212 213 214 1
2580 253 249 251 252 1
2581 254 249 251 252 1
2582 259 249 257 258 1
2583 260 249 257 258 1
2584 271 267 269 270 1
2585 272 267 269 270 1
2587 [ virtual_sites3 ]
2588 ; ai aj ak al funct c0 c1
2589 18 17 15 19 2
2590 52 51 49 53 2
2591 59 58 56 60 2
2592 67 66 65 68 2
2593 69 68 66 70 2
2594 74 73 70 75 2
2595 76 75 65 73 2
2596 80 79 77 81 2
2597 92 91 89 93 2
2598 116 115 113 117 2
2599 153 152 150 154 2
2600 165 164 162 166 2
2601 173 172 171 174 2
2602 175 174 172 176 2
2603 180 179 176 181 2
2604 182 181 171 179 2
2605 186 185 183 187 2
2606 195 194 193 196 2
2607 197 196 194 198 2
2608 199 198 192 196 2
2609 203 202 200 204 2
2610 222 221 219 223 2
2611 230 229 228 231 2
2612 232 231 229 233 2
2613 235 234 233 236 2
2614 237 236 234 238 2
2615 239 238 236 240 2
2616 241 240 238 242 2
2617 246 245 243 247 2
2618 266 265 263 267 2
2620 [ virtual_sites3 ]
2621 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2
2622 5 7 1 2 -4
2623 6 7 1 2 4
2624 13 7 9 10 -4
2625 14 7 9 10 4
2626 27 21 23 24 -4
2627 28 21 23 24 4
2628 33 21 29 30 -4
2629 34 21 29 30 4
2630 39 38 37 41 4
2631 40 38 37 41 -4
2632 42 41 38 44 4
2633 43 41 38 44 -4
2634 45 44 41 47 4
2635 46 44 41 47 -4
2636 54 53 51 56 4
2637 55 53 51 56 -4
2638 63 62 60 65 4
2639 64 62 60 65 -4
2640 84 83 81 86 4
2641 85 83 81 86 -4
2642 96 95 93 98 4
2643 97 95 93 98 -4
2644 99 98 95 101 4
2645 100 98 95 101 -4
2646 102 101 98 104 4
2647 103 101 98 104 -4
2648 105 104 101 109 4
2649 106 104 101 109 -4
2650 111 104 107 108 -4
2651 112 104 107 108 4
2652 125 119 121 122 -4
2653 126 119 121 122 4
2654 128 127 119 132 4
2655 129 127 119 132 -4
2656 134 127 130 131 -4
2657 135 127 130 131 4
2658 140 139 138 142 4
2659 141 139 138 142 -4
2660 143 142 139 145 4
2661 144 142 139 145 -4
2662 146 145 142 148 4
2663 147 145 142 148 -4
2664 157 156 154 159 4
2665 158 156 154 159 -4
2666 169 168 166 171 4
2667 170 168 166 171 -4
2668 190 189 187 192 4
2669 191 189 187 192 -4
2670 207 206 204 209 4
2671 208 206 204 209 -4
2672 210 209 206 212 4
2673 211 209 206 212 -4
2674 217 212 213 214 -4
2675 218 212 213 214 4
2676 226 225 223 228 4
2677 227 225 223 228 -4
2678 255 249 251 252 -4
2679 256 249 251 252 4
2680 261 249 257 258 -4
2681 262 249 257 258 4
2682 273 267 269 270 -4
2683 274 267 269 270 4
2685 [ virtual_sites4 ]
2686 ; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
2687 8 7 3 11 15 2
2688 20 19 17 21 35 2
2689 22 21 19 25 31 2
2690 48 47 37 44 49 2
2691 61 60 58 62 77 2
2692 82 81 79 83 89 2
2693 94 93 91 95 113 2
2694 118 117 115 119 136 2
2695 120 119 117 123 127 2
2696 149 148 138 145 150 2
2697 155 154 152 156 162 2
2698 167 166 164 168 183 2
2699 188 187 185 189 200 2
2700 205 204 202 206 219 2
2701 224 223 221 225 243 2
2702 248 247 245 249 263 2
2703 250 249 247 253 259 2
2704 268 267 265 271 275 2
2706 ; Include Position restraint file
2707 #ifdef POSRES
2708 #include "posre.itp"
2709 #endif
2711 ; Include water topology
2712 #include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
2714 #ifdef POSRES_WATER
2715 ; Position restraint for each water oxygen
2716 [ position_restraints ]
2717 ; i funct fcx fcy fcz
2718 1 1 1000 1000 1000
2719 #endif
2721 ; Include topology for ions
2722 #include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
2724 [ system ]
2725 ; Name
2726 Protein (third fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2728 [ molecules ]
2729 ; Compound #mols
2730 Protein 1
2731 ]]></String>
2732 </File>
2733 </OutputFiles>
2734 </ReferenceData>